See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-05-21 08:44:35 -0400 (Tue, 21 May 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (28765)
2BiocGenerics (28192)
3IRanges (25054)
4Biobase (24790)
5S4Vectors (24356)
6AnnotationDbi (20647)
7zlibbioc (20242)
8BiocParallel (18732)
9XVector (18321)
10GenomicRanges (17900)
11limma (17698)
12GenomeInfoDb (17274)
13Biostrings (16520)
14DelayedArray (15643)
15SummarizedExperiment (15463)
16annotate (13759)
17Rsamtools (12681)
18genefilter (12297)
19GenomicAlignments (11894)
20rtracklayer (11752)
21BiocVersion (11646)
22biomaRt (11349)
23graph (11067)
24GenomicFeatures (10710)
25edgeR (10542)
26DESeq2 (9611)
27preprocessCore (9351)
28geneplotter (9151)
29rhdf5 (7242)
30Rhdf5lib (6974)
31affy (6827)
32affyio (6752)
33RBGL (6725)
34BSgenome (6301)
35qvalue (6239)
36multtest (6224)
37Rgraphviz (6204)
38VariantAnnotation (6038)
39impute (5706)
40GEOquery (5024)
41ensembldb (4952)
42ProtGenerics (4720)
43ShortRead (4565)
44sva (4271)
45DOSE (4169)
46fgsea (3987)
47clusterProfiler (3964)
48DESeq (3909)
49AnnotationFilter (3895)
50GOSemSim (3893)
51biovizBase (3860)
52GSEABase (3783)
53AnnotationHub (3606)
54ComplexHeatmap (3407)
55KEGGREST (3403)
56vsn (3152)
57HDF5Array (2986)
58Gviz (2983)
59enrichplot (2961)
60phyloseq (2941)
61interactiveDisplayBase (2906)
62Category (2824)
63AnnotationForge (2640)
64pathview (2638)
65pcaMethods (2631)
66tximport (2588)
67KEGGgraph (2582)
68biomformat (2573)
69GOstats (2424)
70DelayedMatrixStats (2399)
71topGO (2381)
72aroma.light (2305)
73illuminaio (2305)
74EDASeq (2266)
75OrganismDbi (2204)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (109)
a4Base (126)
a4Classif (106)
a4Core (156)
a4Preproc (150)
a4Reporting (107)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (98)
ABarray (103)
abseqR (21)
ABSSeq (101)
acde (97)
ACE (26)
aCGH (165)
ACME (119)
ADaCGH2 (91)
ADAM (7)
ADAMgui (1)
adaptest (66)
adductomicsR (5)
adSplit (90)
AffiXcan (19)
affxparser (1765)
affy (6827)
affycomp (147)
AffyCompatible (102)
affyContam (90)
affycoretools (431)
affydata (0)
AffyExpress (95)
affyILM (88)
affyio (6752)
affylmGUI (151)
affyPara (93)
affypdnn (115)
affyPLM (1343)
affyqcreport (0)
affyQCReport (297)
AffyRNADegradation (88)
AffyTiling (8)
AGDEX (88)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (171)
AgiMicroRna (128)
agimicrorna (0)
AIMS (304)
ALDEx2 (246)
alevinQC (3)
AllelicImbalance (95)
alpine (94)
alsace (95)
altcdfenvs (96)
AMARETTO (2)
AMOUNTAIN (91)
amplican (117)
ampliQueso (79)
AnalysisPageServer (80)
anamiR (91)
Anaquin (113)
AneuFinder (138)
ANF (77)
animalcules (1)
annaffy (518)
AnnBuilder (0)
annmap (79)
annotate (13759)
AnnotationDbi (20647)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (3895)
AnnotationForge (2640)
AnnotationFuncs (126)
AnnotationHub (3606)
AnnotationHubData (125)
annotationTools (141)
annotatr (233)
anota (93)
anota2seq (111)
antiProfiles (84)
apcluster (0)
apComplex (136)
apcomplex (0)
apeglm (1146)
applera (0)
appreci8R (23)
aroma.light (2305)
ArrayExpress (492)
ArrayExpressHTS (58)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (81)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (123)
arrayQualityMetrics (489)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (134)
ArrayTV (95)
ARRmNormalization (84)
artMS (51)
ASAFE (75)
ASEB (87)
ASGSCA (87)
ASICS (76)
asmn (1)
ASpli (144)
AssessORF (20)
ASSET (95)
ASSIGN (88)
ATACseqQC (231)
AtlasRDF (15)
atSNP (3)
attract (111)
AUCell (342)

B

BaalChIP (81)
BAC (85)
bacon (132)
BADER (86)
BadRegionFinder (78)
BAGS (82)
ballgown (946)
bamsignals (296)
BANDITS (1)
banocc (76)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (105)
Basic4Cseq (125)
BASiCS (158)
BasicSTARRseq (83)
batchelor (3)
BatchQC (136)
BayesKnockdown (73)
BayesPeak (131)
bayNorm (52)
baySeq (528)
BBCAnalyzer (79)
BCRANK (109)
bcSeq (101)
BDMMAcorrect (49)
beachmat (1719)
beadarray (674)
beadarraySNP (101)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (653)
BeadExplorer (0)
BEARscc (93)
BEAT (96)
BEclear (90)
betr (13)
bgafun (82)
BgeeDB (123)
BGmix (53)
bgx (88)
BHC (166)
BicARE (131)
BiFET (92)
BiGGR (93)
BigMatrix (0)
bigmelon (85)
bigmemoryExtras (76)
bigPint (4)
bim (0)
bioassayR (130)
biobase (0)
Biobase (24790)
biobroom (196)
bioCancer (111)
BiocCaseStudies (90)
BiocCheck (313)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (711)
BiocGenerics (28192)
biocGraph (256)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (28765)
biocLite (0)
BiocNeighbors (479)
BiocOncoTK (102)
Bioconductor (0)
BioCor (110)
BiocParallel (18732)
BiocPkgTools (58)
BiocSingular (20)
BiocSklearn (75)
BiocStyle (2114)
BiocVersion (11646)
biocViews (1707)
BiocWorkflowTools (100)
bioDist (249)
biomaRt (11349)
BioMedR (12)
biomformat (2573)
BioMM (3)
BioMVCClass (80)
biomvRCNS (79)
BioNet (290)
bionet (0)
BioNetStat (74)
BioQC (97)
BioSeqClass (117)
biosigner (95)
biostrings (0)
Biostrings (16520)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (83)
biotmle (79)
biovizBase (3860)
BiRewire (112)
birta (87)
birte (77)
BiSeq (159)
BitSeq (181)
blima (82)
BLMA (82)
bnbc (73)
BPRMeth (89)
BRAIN (194)
brainImageR (24)
BrainStars (80)
branchpointer (74)
breakpointR (21)
bridge (82)
BridgeDbR (103)
BrowserViz (109)
BrowserVizDemo (36)
BSgenome (6301)
bsseq (853)
BubbleTree (83)
BufferedMatrix (90)
BufferedMatrixMethods (85)
BUMHMM (103)
bumphunter (1881)
BUS (82)
BUScorrect (22)
BuxcoR (0)

C

CAFE (76)
CAGEfightR (70)
CAGEr (125)
CALIB (94)
CAMERA (495)
CAMTHC (32)
canceR (93)
cancerclass (86)
CancerInSilico (79)
CancerMutationAnalysis (93)
CancerSubtypes (137)
CAnD (77)
caOmicsV (81)
Cardinal (165)
casper (112)
CATALYST (181)
Category (2824)
categoryCompare (82)
CausalR (94)
cbaf (90)
ccfindR (99)
ccmap (98)
CCPROMISE (76)
ccrepe (96)
celaref (52)
celda (1)
cellbaseR (80)
CellBench (2)
cellGrowth (90)
cellHTS (6)
cellHTS2 (256)
cellity (116)
CellMapper (75)
CellMixS (1)
CellNOptR (161)
cellscape (89)
CellScore (60)
CellTrails (56)
cellTree (143)
CEMiTool (185)
CexoR (79)
CFAssay (87)
CGEN (109)
CGHbase (236)
CGHcall (217)
cghMCR (110)
CGHnormaliter (78)
CGHregions (94)
ChAMP (520)
CHARGE (58)
charm (93)
ChemmineOB (209)
ChemmineR (432)
chemminer (0)
CHETAH (1)
ChIC (53)
Chicago (104)
chimera (105)
chimeraviz (148)
ChIPanalyser (67)
ChIPComp (88)
chipenrich (142)
ChIPexoQual (76)
ChIPpeakAnno (845)
ChIPQC (266)
ChIPseeker (988)
chipseq (458)
ChIPseqR (146)
ChIPSeqSpike (98)
ChIPsim (145)
ChIPXpress (65)
chopsticks (166)
chroGPS (81)
chromDraw (84)
ChromHeatMap (94)
ChromoViz (0)
chromPlot (117)
chromstaR (105)
chromswitch (84)
chromVAR (154)
CHRONOS (96)
cicero (77)
CINdex (80)
cisPath (86)
ClassifyR (120)
cleanUpdTSeq (90)
cleaver (190)
clippda (88)
clipper (123)
Clomial (82)
Clonality (83)
clonotypeR (80)
clst (88)
clstutils (82)
CluMSID (8)
clustComp (79)
clusterExperiment (305)
ClusterJudge (66)
clusterProfiler (3964)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (75)
ClusterSignificance (82)
clusterStab (147)
CMA (138)
cn.farms (86)
cn.mops (203)
CNAnorm (97)
cnanorm (0)
CNEr (467)
CNORdt (102)
CNORfeeder (112)
CNORfuzzy (83)
CNORode (135)
CNPBayes (78)
CNTools (209)
cnvGSA (81)
CNVPanelizer (98)
CNVRanger (3)
CNVrd2 (83)
CNVtools (99)
cnvtools (0)
cobindR (81)
CoCiteStats (87)
COCOA (38)
codelink (95)
CODEX (172)
coexnet (78)
CoGAPS (135)
cogena (109)
coGPS (80)
COHCAP (99)
cola (3)
coMET (112)
compartmap (49)
COMPASS (130)
compcodeR (128)
compEpiTools (97)
CompGO (96)
ComplexHeatmap (3407)
condcomp (21)
CONFESS (72)
consensus (37)
ConsensusClusterPlus (1934)
consensusDE (50)
consensusOV (76)
consensusSeekeR (78)
contiBAIT (100)
conumee (120)
convert (183)
copa (89)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (269)
CopyNumber450k (4)
CopyNumberPlots (1)
CopywriteR (145)
coRdon (57)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (100)
Cormotif (79)
CorMut (87)
coRNAi (13)
CORREP (78)
coseq (128)
cosmiq (83)
cosmo (2)
cosmoGUI (1)
COSNet (77)
CountClust (139)
countsimQC (50)
covEB (99)
CoverageView (131)
covRNA (74)
cpvSNP (82)
cqn (231)
CRImage (104)
CRISPRseek (152)
crisprseekplus (74)
CrispRVariants (141)
crlmm (181)
crossmeta (96)
CSAR (152)
csaw (275)
CSSP (79)
ctc (323)
CTDquerier (62)
cTRAP (22)
ctsGE (119)
cummeRbund (825)
cummerbund (0)
customProDB (151)
CVE (82)
cycle (85)
cydar (126)
CytoDx (66)
cytofast (5)
cytofkit (268)
cytolib (485)
CytoML (110)

D

dada2 (1190)
dagLogo (76)
daMA (78)
DaMiRseq (93)
DAPAR (145)
DART (87)
DASC (9)
DASiR (3)
DAVIDQuery (4)
DBChIP (120)
dcanr (1)
dcGSA (100)
DChIPRep (78)
ddCt (147)
ddgraph (18)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (61)
debrowser (198)
DECIPHER (903)
deco (7)
DEComplexDisease (61)
decompTumor2Sig (8)
DeconRNASeq (144)
decontam (103)
DEDS (119)
DeepBlueR (100)
deepSNV (123)
DEFormats (236)
DEGraph (79)
DEGreport (231)
DEGseq (334)
DelayedArray (15643)
DelayedDataFrame (7)
DelayedMatrixStats (2399)
deltaGseg (76)
DeMAND (84)
DeMixT (1)
DEP (224)
DepecheR (2)
DEqMS (56)
derfinder (379)
derfinderHelper (371)
derfinderPlot (110)
DEScan2 (89)
deseq (0)
DESeq (3909)
DESeq2 (9611)
DEsingle (97)
destiny (831)
DEsubs (88)
DEXSeq (718)
dexus (98)
DFP (81)
DiffBind (637)
diffcoexp (66)
diffcyt (132)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (77)
diffHic (110)
DiffLogo (84)
diffloop (121)
diffuStats (77)
diggit (83)
Director (75)
DirichletMultinomial (572)
discordant (107)
DiscoRhythm (1)
divergence (3)
dks (76)
DMCHMM (72)
DMRcaller (147)
DMRcate (558)
DMRforPairs (80)
DMRScan (74)
dmrseq (139)
DNABarcodeCompatibility (6)
DNABarcodes (125)
DNAcopy (2088)
DNaseR (1)
DNAshapeR (109)
domainsignatures (36)
DominoEffect (68)
doppelgangR (91)
DOQTL (97)
Doscheda (95)
DOSE (4169)
doseR (3)
drawProteins (92)
DRIMSeq (241)
DriverNet (98)
DropletUtils (466)
DrugVsDisease (79)
dSimer (80)
DSS (721)
DTA (79)
dualKS (77)
DupChecker (77)
dupRadar (99)
dyebias (83)
DynDoc (624)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (134)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (188)
EBarrays (162)
EBcoexpress (87)
EBImage (2103)
EBSEA (71)
EBSeq (588)
EBSeqHMM (133)
ecolitk (82)
EDASeq (2266)
edd (1)
EDDA (98)
edge (141)
edger (0)
edgeR (10542)
eegc (72)
EGAD (86)
EGSEA (247)
eiR (80)
eisa (97)
ELBOW (82)
ELMER (370)
EMDomics (78)
EmpiricalBrownsMethod (102)
ENCODExplorer (106)
EnhancedVolcano (206)
ENmix (156)
EnrichedHeatmap (159)
EnrichmentBrowser (307)
enrichplot (2961)
enrichTF (1)
ensembldb (4952)
ensemblVEP (148)
ENVISIONQuery (81)
EpiCluster (0)
EpiDISH (113)
epigenomix (86)
epihet (4)
epiNEM (72)
epivizr (108)
epivizrChart (68)
epivizrData (109)
epivizrServer (107)
epivizrStandalone (85)
erccdashboard (133)
erma (246)
ERSSA (49)
esATAC (238)
esetVis (87)
eudysbiome (72)
evaluomeR (2)
EventPointer (83)
EWCE (9)
ExCluster (45)
ExiMiR (83)
exomeCopy (260)
exomecopy (0)
exomePeak (125)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (741)
ExperimentHubData (83)
explorase (61)
ExpressionAtlas (95)
ExpressionView (81)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (156)
facopy (51)
factDesign (86)
FamAgg (104)
farms (94)
fastLiquidAssociation (77)
FastqCleaner (30)
fastseg (561)
fbat (0)
FCBF (35)
fCCAC (74)
fCI (78)
fdrame (81)
FELLA (75)
FEM (398)
ffpe (88)
FGNet (135)
fgsea (3987)
FindMyFriends (104)
FISHalyseR (78)
fishpond (2)
FitHiC (97)
flagme (84)
flipflop (94)
flowAI (209)
flowBeads (106)
flowBin (107)
flowcatchR (78)
flowCHIC (108)
flowCL (140)
flowClean (143)
flowClust (365)
flowCore (1518)
flowCyBar (80)
flowDensity (192)
flowFit (81)
flowFlowJo (3)
flowFP (144)
flowMap (83)
flowMatch (110)
flowMeans (208)
flowMerge (123)
flowPeaks (161)
flowPhyto (3)
flowPloidy (82)
flowPlots (81)
flowq (0)
flowQ (57)
flowQB (78)
FlowRepositoryR (88)
FlowSOM (629)
flowStats (351)
flowTime (99)
flowTrans (125)
flowType (105)
flowUtils (651)
flowViz (717)
flowVS (84)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (606)
fmcsR (176)
focalCall (75)
FoldGO (24)
FourCSeq (98)
FRGEpistasis (85)
frma (226)
frmaTools (90)
FunChIP (76)
FunciSNP (87)
funtooNorm (68)

G

GA4GHclient (72)
GA4GHshiny (69)
gaga (118)
gage (946)
gaggle (83)
gaia (186)
GAPGOM (4)
GAprediction (70)
garfield (75)
GARS (57)
GateFinder (93)
gaucho (48)
gcapc (75)
gcatest (76)
gCMAP (73)
gCMAPWeb (50)
gCrisprTools (113)
gcrma (1790)
GDCRNATools (235)
GDSArray (63)
gdsfmt (1066)
geecc (75)
GEM (76)
genArise (84)
genbankr (146)
GENE.E (11)
gene2pathway (1)
GeneAccord (21)
GeneAnswers (139)
geneAttribution (71)
GeneBreak (76)
geneClassifiers (67)
GeneExpressionSignature (89)
genefilter (12297)
genefu (278)
GeneGA (71)
GeneGeneInteR (77)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (109)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (214)
geneplast (79)
geneplotter (9151)
GeneR (1)
geneRecommender (81)
GeneRegionScan (80)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (76)
GeneSelectMMD (84)
GeneSelector (101)
GENESIS (209)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (86)
geNetClassifier (117)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (98)
GeneticsPed (142)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (77)
GENIE3 (329)
genoCN (80)
GenoGAM (96)
genomation (323)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (236)
GenomeInfoDb (17274)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (247)
genomeintervals (0)
genomes (96)
GenomicAlignments (11894)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (541)
GenomicFeatures (10710)
GenomicFiles (731)
GenomicInteractions (143)
GenomicRanges (17900)
GenomicScores (264)
GenomicTuples (80)
Genominator (94)
genoset (180)
genotypeeval (75)
GenoView (3)
genphen (86)
GenRank (77)
GenVisR (310)
GEOmetadb (262)
GEOquery (5024)
GEOsearch (14)
GEOsubmission (80)
gep2pep (58)
gespeR (128)
GEWIST (73)
gff3Plotter (0)
GGBase (138)
ggbio (1902)
ggcyto (386)
GGtools (126)
ggtree (1661)
GIGSEA (21)
girafe (147)
GISPA (74)
GLAD (241)
GladiaTOX (1)
Glimma (855)
glmSparseNet (26)
GlobalAncova (291)
globalSeq (75)
globaltest (890)
gmapR (116)
GMRP (70)
GNET2 (2)
goCluster (0)
GOexpress (178)
GOfuncR (98)
GOFunction (95)
GoogleGenomics (78)
GOpro (79)
goProfiles (148)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (3893)
goseq (1065)
GOSim (132)
goSTAG (81)
gostats (0)
GOstats (2424)
GOsummaries (136)
GOTHiC (131)
goTools (115)
gotools (0)
gpart (38)
gpls (157)
gprege (77)
gpuMagic (0)
gQTLBase (231)
gQTLstats (259)
graper (6)
graph (11067)
GraphAlignment (84)
GraphAT (81)
graphite (1278)
GraphPAC (83)
GRENITS (82)
GreyListChIP (84)
GRmetrics (133)
groHMM (93)
GRridge (75)
GSALightning (73)
GSAR (160)
GSCA (77)
GSEABase (3783)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (112)
GSEAlm (141)
gsean (80)
GSReg (75)
GSRI (80)
GSVA (857)
gtrellis (134)
GUIDEseq (113)
Guitar (113)
Gviz (2983)
gwascat (233)
GWASTools (362)
gwasurvivr (29)

H

h5vc (85)
hapFabia (83)
Harman (154)
Harshlight (78)
harshlight (0)
HCABrowser (1)
HCsnip (18)
HDF5Array (2986)
HDTD (77)
heatmaps (178)
Heatplus (605)
HelloRanges (107)
HELP (80)
HEM (79)
hexbin (3)
hiAnnotator (100)
HIBAG (104)
HiCBricks (18)
HiCcompare (104)
hicrep (91)
hierGWAS (80)
hierinf (18)
HilbertCurve (126)
HilbertVis (255)
HilbertVisGUI (64)
hipathia (95)
hiReadsProcessor (66)
HIREewas (18)
HiTC (200)
hmdbQuery (73)
HMMcopy (176)
hopach (241)
HPAanalyze (24)
hpar (252)
HTqPCR (191)
HTSanalyzeR (183)
HTSeqGenie (48)
htseqtools (0)
htSeqTools (159)
HTSFilter (201)
HumanTranscriptomeCompendium (1)
HybridMTest (92)
hypeR (2)
hyperdraw (103)
hypergraph (142)

I

iASeq (72)
iasva (51)
iBBiG (125)
ibh (73)
iBMQ (67)
iCARE (81)
Icens (299)
icetea (50)
iCheck (75)
iChip (76)
iClusterPlus (161)
iCNV (79)
iCOBRA (114)
ideal (114)
ideogram (0)
IdeoViz (126)
idiogram (78)
IdMappingAnalysis (73)
IdMappingRetrieval (72)
iFlow (2)
iGC (75)
igvR (67)
IHW (597)
illuminaio (2305)
imageHTS (115)
IMAS (98)
Imetagene (69)
IMMAN (61)
ImmuneSpaceR (118)
immunoClust (82)
IMPCdata (70)
ImpulseDE (77)
ImpulseDE2 (137)
impute (5706)
INDEED (23)
infercnv (1)
InPAS (81)
INPower (72)
inSilicoDb (20)
inSilicoMerging (23)
insilicomerging (0)
INSPEcT (112)
InTAD (80)
intansv (84)
InteractionSet (275)
interactiveDisplay (214)
interactiveDisplayBase (2906)
IntEREst (107)
InterMineR (95)
IntramiRExploreR (65)
inversion (0)
inveRsion (76)
IONiseR (100)
iontree (30)
iPAC (91)
ipdDb (20)
IPO (150)
IPPD (146)
IRanges (25054)
IrisSpatialFeatures (41)
iSEE (156)
iSeq (79)
iSNetwork (0)
isobar (205)
IsoCorrectoR (23)
IsoCorrectoRGUI (8)
IsoformSwitchAnalyzeR (160)
IsoGeneGUI (80)
ISoLDE (72)
isomiRs (109)
iSPlot (0)
ITALICS (77)
iterativeBMA (92)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (80)
iterClust (70)
iteremoval (59)
IVAS (109)
ivygapSE (64)
IWTomics (75)

J

JASPAR2018 (41)
jmosaics (5)
joda (75)
JunctionSeq (163)

K

karyoploteR (376)
KCsmart (74)
kebabs (141)
KEGGgraph (2582)
KEGGlincs (80)
keggorth (0)
keggorthology (101)
KEGGprofile (211)
KEGGREST (3403)
KEGGSOAP (3)
kimod (71)
KinSwingR (19)
kissDE (62)
kmknn (34)

L

lapmix (75)
LBE (114)
ldblock (140)
LEA (274)
LedPred (75)
les (82)
levi (19)
lfa (200)
limma (17698)
limmaGUI (121)
LINC (74)
LineagePulse (87)
Linnorm (162)
lipidr (1)
LiquidAssociation (79)
lmdme (84)
LMGene (94)
LOBSTAHS (82)
loci2path (60)
logicFS (216)
logitT (75)
Logolas (89)
lol (76)
LOLA (129)
LoomExperiment (52)
LowMACA (83)
LPE (96)
LPEadj (77)
lpNet (72)
lpsymphony (567)
LRBaseDbi (23)
lumi (982)
LVSmiRNA (80)
LymphoSeq (89)

M

M3C (84)
M3D (77)
M3Drop (214)
maanova (104)
macat (76)
maCorrPlot (76)
MACPET (55)
maDB (1)
madb (0)
made4 (375)
MADSEQ (78)
maftools (943)
MAGeCKFlute (102)
maigesPack (86)
MAIT (121)
makecdfenv (178)
makePlatformDesign (1)
MANOR (74)
manta (111)
MantelCorr (74)
mAPKL (72)
maPredictDSC (78)
mapscape (71)
marray (1418)
martini (67)
maser (35)
maSigPro (285)
maskBAD (75)
MassArray (80)
massarray (0)
massiR (78)
MassSpecWavelet (981)
MAST (551)
matchBox (72)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (71)
matter (151)
MaxContrastProjection (95)
MBAmethyl (68)
MBASED (82)
MBCB (81)
mbkmeans (1)
mBPCR (77)
MBttest (66)
mcaGUI (72)
MCbiclust (105)
MCRestimate (81)
mCSEA (90)
mdgsa (93)
mdp (89)
mdqc (80)
MDTS (57)
MEAL (73)
MeasurementError.cor (73)
MEDIPS (132)
MEDME (72)
MEIGOR (97)
Melissa (4)
mergemaid (0)
MergeMaid (114)
Mergeomics (84)
MeSHDbi (181)
meshes (95)
meshr (114)
MeSHSim (8)
messina (71)
metaArray (104)
metaarray (0)
Metab (89)
metabomxtr (114)
MetaboSignal (84)
metaCCA (78)
MetaCyto (92)
metagene (99)
metagene2 (1)
metagenomeFeatures (114)
metagenomeSeq (575)
MetaGxOvarian (8)
metahdep (73)
metaMS (115)
MetaNeighbor (100)
metaR (0)
metaSeq (89)
metaseqR (117)
metavizr (85)
metaX (5)
MetCirc (78)
methimpute (75)
methInheritSim (71)
MethPed (96)
MethTargetedNGS (71)
methVisual (83)
methyAnalysis (144)
MethylAid (89)
methylGSA (52)
methylInheritance (74)
methylKit (523)
MethylMix (137)
methylMnM (76)
methylPipe (108)
MethylSeekR (101)
methylumi (1122)
methyvim (68)
MetID (18)
MetNet (50)
mfa (108)
Mfuzz (288)
mfuzz (0)
MGFM (77)
MGFR (109)
mgsa (103)
MiChip (74)
microbiome (451)
microRNA (158)
MIGSA (77)
mimager (68)
MIMOSA (96)
MineICA (88)
minet (647)
minfi (1930)
MinimumDistance (72)
MiPP (78)
MIRA (106)
MiRaGE (106)
miRBaseConverter (84)
miRcomp (71)
mirIntegrator (78)
miRLAB (89)
miRmine (64)
miRNAmeConverter (82)
miRNApath (89)
miRNAtap (134)
miRSM (20)
miRsponge (91)
miRspongeR (3)
Mirsynergy (78)
missMethyl (629)
missRows (54)
mitoODE (72)
mixOmics (643)
MLInterfaces (398)
mlm4omics (13)
MLP (100)
MLSeq (175)
MMDiff (4)
MMDiff2 (75)
mmgmos (0)
mmnet (9)
MmPalateMiRNA (75)
mnem (0)
MODA (79)
Modstrings (2)
MOFA (1)
mogsa (84)
monocle (1447)
MoonlightR (87)
MoPS (72)
mosaics (135)
motifbreakR (100)
motifcounter (86)
MotifDb (322)
motifmatchr (217)
motifRG (122)
motifStack (441)
MotIV (436)
MPFE (68)
mpra (75)
MPRAnalyze (47)
mQTL.NMR (59)
msa (750)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (95)
MSGFgui (147)
MSGFplus (231)
msmsEDA (200)
msmsTests (164)
MSnbase (1503)
MSnID (212)
msPurity (113)
msQC (0)
MSstats (309)
MSstatsQC (75)
MSstatsQCgui (61)
MSstatsTMT (57)
mtbls2 (0)
MTseeker (16)
Mulcom (143)
MultiAssayExperiment (857)
multiClust (123)
MultiDataSet (108)
multiHiCcompare (22)
MultiMed (73)
multiMiR (109)
multiOmicsViz (70)
multiscan (72)
multtest (6224)
muscle (178)
MutationalPatterns (216)
MVCClass (78)
mvGST (16)
MWASTools (98)
mygene (364)
myvariant (100)
mzID (1316)
mzR (1531)

N

NADfinder (80)
NanoStringDiff (116)
NanoStringQCPro (121)
nanotatoR (1)
NarrowPeaks (87)
NBAMSeq (1)
NBSplice (51)
ncdfFlow (549)
NCIgraph (80)
ndexr (109)
neaGUI (6)
NeighborNet (18)
nem (136)
netbenchmark (81)
netbiov (115)
netboost (1)
NetCRG (0)
nethet (83)
NetPathMiner (101)
netprioR (69)
netReg (76)
netresponse (84)
NetSAM (74)
netSmooth (70)
networkBMA (82)
NGScopy (77)
ngsReports (1)
nnNorm (77)
NOISeq (609)
nondetects (84)
normalize450K (67)
NormalyzerDE (31)
NormqPCR (286)
normr (84)
npGSEA (82)
NTW (72)
nucleoSim (72)
nucleR (99)
nucler (0)
nuCpos (18)
nudge (49)
NuPoP (79)

O

occugene (72)
OCplus (151)
odseq (69)
OGSA (74)
oligo (1791)
oligoClasses (1911)
OLIN (80)
OLINgui (77)
OmaDB (87)
omicade4 (104)
omiccircos (0)
OmicCircos (246)
omicplotR (87)
omicRexposome (91)
OmicsLonDA (1)
OmicsMarkeR (99)
OMICsPCA (19)
omicsPrint (70)
Onassis (75)
oncomix (65)
OncoScore (79)
OncoSimulR (88)
oneChannelGUI (23)
oneSENSE (87)
onlineFDR (20)
ontoCAT (26)
ontoProc (72)
ontoTools (0)
openCyto (289)
openPrimeR (93)
openPrimeRui (66)
OperaMate (14)
oposSOM (102)
oppar (73)
OPWeight (107)
OrderedList (190)
ORFik (103)
Organism.dplyr (253)
OrganismDbi (2204)
OSAT (93)
Oscope (111)
OTUbase (80)
OutlierD (97)
OUTRIDER (51)
OVESEG (5)

P

PAA (96)
PADOG (220)
PAIRADISE (5)
paircompviz (77)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (96)
panelcn.mops (75)
PAnnBuilder (57)
panp (88)
PANR (90)
PanVizGenerator (79)
PAPi (112)
parglms (68)
parody (123)
PAST (1)
Path2PPI (86)
pathifier (224)
PathNet (88)
PathoStat (89)
pathprint (67)
pathRender (79)
pathVar (74)
pathview (2638)
pathwayPCA (3)
PathwaySplice (99)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (128)
Pbase (87)
pbcmc (54)
pcaExplorer (315)
pcaGoPromoter (127)
pcaMethods (2631)
PCAN (72)
PCAtools (6)
pcot2 (134)
PCpheno (76)
pcxn (67)
pdInfoBuilder (142)
pdmclass (17)
PECA (86)
PepsNMR (40)
pepStat (81)
pepXMLTab (81)
perturbatr (59)
PGA (84)
pgca (67)
PGSEA (243)
pgUtils (1)
phantasus (62)
PharmacoGx (149)
phemd (4)
phenoDist (50)
phenopath (93)
phenoTest (124)
PhenStat (89)
philr (117)
phosphonormalizer (67)
phyloseq (2941)
Pi (76)
piano (333)
pickgene (73)
PICS (148)
Pigengene (114)
PING (74)
pint (77)
pipeFrame (1)
pkgDepTools (97)
plateCore (86)
plethy (73)
plgem (125)
plier (222)
plotGrouper (25)
PLPE (79)
plrs (73)
plw (75)
plyranges (130)
pmm (68)
podkat (78)
pogos (87)
polyester (150)
Polyfit (89)
POST (65)
PoTRA (2)
PowerExplorer (65)
powerTCR (57)
PPInfer (81)
ppiStats (91)
pqsfinder (94)
prada (284)
pram (2)
prebs (102)
PrecisionTrialDrawer (7)
PREDA (92)
predictionet (55)
preprocessCore (9351)
primirTSS (19)
PrInCE (2)
Prize (74)
proBAMr (110)
proBatch (2)
PROcess (162)
procoil (79)
ProCoNA (54)
proFIA (80)
profileplyr (1)
profileScoreDist (66)
progeny (117)
projectR (2)
pRoloc (307)
pRolocGUI (90)
PROMISE (77)
PROPER (110)
PROPS (65)
Prostar (134)
prot2D (76)
proteinProfiles (71)
ProteomicsAnnotationHubData (74)
ProteoMM (47)
proteoQC (80)
ProtGenerics (4720)
PSEA (79)
psichomics (121)
PSICQUIC (103)
psygenet2r (85)
puma (151)
PureCN (148)
pvac (79)
pvca (172)
Pviz (90)
PWMEnrich (133)
pwOmics (79)
pxr (0)

Q

qckitfastq (2)
qcmetrics (117)
QDNAseq (200)
qpcrNorm (89)
qpgraph (178)
qPLEXanalyzer (31)
qrqc (168)
qsea (76)
qsmooth (2)
QSutils (22)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (115)
quantro (116)
quantsmooth (389)
QuartPAC (75)
QuasR (299)
QuaternaryProd (84)
QUBIC (117)
qusage (270)
qvalue (6239)

R

R3CPET (72)
r3Cseq (142)
R453Plus1Toolbox (80)
R4RNA (78)
RaggedExperiment (515)
rain (97)
rama (81)
ramigo (0)
RamiGO (75)
ramwas (79)
RandomWalkRestartMH (63)
randPack (80)
RankProd (401)
RareVariantVis (73)
Rariant (75)
RbcBook1 (98)
RBGL (6725)
RBioinf (89)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (155)
RBM (72)
Rbowtie (303)
Rbowtie2 (200)
rbsurv (115)
Rcade (97)
RCAS (82)
RCASPAR (75)
rcellminer (92)
rCGH (97)
Rchemcpp (117)
RchyOptimyx (83)
RcisTarget (263)
RCM (5)
RConferoMapping (0)
Rcpi (153)
Rcwl (2)
RcwlPipelines (1)
RCy3 (419)
RCyjs (89)
RCytoscape (78)
RDAVIDWebService (406)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (83)
Rdisop (282)
RDRToolbox (163)
ReactomePA (941)
readat (106)
ReadqPCR (292)
reb (71)
REBET (18)
recount (336)
recoup (102)
RedeR (157)
REDseq (127)
RefNet (71)
RefPlus (79)
regioneR (1003)
regionReport (147)
regsplice (101)
REMP (83)
Repitools (247)
ReportingTools (1033)
reposTools (0)
RepViz (1)
ReQON (75)
Resourcerer (1)
restfulSE (123)
rexposome (68)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (79)
rGADEM (528)
RGalaxy (83)
Rgin (59)
RGMQL (63)
RGraph2js (69)
Rgraphviz (6204)
rGREAT (152)
RGSEA (120)
rgsepd (106)
rhdf5 (7242)
rhdf5client (132)
Rhdf5lib (6974)
Rhisat2 (8)
Rhtslib (1050)
rHVDM (72)
RiboProfiling (104)
riboSeq (0)
riboSeqR (94)
RImmPort (77)
Ringo (289)
Rintact (1)
RIPSeeker (132)
Risa (82)
RITAN (72)
RIVER (74)
RJMCMCNucleosomes (75)
RLMM (73)
RMAGEML (1)
Rmagpie (78)
RMAPPER (1)
RMassBank (104)
rMAT (83)
rmelting (3)
RmiR (76)
rmir (0)
Rmmquant (50)
RNAdecay (56)
RNAinteract (102)
RNAither (106)
rnaither (0)
RNAprobR (71)
rnaseqcomp (77)
RnaSeqGeneEdgeRQL (18)
rnaSeqMap (113)
RNASeqPower (161)
RNASeqR (20)
RnaSeqSampleSize (135)
RnBeads (269)
Rnits (76)
roar (92)
ROC (912)
Roleswitch (95)
Rolexa (4)
rols (298)
roma (0)
ROntoTools (101)
ropls (433)
ROTS (194)
RPA (109)
RProtoBufLib (456)
RpsiXML (107)
rpx (323)
Rqc (119)
rqt (71)
rqubic (114)
rRDP (104)
Rredland (1)
RRHO (98)
Rsamtools (12681)
rsbml (126)
rScudo (8)
RSeqAn (58)
rSFFreader (56)
RSNPper (0)
Rsubread (1173)
RSVSim (86)
rTANDEM (187)
RTCA (111)
RTCGA (537)
RTCGAToolbox (532)
RTN (160)
RTNduals (89)
RTNsurvival (85)
RTools4TB (1)
RTopper (77)
rtracklayer (11752)
Rtreemix (77)
rTRM (87)
rTRMui (71)
runibic (90)
Ruuid (1)
RUVcorr (86)
RUVnormalize (89)
RUVSeq (819)
RVS (95)
RWebServices (2)
rWikiPathways (115)

S

S4Vectors (24356)
safe (407)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (76)
SAGx (165)
samExploreR (85)
sampleClassifier (98)
SamSPECTRAL (145)
sangerseqR (247)
SANTA (85)
sapFinder (74)
saps (3)
savR (104)
sbgr (2)
SBMLR (89)
SC3 (542)
Scale4C (62)
scAlign (1)
SCAN.UPC (292)
scater (1788)
SCBN (19)
scDD (167)
scde (408)
scds (2)
scFeatureFilter (54)
scfind (125)
ScISI (94)
scmap (199)
scMerge (1)
scmeth (86)
SCnorm (208)
scone (196)
Sconify (95)
scoreInvHap (62)
scPipe (125)
scran (1195)
scRecover (1)
scruff (31)
scsR (71)
scTensor (8)
SDAMS (88)
segmentSeq (135)
SELEX (81)
SemDist (73)
semisup (67)
SemSim (0)
SEPA (71)
SEPIRA (57)
seq2pathway (85)
SeqArray (342)
seqbias (87)
seqCAT (95)
seqCNA (83)
seqcombo (99)
SeqGSEA (223)
seqLogo (1145)
Seqnames (0)
seqPattern (309)
seqplots (176)
seqsetvis (83)
SeqSQC (65)
seqTools (121)
SeqVarTools (274)
sesame (314)
sevenbridges (110)
sevenC (58)
SGSeq (159)
shinyMethyl (146)
shinyTANDEM (85)
ShortRead (4565)
shortread (0)
SIAMCAT (95)
SICtools (51)
sidap (0)
sigaR (85)
SigCheck (75)
sigFeature (34)
SigFuge (71)
siggenes (1896)
sights (108)
signeR (109)
signet (64)
sigPathway (159)
sigsquared (67)
SIM (78)
SIMAT (107)
SimBindProfiles (71)
SIMD (18)
similaRpeak (75)
SIMLR (155)
simpleaffy (766)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (75)
sincell (98)
SingleCellExperiment (2074)
singleCellTK (90)
singscore (104)
SISPA (71)
sitePath (1)
sizepower (88)
SJava (3)
skewr (66)
slalom (93)
SLGI (77)
slingshot (101)
slinky (45)
SLqPCR (90)
SMAD (4)
SMAP (71)
SMITE (111)
SNAData (0)
SNAGEE (73)
snapCGH (93)
snm (161)
snpAssoc (0)
SNPchip (254)
SNPediaR (85)
SNPhood (73)
snpMatrix (6)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (858)
snpStats (1248)
soGGi (106)
SomatiCA (7)
SomaticSignatures (229)
SpacePAC (79)
spade (20)
sparseDOSSA (68)
sparsenetgls (21)
SparseSignatures (64)
SpatialCPie (2)
specL (82)
SpeCond (132)
SpectralTAD (3)
SPEM (91)
SPIA (569)
SpidermiR (128)
spikeLI (69)
spkTools (76)
splatter (251)
splicegear (73)
spliceR (90)
spliceSites (78)
SplicingGraphs (163)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (77)
SPLINTER (102)
splots (218)
SPONGE (65)
spotSegmentation (75)
SQUADD (72)
sRACIPE (1)
SRAdb (514)
sRAP (78)
SRGnet (66)
srnadiff (83)
sscore (77)
sscu (70)
sSeq (199)
ssize (109)
SSPA (327)
ssrch (1)
ssviz (103)
stageR (95)
stam (0)
STAN (110)
staRank (86)
StarBioTrek (76)
Starr (79)
STATegRa (82)
statTarget (139)
stepNorm (75)
stepwiseCM (9)
strandCheckR (18)
Streamer (94)
STRINGdb (459)
STROMA4 (96)
Structstrings (2)
StructuralVariantAnnotation (1)
SubCellBarCode (1)
subSeq (126)
SummarizedBenchmark (91)
SummarizedExperiment (15463)
supraHex (333)
survcomp (553)
survtype (1)
Sushi (307)
sva (4271)
SVAPLSseq (82)
SVM2CRM (68)
SWATH2stats (105)
SwathXtend (71)
swfdr (67)
SwimR (71)
switchBox (88)
switchde (112)
synapter (157)
synergyfinder (126)
synlet (98)
SynMut (1)
systemPipeR (883)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (92)
TargetSearch (105)
targetsearch (0)
TarSeqQC (83)
TCC (248)
TCGAbiolinks (1527)
TCGAbiolinksGUI (237)
TCGAutils (303)
TCseq (142)
TDARACNE (80)
tdaracne (0)
tenXplore (89)
TEQC (102)
ternarynet (69)
TFARM (62)
TFBSTools (477)
TFEA.ChIP (90)
TFHAZ (61)
TFutils (70)
tiger (0)
tigre (80)
tilingArray (113)
timecourse (108)
TimerQuant (0)
timescape (83)
TimeSeriesExperiment (52)
TIN (70)
TissueEnrich (88)
TitanCNA (131)
tkWidgets (598)
TMixClust (79)
TNBC.CMS (1)
TnT (70)
tofsims (92)
ToPASeq (113)
topconfects (4)
topdownr (66)
topGO (2381)
topicmodels (0)
TPP (133)
TPP2D (1)
tracktables (93)
trackViewer (228)
transcriptogramer (71)
transcriptR (107)
transite (38)
tRanslatome (75)
TransView (108)
traseR (74)
treeio (1470)
TreeSummarizedExperiment (0)
trena (59)
TReNA (8)
Trendy (85)
triform (71)
trigger (73)
trio (104)
triplex (80)
tRNA (22)
tRNAdbImport (16)
tRNAscanImport (55)
TRONCO (109)
TSCAN (192)
tspair (85)
TSRchitect (79)
TSSi (76)
TTMap (55)
TurboNorm (75)
TVTB (74)
tweeDEseq (126)
twilight (191)
twoddpcr (74)
tximeta (60)
tximport (2588)
TxRegInfra (71)
TypeInfo (70)

U

Ularcirc (23)
UNDO (75)
unifiedWMWqPCR (70)
UniProt.ws (279)
Uniquorn (95)
universalmotif (51)
uSORT (98)

V

VanillaICE (106)
variancePartition (193)
VariantAnnotation (6038)
VariantFiltering (97)
VariantTools (125)
vbmp (115)
VCFArray (6)
Vega (73)
VegaMC (71)
VennDetail (0)
vidger (120)
viper (218)
virtualArray (10)
vsn (3152)
vtpnet (66)
vulcan (61)

W

wateRmelon (596)
wavClusteR (109)
waveTiling (72)
weaver (102)
webbioc (77)
widgetInvoke (0)
widgetTools (612)
wiggleplotr (114)
Wrench (25)

X

XBSeq (112)
XCIR (0)
xcms (1099)
XDE (72)
Xeva (1)
XINA (49)
xmapbridge (71)
xmapcore (1)
xps (85)
XVector (18321)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (79)
YAPSA (95)
yaqcaffy (99)
yarn (100)

Z

zFPKM (123)
zinbwave (442)
zlibbioc (20242)