See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-12-11 08:31:06 -0500 (Tue, 11 Dec 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (31135)
2BiocGenerics (26432)
3IRanges (23460)
4Biobase (22727)
5S4Vectors (22663)
6AnnotationDbi (19404)
7zlibbioc (18568)
8GenomicRanges (17828)
9limma (17017)
10XVector (16543)
11BiocParallel (15305)
12GenomeInfoDb (15063)
13Biostrings (14506)
14SummarizedExperiment (14315)
15DelayedArray (13363)
16annotate (12192)
17biomaRt (11011)
18Rsamtools (11002)
19genefilter (10944)
20GenomicAlignments (10840)
21rtracklayer (10747)
22graph (10044)
23edgeR (9776)
24GenomicFeatures (9273)
25preprocessCore (8447)
26DESeq2 (8364)
27geneplotter (8176)
28affy (6442)
29affyio (6209)
30rhdf5 (6119)
31BSgenome (5941)
32RBGL (5811)
33multtest (5727)
34Rgraphviz (5682)
35impute (5241)
36VariantAnnotation (5114)
37qvalue (5114)
38GEOquery (4668)
39ShortRead (4315)
40ProtGenerics (4212)
41ensembldb (4139)
42Rhdf5lib (3888)
43AnnotationHub (3625)
44sva (3609)
45biovizBase (3500)
46GSEABase (3480)
47DESeq (3449)
48AnnotationFilter (3394)
49GOSemSim (3333)
50fgsea (3313)
51interactiveDisplayBase (3283)
52DOSE (3222)
53KEGGREST (3131)
54clusterProfiler (3092)
55vsn (2929)
56BiocVersion (2863)
57ComplexHeatmap (2827)
58Gviz (2770)
59pcaMethods (2488)
60phyloseq (2486)
61AnnotationForge (2471)
62Category (2463)
63tximport (2370)
64topGO (2343)
65GOstats (2249)
66KEGGgraph (2189)
67HDF5Array (2169)
68pathview (2165)
69EBImage (2139)
70OrganismDbi (2128)
71biomformat (2097)
72BiocStyle (2088)
73aroma.light (2061)
74illuminaio (1977)
75ggbio (1903)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (117)
a4Base (138)
a4Classif (112)
a4Core (160)
a4Preproc (157)
a4Reporting (115)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (103)
ABarray (110)
abseqR (4)
ABSSeq (112)
acde (101)
ACE (6)
aCGH (177)
ACME (121)
ADaCGH2 (96)
ADAM (1)
adaptest (39)
adSplit (97)
AffiXcan (4)
affxparser (1577)
affy (6442)
affycomp (159)
AffyCompatible (105)
affyContam (97)
affycoretools (454)
affydata (0)
AffyExpress (103)
affyILM (93)
affyio (6209)
affylmGUI (161)
affyPara (101)
affypdnn (125)
affyPLM (1257)
affyqcreport (0)
affyQCReport (303)
AffyRNADegradation (94)
AffyTiling (10)
AGDEX (92)
Agi4x44PreProcess (6)
agilp (161)
AgiMicroRna (133)
agimicrorna (0)
AIMS (244)
ALDEx2 (199)
AllelicImbalance (103)
alpine (101)
alsace (99)
altcdfenvs (106)
AMOUNTAIN (87)
amplican (84)
ampliQueso (86)
AnalysisPageServer (85)
anamiR (94)
Anaquin (88)
AneuFinder (106)
ANF (75)
annaffy (505)
AnnBuilder (0)
annmap (81)
annotate (12192)
AnnotationDbi (19404)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3394)
AnnotationForge (2471)
AnnotationFuncs (129)
AnnotationHub (3625)
AnnotationHubData (126)
annotationTools (142)
annotatr (212)
anota (101)
anota2seq (80)
antiProfiles (90)
apcluster (0)
apComplex (109)
apcomplex (0)
apeglm (697)
applera (0)
appreci8R (6)
aroma.light (2061)
ArrayExpress (442)
ArrayExpressHTS (58)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (87)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (123)
arrayQualityMetrics (461)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (143)
ArrayTV (97)
ARRmNormalization (90)
artMS (4)
ASAFE (76)
ASEB (90)
ASGSCA (91)
ASICS (40)
asmn (1)
ASpli (116)
AssessORF (3)
ASSET (100)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (218)
AtlasRDF (34)
attract (88)
AUCell (228)

B

BaalChIP (83)
BAC (88)
bacon (101)
BADER (90)
BadRegionFinder (82)
BAGS (85)
ballgown (859)
bamsignals (200)
banocc (74)
basecallQC (85)
BaseSpaceR (114)
Basic4Cseq (100)
BASiCS (127)
BasicSTARRseq (84)
BatchQC (144)
BayesKnockdown (75)
BayesPeak (134)
bayNorm (4)
baySeq (506)
BBCAnalyzer (83)
BCRANK (111)
bcSeq (44)
BDMMAcorrect (3)
beachmat (1268)
beadarray (637)
beadarraySNP (104)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (613)
BeadExplorer (0)
BEARscc (38)
BEAT (86)
BEclear (89)
betr (17)
bgafun (85)
BgeeDB (124)
BGmix (51)
bgx (85)
BHC (151)
BicARE (138)
BiFET (38)
BiGGR (99)
BigMatrix (0)
bigmelon (85)
bigmemoryExtras (79)
bim (0)
bioassayR (110)
biobase (0)
Biobase (22727)
biobroom (199)
bioCancer (92)
BiocCaseStudies (93)
BiocCheck (385)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (474)
BiocGenerics (26432)
biocGraph (239)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (31135)
biocLite (0)
BiocNeighbors (115)
BiocOncoTK (42)
Bioconductor (0)
BioCor (86)
BiocParallel (15305)
BiocPkgTools (6)
BiocSklearn (73)
BiocStyle (2088)
BiocVersion (2863)
biocViews (1320)
BiocWorkflowTools (105)
bioDist (265)
biomaRt (11011)
BioMedR (44)
biomformat (2097)
BioMVCClass (84)
biomvRCNS (84)
BioNet (305)
bionet (0)
BioNetStat (40)
BioQC (94)
BioSeqClass (104)
biosigner (96)
biostrings (0)
Biostrings (14506)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (88)
biotmle (83)
biovizBase (3500)
BiRewire (121)
birta (91)
birte (83)
BiSeq (170)
BitSeq (169)
blima (88)
BLMA (84)
bnbc (73)
BPRMeth (82)
BRAIN (181)
brainImageR (7)
BrainStars (87)
branchpointer (75)
breakpointR (5)
bridge (87)
BridgeDbR (105)
BrowserViz (97)
BrowserVizDemo (51)
BSgenome (5941)
bsseq (783)
BubbleTree (90)
BufferedMatrix (97)
BufferedMatrixMethods (91)
BUMHMM (76)
bumphunter (1700)
BUS (84)
BUScorrect (6)
BuxcoR (0)

C

CAFE (83)
CAGEfightR (39)
CAGEr (128)
CALIB (99)
CAMERA (442)
CAMTHC (10)
canceR (93)
cancerclass (92)
CancerInSilico (79)
CancerMutationAnalysis (97)
CancerSubtypes (141)
CAnD (81)
caOmicsV (82)
Cardinal (132)
casper (87)
CATALYST (120)
Category (2463)
categoryCompare (87)
CausalR (93)
cbaf (70)
ccfindR (35)
ccmap (99)
CCPROMISE (79)
ccrepe (99)
celaref (6)
cellbaseR (77)
cellGrowth (91)
cellHTS (8)
cellHTS2 (220)
cellity (93)
CellMapper (76)
CellNOptR (132)
cellscape (90)
CellScore (35)
CellTrails (9)
cellTree (113)
CEMiTool (139)
CexoR (83)
CFAssay (88)
CGEN (105)
CGHbase (223)
CGHcall (204)
cghMCR (128)
CGHnormaliter (85)
CGHregions (101)
ChAMP (437)
CHARGE (36)
charm (99)
ChemmineOB (198)
ChemmineR (429)
chemminer (0)
ChIC (29)
Chicago (102)
chimera (115)
chimeraviz (123)
ChIPanalyser (70)
ChIPComp (95)
chipenrich (115)
ChIPexoQual (81)
ChIPpeakAnno (800)
ChIPQC (226)
ChIPseeker (926)
chipseq (424)
ChIPseqR (140)
ChIPSeqSpike (43)
ChIPsim (134)
ChIPXpress (69)
chopsticks (213)
chroGPS (86)
chromDraw (90)
ChromHeatMap (101)
ChromoViz (0)
chromPlot (116)
chromstaR (96)
chromswitch (72)
chromVAR (114)
CHRONOS (87)
cicero (8)
CINdex (76)
cisPath (91)
ClassifyR (104)
cleanUpdTSeq (90)
cleaver (198)
clippda (93)
clipper (135)
Clomial (85)
Clonality (88)
clonotypeR (88)
clst (92)
clstutils (86)
clustComp (84)
clusterExperiment (256)
ClusterJudge (67)
clusterProfiler (3092)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (89)
clusterStab (136)
CMA (148)
cn.farms (91)
cn.mops (202)
CNAnorm (102)
cnanorm (0)
CNEr (413)
CNORdt (91)
CNORfeeder (88)
CNORfuzzy (89)
CNORode (110)
CNPBayes (82)
CNTools (234)
cnvGSA (86)
CNVPanelizer (100)
CNVrd2 (91)
CNVtools (103)
cnvtools (0)
cobindR (85)
CoCiteStats (92)
COCOA (4)
codelink (104)
CODEX (140)
coexnet (80)
CoGAPS (101)
cogena (122)
coGPS (84)
COHCAP (104)
coMET (116)
compartmap (4)
COMPASS (106)
compcodeR (104)
compEpiTools (102)
CompGO (101)
ComplexHeatmap (2827)
condcomp (6)
CONFESS (76)
consensus (5)
ConsensusClusterPlus (1650)
consensusDE (4)
consensusOV (78)
consensusSeekeR (82)
contiBAIT (76)
conumee (121)
convert (196)
copa (91)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (251)
CopyNumber450k (5)
CopywriteR (122)
coRdon (6)
CoRegNet (107)
Cormotif (85)
CorMut (89)
coRNAi (31)
CORREP (85)
coseq (96)
cosmiq (92)
cosmo (4)
cosmoGUI (1)
COSNet (85)
CountClust (108)
countsimQC (5)
covEB (73)
CoverageView (107)
covRNA (77)
cpvSNP (86)
cqn (190)
CRImage (117)
CRISPRseek (130)
crisprseekplus (81)
CrispRVariants (110)
crlmm (189)
crossmeta (98)
CSAR (138)
csaw (256)
CSSP (86)
ctc (331)
CTDquerier (36)
cTRAP (3)
ctsGE (93)
cummeRbund (922)
cummerbund (0)
customProDB (127)
CVE (85)
cycle (92)
cydar (93)
CytoDx (35)
cytofkit (325)
cytolib (391)
CytoML (105)

D

dada2 (921)
dagLogo (82)
daMA (85)
DaMiRseq (89)
DAPAR (127)
DART (94)
DASC (31)
DASiR (4)
DAVIDQuery (5)
DBChIP (125)
dcGSA (75)
DChIPRep (85)
ddCt (147)
ddgraph (44)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (38)
debrowser (137)
DECIPHER (645)
DEComplexDisease (38)
decompTumor2Sig (1)
DeconRNASeq (130)
decontam (48)
DEDS (120)
DeepBlueR (96)
deepSNV (122)
DEFormats (210)
DEGraph (87)
DEGreport (186)
DEGseq (312)
DelayedArray (13363)
DelayedMatrixStats (1293)
deltaGseg (80)
DeMAND (90)
DEP (143)
DEqMS (7)
derfinder (343)
derfinderHelper (311)
derfinderPlot (127)
DEScan2 (34)
deseq (0)
DESeq (3449)
DESeq2 (8364)
DEsingle (50)
destiny (806)
DEsubs (92)
DEXSeq (679)
dexus (90)
DFP (86)
DiffBind (616)
diffcoexp (40)
diffcyt (55)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (81)
diffHic (118)
DiffLogo (87)
diffloop (116)
diffuStats (77)
diggit (87)
Director (81)
DirichletMultinomial (442)
discordant (81)
dks (80)
DMCHMM (73)
DMRcaller (104)
DMRcate (508)
DMRforPairs (87)
DMRScan (76)
dmrseq (62)
DNABarcodeCompatibility (0)
DNABarcodes (122)
DNAcopy (1875)
DNaseR (1)
DNAshapeR (106)
domainsignatures (70)
DominoEffect (38)
doppelgangR (78)
DOQTL (108)
Doscheda (66)
DOSE (3222)
drawProteins (61)
DRIMSeq (159)
DriverNet (101)
DropletUtils (229)
DrugVsDisease (81)
dSimer (76)
DSS (584)
DTA (83)
dualKS (82)
DupChecker (81)
dupRadar (735)
dyebias (89)
DynDoc (617)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (143)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (173)
EBarrays (159)
EBcoexpress (91)
EBImage (2139)
EBSEA (76)
EBSeq (528)
EBSeqHMM (108)
ecolitk (88)
EDASeq (1815)
edd (1)
EDDA (89)
edge (143)
edger (0)
edgeR (9776)
eegc (76)
EGAD (90)
EGSEA (197)
eiR (70)
eisa (106)
ELBOW (83)
ELMER (310)
EMDomics (83)
EmpiricalBrownsMethod (104)
ENCODExplorer (106)
EnhancedVolcano (26)
ENmix (123)
EnrichedHeatmap (167)
EnrichmentBrowser (275)
enrichplot (1460)
ensembldb (4139)
ensemblVEP (144)
ENVISIONQuery (80)
EpiCluster (0)
EpiDISH (92)
epigenomix (96)
epiNEM (71)
epivizr (115)
epivizrChart (68)
epivizrData (114)
epivizrServer (109)
epivizrStandalone (89)
erccdashboard (111)
erma (236)
ERSSA (5)
esATAC (182)
esetVis (92)
eudysbiome (74)
EventPointer (83)
EWCE (11)
ExCluster (4)
ExiMiR (89)
exomeCopy (257)
exomecopy (0)
exomePeak (126)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (349)
ExperimentHubData (84)
explorase (68)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (84)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (169)
facopy (75)
factDesign (92)
FamAgg (93)
farms (101)
fastLiquidAssociation (82)
FastqCleaner (9)
fastseg (434)
fbat (0)
FCBF (3)
fCCAC (75)
fCI (80)
fdrame (85)
FELLA (37)
FEM (363)
ffpe (98)
FGNet (148)
fgsea (3313)
FindMyFriends (110)
FISHalyseR (83)
FitHiC (102)
flagme (89)
flipflop (99)
flowAI (148)
flowBeads (81)
flowBin (82)
flowcatchR (83)
flowCHIC (82)
flowCL (134)
flowClean (131)
flowClust (307)
flowCore (1383)
flowCyBar (85)
flowDensity (149)
flowFit (83)
flowFlowJo (3)
flowFP (111)
flowMap (86)
flowMatch (85)
flowMeans (194)
flowMerge (123)
flowPeaks (134)
flowPhyto (3)
flowPloidy (85)
flowPlots (83)
flowq (0)
flowQ (92)
flowQB (84)
FlowRepositoryR (91)
FlowSOM (483)
flowStats (318)
flowTime (70)
flowTrans (105)
flowType (106)
flowUtils (511)
flowViz (623)
flowVS (85)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (561)
fmcsR (173)
focalCall (82)
FoldGO (4)
FourCSeq (101)
FRGEpistasis (89)
frma (223)
frmaTools (99)
FunChIP (73)
FunciSNP (95)
funtooNorm (69)

G

GA4GHclient (76)
GA4GHshiny (75)
gaga (91)
gage (892)
gaggle (83)
gaia (191)
GAprediction (71)
garfield (75)
GARS (33)
GateFinder (37)
gaucho (69)
gcapc (79)
gcatest (79)
gCMAP (70)
gCMAPWeb (51)
gCrisprTools (81)
gcrma (1694)
GDCRNATools (120)
GDSArray (36)
gdsfmt (927)
geecc (77)
GEM (78)
genArise (90)
genbankr (149)
GENE.E (14)
gene2pathway (2)
GeneAccord (6)
GeneAnswers (146)
geneAttribution (74)
GeneBreak (79)
geneClassifiers (69)
GeneExpressionSignature (93)
genefilter (10944)
genefu (262)
GeneGA (71)
GeneGeneInteR (83)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (114)
GeneNetworkBuilder (96)
GeneOverlap (180)
geneplast (78)
geneplotter (8176)
GeneR (1)
geneRecommender (87)
GeneRegionScan (83)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (77)
GeneSelectMMD (90)
GeneSelector (115)
GENESIS (165)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (33)
geNetClassifier (118)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (105)
GeneticsPed (143)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (76)
GENIE3 (252)
genoCN (85)
GenoGAM (84)
genomation (323)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (232)
GenomeInfoDb (15063)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (263)
genomeintervals (0)
genomes (101)
GenomicAlignments (10840)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (357)
GenomicFeatures (9273)
GenomicFiles (675)
GenomicInteractions (148)
GenomicRanges (17828)
GenomicScores (260)
GenomicTuples (83)
Genominator (96)
genoset (195)
genotypeeval (80)
GenoView (4)
genphen (70)
GenRank (81)
GenVisR (285)
GEOmetadb (253)
GEOquery (4668)
GEOsearch (38)
GEOsubmission (85)
gep2pep (38)
gespeR (100)
GEWIST (77)
gff3Plotter (0)
GGBase (139)
ggbio (1903)
ggcyto (331)
GGtools (130)
ggtree (1430)
GIGSEA (6)
girafe (136)
GISPA (72)
GLAD (209)
Glimma (692)
glmSparseNet (4)
GlobalAncova (256)
globalSeq (78)
globaltest (744)
gmapR (91)
GMRP (65)
goCluster (0)
GOexpress (150)
GOfuncR (51)
GOFunction (100)
GoogleGenomics (89)
GOpro (84)
goProfiles (139)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3333)
goseq (985)
GOSim (134)
goSTAG (76)
gostats (0)
GOstats (2249)
GOsummaries (144)
GOTHiC (108)
goTools (117)
gotools (0)
gpart (4)
gpls (163)
gprege (79)
gQTLBase (220)
gQTLstats (222)
graph (10044)
GraphAlignment (89)
GraphAT (85)
graphite (1024)
GraphPAC (88)
GRENITS (84)
GreyListChIP (87)
GRmetrics (118)
groHMM (101)
GRridge (75)
GSALightning (74)
GSAR (148)
GSCA (81)
GSEABase (3480)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (59)
GSEAlm (141)
gsean (36)
GSReg (82)
GSRI (82)
GSVA (675)
gtrellis (136)
GUIDEseq (89)
Guitar (98)
Gviz (2770)
gwascat (216)
GWASTools (338)
gwasurvivr (9)

H

h5vc (90)
hapFabia (88)
Harman (101)
Harshlight (84)
harshlight (0)
HCsnip (45)
HDF5Array (2169)
HDTD (79)
heatmaps (154)
Heatplus (614)
HelloRanges (101)
HELP (84)
HEM (85)
hexbin (3)
hiAnnotator (98)
HIBAG (106)
HiCBricks (3)
HiCcompare (90)
hicrep (90)
hierGWAS (82)
hierinf (4)
HilbertCurve (124)
HilbertVis (262)
HilbertVisGUI (68)
hipathia (37)
hiReadsProcessor (66)
HIREewas (3)
HiTC (217)
hmdbQuery (45)
HMMcopy (159)
hopach (237)
HPAanalyze (5)
hpar (234)
HTqPCR (210)
HTSanalyzeR (154)
HTSeqGenie (54)
htseqtools (0)
htSeqTools (149)
HTSFilter (175)
HybridMTest (91)
hyperdraw (111)
hypergraph (146)

I

iASeq (75)
iasva (8)
iBBiG (131)
ibh (79)
iBMQ (70)
iCARE (82)
Icens (306)
icetea (7)
iCheck (83)
iChip (80)
iClusterPlus (152)
iCNV (37)
iCOBRA (102)
ideal (88)
ideogram (0)
IdeoViz (125)
idiogram (82)
IdMappingAnalysis (75)
IdMappingRetrieval (76)
iFlow (3)
iGC (77)
igvR (37)
IHW (497)
illuminaio (1977)
imageHTS (89)
IMAS (73)
Imetagene (74)
IMMAN (33)
ImmuneSpaceR (89)
immunoClust (84)
IMPCdata (72)
ImpulseDE (81)
ImpulseDE2 (97)
impute (5241)
INDEED (5)
InPAS (77)
INPower (75)
inSilicoDb (26)
inSilicoMerging (27)
insilicomerging (0)
INSPEcT (86)
InTAD (32)
intansv (94)
InteractionSet (233)
interactiveDisplay (260)
interactiveDisplayBase (3283)
IntEREst (80)
InterMineR (86)
IntramiRExploreR (66)
inversion (0)
inveRsion (78)
IONiseR (103)
iontree (64)
iPAC (95)
ipdDb (6)
IPO (148)
IPPD (151)
IRanges (23460)
IrisSpatialFeatures (56)
iSEE (64)
iSeq (83)
iSNetwork (0)
isobar (180)
IsoCorrectoR (4)
IsoCorrectoRGUI (1)
IsoformSwitchAnalyzeR (135)
IsoGeneGUI (86)
ISoLDE (74)
isomiRs (82)
iSPlot (0)
ITALICS (83)
iterativeBMA (92)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (85)
iterClust (70)
iteremoval (38)
IVAS (81)
ivygapSE (62)
IWTomics (69)

J

JASPAR2018 (81)
jmosaics (6)
joda (81)
JunctionSeq (134)

K

karyoploteR (297)
KCsmart (76)
kebabs (149)
KEGGgraph (2189)
KEGGlincs (84)
keggorth (0)
keggorthology (110)
KEGGprofile (207)
KEGGREST (3131)
KEGGSOAP (3)
kimod (75)
KinSwingR (3)
kissDE (39)
kmknn (34)

L

lapmix (80)
LBE (122)
ldblock (173)
LEA (269)
LedPred (77)
les (83)
levi (3)
lfa (199)
limma (17017)
limmaGUI (132)
LINC (79)
LineagePulse (39)
Linnorm (126)
LiquidAssociation (84)
lmdme (90)
LMGene (99)
LOBSTAHS (86)
loci2path (42)
logicFS (219)
logitT (82)
Logolas (118)
lol (76)
LOLA (143)
LoomExperiment (3)
LowMACA (75)
LPE (99)
LPEadj (79)
lpNet (77)
lpsymphony (555)
LRBaseDbi (5)
lumi (912)
LVSmiRNA (84)
LymphoSeq (89)

M

M3C (73)
M3D (75)
M3Drop (181)
maanova (110)
macat (80)
maCorrPlot (84)
MACPET (33)
maDB (1)
madb (0)
made4 (359)
MADSEQ (78)
maftools (822)
MAGeCKFlute (46)
maigesPack (91)
MAIT (119)
makecdfenv (197)
makePlatformDesign (1)
MANOR (80)
manta (84)
MantelCorr (78)
mAPKL (77)
maPredictDSC (83)
mapscape (73)
marray (1293)
martini (32)
maser (13)
maSigPro (267)
maskBAD (81)
MassArray (84)
massarray (0)
massiR (79)
MassSpecWavelet (846)
MAST (455)
matchBox (77)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (78)
matter (116)
MaxContrastProjection (68)
MBAmethyl (68)
MBASED (86)
MBCB (85)
mBPCR (83)
MBttest (64)
mcaGUI (80)
MCbiclust (78)
MCRestimate (86)
mCSEA (37)
mdgsa (96)
mdp (35)
mdqc (83)
MDTS (33)
MEAL (77)
MeasurementError.cor (78)
MEDIPS (142)
MEDME (75)
MEIGOR (101)
mergemaid (0)
MergeMaid (121)
Mergeomics (84)
MeSHDbi (179)
meshes (98)
meshr (116)
MeSHSim (11)
messina (74)
metaArray (107)
metaarray (0)
Metab (96)
metabomxtr (88)
MetaboSignal (82)
metaCCA (83)
MetaCyto (73)
metagene (110)
metagenomeFeatures (85)
metagenomeSeq (550)
MetaGxOvarian (11)
metahdep (76)
metaMS (110)
MetaNeighbor (39)
metaR (0)
metaSeq (90)
metaseqR (107)
metavizr (81)
metaX (6)
MetCirc (79)
methimpute (65)
methInheritSim (70)
MethPed (69)
MethTargetedNGS (74)
methVisual (87)
methyAnalysis (158)
MethylAid (91)
methylGSA (7)
methylInheritance (75)
methylKit (469)
MethylMix (123)
methylMnM (75)
methylPipe (117)
MethylSeekR (99)
methylumi (1038)
methyvim (69)
MetID (5)
MetNet (4)
mfa (78)
Mfuzz (288)
mfuzz (0)
MGFM (78)
MGFR (77)
mgsa (104)
MiChip (77)
microbiome (336)
microRNA (163)
MIGSA (79)
mimager (68)
MIMOSA (84)
MineICA (91)
minet (709)
minfi (1656)
MinimumDistance (78)
MiPP (82)
MIRA (74)
MiRaGE (83)
miRBaseConverter (78)
miRcomp (74)
mirIntegrator (83)
miRLAB (95)
miRmine (62)
miRNAmeConverter (83)
miRNApath (95)
miRNAtap (133)
miRSM (5)
miRsponge (68)
Mirsynergy (83)
missMethyl (556)
missRows (31)
mitoODE (73)
mixOmics (79)
MLInterfaces (368)
mlm4omics (6)
MLP (106)
MLSeq (130)
MMDiff (5)
MMDiff2 (78)
mmgmos (0)
mmnet (12)
MmPalateMiRNA (82)
MODA (81)
mogsa (88)
monocle (1163)
MoonlightR (88)
MoPS (75)
mosaics (140)
motifbreakR (102)
motifcounter (76)
MotifDb (325)
motifmatchr (151)
motifRG (119)
motifStack (468)
MotIV (431)
MPFE (71)
mpra (73)
MPRAnalyze (3)
mQTL.NMR (88)
msa (742)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (69)
MSGFgui (149)
MSGFplus (198)
msmsEDA (172)
msmsTests (166)
MSnbase (1357)
MSnID (198)
msPurity (82)
msQC (0)
MSstats (287)
MSstatsQC (73)
MSstatsQCgui (33)
MSstatsTMT (4)
mtbls2 (0)
MTseeker (2)
Mulcom (125)
MultiAssayExperiment (644)
multiClust (134)
MultiDataSet (108)
multiHiCcompare (4)
MultiMed (74)
multiMiR (105)
multiOmicsViz (71)
multiscan (76)
multtest (5727)
muscle (182)
MutationalPatterns (188)
MVCClass (82)
mvGST (46)
MWASTools (94)
mygene (355)
myvariant (103)
mzID (1127)
mzR (1324)

N

NADfinder (69)
NanoStringDiff (121)
NanoStringQCPro (123)
NarrowPeaks (83)
NBSplice (6)
ncdfFlow (470)
NCIgraph (87)
ndexr (76)
neaGUI (11)
NeighborNet (3)
nem (139)
netbenchmark (88)
netbiov (111)
NetCRG (0)
nethet (82)
NetPathMiner (105)
netprioR (71)
netReg (70)
netresponse (88)
NetSAM (79)
netSmooth (39)
networkBMA (89)
NGScopy (78)
nnNorm (84)
NOISeq (536)
nondetects (90)
normalize450K (71)
NormalyzerDE (7)
NormqPCR (285)
normr (79)
npGSEA (89)
NTW (75)
nucleoSim (76)
nucleR (98)
nucler (0)
nuCpos (4)
nudge (71)
NuPoP (84)

O

occugene (74)
OCplus (139)
odseq (72)
OGSA (75)
oligo (1618)
oligoClasses (1726)
OLIN (87)
OLINgui (81)
OmaDB (28)
omicade4 (104)
omiccircos (0)
OmicCircos (258)
omicplotR (34)
omicRexposome (55)
OmicsMarkeR (102)
OMICsPCA (3)
omicsPrint (36)
Onassis (61)
oncomix (63)
OncoScore (87)
OncoSimulR (92)
oneChannelGUI (48)
oneSENSE (60)
onlineFDR (6)
ontoCAT (59)
ontoProc (65)
ontoTools (0)
openCyto (230)
openPrimeR (84)
openPrimeRui (62)
OperaMate (38)
oposSOM (104)
oppar (72)
OPWeight (77)
OrderedList (232)
ORFik (45)
Organism.dplyr (191)
OrganismDbi (2128)
OSAT (96)
Oscope (84)
OTUbase (83)
OutlierD (102)
OUTRIDER (8)

P

PAA (100)
PADOG (199)
paircompviz (81)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (101)
panelcn.mops (71)
PAnnBuilder (85)
panp (100)
PANR (81)
PanVizGenerator (82)
PAPi (89)
parglms (72)
parody (141)
Path2PPI (89)
pathifier (233)
PathNet (93)
PathoStat (97)
pathprint (67)
pathRender (84)
pathVar (77)
pathview (2165)
PathwaySplice (70)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (134)
Pbase (93)
pbcmc (74)
pcaExplorer (252)
pcaGoPromoter (134)
pcaMethods (2488)
PCAN (73)
pcot2 (119)
PCpheno (79)
pcxn (65)
pdInfoBuilder (162)
pdmclass (34)
PECA (88)
PepsNMR (3)
pepStat (83)
pepXMLTab (84)
perturbatr (34)
PGA (87)
pgca (66)
PGSEA (218)
pgUtils (1)
phantasus (34)
PharmacoGx (145)
phenoDist (73)
phenopath (78)
phenoTest (124)
PhenStat (82)
philr (103)
phosphonormalizer (66)
phyloseq (2486)
Pi (83)
piano (345)
pickgene (80)
PICS (135)
Pigengene (84)
PING (79)
pint (84)
pkgDepTools (102)
plateCore (89)
plethy (75)
plgem (94)
plier (212)
plotGrouper (6)
PLPE (84)
plrs (76)
plw (77)
plyranges (69)
pmm (71)
podkat (81)
pogos (35)
polyester (155)
Polyfit (78)
POST (64)
PowerExplorer (38)
powerTCR (32)
PPInfer (82)
ppiStats (92)
pqsfinder (86)
prada (248)
prebs (76)
PREDA (90)
predictionet (52)
preprocessCore (8447)
primirTSS (4)
Prize (76)
proBAMr (88)
PROcess (163)
procoil (84)
ProCoNA (75)
proFIA (81)
profileScoreDist (68)
progeny (80)
pRoloc (252)
pRolocGUI (97)
PROMISE (80)
PROPER (99)
PROPS (65)
Prostar (113)
prot2D (82)
proteinProfiles (74)
ProteomicsAnnotationHubData (81)
ProteoMM (2)
proteoQC (87)
ProtGenerics (4212)
PSEA (79)
psichomics (105)
PSICQUIC (103)
psygenet2r (90)
puma (138)
PureCN (141)
pvac (82)
pvca (154)
Pviz (94)
PWMEnrich (141)
pwOmics (83)
pxr (0)

Q

qcmetrics (90)
QDNAseq (186)
qpcrNorm (91)
qpgraph (190)
qPLEXanalyzer (8)
qrqc (159)
qsea (76)
QSutils (4)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (89)
quantro (116)
quantsmooth (361)
QuartPAC (79)
QuasR (285)
QuaternaryProd (79)
QUBIC (119)
qusage (206)
qvalue (5114)

R

R3CPET (74)
r3Cseq (131)
R453Plus1Toolbox (86)
R4RNA (82)
RaggedExperiment (461)
rain (97)
rama (85)
ramigo (0)
RamiGO (105)
ramwas (77)
RandomWalkRestartMH (34)
randPack (82)
RankProd (385)
RareVariantVis (79)
Rariant (84)
RbcBook1 (96)
RBGL (5811)
RBioinf (89)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (151)
RBM (74)
Rbowtie (291)
Rbowtie2 (173)
rbsurv (114)
Rcade (96)
RCAS (84)
RCASPAR (76)
rcellminer (96)
rCGH (105)
Rchemcpp (90)
RchyOptimyx (89)
RcisTarget (135)
RConferoMapping (0)
Rcpi (129)
RCy3 (301)
RCyjs (88)
RCytoscape (163)
RDAVIDWebService (388)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (86)
Rdisop (281)
RDRToolbox (172)
ReactomePA (819)
readat (102)
ReadqPCR (295)
reb (75)
REBET (4)
recount (276)
recoup (76)
RedeR (164)
REDseq (119)
RefNet (76)
RefPlus (84)
regioneR (895)
regionReport (160)
regsplice (76)
REMP (88)
Repitools (252)
ReportingTools (901)
reposTools (0)
ReQON (78)
Resourcerer (1)
restfulSE (88)
rexposome (66)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (83)
rGADEM (500)
RGalaxy (88)
Rgin (32)
RGMQL (39)
RGraph2js (70)
Rgraphviz (5682)
rGREAT (134)
RGSEA (116)
rgsepd (77)
rhdf5 (6119)
rhdf5client (94)
Rhdf5lib (3888)
Rhtslib (717)
rHVDM (75)
RiboProfiling (108)
riboSeq (0)
riboSeqR (99)
RImmPort (81)
Ringo (298)
Rintact (0)
RIPSeeker (142)
Risa (90)
RITAN (72)
RIVER (77)
RJMCMCNucleosomes (74)
RLMM (78)
RMAGEML (1)
Rmagpie (82)
RMAPPER (1)
RMassBank (107)
rMAT (74)
RmiR (79)
rmir (0)
Rmmquant (8)
RNAdecay (30)
RNAinteract (77)
RNAither (83)
rnaither (0)
RNAprobR (75)
rnaseqcomp (81)
RnaSeqGeneEdgeRQL (57)
rnaSeqMap (86)
RNASeqPower (160)
RNASeqR (4)
RnaSeqSampleSize (109)
RnBeads (250)
Rnits (79)
roar (96)
ROC (836)
Roleswitch (103)
Rolexa (5)
rols (247)
roma (4)
ROntoTools (101)
ropls (351)
ROTS (157)
RPA (116)
RProtoBufLib (417)
RpsiXML (107)
rpx (291)
Rqc (124)
rqt (71)
rqubic (122)
rRDP (76)
Rredland (1)
RRHO (100)
Rsamtools (11002)
rsbml (132)
RSeqAn (31)
rSFFreader (53)
RSNPper (0)
Rsubread (1636)
RSVSim (86)
rTANDEM (183)
RTCA (88)
RTCGA (452)
RTCGAToolbox (514)
RTN (128)
RTNduals (77)
RTNsurvival (70)
RTools4TB (1)
RTopper (80)
rtracklayer (10747)
Rtreemix (83)
rTRM (91)
rTRMui (78)
runibic (78)
Ruuid (1)
RUVcorr (89)
RUVnormalize (98)
RUVSeq (645)
RVS (63)
RWebServices (3)
rWikiPathways (46)

S

S4Vectors (22663)
safe (361)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (80)
SAGx (151)
samExploreR (59)
sampleClassifier (73)
SamSPECTRAL (119)
sangerseqR (244)
SANTA (86)
sapFinder (75)
saps (4)
savR (97)
sbgr (3)
SBMLR (96)
SC3 (509)
Scale4C (61)
SCAN.UPC (283)
scater (1609)
SCBN (4)
scDD (128)
scde (360)
scFeatureFilter (33)
scfind (97)
ScISI (95)
scmap (145)
scmeth (34)
SCnorm (155)
scone (167)
Sconify (36)
scoreInvHap (63)
scPipe (100)
scran (1080)
scruff (5)
scsR (74)
scTensor (1)
SDAMS (33)
segmentSeq (123)
SELEX (81)
SemDist (77)
semisup (71)
SemSim (0)
SEPA (74)
SEPIRA (32)
seq2pathway (89)
SeqArray (242)
seqbias (92)
seqCAT (62)
seqCNA (87)
seqcombo (70)
SeqGSEA (179)
seqLogo (1048)
Seqnames (0)
seqPattern (299)
seqplots (151)
seqsetvis (34)
SeqSQC (65)
seqTools (114)
SeqVarTools (188)
sesame (14)
sevenbridges (107)
sevenC (31)
SGSeq (148)
shinyMethyl (156)
shinyTANDEM (86)
ShortRead (4315)
shortread (0)
SIAMCAT (35)
SICtools (45)
sidap (0)
sigaR (92)
SigCheck (78)
sigFeature (11)
SigFuge (75)
siggenes (1772)
sights (77)
signeR (107)
signet (40)
sigPathway (148)
sigsquared (72)
SIM (82)
SIMAT (84)
SimBindProfiles (73)
SIMD (4)
similaRpeak (80)
SIMLR (178)
simpleaffy (766)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (80)
sincell (107)
SingleCellExperiment (1492)
singleCellTK (50)
singscore (35)
SISPA (71)
sizepower (94)
SJava (4)
skewr (70)
slalom (77)
SLGI (80)
slingshot (35)
slinky (7)
SLqPCR (95)
SMAP (72)
SMITE (84)
SNAData (0)
SNAGEE (78)
snapCGH (97)
snm (157)
snpAssoc (0)
SNPchip (249)
SNPediaR (91)
SNPhood (81)
snpMatrix (6)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (770)
snpStats (1122)
soGGi (93)
SomatiCA (10)
SomaticSignatures (233)
SpacePAC (81)
spade (22)
sparseDOSSA (69)
sparsenetgls (5)
SparseSignatures (38)
specL (87)
SpeCond (119)
SPEM (91)
SPIA (525)
SpidermiR (111)
spikeLI (72)
spkTools (81)
splatter (202)
splicegear (78)
spliceR (131)
spliceSites (81)
SplicingGraphs (126)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (81)
SPLINTER (72)
splots (219)
SPONGE (64)
spotSegmentation (83)
SQUADD (77)
SRAdb (513)
sRAP (80)
SRGnet (68)
srnadiff (34)
sscore (81)
sscu (74)
sSeq (135)
ssize (112)
SSPA (273)
ssviz (77)
stageR (81)
stam (0)
STAN (86)
staRank (75)
StarBioTrek (78)
Starr (83)
STATegRa (89)
statTarget (119)
stepNorm (82)
stepwiseCM (12)
strandCheckR (5)
Streamer (80)
STRINGdb (438)
STROMA4 (70)
subSeq (97)
SummarizedBenchmark (37)
SummarizedExperiment (14315)
supraHex (377)
survcomp (518)
Sushi (292)
sva (3609)
SVAPLSseq (71)
SVM2CRM (72)
SWATH2stats (106)
SwathXtend (72)
swfdr (67)
SwimR (72)
switchBox (91)
switchde (82)
synapter (161)
synergyfinder (124)
synlet (72)
systemPipeR (733)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (94)
TargetSearch (84)
targetsearch (0)
TarSeqQC (86)
TCC (199)
TCGAbiolinks (1229)
TCGAbiolinksGUI (196)
TCGAutils (95)
TCseq (102)
TDARACNE (86)
tdaracne (0)
tenXplore (60)
TEQC (108)
ternarynet (71)
TFARM (62)
TFBSTools (424)
TFEA.ChIP (37)
TFHAZ (61)
TFutils (42)
tiger (0)
tigre (86)
tilingArray (118)
timecourse (117)
TimerQuant (0)
timescape (78)
TimeSeriesExperiment (3)
TIN (73)
TissueEnrich (48)
TitanCNA (118)
tkWidgets (594)
TMixClust (79)
TnT (71)
tofsims (78)
ToPASeq (71)
topdownr (66)
topGO (2343)
topicmodels (0)
TPP (103)
tracktables (92)
trackViewer (210)
transcriptogramer (67)
transcriptR (79)
transite (3)
tRanslatome (78)
TransView (81)
traseR (79)
treeio (1175)
trena (57)
TReNA (27)
Trendy (43)
triform (73)
trigger (77)
trio (103)
triplex (87)
tRNA (4)
tRNAdbImport (3)
tRNAscanImport (31)
TRONCO (113)
TSCAN (184)
tspair (92)
TSRchitect (82)
TSSi (77)
TTMap (32)
TurboNorm (79)
TVTB (75)
tweeDEseq (108)
twilight (227)
twoddpcr (77)
tximeta (8)
tximport (2370)
TxRegInfra (29)
TypeInfo (75)

U

Ularcirc (7)
UNDO (79)
unifiedWMWqPCR (75)
UniProt.ws (268)
Uniquorn (71)
universalmotif (4)
uSORT (72)

V

VanillaICE (111)
variancePartition (149)
VariantAnnotation (5114)
VariantFiltering (114)
VariantTools (130)
vbmp (127)
Vega (74)
VegaMC (75)
vidger (48)
viper (190)
virtualArray (10)
vsn (2929)
vtpnet (70)
vulcan (62)

W

wateRmelon (558)
wavClusteR (85)
waveTiling (80)
weaver (109)
webbioc (85)
widgetInvoke (0)
widgetTools (609)
wiggleplotr (81)
Wrench (3)

X

XBSeq (88)
xcms (1016)
XDE (75)
XINA (5)
xmapbridge (76)
xmapcore (1)
xps (86)
XVector (16543)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (84)
YAPSA (91)
yaqcaffy (106)
yarn (86)

Z

zFPKM (81)
zinbwave (271)
zlibbioc (18568)