See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-10-12 07:32:28 -0400 (Fri, 12 Oct 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (31481)
2BiocGenerics (26014)
3IRanges (22940)
4S4Vectors (22450)
5Biobase (21625)
6AnnotationDbi (18904)
7zlibbioc (17839)
8GenomicRanges (17244)
9limma (16471)
10XVector (15818)
11GenomeInfoDb (14727)
12BiocParallel (14417)
13SummarizedExperiment (14007)
14Biostrings (13981)
15DelayedArray (12109)
16annotate (11666)
17biomaRt (10652)
18rtracklayer (10596)
19GenomicAlignments (10564)
20Rsamtools (10465)
21genefilter (10402)
22graph (9306)
23edgeR (9082)
24GenomicFeatures (8915)
25preprocessCore (8051)
26DESeq2 (7986)
27geneplotter (7760)
28affy (6226)
29affyio (5934)
30BSgenome (5897)
31rhdf5 (5784)
32RBGL (5554)
33multtest (5470)
34Rgraphviz (5420)
35impute (5022)
36VariantAnnotation (4939)
37qvalue (4805)
38GEOquery (4464)
39ShortRead (4214)
40ProtGenerics (3964)
41ensembldb (3934)
42AnnotationHub (3895)
43interactiveDisplayBase (3426)
44GSEABase (3403)
45biovizBase (3349)
46sva (3333)
47DESeq (3326)
48AnnotationFilter (3136)
49GOSemSim (3042)
50fgsea (2995)
51DOSE (2945)
52KEGGREST (2921)
53clusterProfiler (2828)
54vsn (2814)
55Rhdf5lib (2751)
56Gviz (2686)
57ComplexHeatmap (2580)
58pcaMethods (2403)
59AnnotationForge (2403)
60Category (2378)
61phyloseq (2321)
62topGO (2281)
63DNAcopy (2279)
64tximport (2256)
65OrganismDbi (2182)
66GOstats (2161)
67EBImage (2117)
68pathview (2100)
69BiocStyle (2043)
70KEGGgraph (2030)
71biomformat (1942)
72aroma.light (1934)
73illuminaio (1883)
74ggbio (1833)
75HDF5Array (1831)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (119)
a4Base (139)
a4Classif (114)
a4Core (161)
a4Preproc (157)
a4Reporting (115)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (104)
ABarray (114)
ABSSeq (116)
acde (103)
ACE (2)
aCGH (178)
ACME (123)
ADaCGH2 (99)
adaptest (28)
adSplit (101)
affxparser (1500)
affy (6226)
affycomp (164)
AffyCompatible (108)
affyContam (102)
affycoretools (457)
affydata (0)
AffyExpress (106)
affyILM (97)
affyio (5934)
affylmGUI (160)
affyPara (106)
affypdnn (130)
affyPLM (1218)
affyqcreport (0)
affyQCReport (303)
AffyRNADegradation (98)
AffyTiling (11)
AGDEX (95)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (166)
AgiMicroRna (138)
agimicrorna (0)
AIMS (236)
ALDEx2 (187)
AllelicImbalance (107)
alpine (103)
alsace (100)
altcdfenvs (109)
AMOUNTAIN (91)
amplican (77)
ampliQueso (90)
AnalysisPageServer (88)
anamiR (96)
Anaquin (90)
AneuFinder (110)
ANF (67)
annaffy (501)
AnnBuilder (0)
annmap (82)
annotate (11666)
AnnotationDbi (18904)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3136)
AnnotationForge (2403)
AnnotationFuncs (133)
AnnotationHub (3895)
AnnotationHubData (128)
annotationTools (143)
annotatr (192)
anota (103)
anota2seq (73)
antiProfiles (93)
apcluster (0)
apComplex (110)
apcomplex (0)
apeglm (489)
applera (0)
appreci8R (2)
aroma.light (1934)
ArrayExpress (446)
ArrayExpressHTS (60)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (91)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (125)
arrayQualityMetrics (452)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (145)
ArrayTV (99)
ARRmNormalization (93)
ASAFE (78)
ASEB (93)
ASGSCA (94)
ASICS (27)
asmn (1)
ASpli (119)
ASSET (103)
ASSIGN (93)
ATACseqQC (203)
AtlasRDF (46)
attract (91)
AUCell (184)

B

BaalChIP (85)
BAC (90)
bacon (102)
BADER (93)
BadRegionFinder (84)
BAGS (88)
ballgown (856)
bamsignals (181)
banocc (75)
basecallQC (82)
BaseSpaceR (118)
Basic4Cseq (101)
BASiCS (115)
BasicSTARRseq (85)
BatchQC (142)
BayesKnockdown (78)
BayesPeak (138)
baySeq (501)
BBCAnalyzer (86)
BCRANK (111)
bcSeq (34)
beachmat (1051)
beadarray (628)
beadarraySNP (108)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (601)
BeadExplorer (0)
BEARscc (29)
BEAT (89)
BEclear (90)
betr (20)
bgafun (89)
BgeeDB (124)
BGmix (52)
bgx (87)
BHC (153)
BicARE (145)
BiFET (28)
BiGGR (102)
BigMatrix (0)
bigmelon (85)
bigmemoryExtras (79)
bim (0)
bioassayR (113)
biobase (0)
Biobase (21625)
biobroom (198)
bioCancer (94)
BiocCaseStudies (94)
BiocCheck (406)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (370)
BiocGenerics (26014)
biocGraph (230)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (31481)
biocLite (0)
BiocNeighbors (0)
BiocOncoTK (29)
Bioconductor (0)
BioCor (86)
BiocParallel (14417)
BiocPkgTools (1)
BiocSklearn (64)
BiocStyle (2043)
BiocVersion (396)
biocViews (1157)
BiocWorkflowTools (104)
bioDist (273)
biomaRt (10652)
BioMedR (57)
biomformat (1942)
BioMVCClass (87)
biomvRCNS (88)
BioNet (302)
bionet (0)
BioNetStat (28)
BioQC (93)
BioSeqClass (105)
biosigner (97)
biostrings (0)
Biostrings (13981)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (90)
biotmle (85)
biovizBase (3349)
BiRewire (124)
birta (95)
birte (86)
BiSeq (171)
BitSeq (181)
blima (91)
BLMA (82)
bnbc (65)
BPRMeth (83)
BRAIN (180)
brainImageR (2)
BrainStars (89)
branchpointer (76)
breakpointR (0)
bridge (90)
BridgeDbR (109)
BrowserViz (92)
BrowserVizDemo (55)
BSgenome (5897)
bsseq (746)
BubbleTree (94)
BufferedMatrix (99)
BufferedMatrixMethods (94)
BUMHMM (76)
bumphunter (1666)
BUS (86)
BUScorrect (2)
BuxcoR (0)

C

CAFE (85)
CAGEfightR (28)
CAGEr (128)
CALIB (100)
CAMERA (429)
CAMTHC (5)
canceR (93)
cancerclass (93)
CancerInSilico (79)
CancerMutationAnalysis (99)
CancerSubtypes (141)
CAnD (84)
caOmicsV (83)
Cardinal (134)
casper (90)
CATALYST (107)
Category (2378)
categoryCompare (87)
CausalR (95)
cbaf (64)
ccfindR (25)
ccmap (98)
CCPROMISE (79)
ccrepe (100)
celaref (2)
cellbaseR (78)
cellGrowth (94)
cellHTS (10)
cellHTS2 (217)
cellity (95)
CellMapper (78)
CellNOptR (135)
cellscape (91)
CellScore (26)
CellTrails (4)
cellTree (113)
CEMiTool (117)
CexoR (85)
CFAssay (91)
CGEN (105)
CGHbase (216)
CGHcall (194)
cghMCR (136)
CGHnormaliter (87)
CGHregions (105)
ChAMP (412)
CHARGE (27)
charm (102)
ChemmineOB (195)
ChemmineR (430)
chemminer (0)
ChIC (20)
Chicago (102)
chimera (122)
chimeraviz (121)
ChIPanalyser (64)
ChIPComp (97)
chipenrich (116)
ChIPexoQual (80)
ChIPpeakAnno (794)
ChIPQC (215)
ChIPseeker (862)
chipseq (414)
ChIPseqR (140)
ChIPSeqSpike (33)
ChIPsim (133)
ChIPXpress (71)
chopsticks (236)
chroGPS (88)
chromDraw (91)
ChromHeatMap (101)
ChromoViz (0)
chromPlot (112)
chromstaR (91)
chromswitch (66)
chromVAR (98)
CHRONOS (88)
CINdex (76)
cisPath (93)
ClassifyR (103)
cleanUpdTSeq (91)
cleaver (197)
clippda (95)
clipper (139)
Clomial (88)
Clonality (92)
clonotypeR (90)
clst (94)
clstutils (86)
clustComp (85)
clusterExperiment (233)
ClusterJudge (61)
clusterProfiler (2828)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (92)
clusterStab (136)
CMA (152)
cn.farms (92)
cn.mops (203)
CNAnorm (104)
cnanorm (0)
CNEr (388)
CNORdt (93)
CNORfeeder (90)
CNORfuzzy (90)
CNORode (112)
CNPBayes (83)
CNTools (244)
cnvGSA (88)
CNVPanelizer (101)
CNVrd2 (93)
CNVtools (106)
cnvtools (0)
cobindR (86)
CoCiteStats (94)
codelink (103)
CODEX (143)
coexnet (73)
CoGAPS (103)
cogena (125)
coGPS (85)
COHCAP (105)
coMET (117)
COMPASS (106)
compcodeR (102)
compEpiTools (106)
CompGO (103)
ComplexHeatmap (2580)
condcomp (3)
CONFESS (77)
consensus (1)
ConsensusClusterPlus (1515)
consensusOV (71)
consensusSeekeR (84)
contiBAIT (77)
conumee (116)
convert (198)
copa (94)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (241)
CopyNumber450k (6)
CopywriteR (124)
coRdon (2)
CoRegNet (107)
Cormotif (87)
CorMut (89)
coRNAi (38)
CORREP (88)
coseq (93)
cosmiq (96)
cosmo (4)
cosmoGUI (1)
COSNet (88)
CountClust (114)
covEB (75)
CoverageView (109)
covRNA (77)
cpvSNP (87)
cqn (187)
CRImage (116)
CRISPRseek (132)
crisprseekplus (82)
CrispRVariants (113)
crlmm (191)
crossmeta (97)
CSAR (139)
csaw (246)
CSSP (88)
ctc (334)
CTDquerier (26)
ctsGE (92)
cummeRbund (955)
cummerbund (0)
customProDB (128)
CVE (86)
cycle (93)
cydar (93)
CytoDx (25)
cytofkit (330)
cytolib (344)
CytoML (101)

D

dada2 (817)
dagLogo (84)
daMA (86)
DaMiRseq (87)
DAPAR (127)
DART (96)
DASC (34)
DASiR (5)
DAVIDQuery (6)
DBChIP (127)
dcGSA (75)
DChIPRep (88)
ddCt (147)
ddgraph (56)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (29)
debrowser (129)
DECIPHER (576)
DEComplexDisease (29)
DeconRNASeq (123)
decontam (33)
DEDS (119)
DeepBlueR (96)
deepSNV (123)
DEFormats (206)
DEGraph (89)
DEGreport (168)
DEGseq (300)
DelayedArray (12109)
DelayedMatrixStats (825)
deltaGseg (81)
DeMAND (91)
DEP (117)
DEqMS (2)
derfinder (328)
derfinderHelper (295)
derfinderPlot (127)
DEScan2 (25)
deseq (0)
DESeq (3326)
DESeq2 (7986)
DEsingle (34)
destiny (772)
DEsubs (92)
DEXSeq (661)
dexus (92)
DFP (87)
DiffBind (594)
diffcoexp (28)
diffcyt (35)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (81)
diffHic (117)
DiffLogo (88)
diffloop (109)
diffuStats (70)
diggit (87)
Director (80)
DirichletMultinomial (412)
discordant (80)
dks (82)
DMCHMM (66)
DMRcaller (102)
DMRcate (482)
DMRforPairs (89)
DMRScan (75)
dmrseq (43)
DNABarcodes (118)
DNAcopy (2279)
DNaseR (1)
DNAshapeR (103)
domainsignatures (80)
DominoEffect (28)
doppelgangR (80)
DOQTL (111)
Doscheda (61)
DOSE (2945)
drawProteins (45)
DRIMSeq (143)
DriverNet (102)
DropletUtils (148)
DrugVsDisease (84)
dSimer (77)
DSS (554)
DTA (83)
dualKS (85)
DupChecker (81)
dupRadar (949)
dyebias (90)
DynDoc (587)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (144)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (179)
EBarrays (161)
EBcoexpress (92)
EBImage (2117)
EBSEA (77)
EBSeq (525)
EBSeqHMM (111)
ecolitk (89)
EDASeq (1681)
edd (1)
EDDA (90)
edge (143)
edger (0)
edgeR (9082)
eegc (78)
EGAD (93)
EGSEA (190)
eiR (65)
eisa (107)
ELBOW (84)
ELMER (287)
EMDomics (85)
EmpiricalBrownsMethod (103)
ENCODExplorer (107)
EnhancedVolcano (2)
ENmix (125)
EnrichedHeatmap (161)
EnrichmentBrowser (265)
enrichplot (910)
ensembldb (3934)
ensemblVEP (141)
ENVISIONQuery (81)
EpiCluster (0)
EpiDISH (79)
epigenomix (97)
epiNEM (73)
epivizr (117)
epivizrChart (61)
epivizrData (113)
epivizrServer (109)
epivizrStandalone (89)
erccdashboard (113)
erma (222)
ERSSA (0)
esATAC (146)
esetVis (85)
eudysbiome (76)
EventPointer (83)
EWCE (17)
ExiMiR (90)
exomeCopy (256)
exomecopy (0)
exomePeak (124)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (286)
ExperimentHubData (85)
explorase (72)
ExpressionAtlas (98)
ExpressionView (85)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (172)
facopy (79)
factDesign (94)
FamAgg (92)
farms (104)
fastLiquidAssociation (83)
FastqCleaner (5)
fastseg (361)
fbat (0)
fCCAC (76)
fCI (81)
fdrame (87)
FELLA (26)
FEM (343)
ffpe (99)
FGNet (153)
fgsea (2995)
FindMyFriends (111)
FISHalyseR (85)
FitHiC (101)
flagme (91)
flipflop (96)
flowAI (141)
flowBeads (83)
flowBin (83)
flowcatchR (84)
flowCHIC (84)
flowCL (134)
flowClean (127)
flowClust (300)
flowCore (1326)
flowCyBar (86)
flowDensity (147)
flowFit (85)
flowFlowJo (3)
flowFP (109)
flowMap (88)
flowMatch (86)
flowMeans (195)
flowMerge (127)
flowPeaks (138)
flowPhyto (3)
flowPloidy (85)
flowPlots (86)
flowq (0)
flowQ (102)
flowQB (86)
FlowRepositoryR (92)
FlowSOM (435)
flowStats (315)
flowTime (70)
flowTrans (107)
flowType (108)
flowUtils (468)
flowViz (607)
flowVS (86)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (542)
fmcsR (175)
focalCall (84)
FoldGO (0)
FourCSeq (103)
FRGEpistasis (89)
frma (226)
frmaTools (102)
FunChIP (74)
FunciSNP (97)
funtooNorm (68)

G

GA4GHclient (76)
GA4GHshiny (69)
gaga (92)
gage (911)
gaggle (84)
gaia (184)
GAprediction (70)
garfield (75)
GARS (24)
GateFinder (27)
gaucho (75)
gcapc (79)
gcatest (80)
gCMAP (69)
gCMAPWeb (51)
gCrisprTools (79)
gcrma (1657)
GDCRNATools (83)
GDSArray (25)
gdsfmt (877)
geecc (77)
GEM (80)
genArise (91)
genbankr (148)
GENE.E (25)
gene2pathway (2)
GeneAccord (2)
GeneAnswers (148)
geneAttribution (74)
GeneBreak (81)
geneClassifiers (69)
GeneExpressionSignature (94)
genefilter (10402)
genefu (252)
GeneGA (71)
GeneGeneInteR (84)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (117)
GeneNetworkBuilder (97)
GeneOverlap (164)
geneplast (77)
geneplotter (7760)
GeneR (1)
geneRecommender (88)
GeneRegionScan (83)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (77)
GeneSelectMMD (92)
GeneSelector (117)
GENESIS (157)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (24)
geNetClassifier (119)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (107)
GeneticsPed (141)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (78)
GENIE3 (222)
genoCN (86)
GenoGAM (85)
genomation (316)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (238)
GenomeInfoDb (14727)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (290)
genomeintervals (0)
genomes (104)
GenomicAlignments (10564)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (278)
GenomicFeatures (8915)
GenomicFiles (638)
GenomicInteractions (148)
GenomicRanges (17244)
GenomicScores (245)
GenomicTuples (85)
Genominator (98)
genoset (206)
genotypeeval (82)
GenoView (5)
genphen (71)
GenRank (80)
GenVisR (289)
GEOmetadb (249)
GEOquery (4464)
GEOsearch (47)
GEOsubmission (87)
gep2pep (28)
gespeR (100)
GEWIST (77)
gff3Plotter (0)
GGBase (139)
ggbio (1833)
ggcyto (325)
GGtools (133)
ggtree (1334)
GIGSEA (3)
girafe (134)
GISPA (71)
GLAD (207)
Glimma (653)
GlobalAncova (227)
globalSeq (79)
globaltest (654)
gmapR (89)
GMRP (65)
goCluster (0)
GOexpress (151)
GOfuncR (35)
GOFunction (102)
GoogleGenomics (91)
GOpro (86)
goProfiles (137)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3042)
goseq (963)
GOSim (135)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2161)
GOsummaries (142)
GOTHiC (109)
goTools (120)
gotools (0)
gpls (163)
gprege (79)
gQTLBase (211)
gQTLstats (213)
graph (9306)
GraphAlignment (91)
GraphAT (85)
graphite (904)
GraphPAC (90)
GRENITS (85)
GreyListChIP (89)
GRmetrics (115)
groHMM (103)
GRridge (75)
GSALightning (74)
GSAR (152)
GSCA (81)
GSEABase (3403)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (48)
GSEAlm (140)
gsean (27)
GSReg (82)
GSRI (83)
GSVA (629)
gtrellis (135)
GUIDEseq (89)
Guitar (97)
Gviz (2686)
gwascat (205)
GWASTools (321)
gwasurvivr (5)

H

h5vc (90)
hapFabia (89)
Harman (93)
Harshlight (85)
harshlight (0)
HCsnip (55)
HDF5Array (1831)
HDTD (80)
heatmaps (144)
Heatplus (615)
HelloRanges (100)
HELP (85)
HEM (85)
hexbin (3)
hiAnnotator (97)
HIBAG (106)
HiCcompare (78)
hicrep (86)
hierGWAS (82)
hierinf (1)
HilbertCurve (124)
HilbertVis (276)
HilbertVisGUI (71)
hipathia (25)
hiReadsProcessor (67)
HiTC (216)
hmdbQuery (32)
HMMcopy (157)
hopach (227)
HPAanalyze (2)
hpar (222)
HTqPCR (209)
HTSanalyzeR (151)
HTSeqGenie (56)
htseqtools (0)
htSeqTools (149)
HTSFilter (171)
HybridMTest (92)
hyperdraw (113)
hypergraph (147)

I

iASeq (77)
iasva (4)
iBBiG (133)
ibh (80)
iBMQ (72)
iCARE (81)
Icens (310)
icetea (4)
iCheck (86)
iChip (81)
iClusterPlus (150)
iCNV (26)
iCOBRA (94)
ideal (86)
ideogram (0)
IdeoViz (122)
idiogram (82)
IdMappingAnalysis (76)
IdMappingRetrieval (77)
iFlow (3)
iGC (79)
igvR (26)
IHW (463)
illuminaio (1883)
imageHTS (92)
IMAS (73)
Imetagene (76)
IMMAN (23)
ImmuneSpaceR (90)
immunoClust (85)
IMPCdata (74)
ImpulseDE (81)
ImpulseDE2 (90)
impute (5022)
INDEED (1)
InPAS (79)
INPower (76)
inSilicoDb (29)
inSilicoMerging (29)
insilicomerging (0)
INSPEcT (86)
InTAD (23)
intansv (97)
InteractionSet (210)
interactiveDisplay (260)
interactiveDisplayBase (3426)
IntEREst (79)
InterMineR (73)
IntramiRExploreR (59)
inversion (0)
inveRsion (79)
IONiseR (107)
iontree (73)
iPAC (97)
ipdDb (3)
IPO (149)
IPPD (150)
IRanges (22940)
IrisSpatialFeatures (53)
iSEE (42)
iSeq (85)
iSNetwork (0)
isobar (180)
IsoformSwitchAnalyzeR (115)
IsoGeneGUI (85)
ISoLDE (75)
isomiRs (82)
iSPlot (0)
ITALICS (85)
iterativeBMA (91)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (86)
iterClust (64)
iteremoval (28)
IVAS (81)
ivygapSE (55)
IWTomics (68)

J

JASPAR2018 (82)
jmosaics (7)
joda (82)
JunctionSeq (137)

K

karyoploteR (266)
KCsmart (78)
kebabs (150)
KEGGgraph (2030)
KEGGlincs (83)
keggorth (0)
keggorthology (110)
KEGGprofile (201)
KEGGREST (2921)
KEGGSOAP (3)
kimod (75)
kissDE (29)
kmknn (31)

L

lapmix (81)
LBE (125)
ldblock (183)
LEA (269)
LedPred (76)
les (85)
lfa (203)
limma (16471)
limmaGUI (135)
LINC (79)
LineagePulse (30)
Linnorm (125)
LiquidAssociation (84)
lmdme (89)
LMGene (99)
LOBSTAHS (87)
loci2path (33)
logicFS (218)
logitT (82)
Logolas (116)
lol (77)
LOLA (142)
LowMACA (78)
LPE (101)
LPEadj (80)
lpNet (78)
lpsymphony (517)
LRBaseDbi (2)
lumi (896)
LVSmiRNA (84)
LymphoSeq (90)

M

M3C (63)
M3D (77)
M3Drop (169)
maanova (111)
macat (81)
maCorrPlot (85)
MACPET (24)
maDB (1)
madb (0)
made4 (353)
MADSEQ (79)
maftools (739)
MAGeCKFlute (32)
maigesPack (91)
MAIT (121)
makecdfenv (205)
makePlatformDesign (1)
MANOR (83)
manta (85)
MantelCorr (81)
mAPKL (78)
maPredictDSC (84)
mapscape (72)
marray (1246)
martini (22)
maser (7)
maSigPro (266)
maskBAD (81)
MassArray (85)
massarray (0)
massiR (81)
MassSpecWavelet (811)
MAST (448)
matchBox (77)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (80)
matter (118)
MaxContrastProjection (67)
MBAmethyl (70)
MBASED (85)
MBCB (86)
mBPCR (84)
MBttest (64)
mcaGUI (82)
MCbiclust (78)
MCRestimate (86)
mCSEA (28)
mdgsa (96)
mdp (25)
mdqc (85)
MDTS (24)
MEAL (79)
MeasurementError.cor (79)
MEDIPS (143)
MEDME (78)
MEIGOR (101)
mergemaid (0)
MergeMaid (124)
Mergeomics (83)
MeSHDbi (176)
meshes (93)
meshr (117)
MeSHSim (19)
messina (77)
metaArray (111)
metaarray (0)
Metab (96)
metabomxtr (90)
MetaboSignal (82)
metaCCA (83)
MetaCyto (65)
metagene (111)
metagenomeFeatures (86)
metagenomeSeq (552)
MetaGxOvarian (10)
metahdep (77)
metaMS (109)
MetaNeighbor (28)
metaR (0)
metaSeq (92)
metaseqR (108)
metavizr (81)
metaX (8)
MetCirc (80)
methimpute (59)
methInheritSim (65)
MethPed (70)
MethTargetedNGS (74)
methVisual (87)
methyAnalysis (162)
MethylAid (94)
methylGSA (3)
methylInheritance (74)
methylKit (394)
MethylMix (118)
methylMnM (77)
methylPipe (118)
MethylSeekR (99)
methylumi (1012)
methyvim (63)
MetID (2)
MetNet (2)
mfa (71)
Mfuzz (284)
mfuzz (0)
MGFM (80)
MGFR (77)
mgsa (105)
MiChip (78)
microbiome (269)
microRNA (163)
MIGSA (78)
mimager (67)
MIMOSA (85)
MineICA (90)
minet (722)
minfi (1612)
MinimumDistance (80)
MiPP (84)
MIRA (65)
MiRaGE (84)
miRBaseConverter (70)
miRcomp (75)
mirIntegrator (82)
miRLAB (96)
miRmine (56)
miRNAmeConverter (83)
miRNApath (96)
miRNAtap (133)
miRSM (1)
miRsponge (62)
Mirsynergy (84)
missMethyl (524)
missRows (22)
mitoODE (74)
MLInterfaces (358)
mlm4omics (3)
MLP (99)
MLSeq (126)
MMDiff (7)
MMDiff2 (77)
mmgmos (0)
mmnet (20)
MmPalateMiRNA (83)
MODA (82)
mogsa (89)
monocle (1078)
MoonlightR (87)
MoPS (77)
mosaics (143)
motifbreakR (102)
motifcounter (74)
MotifDb (316)
motifmatchr (117)
motifRG (119)
motifStack (445)
MotIV (406)
MPFE (73)
mpra (65)
mQTL.NMR (91)
msa (736)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (68)
MSGFgui (149)
MSGFplus (193)
msmsEDA (173)
msmsTests (167)
MSnbase (1286)
MSnID (189)
msPurity (82)
msQC (0)
MSstats (281)
MSstatsQC (67)
MSstatsQCgui (23)
mtbls2 (0)
Mulcom (126)
MultiAssayExperiment (561)
multiClust (130)
MultiDataSet (104)
multiHiCcompare (1)
MultiMed (75)
multiMiR (96)
multiOmicsViz (70)
multiscan (78)
multtest (5470)
muscle (177)
MutationalPatterns (178)
MVCClass (83)
mvGST (58)
MWASTools (93)
mygene (354)
myvariant (102)
mzID (1087)
mzR (1296)

N

NADfinder (68)
NanoStringDiff (120)
NanoStringQCPro (119)
NarrowPeaks (83)
NBSplice (2)
ncdfFlow (467)
NCIgraph (90)
ndexr (69)
neaGUI (12)
nem (144)
netbenchmark (89)
netbiov (110)
NetCRG (0)
nethet (83)
NetPathMiner (105)
netprioR (71)
netReg (70)
netresponse (89)
NetSAM (80)
netSmooth (27)
networkBMA (91)
NGScopy (79)
nnNorm (85)
NOISeq (528)
nondetects (90)
normalize450K (72)
NormalyzerDE (1)
NormqPCR (276)
normr (79)
npGSEA (89)
NTW (78)
nucleoSim (77)
nucleR (99)
nucler (0)
nuCpos (1)
nudge (76)
NuPoP (84)

O

occugene (76)
OCplus (138)
odseq (73)
OGSA (76)
oligo (1558)
oligoClasses (1646)
OLIN (87)
OLINgui (82)
OmaDB (19)
omicade4 (105)
omiccircos (0)
OmicCircos (265)
omicplotR (25)
omicRexposome (45)
OmicsMarkeR (101)
omicsPrint (27)
Onassis (53)
oncomix (56)
OncoScore (90)
OncoSimulR (93)
oneChannelGUI (59)
oneSENSE (55)
onlineFDR (2)
ontoCAT (72)
ontoProc (58)
ontoTools (0)
openCyto (228)
openPrimeR (74)
openPrimeRui (55)
OperaMate (48)
oposSOM (103)
oppar (71)
OPWeight (69)
OrderedList (243)
ORFik (32)
Organism.dplyr (180)
OrganismDbi (2182)
OSAT (94)
Oscope (87)
OTUbase (84)
OutlierD (98)
OUTRIDER (3)

P

PAA (99)
PADOG (192)
paircompviz (84)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (98)
panelcn.mops (65)
PAnnBuilder (92)
panp (100)
PANR (82)
PanVizGenerator (81)
PAPi (90)
parglms (73)
parody (145)
Path2PPI (90)
pathifier (232)
PathNet (96)
PathoStat (98)
pathprint (67)
pathRender (85)
pathVar (77)
pathview (2100)
PathwaySplice (62)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (135)
Pbase (96)
pbcmc (79)
pcaExplorer (247)
pcaGoPromoter (134)
pcaMethods (2403)
PCAN (74)
pcot2 (121)
PCpheno (80)
pcxn (59)
pdInfoBuilder (165)
pdmclass (43)
PECA (89)
pepStat (84)
pepXMLTab (86)
perturbatr (25)
PGA (89)
pgca (66)
PGSEA (212)
pgUtils (1)
phantasus (24)
PharmacoGx (139)
phenoDist (77)
phenopath (72)
phenoTest (121)
PhenStat (83)
philr (98)
phosphonormalizer (67)
phyloseq (2321)
Pi (83)
piano (332)
pickgene (81)
PICS (134)
Pigengene (82)
PING (80)
pint (85)
pkgDepTools (105)
plateCore (89)
plethy (77)
plgem (95)
plier (208)
plotGrouper (2)
PLPE (85)
plrs (76)
plw (79)
plyranges (45)
pmm (71)
podkat (82)
pogos (26)
polyester (153)
Polyfit (79)
POST (64)
PowerExplorer (28)
powerTCR (24)
PPInfer (80)
ppiStats (92)
pqsfinder (85)
prada (243)
prebs (78)
PREDA (89)
predictionet (52)
preprocessCore (8051)
primirTSS (1)
Prize (77)
proBAMr (89)
PROcess (166)
procoil (85)
ProCoNA (78)
proFIA (82)
profileScoreDist (69)
progeny (70)
pRoloc (242)
pRolocGUI (97)
PROMISE (82)
PROPER (99)
PROPS (57)
Prostar (113)
prot2D (83)
proteinProfiles (76)
ProteomicsAnnotationHubData (83)
proteoQC (92)
ProtGenerics (3964)
PSEA (79)
psichomics (98)
PSICQUIC (106)
psygenet2r (90)
puma (137)
PureCN (140)
pvac (83)
pvca (148)
Pviz (95)
PWMEnrich (137)
pwOmics (83)
pxr (0)

Q

qcmetrics (89)
QDNAseq (177)
qpcrNorm (93)
qpgraph (195)
qPLEXanalyzer (4)
qrqc (157)
qsea (76)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (92)
quantro (114)
quantsmooth (350)
QuartPAC (79)
QuasR (285)
QuaternaryProd (77)
QUBIC (117)
qusage (193)
qvalue (4805)

R

R3CPET (75)
r3Cseq (131)
R453Plus1Toolbox (86)
R4RNA (82)
RaggedExperiment (405)
rain (98)
rama (87)
ramigo (0)
RamiGO (112)
ramwas (75)
RandomWalkRestartMH (25)
randPack (82)
RankProd (381)
RareVariantVis (79)
Rariant (85)
RbcBook1 (97)
RBGL (5554)
RBioinf (89)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (153)
RBM (74)
Rbowtie (290)
Rbowtie2 (143)
rbsurv (111)
Rcade (92)
RCAS (83)
RCASPAR (77)
rcellminer (97)
rCGH (103)
Rchemcpp (91)
RchyOptimyx (92)
RcisTarget (89)
RConferoMapping (0)
Rcpi (128)
RCy3 (256)
RCyjs (86)
RCytoscape (198)
RDAVIDWebService (379)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (86)
Rdisop (271)
RDRToolbox (179)
ReactomePA (765)
readat (100)
ReadqPCR (285)
reb (76)
REBET (1)
recount (264)
recoup (76)
RedeR (165)
REDseq (120)
RefNet (77)
RefPlus (86)
regioneR (832)
regionReport (158)
regsplice (76)
REMP (89)
Repitools (247)
ReportingTools (862)
reposTools (0)
ReQON (77)
Resourcerer (1)
restfulSE (77)
rexposome (58)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (84)
rGADEM (475)
RGalaxy (89)
Rgin (23)
RGMQL (29)
RGraph2js (72)
Rgraphviz (5420)
rGREAT (130)
RGSEA (115)
rgsepd (78)
rhdf5 (5784)
rhdf5client (83)
Rhdf5lib (2751)
Rhtslib (622)
rHVDM (76)
RiboProfiling (108)
riboSeq (0)
riboSeqR (98)
RImmPort (80)
Ringo (291)
Rintact (0)
RIPSeeker (145)
Risa (94)
RITAN (71)
RIVER (77)
RJMCMCNucleosomes (74)
RLMM (79)
RMAGEML (1)
Rmagpie (83)
RMAPPER (1)
RMassBank (108)
rMAT (72)
RmiR (80)
rmir (0)
Rmmquant (4)
RNAdecay (21)
RNAinteract (79)
RNAither (84)
rnaither (0)
RNAprobR (75)
rnaseqcomp (81)
RnaSeqGeneEdgeRQL (75)
rnaSeqMap (87)
RNASeqPower (160)
RnaSeqSampleSize (108)
RnBeads (246)
Rnits (81)
roar (98)
ROC (788)
Roleswitch (105)
Rolexa (6)
rols (228)
roma (4)
ROntoTools (102)
ropls (335)
ROTS (156)
RPA (119)
RProtoBufLib (368)
RpsiXML (106)
rpx (295)
Rqc (122)
rqt (70)
rqubic (126)
rRDP (78)
Rredland (0)
RRHO (100)
Rsamtools (10465)
rsbml (132)
RSeqAn (21)
rSFFreader (53)
RSNPper (0)
Rsubread (1772)
RSVSim (88)
rTANDEM (189)
RTCA (89)
RTCGA (424)
RTCGAToolbox (478)
RTN (129)
RTNduals (76)
RTNsurvival (63)
RTools4TB (1)
RTopper (82)
rtracklayer (10596)
Rtreemix (84)
rTRM (91)
rTRMui (79)
runibic (69)
Ruuid (1)
RUVcorr (90)
RUVnormalize (99)
RUVSeq (590)
RVS (58)
RWebServices (4)
rWikiPathways (30)

S

S4Vectors (22450)
safe (349)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (79)
SAGx (153)
samExploreR (59)
sampleClassifier (72)
SamSPECTRAL (122)
sangerseqR (242)
SANTA (87)
sapFinder (76)
saps (5)
savR (98)
sbgr (4)
SBMLR (98)
SC3 (493)
Scale4C (55)
SCAN.UPC (260)
scater (1540)
SCBN (1)
scDD (128)
scde (360)
scFeatureFilter (25)
scfind (86)
ScISI (94)
scmap (123)
scmeth (23)
SCnorm (142)
scone (163)
Sconify (25)
scoreInvHap (58)
scPipe (85)
scran (1011)
scruff (2)
scsR (74)
SDAMS (23)
segmentSeq (123)
SELEX (81)
SemDist (77)
semisup (71)
SemSim (0)
SEPA (75)
SEPIRA (22)
seq2pathway (87)
SeqArray (227)
seqbias (92)
seqCAT (55)
seqCNA (89)
seqcombo (63)
SeqGSEA (180)
seqLogo (992)
Seqnames (0)
seqPattern (294)
seqplots (152)
seqsetvis (24)
SeqSQC (57)
seqTools (108)
SeqVarTools (174)
sesame (6)
sevenbridges (107)
sevenC (21)
SGSeq (142)
shinyMethyl (149)
shinyTANDEM (87)
ShortRead (4214)
shortread (0)
SIAMCAT (25)
SICtools (46)
sidap (0)
sigaR (96)
SigCheck (79)
sigFeature (6)
SigFuge (76)
siggenes (1693)
sights (75)
signeR (107)
signet (31)
sigPathway (148)
sigsquared (73)
SIM (82)
SIMAT (86)
SimBindProfiles (74)
SIMD (0)
similaRpeak (81)
SIMLR (188)
simpleaffy (767)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (80)
sincell (109)
SingleCellExperiment (1256)
singleCellTK (34)
singscore (25)
SISPA (73)
sizepower (96)
SJava (4)
skewr (71)
slalom (69)
SLGI (80)
slingshot (17)
slinky (3)
SLqPCR (96)
SMAP (75)
SMITE (84)
SNAData (0)
SNAGEE (80)
snapCGH (99)
snm (158)
snpAssoc (0)
SNPchip (242)
SNPediaR (90)
SNPhood (82)
snpMatrix (5)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (731)
snpStats (1032)
soGGi (89)
SomatiCA (10)
SomaticSignatures (235)
SpacePAC (83)
spade (24)
sparseDOSSA (68)
sparsenetgls (0)
SparseSignatures (26)
specL (88)
SpeCond (119)
SPEM (90)
SPIA (494)
SpidermiR (114)
spikeLI (73)
spkTools (83)
splatter (190)
splicegear (79)
spliceR (143)
spliceSites (81)
SplicingGraphs (130)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (80)
SPLINTER (73)
splots (212)
SPONGE (56)
spotSegmentation (86)
SQUADD (79)
SRAdb (531)
sRAP (80)
SRGnet (68)
srnadiff (25)
sscore (83)
sscu (74)
sSeq (123)
ssize (112)
SSPA (249)
ssviz (79)
stageR (67)
stam (0)
STAN (88)
staRank (77)
StarBioTrek (77)
Starr (84)
STATegRa (90)
statTarget (120)
stepNorm (83)
stepwiseCM (20)
strandCheckR (2)
Streamer (81)
STRINGdb (422)
STROMA4 (70)
subSeq (95)
SummarizedBenchmark (27)
SummarizedExperiment (14007)
supraHex (396)
survcomp (497)
Sushi (267)
sva (3333)
SVAPLSseq (70)
SVM2CRM (73)
SWATH2stats (106)
SwathXtend (72)
swfdr (66)
SwimR (73)
switchBox (90)
switchde (81)
synapter (160)
synergyfinder (119)
synlet (72)
systemPipeR (701)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (92)
TargetSearch (84)
targetsearch (0)
TarSeqQC (87)
TCC (199)
TCGAbiolinks (1176)
TCGAbiolinksGUI (181)
TCGAutils (44)
TCseq (94)
TDARACNE (86)
tdaracne (0)
tenXplore (54)
TEQC (110)
ternarynet (73)
TFARM (57)
TFBSTools (403)
TFEA.ChIP (28)
TFHAZ (55)
TFutils (31)
tiger (0)
tigre (87)
tilingArray (120)
timecourse (119)
TimerQuant (0)
timescape (75)
TIN (73)
TissueEnrich (29)
TitanCNA (116)
tkWidgets (562)
TMixClust (71)
TnT (63)
tofsims (79)
ToPASeq (67)
topdownr (59)
topGO (2281)
topicmodels (0)
TPP (100)
tracktables (87)
trackViewer (206)
transcriptogramer (60)
transcriptR (78)
tRanslatome (80)
TransView (82)
traseR (79)
treeio (1055)
trena (52)
TReNA (29)
Trendy (30)
triform (74)
trigger (77)
trio (104)
triplex (86)
tRNAscanImport (22)
TRONCO (117)
TSCAN (184)
tspair (94)
TSRchitect (81)
TSSi (79)
TTMap (24)
TurboNorm (80)
TVTB (74)
tweeDEseq (106)
twilight (237)
twoddpcr (75)
tximeta (1)
tximport (2256)
TxRegInfra (20)
TypeInfo (77)

U

Ularcirc (4)
UNDO (78)
unifiedWMWqPCR (76)
UniProt.ws (249)
Uniquorn (72)
uSORT (72)

V

VanillaICE (113)
variancePartition (141)
VariantAnnotation (4939)
VariantFiltering (120)
VariantTools (127)
vbmp (129)
Vega (76)
VegaMC (75)
vidger (32)
viper (172)
virtualArray (11)
vsn (2814)
vtpnet (71)
vulcan (56)

W

wateRmelon (535)
wavClusteR (86)
waveTiling (80)
weaver (110)
webbioc (85)
widgetInvoke (0)
widgetTools (577)
wiggleplotr (80)

X

XBSeq (90)
xcms (989)
XDE (77)
XINA (1)
xmapbridge (78)
xmapcore (1)
xps (89)
XVector (15818)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (84)
YAPSA (88)
yaqcaffy (106)
yarn (85)

Z

zFPKM (71)
zinbwave (221)
zlibbioc (17839)