Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2017-12-12 08:42:25 -0500 (Tue, 12 Dec 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (29045)
2BiocGenerics (22326)
3S4Vectors (20784)
4IRanges (20613)
5Biobase (18750)
6AnnotationDbi (17949)
7zlibbioc (15330)
8GenomicRanges (14213)
9limma (14028)
10XVector (13918)
11GenomeInfoDb (13157)
12Biostrings (12901)
13BiocParallel (12175)
14SummarizedExperiment (11059)
15annotate (9845)
16GenomicAlignments (9361)
17Rsamtools (9245)
18rtracklayer (9174)
19biomaRt (8872)
20genefilter (8822)
21GenomicFeatures (8498)
22graph (8069)
23preprocessCore (6966)
24edgeR (6804)
25DESeq2 (6638)
26geneplotter (6339)
27affy (5585)
28BSgenome (5451)
29affyio (5202)
30DelayedArray (5133)
31rhdf5 (4734)
32RBGL (4718)
33multtest (4709)
34Rgraphviz (4640)
35VariantAnnotation (4638)
36impute (4138)
37AnnotationHub (3967)
38qvalue (3854)
39GEOquery (3528)
40ShortRead (3410)
41DNAcopy (3409)
42interactiveDisplayBase (3229)
43ensembldb (3207)
44DESeq (2974)
45GSEABase (2954)
46biovizBase (2920)
47Gviz (2624)
48KEGGREST (2439)
49sva (2335)
50ProtGenerics (2318)
51vsn (2312)
52AnnotationForge (2280)
53Category (2176)
54clusterProfiler (2048)
55GOSemSim (2030)
56DOSE (1977)
57GOstats (1929)
58EBImage (1921)
59topGO (1904)
60pcaMethods (1898)
61OrganismDbi (1891)
62KEGGgraph (1798)
63BiocStyle (1786)
64phyloseq (1777)
65fgsea (1766)
66pathview (1711)
67gcrma (1688)
68illuminaio (1669)
69ggbio (1649)
70ComplexHeatmap (1642)
71minfi (1554)
72siggenes (1529)
73bumphunter (1474)
74oligoClasses (1436)
75oligo (1415)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (145)
a4Base (171)
a4Classif (138)
a4Core (184)
a4Preproc (175)
a4Reporting (142)
ABAData (0)
ABAEnrichment (123)
ABAFuncData (0)
ABarray (139)
ABSSeq (144)
acde (112)
acepack (0)
aCGH (216)
ACME (143)
ADaCGH2 (123)
adSplit (121)
AdvancedR (0)
AdvancedR2011 (0)
AdvancedR2011Data (0)
AdvancedR2011data (0)
affxparser (1315)
affy (5585)
affycomp (212)
AffyCompatible (135)
affyContam (127)
affycoretools (476)
affydata (1)
AffyExpress (133)
affyILM (117)
affyio (5202)
affylmGUI (197)
affyPara (128)
affypdnn (160)
affyPLM (1231)
affyQCReport (351)
AffyRNADegradation (121)
AffyTiling (21)
AGDEX (113)
Agi4x44PreProcess (13)
agilp (197)
AgiMicroRna (162)
AIMS (251)
ALDEx2 (161)
AllelicImbalance (128)
AllSorts (1)
alpine (109)
alpineData (0)
alsace (112)
altcdfenvs (134)
AMOUNTAIN (98)
amplican (7)
ampliQueso (105)
AnalysisPageServer (108)
anamiR (103)
Anaquin (96)
AneuFinder (118)
AneuFinderData (1)
ANF (5)
AnimalGene2QTL (1)
annaffy (553)
AnnBuilder (4)
annmap (95)
annotate (9845)
annotation (37)
AnnotationDbi (17949)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (1384)
AnnotationForge (2280)
AnnotationFuncs (154)
AnnotationHub (3967)
AnnotationHubData (143)
Annotations (0)
annotationTools (169)
annotatr (139)
annotatr.data (0)
anota (124)
anota2seq (5)
antiProfiles (112)
apcluster (0)
apComplex (135)
apeglm (15)
applera (1)
aroma.light (1399)
ArrayExpress (463)
ArrayExpressHTS (70)
arrayMagic (1)
arraymvout (0)
arrayMvout (112)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (155)
arrayQualityMetrics (468)
arrays (53)
ArrayTools (180)
ArrayTV (114)
ARRmNormalization (115)
ASAFE (89)
ASEB (112)
ASGSCA (112)
AshkenazimSonChr21 (0)
asmn (4)
ASpli (116)
ASSET (114)
ASSIGN (114)
ATACqc (1)
ATACseqQC (77)
AtlasRDF (105)
attract (116)
AUCell (13)

B

BaalChIP (94)
BAC (112)
bacon (119)
BADER (109)
BadRegionFinder (93)
BAGS (105)
ballgown (757)
bamsignals (189)
banocc (47)
base64enc (0)
basecallQC (52)
BaseSpaceR (128)
Basic4Cseq (117)
BasicASE (0)
BasicFlowWorkshop (0)
BASiCS (11)
BasicSTARRseq (97)
BatchJobs (0)
BatchQC (147)
BayesKnockdown (85)
BayesPeak (168)
baySeq (487)
BBCAnalyzer (98)
BBmisc (0)
bcellViper (0)
BCRANK (134)
bcSeq (1)
beachmat (126)
beadarray (648)
beadarraySNP (130)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (605)
BeadExplorer (1)
BEAT (108)
BEclear (104)
betr (81)
bgafun (111)
BgeeDB (128)
BGmix (61)
bgx (115)
BHC (179)
BicARE (168)
BiGGR (121)
BigMatrix (0)
bigmelon (94)
bigmemoryExtras (81)
bim (1)
bioassayR (139)
Biobase (18750)
biobroom (171)
bioCancer (105)
BiocCaseStudies (114)
BiocCheck (391)
biocDatasets (3)
BiocFileCache (90)
BiocGenerics (22326)
biocGraph (188)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstaller (29045)
biocLite (0)
Bioconductor (0)
BioCor (53)
BiocParallel (12175)
BiocSklearn (3)
BiocStyle (1786)
BiocStyleRmdIssue (0)
biocViews (513)
BiocWorkflowTools (99)
bioDist (324)
biodist (0)
BiodivoTools (1)
biomaRt (8872)
BioMedR (56)
biomformat (1383)
BioMVCClass (108)
biomvRCNS (109)
BioNet (291)
BioQC (96)
BioSeqClass (124)
biosigner (114)
biostrings (0)
Biostrings (12901)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (103)
biotmle (50)
biovizBase (2920)
BiRewire (164)
birta (113)
birte (108)
BiSeq (192)
bitops (0)
BitSeq (250)
blima (104)
blimaTestingData (0)
BLMA (48)
bnbc (4)
BPRMeth (92)
BRAIN (180)
BrainStars (113)
branchpointer (49)
brew (0)
BRGEdata (1)
bridge (109)
BridgeDbR (122)
BrowserViz (89)
BrowserVizDemo (69)
BSgenome (5451)
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 (0)
bsseq (655)
BubbleTree (112)
bufferedmatrix (0)
BufferedMatrix (118)
BufferedMatrixMethods (114)
BUMHMM (50)
bumphunter (1474)
BUS (107)
BuxcoR (0)

C

CAFE (100)
CAGEr (153)
CALIB (117)
CAMERA (414)
camera (0)
canceR (108)
cancerclass (108)
CancerInSilico (83)
CancerMutationAnalysis (117)
CancerSubtypes (125)
CAnD (96)
caOmicsV (96)
Cardinal (139)
casper (114)
CATALYST (51)
Category (2176)
categoryCompare (89)
CausalR (105)
cbaf (5)
ccdata (0)
ccmap (96)
CCPROMISE (83)
ccrepe (115)
cellbaseR (46)
cellGrowth (111)
cellHTS (22)
cellHTS2 (226)
cellity (106)
CellMapper (92)
CellMapperData (0)
cellnoptr (0)
CellNOptR (152)
cellscape (59)
cellTree (116)
CEMiTool (10)
CexoR (111)
CFAssay (106)
CGEN (133)
CGHbase (219)
CGHcall (204)
cghMCR (189)
CGHnormaliter (112)
CGHregions (128)
cghregions (0)
ChAMP (407)
ChAMPdata (0)
charm (129)
checkmate (0)
ChemmineOB (193)
ChemmineR (446)
Chicago (120)
chimera (161)
chimeraviz (67)
ChIPanalyser (5)
ChIPComp (109)
chipenrich (134)
chipenrich.data (0)
ChIPexoQual (50)
ChIPexoQualExample (0)
ChIPpeakAnno (690)
ChIPQC (234)
ChIPseeker (543)
ChipSeq (0)
chipseq (445)
chipseqDB (8)
ChIPseqR (167)
ChIPsim (164)
ChIPXpress (87)
chopsticks (314)
chroGPS (102)
chromDraw (102)
ChromHeatMap (129)
ChromoViz (1)
chromPlot (106)
chromstaR (92)
chromstaRData (0)
chromswitch (5)
chromVAR (7)
CHRONOS (105)
CINdex (90)
cisPath (110)
ClassifyR (123)
cleanUpdTSeq (104)
cleaver (201)
clippda (114)
clipper (154)
Clomial (107)
Clonality (109)
clonotypeR (109)
clst (111)
clstutils (100)
clustComp (94)
clusterExperiment (123)
ClusterJudge (6)
clusterProfiler (2048)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (51)
ClusterSignificance (102)
clusterStab (156)
CMA (172)
CMEA (1)
cn.farms (107)
cn.mops (226)
cnAnalysis450k (1)
CNAnorm (131)
cnanorm (0)
CNEr (303)
CNORdt (112)
CNORfeeder (109)
CNORfuzzy (108)
CNORode (123)
CNPBayes (96)
CNTools (278)
cnvGSA (104)
CNVPanelizer (111)
CNVrd2 (107)
CNVtools (124)
cnvtools (0)
cobindR (100)
CoCiteStats (108)
codelink (115)
codetoolsBioC (0)
CODEX (147)
coexnet (9)
CoGAPS (112)
cogena (126)
coGPS (101)
COHCAP (126)
COHCAPanno (0)
colorspace (0)
coMET (131)
COMPASS (112)
compcodeR (117)
compEpiTools (126)
CompGO (115)
ComplexHeatmap (1642)
CONFESS (90)
consensusclusterplus (0)
ConsensusClusterPlus (1046)
consensusOV (8)
consensusSeekeR (94)
contiBAIT (87)
conumee (127)
convert (218)
copa (113)
COPDSexualDimorphism (3)
COPDSexualDimorphism.data (0)
CopyhelpeR (0)
copynumber (260)
CopyNumber450k (15)
CopyNumber450kData (0)
CopywriteR (141)
CoRegNet (124)
Cormotif (108)
CorMut (103)
coRNAi (77)
CORREP (109)
coseq (59)
cosmiq (107)
cosmo (6)
cosmoGUI (4)
COSNet (97)
CountClust (135)
covEB (82)
CoverageView (115)
covRNA (81)
cpvSNP (96)
cqn (198)
CRImage (134)
CRISPRseek (158)
crisprseekplus (86)
CrispRVariants (119)
crlmm (218)
crossmeta (98)
CSAR (173)
csaw (245)
CSSP (120)
ctc (339)
ctsGE (92)
cummeRbund (1170)
CummeRbund (0)
cummerbund (0)
curatedTCGAData (1)
customProDB (150)
CVE (96)
cycle (108)
cydar (60)
cytofkit (256)
cytofWorkflow (3)
cytolib (40)
CytoML (86)

D

dada2 (495)
dagLogo (96)
daMA (104)
DaMiRseq (50)
DAPAR (124)
DAPARdata (0)
DART (110)
DASC (7)
DASiR (14)
DAVIDQuery (18)
davidquery (0)
DBChIP (141)
DBI (0)
dcGSA (86)
DChIPRep (103)
ddCt (162)
ddgraph (100)
DDiGGER (0)
debrowser (141)
DECIPHER (411)
DEComplexDisease (1)
DeconRNASeq (132)
DEDS (121)
DeepBlueR (119)
deepSNV (137)
DEFormats (154)
DEGraph (113)
DEGreport (118)
DEGseq (309)
DelayedArray (5133)
DelayedMatrixStats (6)
deltaGseg (103)
DeMAND (103)
DEP (9)
derfinder (295)
derfinderData (0)
derfinderHelper (251)
derfinderPlot (126)
deseq (0)
DESeq (2974)
DESeq2 (6638)
destiny (581)
DEsubs (106)
DEXSeq (678)
dexus (117)
DFP (106)
dichromat (0)
DiffBind (616)
diffGeneAnalysis (101)
diffHic (137)
DiffLogo (101)
diffloop (97)
diffloopdata (1)
diffuStats (8)
digest (0)
diggit (99)
diggitdata (0)
Director (77)
DirichletMultinomial (298)
discordant (48)
dks (104)
DMCHMM (5)
DMRcaller (108)
DMRcate (477)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (105)
DMRScan (46)
DNABarcodes (113)
DNAcopy (3409)
DNaseR (5)
DNAshapeR (111)
domainsignatures (106)
doppelgangR (94)
DOQTL (121)
Doscheda (5)
DOSE (1977)
drawProteins (1)
DRIMSeq (111)
DriverNet (120)
DrugDiseaseNet (1)
DrugVsDisease (109)
dSimer (86)
DSS (473)
DTA (99)
dualKS (101)
DupChecker (96)
dupRadar (414)
DvDdata (0)
dyebias (106)
DynDoc (571)
dyndoc (0)

E

E.MTAB.62 (0)
EasyqpcR (151)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (230)
EBarrays (180)
EBcoexpress (107)
EBImage (1921)
EBSEA (86)
EBSeq (534)
EBSeqHMM (126)
ecolitk (110)
EDASeq (1208)
edd (5)
EDDA (105)
edge (153)
edger (0)
edgeR (6804)
eegc (88)
EfficientR (0)
EGAD (102)
EGSEA (173)
EGSEA123 (2)
EGSEAdata (0)
eiR (69)
eisa (128)
ELBOW (95)
ELMER (183)
ELMER.data (0)
EMDomics (101)
EmpiricalBrownsMethod (96)
ENCODEdb (0)
ENCODExplorer (124)
ENmix (130)
EnrichedHeatmap (141)
EnrichmentBrowser (202)
EnsDb.Hsapiens.v75 (0)
ensembldb (3207)
ensemblVEP (153)
ENVISIONQuery (97)
EpiCluster (0)
Epicopy (1)
EpicopyData (0)
EpiDISH (8)
epigenomix (107)
epiNEM (49)
epivizr (147)
epivizrChart (9)
epivizrData (120)
epivizrServer (117)
epivizrStandalone (99)
eQTL (4)
erccdashboard (124)
erma (159)
esATAC (5)
esetVis (88)
eudysbiome (89)
EventPointer (56)
Evomics2012 (0)
Evomics2012Data (0)
EWCE (83)
ExiMiR (107)
exomeCopy (266)
exomecopy (1)
exomePeak (130)
exonfindR (0)
exonmap (11)
ExperimentHub (170)
ExperimentHubData (94)
explorase (92)
ExpressionAtlas (103)
ExpressionNormalizationWorkflow (16)
expressionview (0)
ExpressionView (101)
exprExternal (1)
externalVector (5)

F

fabia (200)
facopy (95)
facopy.annot (0)
factDesign (116)
fail (0)
FamAgg (91)
FANTOM3and4CAGE (0)
farms (119)
fastLiquidAssociation (95)
FastProjectR (1)
fastseg (353)
fbat (4)
fCCAC (81)
fCI (94)
fdrame (108)
FEM (274)
ffpe (118)
FGNet (169)
fgsea (1766)
FindMyFriends (117)
FISHalyseR (96)
FitHiC (107)
flagme (104)
Fletcher2013a (0)
flipflop (114)
flowAI (115)
flowBeads (98)
flowBin (96)
flowcatchR (97)
flowCHIC (96)
flowCL (136)
flowClean (126)
flowClust (302)
flowCore (1310)
flowCyBar (99)
flowDensity (150)
flowFit (104)
flowFitExampleData (0)
flowFlowJo (8)
flowFP (125)
flowMap (102)
flowMatch (101)
flowMeans (203)
flowMerge (147)
flowPeaks (153)
flowPhyto (6)
flowPloidy (83)
flowPloidyData (0)
flowPlots (102)
flowq (0)
flowQ (137)
flowQB (103)
FlowRepositoryR (97)
FlowSOM (271)
FlowSorted.CordBlood.450k (1)
flowStats (325)
flowTime (42)
flowTrack (1)
flowTrans (116)
flowType (129)
flowUtils (324)
flowViz (561)
flowVS (102)
flowWorkspace (511)
fmcsR (195)
focalCall (95)
fOptions (0)
foreach (0)
Formula (0)
FourCSeq (114)
FRGEpistasis (99)
frma (259)
frmaTools (122)
fucci (1)
FunChIP (78)
FunciSNP (126)
funtooNorm (48)
furrowSeg (0)

G

GA4GHclient (47)
GA4GHshiny (8)
gaga (114)
gage (834)
gaggle (101)
gaia (137)
GAprediction (79)
garfield (86)
gaucho (94)
gcapc (49)
gcatest (89)
gCMAP (97)
gCMAPWeb (81)
gCrisprTools (83)
gcrma (1688)
gdsfmt (792)
geecc (89)
GEM (84)
genArise (108)
genbankr (129)
GENE.E (109)
gene2pathway (6)
GeneAnswers (173)
geneAttribution (81)
GeneBreak (92)
geneClassifiers (45)
GeneExpressionSignature (112)
genefilter (8822)
genefu (253)
GeneGA (81)
GeneGeneInteR (87)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (151)
GeneNetworkBuilder (97)
GeneOverlap (153)
geneplast (84)
geneplotter (6339)
GeneR (7)
geneRecommender (102)
GeneRegionScan (101)
generegulation (9)
GeneRfold (3)
geneRxCluster (91)
GeneSelectMMD (107)
GeneSelector (144)
GENESIS (159)
GeneSpring (5)
geNetClassifier (135)
GeneticsBase (4)
GeneticsDesign (135)
GeneticsPed (153)
GeneTraffic (5)
GeneTS (2)
genetw12 (0)
geneXtendeR (94)
GENIE3 (28)
genoCN (102)
GenoGAM (94)
genomation (283)
genomationData (0)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (268)
GenomeInfoDb (13157)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (390)
genomes (131)
GenomicAlignments (9361)
GenomicDataCommons (88)
GenomicFeatures (8498)
GenomicFiles (555)
GenomicInteractions (152)
GenomicRanges (14213)
GenomicScores (104)
GenomicTuples (105)
Genominator (124)
genoset (231)
genotypeeval (91)
GenoView (8)
genphen (86)
GenRank (87)
GenVisR (265)
GEOmetadb (258)
geoquery (0)
GEOquery (3528)
GEOsearch (84)
GEOsubmission (107)
geosubmission (0)
gep2pep (1)
gespeR (110)
GeuvadisTranscriptExpr (0)
GEWIST (92)
gff3Plotter (1)
GGBase (166)
ggbio (1649)
ggcyto (263)
GGtools (159)
ggtree (1019)
girafe (159)
GISPA (45)
GKnowMTest (1)
GLAD (221)
Glimma (476)
GlobalAncova (149)
globalSeq (88)
globaltest (475)
gmapR (98)
GMRP (85)
GOAL (0)
goCluster (2)
GOexpress (165)
GOFunction (126)
GoogleGenomics (100)
GOpro (86)
goProfiles (158)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2030)
goseq (847)
GOSim (154)
goSTAG (52)
gostats (0)
GOstats (1929)
GOsummaries (140)
GOTHiC (119)
goTools (152)
gotools (0)
gpls (191)
gprege (95)
gQTLBase (204)
gQTLstats (208)
graph (8069)
GraphAlignment (109)
GraphAT (99)
graphite (650)
GraphPAC (110)
greengenes13.5MgDb (0)
GRENITS (103)
GreyListChIP (102)
GRmetrics (103)
grndata (0)
groHMM (107)
GRridge (48)
GSALightning (84)
GSAR (162)
GSBenchMark (0)
GSCA (97)
GSE64985 (0)
GSEABase (2954)
GSEAlm (175)
GSReg (93)
GSRI (99)
GSVA (509)
gtkWidgets (0)
gtrellis (117)
GUIDEseq (103)
Guitar (98)
Gviz (2624)
gwascat (207)
GWASTools (313)

H

h5vc (114)
hapFabia (114)
Harman (93)
HarmanData (0)
Harshlight (103)
harshlight (0)
HCsnip (98)
HDF5Array (477)
HDTD (90)
healthyFlowData (0)
heatmaps (67)
Heatplus (671)
HelloRanges (95)
HelloRangesData (0)
HELP (106)
HEM (101)
hexbin (16)
hiAnnotator (106)
HIBAG (116)
HiCcompare (9)
hicrep (48)
hierGWAS (97)
highthroughputassays (10)
HilbertCurve (129)
hilbertvis (0)
HilbertVis (352)
HilbertVisGUI (84)
hiReadsProcessor (74)
HiTC (201)
Hmisc (0)
HMMcopy (171)
hopach (241)
hpar (219)
Hsapiens.Ensembl75 (0)
HSMMSingleCell (0)
HTqPCR (223)
HTSanalyzeR (158)
HTSanalyzeR2 (1)
HTSandGeneCentricLabs (0)
HTSeqGenie (72)
htseqtools (0)
htSeqTools (178)
HTSFilter (171)
HybridMTest (97)
hyperdraw (134)
hypergraph (174)

I

iASeq (97)
iBBiG (151)
ibh (93)
iBMQ (95)
iCARE (87)
Icens (311)
iCheck (98)
iChip (97)
iClusterPlus (140)
iCOBRA (89)
ideal (48)
ideogram (0)
IdeoViz (127)
idiogram (103)
IdMappingAnalysis (92)
IdMappingRetrieval (95)
iFlow (4)
iGC (90)
IHW (351)
Illumina450ProbeVariants.db (0)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (0)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (0)
illuminaio (1669)
imageanalysisBrain (1)
imageHTS (114)
IMAS (46)
Imetagene (87)
ImmuneSpaceR (90)
immunoClust (94)
IMPCdata (86)
ImpulseDE (85)
ImpulseDE2 (46)
impute (4138)
InPAS (97)
INPower (92)
inSilicoDb (46)
inSilicoMerging (44)
insilicomerging (0)
INSPEcT (98)
intansv (112)
InteractionSet (181)
interactiveDisplay (276)
interactiveDisplayBase (3229)
IntEREst (45)
IntermediateSequenceAnalysis2013 (0)
InterMineR (5)
IntramiRExploreR (6)
inveRsion (96)
IONiseR (140)
iontree (103)
iPAC (116)
IPO (129)
IPPD (160)
iranges (0)
IRanges (20613)
IrisSpatialFeatures (4)
iSeq (100)
iSNetwork (1)
isobar (186)
IsoformSwitchAnalyzeR (15)
IsoGeneGUI (96)
ISoLDE (84)
isomiRs (94)
iSPlot (2)
ITALICS (100)
iterativeBMA (101)
iterativeBMAsurv (97)
iterators (0)
iterClust (4)
IVAS (94)
ivygapSE (3)
IWB2011 (0)
IWTomics (44)

J

JASPAR2016 (0)
JASPAR2018 (8)
JctSeqExData2 (0)
jmosaics (15)
joda (100)
JunctionSeq (143)

K

karyoploteR (100)
KCsmart (101)
kebabs (159)
KEGGgraph (1798)
KEGGlincs (88)
keggorth (3)
keggorthology (129)
KEGGprofile (191)
KEGGREST (2439)
KEGGSOAP (9)
KFAS (0)
kimod (85)

L

labeling (0)
lapmix (101)
latticeExtra (0)
LBE (152)
ldblock (141)
LEA (254)
LedPred (92)
les (103)
leukemiasEset (0)
lfa (216)
liftOver (26)
limma (14028)
limmaGUI (166)
LINC (84)
LineagePulse (1)
Linnorm (112)
liquidassociation (0)
LiquidAssociation (100)
lmdme (103)
LMGene (115)
LOBSTAHS (96)
loci2path (1)
logicFS (229)
logitt (0)
logitT (98)
Logolas (46)
lol (101)
LOLA (140)
LowMACA (93)
LowMACAAnnotation (0)
LowMACAdb (0)
LPE (130)
LPEadj (102)
LPEseq (0)
lpNet (97)
lpsymphony (375)
lumi (960)
LungCancerACvsSCCGEO (0)
LVSmiRNA (105)
lydata (0)
LymphoSeq (89)
LymphoSeqData (0)
LymphoSeqDB (0)

M

M3C (4)
M3D (90)
M3DExampleData (0)
M3Drop (151)
maanova (134)
macat (106)
maCorrPlot (103)
maDB (3)
made4 (371)
MADSEQ (80)
maftools (329)
MAGEML (0)
maigesPack (103)
MAIT (129)
makecdfenv (230)
makePlatformDesign (4)
MANOR (103)
manta (101)
MantelCorr (99)
mAPKL (84)
mAPKLData (0)
maPredictDSC (95)
mapscape (47)
marray (1178)
marrayClasses (0)
marrayInput (0)
marrayNorm (0)
marrayPlots (0)
marrayTools (0)
maSigPro (282)
maskBAD (94)
MassArray (106)
massiR (99)
MassSpecWavelet (697)
MAST (289)
matchBox (93)
matchprobes (7)
Matrix (0)
MatrixRider (90)
matter (109)
MaxContrastProjection (43)
MBAmethyl (86)
MBASED (99)
MBCB (100)
mBPCR (101)
MBttest (80)
mcaGUI (102)
MCbiclust (49)
MCRestimate (103)
mdgsa (103)
mdqc (110)
MEAL (92)
MEALData (1)
MeasurementError.cor (99)
MEDIPS (171)
MEDME (102)
MEIGOR (103)
MergeMaid (158)
Mergeomics (88)
MeSH.AOR.db (0)
MeSH.db (0)
MeSH.PCR.db (0)
MeSHDbi (166)
meshes (87)
meshr (143)
MeSHSim (84)
messina (89)
metaArray (151)
Metab (108)
metabomxtr (100)
MetaboSignal (95)
metaCCA (87)
MetaCyto (4)
metagene (122)
metagenomeFeatures (94)
metagenomeSeq (544)
metahdep (100)
metaMS (120)
metaMSdata (0)
metaR (0)
metaSeq (105)
metaseqR (117)
metavizr (52)
metaX (14)
MetCirc (88)
MetCleaning (1)
methimpute (4)
methInheritSim (9)
MethPed (82)
MethTargetedNGS (85)
methVisual (106)
methyAnalysis (195)
MethylAid (113)
MethylAidData (0)
methylationArrayAnalysis (22)
methylInheritance (42)
methylInheritanceSim (1)
methylKit (329)
MethylMix (122)
methylMnM (93)
methylPipe (136)
MethylSeekR (115)
methylumi (992)
methyvim (5)
mfa (9)
Mfuzz (323)
MGFM (94)
MGFR (79)
mgsa (118)
MiChip (97)
microbiome (18)
microrna (0)
microRNA (194)
MIGSA (47)
mimager (42)
MIMOSA (94)
MineICA (100)
minet (822)
minfi (1554)
MinimumDistance (96)
minionSummaryData (0)
mipp (0)
MiPP (100)
MIRA (4)
MiRaGE (99)
miRBaseConverter (8)
miRBaseVersions.db (0)
miRcomp (86)
miRcompData (0)
mirIntegrator (90)
miRLAB (100)
miRmine (4)
miRNAmeConverter (94)
miRNApath (130)
miRNAtap (146)
miRsponge (6)
Mirsynergy (98)
missMethyl (406)
mitoODE (91)
mitoODEdata (0)
MLInterfaces (304)
MLP (112)
MLSeq (133)
MMDiff (17)
MMDiff2 (86)
MMDiffBamSubset (0)
mmgmos (1)
mmnet (84)
MmPalateMiRNA (102)
MODA (87)
mogsa (98)
monocle (605)
MONSTER (2)
MoonlightR (88)
MoPS (92)
mosaics (233)
motifbreakR (115)
motifcounter (44)
MotifDb (314)
motifmatchr (10)
motifRG (141)
motifStack (309)
MotIV (318)
MPFE (87)
mpra (4)
mQTL.NMR (101)
msa (585)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (39)
MSGFgui (154)
MSGFplus (192)
MSIseqData (0)
msmsEDA (171)
msmsTests (171)
MSnbase (894)
MSnID (179)
MSPC (1)
msPurity (86)
msPurityData (0)
msQC (0)
MSstats (245)
MSstatsBioData (1)
MSstatsQC (6)
mtbls2 (0)
MUGAExampleData (0)
Mulcom (151)
MultiAssayExperiment (229)
multiClust (105)
MultiDataSet (107)
MultiMed (88)
multiMiR (9)
multiOmicsViz (47)
multiscan (98)
multtest (4709)
munsell (0)
muscle (181)
MutationalPatterns (123)
MVCClass (102)
mvGST (96)
MWASTools (62)
mygene (377)
myvariant (107)
mzID (803)
mzR (1274)

N

NADfinder (42)
NanoStringDiff (111)
NanoStringQCPro (117)
NarrowPeaks (101)
ncdfFlow (462)
NCIgraph (120)
ndexr (10)
neaGUI (22)
nem (158)
neoantigenR (1)
netbenchmark (102)
netbiov (109)
NetCRG (0)
nethet (92)
NetPathMiner (118)
netprioR (74)
netReg (42)
netresponse (111)
NetSAM (93)
networkBMA (86)
NGScopy (95)
NGScopyData (0)
nnNorm (98)
NOISeq (476)
nondetects (103)
normalize450K (81)
NormqPCR (252)
normr (86)
npGSEA (108)
NTW (92)
nucleoSim (86)
nucleR (116)
nudge (96)
NuPoP (99)

O

occugene (96)
OCplus (173)
odseq (81)
OGSA (87)
oligo (1415)
oligoClasses (1436)
OLIN (104)
OLINgui (100)
omicade4 (117)
OmicCircos (269)
OmicsMarkeR (107)
omicsPrint (1)
Onassis (4)
OnassisJavaLibs (1)
oncomix (4)
OncoScore (96)
OncoSimulR (102)
oneChannelGUI (126)
oneSENSE (7)
ontoCAT (121)
ontoProc (5)
ontoTools (4)
openCyto (218)
openPrimeR (4)
openPrimeRui (5)
OperaMate (82)
oposSOM (109)
oppar (82)
OPWeight (9)
OrderedList (245)
org.Hs.eg.db (0)
org.MeSH.Aca.db (0)
org.MeSH.Atu.K84.db (0)
org.MeSH.Bsu.168.db (0)
org.MeSH.Hsa.db (0)
org.MeSH.Syn.db (0)
Organism.dplyr (79)
OrganismDbi (1891)
OSAT (106)
Oscope (101)
OTUbase (105)
ouija (1)
OutlierD (110)

P

PAA (118)
PADOG (180)
paircompviz (98)
pairseqsim (2)
pamr (6)
PAN (0)
pandaR (103)
panelcn.mops (5)
PAnnBuilder (117)
panp (122)
PANR (95)
PanVizGenerator (89)
PAPi (110)
parglms (84)
parody (168)
PasillaTranscriptExpr (1)
Path2PPI (99)
pathifier (211)
PathNet (117)
PathNetData (0)
PathoStat (96)
pathprint (44)
pathprintGEOData (1)
pathRender (103)
pathVar (88)
pathview (1711)
PathwaySplice (4)
PatientGeneSets (2)
paxtoolsr (163)
Pbase (109)
pbcmc (89)
pcaExplorer (215)
pcaGoPromoter (147)
pcaMethods (1898)
PCAN (86)
pcot2 (143)
PCpheno (98)
pcxn (4)
pdInfoBuilder (194)
pdmclass (98)
PECA (101)
pepDat (0)
pepStat (97)
pepXMLTab (99)
PGA (102)
pgca (41)
PGSEA (223)
pgUtils (4)
phantasus (1)
PharmacoGx (127)
phenoDist (95)
phenopath (9)
phenoTest (128)
PhenStat (98)
philr (85)
phosphonormalizer (55)
phyloseq (1777)
Pi (83)
piano (366)
pickgene (99)
PICS (169)
Pigengene (85)
PING (104)
pint (100)
pkgDepTools (135)
pkgdeptools (0)
plasFIA (1)
plateCore (103)
plethy (95)
plgem (111)
plier (259)
PLPE (99)
plrs (92)
plw (96)
plyr (0)
pmm (85)
podkat (99)
polyester (157)
Polyfit (91)
POST (43)
PPInfer (46)
ppiStats (109)
pqsfinder (88)
prada (275)
prebs (97)
prebsdata (0)
PREDA (101)
predictionet (59)
preprocessCore (6966)
Prize (87)
proBAMr (99)
PROcess (192)
procoil (99)
ProCoNA (96)
proFIA (91)
profileScoreDist (77)
progeny (4)
projectoR (1)
projectR (1)
pRoloc (243)
pRolocdata (0)
pRolocGUI (110)
PROMISE (96)
PROPER (119)
PROPS (3)
Prostar (111)
prostateCancerCamcap (0)
prostateCancerGrasso (1)
prostateCancerStockholm (0)
prostateCancerVarambally (1)
prot2D (100)
proteinProfiles (95)
proteomics (16)
ProteomicsAnnotationHubData (88)
proteoQC (117)
ProtGenerics (2318)
PSEA (95)
psichomics (92)
PSICQUIC (122)
psygenet2r (102)
PtH2O2lipids (0)
puma (165)
PureCN (122)
pvac (106)
pvca (159)
Pviz (111)
pvxmlrpclibs (0)
PWMEnrich (149)
pwOmics (95)
pxr (0)

Q

qcmetrics (100)
QDNAseq (176)
qpcrNorm (111)
qpgraph (235)
qrqc (188)
qsea (88)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (108)
quantro (126)
quantsmooth (365)
QuartPAC (89)
QuasR (291)
QuaternaryProd (81)
QUBIC (118)
QUBICdata (0)
qusage (167)
qvalue (3854)

R

R3CPET (88)
r3Cseq (152)
R453Plus1Toolbox (98)
R4RNA (88)
RaggedExperiment (80)
rain (111)
rama (107)
ramigo (0)
RamiGO (141)
ramwas (46)
randPack (97)
RangesRNAseqTutorial (0)
RankProd (430)
RareVariantVis (86)
Rariant (91)
RbcBook1 (108)
rbcbook1 (0)
RBGL (4718)
RBioinf (105)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (177)
RBM (84)
Rbowtie (298)
Rbowtie2 (8)
rbsurv (108)
Rcade (108)
RCAS (88)
RCASPAR (96)
rcellminer (110)
rcellminerData (0)
rCGH (102)
Rchemcpp (109)
RchyOptimyx (112)
RColorBrewer (0)
Rcpi (141)
Rcpp (0)
RCurl (0)
RCy3 (149)
RCyjs (87)
RCytoscape (316)
rcyTutorial (0)
RDAVIDWebService (366)
Rdbi (4)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (84)
rdisop (0)
Rdisop (231)
RDRToolbox (193)
ReactomePA (588)
readat (92)
ReadqPCR (262)
ReadsAlignmentsVariantsLab (0)
reb (100)
recount (202)
recountWorkflow (1)
recoup (85)
RedeR (184)
REDseq (145)
RefNet (94)
RefNet.db (0)
RefPlus (99)
regioneR (674)
regionReport (154)
regsplice (78)
REMP (54)
REMPdata (1)
Repitools (291)
ReportingTools (681)
reposTools (1)
ReQON (92)
Resourcerer (7)
restfulSE (5)
restfulSEData (1)
rexposome (6)
rfcdmin (1)
rflowcyt (4)
rfPred (95)
rGADEM (403)
RGalaxy (107)
RGMQL (1)
RGraph2js (82)
Rgraphviz (4640)
Rgraphviz2 (0)
rGREAT (137)
RGSEA (111)
rgsepd (93)
rhdf5 (4734)
rhdf5client (6)
Rhdf5lib (145)
Rhtslib (590)
rHVDM (93)
RiboProfiling (113)
riboSeq (0)
riboSeqR (112)
RImmPort (87)
Ringo (302)
Rintact (3)
rintact (0)
RIPSeeker (146)
Risa (111)
RITAN (36)
RIVER (43)
RJMCMCNucleosomes (46)
RLMM (99)
RMAGEML (2)
Rmagpie (95)
RMAPPER (5)
RMassBank (127)
rMAT (86)
rmat (0)
RmiR (108)
rmir (0)
RNAinteract (100)
RNAither (102)
RNAprobR (89)
RNAseq123 (79)
rnaseqcomp (93)
rnaseqGene (232)
RnaSeqGeneEdgeRQL (76)
rnaSeqMap (108)
RNASeqPower (186)
RnaSeqSampleSize (122)
RnaSeqSampleSizeData (0)
RnBeads (239)
RnBeads.hg19 (0)
RnBeads.mm10 (0)
RnBeads.mm9 (0)
RnBeads.rn5 (0)
Rnits (96)
roar (111)
ROC (659)
Roleswitch (110)
RoleswitchData (0)
Rolexa (17)
rols (223)
roma (1)
ROntoTools (117)
ropls (279)
ROTS (135)
RPA (130)
RProtoBufLib (43)
RpsiXML (120)
rpx (304)
Rqc (136)
rqt (47)
rqubic (147)
rRDP (93)
rRDPData (0)
Rredland (2)
RRHO (114)
Rsamtools (9245)
rsbml (148)
rSFFreader (59)
RSNPper (3)
RSQLite (0)
Rsubread (1145)
RSVSim (110)
rTANDEM (202)
RTCA (105)
RTCGA (364)
RTCGAToolbox (277)
RTN (141)
RTNduals (46)
RTNsurvival (9)
RTools4TB (3)
RTopper (101)
rtracklayer (9174)
Rtreemix (98)
rTRM (99)
rTRMui (91)
runibic (5)
Ruuid (6)
RUVcorr (97)
RUVnormalize (109)
RUVnormalizeData (0)
RUVSeq (427)
RVS (7)
RWebServices (8)
rxSeq (0)

S

S4Vectors (20784)
safe (298)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (98)
sagx (0)
SAGx (176)
samExploreR (37)
sampleClassifier (44)
SamSPECTRAL (134)
sangerseqR (238)
SANTA (100)
sapFinder (95)
saps (9)
savR (106)
sbgr (7)
SBMLR (118)
SC3 (336)
Scale4C (6)
scales (0)
SCAN.UPC (144)
scater (946)
scDD (83)
scde (325)
scfind (5)
ScISI (112)
SCLCBam (0)
scmap (11)
SCnorm (21)
scone (79)
scoreInvHap (6)
scPipe (7)
scran (595)
scRNAseq (0)
scsR (85)
SeattleIntro2010 (0)
SeattleIntro2011 (0)
SeattleIntro2011Data (0)
SeattleIntro2012 (0)
SeattleIntro2012Data (0)
segmentSeq (157)
SELEX (91)
SemDist (87)
semisup (43)
SemSim (5)
sendmailR (0)
SEPA (86)
seq2pathway (100)
seq2pathway.data (0)
SeqArray (211)
seqbias (108)
seqCAT (4)
seqCNA (101)
seqCNA.annot (0)
seqcombo (6)
SeqGSEA (214)
seqLogo (829)
Seqnames (0)
seqPattern (280)
seqplots (161)
SeqSQC (3)
seqTools (113)
SequenceAnalysis (0)
SequenceAnalysisData (0)
sequencing (55)
SeqVarTools (174)
sevenbridges (107)
SGSeq (145)
shinyMethyl (152)
shinyMethylData (0)
shinyTANDEM (100)
ShortRead (3410)
SICtools (50)
sidap (0)
sigaR (109)
SigCheck (93)
SigFuge (93)
siggenes (1529)
sights (77)
signeR (101)
signet (1)
sigPathway (179)
sigsquared (86)
SIM (99)
SIMAT (94)
SimBindProfiles (91)
similaRpeak (91)
SIMLR (156)
simpleaffy (851)
simpleSingleCell (59)
simulatorAPMS (4)
simulatorZ (88)
sincell (116)
SingleCellExperiment (142)
SISPA (82)
sizepower (133)
SJava (7)
skewr (82)
slalom (6)
SLGI (101)
SLqPCR (117)
SMAP (96)
SMITE (95)
SNAData (1)
SNAGEE (93)
snapCGH (128)
snm (170)
snpAssoc (0)
SNPchip (261)
SNPediaR (85)
snpfier (1)
SNPhood (93)
SNPhoodData (0)
snpMatrix (18)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (628)
snpStats (785)
SNPtools (0)
soGGi (101)
SomatiCA (24)
SomatiCAData (0)
SomaticSignatures (235)
SpacePAC (99)
spade (47)
sparseDOSSA (43)
spbtest (1)
spbtest3 (1)
SPEC (1)
specL (100)
SpeCond (143)
SPEM (90)
SPIA (381)
SpidermiR (126)
spikeLI (94)
spkTools (98)
splatter (92)
splicegear (97)
spliceR (161)
spliceSites (98)
SplicingGraphs (145)
splineTCDiffExpr (3)
splineTimeR (85)
SPLINTER (83)
splots (228)
SPONGE (4)
spotSegmentation (100)
SQUADD (92)
SRAdb (525)
sRAP (97)
SRGnet (73)
sscore (102)
sscu (79)
sSeq (116)
ssize (158)
ssizeRNA (0)
SSPA (184)
ssviz (88)
stageR (4)
stam (2)
STAN (105)
staRank (92)
StarBioTrek (81)
Starr (108)
STATegRa (103)
statTarget (128)
stemHypoxia (0)
stepNorm (98)
stepwiseCM (89)
Streamer (95)
STRINGdb (346)
stringr (0)
STROMA4 (42)
studentGWAS (0)
StudentGWAS (0)
subSeq (99)
SummarizedExperiment (11059)
supraHex (608)
survcomp (438)
Sushi (246)
sva (2335)
SVAPLSseq (76)
SVM2CRM (84)
SVM2CRMdata (0)
SWATH2stats (107)
SwathXtend (80)
swfdr (43)
SwimR (87)
switchBox (103)
switchde (82)
synapter (166)
synergyfinder (105)
synlet (82)
systemPipeR (631)
systemPipeRdata (0)

T

targetPredictor (0)
targetPredictor.db (0)
targetPredictorTemp (0)
TargetScore (102)
TargetScoreData (0)
TargetSearch (106)
TarSeqQC (96)
TCC (213)
TCGAbiolinks (894)
TCGAbiolinksGUI (88)
TCGAWorkflow (12)
TCseq (47)
TDARACNE (98)
tenXplore (4)
TEQC (128)
ternarynet (91)
tetradR (0)
TFARM (4)
TFBSTools (328)
TFHAZ (4)
tiger (0)
tigre (109)
tilingArray (152)
timecourse (133)
TimerQuant (0)
timescape (47)
TIN (85)
TitanCNA (117)
tkWidgets (538)
TMixClust (5)
TnT (4)
tofsims (89)
ToPASeq (69)
topdownr (4)
topGO (1904)
topOnto.HDO.db (0)
TPP (118)
tracktables (95)
trackViewer (203)
transcriptogramer (4)
transcriptR (84)
tRanslatome (98)
TransView (99)
traseR (91)
Travis (1)
treeio (371)
trena (4)
TReNA (6)
triform (90)
trigger (94)
trio (116)
triplex (97)
triwise (1)
TRONCO (119)
Trumpet (1)
TSCAN (177)
tspair (114)
TSRchitect (43)
TSSi (104)
TurboNorm (91)
TVTB (71)
tweeDEseq (125)
twilight (241)
twoddpcr (46)
tximport (1389)
tximportData (0)
TypeInfo (94)

U

UNDO (90)
unifiedWMWqPCR (90)
UniProt.ws (233)
Uniquorn (83)
useR2012 (0)
uSORT (75)

V

VanillaICE (135)
variancePartition (139)
VariantAnnotation (4638)
VariantFiltering (147)
variants (22)
VariantTools (128)
vbmp (145)
Vega (94)
VegaMC (91)
viper (158)
virtualArray (15)
vsn (2312)
vtpnet (87)
vulcan (4)

W

wateRmelon (463)
wavClusteR (99)
waveTiling (92)
weaver (125)
webbioc (105)
WES.1KG.WUGSC (0)
widgetInvoke (1)
widgetTools (552)
wiggleplotr (46)

X

XBSeq (93)
xcms (900)
XDE (96)
xmapbridge (92)
xmapcore (3)
XML (0)
XML2R (0)
XMLSchema (0)
xps (120)
xtable (0)
XVector (13918)

Y

y2hStat (1)
yamss (94)
YAPSA (83)
yaqcaffy (126)
yarn (92)

Z

zebrafishRNASeq (0)
zFPKM (8)
zinbwave (25)
zlibbioc (15330)