Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-08-14 07:29:10 -0400 (Tue, 14 Aug 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (31503)
2BiocGenerics (25362)
3IRanges (22322)
4S4Vectors (22230)
5Biobase (21070)
6AnnotationDbi (18858)
7zlibbioc (17368)
8GenomicRanges (16714)
9limma (16011)
10XVector (15345)
11GenomeInfoDb (14264)
12Biostrings (13815)
13BiocParallel (13808)
14SummarizedExperiment (13665)
15annotate (11334)
16DelayedArray (10676)
17GenomicAlignments (10578)
18biomaRt (10435)
19rtracklayer (10147)
20genefilter (10090)
21Rsamtools (9993)
22graph (9033)
23GenomicFeatures (8688)
24edgeR (8668)
25preprocessCore (7843)
26DESeq2 (7717)
27geneplotter (7523)
28affy (6100)
29BSgenome (5979)
30affyio (5793)
31rhdf5 (5581)
32RBGL (5385)
33multtest (5340)
34Rgraphviz (5246)
35impute (4918)
36VariantAnnotation (4838)
37qvalue (4592)
38GEOquery (4292)
39ShortRead (4139)
40AnnotationHub (3967)
41ensembldb (3914)
42ProtGenerics (3789)
43interactiveDisplayBase (3516)
44GSEABase (3403)
45DESeq (3263)
46biovizBase (3172)
47sva (3088)
48AnnotationFilter (2940)
49KEGGREST (2814)
50vsn (2767)
51fgsea (2763)
52GOSemSim (2742)
53DOSE (2723)
54Gviz (2665)
55DNAcopy (2629)
56clusterProfiler (2623)
57AnnotationForge (2387)
58ComplexHeatmap (2372)
59pcaMethods (2355)
60Category (2349)
61topGO (2236)
62phyloseq (2178)
63OrganismDbi (2140)
64GOstats (2117)
65EBImage (2102)
66tximport (2085)
67BiocStyle (2054)
68pathview (2034)
69KEGGgraph (1980)
70Rhdf5lib (1924)
71aroma.light (1854)
72illuminaio (1839)
73biomformat (1834)
74Rsubread (1748)
75ggbio (1741)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (124)
a4Base (146)
a4Classif (119)
a4Core (166)
a4Preproc (162)
a4Reporting (121)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (109)
ABarray (120)
ABSSeq (123)
acde (105)
ACE (1)
aCGH (186)
ACME (127)
ADaCGH2 (102)
adaptest (19)
adSplit (106)
affxparser (1416)
affy (6100)
affycomp (175)
AffyCompatible (113)
affyContam (108)
affycoretools (455)
affydata (0)
AffyExpress (111)
affyILM (101)
affyio (5793)
affylmGUI (167)
affyPara (110)
affypdnn (140)
affyPLM (1225)
affyqcreport (0)
affyQCReport (311)
AffyRNADegradation (101)
AffyTiling (14)
AGDEX (98)
Agi4x44PreProcess (6)
agilp (173)
AgiMicroRna (143)
agimicrorna (0)
AIMS (230)
ALDEx2 (180)
AllelicImbalance (111)
alpine (104)
alsace (102)
altcdfenvs (115)
AMOUNTAIN (93)
amplican (65)
ampliQueso (92)
AnalysisPageServer (91)
anamiR (98)
Anaquin (92)
AneuFinder (112)
ANF (56)
annaffy (513)
AnnBuilder (1)
annmap (84)
annotate (11334)
AnnotationDbi (18858)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (2940)
AnnotationForge (2387)
AnnotationFuncs (138)
AnnotationHub (3967)
AnnotationHubData (127)
annotationTools (148)
annotatr (181)
anota (106)
anota2seq (60)
antiProfiles (97)
apcluster (0)
apComplex (114)
apcomplex (0)
apeglm (330)
applera (0)
appreci8R (1)
aroma.light (1854)
ArrayExpress (444)
ArrayExpressHTS (62)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (95)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (127)
arrayQualityMetrics (450)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (151)
ArrayTV (101)
ARRmNormalization (97)
ASAFE (81)
ASEB (95)
ASGSCA (98)
ASICS (16)
asmn (2)
ASpli (119)
ASSET (104)
ASSIGN (96)
ATACseqQC (192)
AtlasRDF (59)
attract (96)
AUCell (138)

B

BaalChIP (85)
BAC (94)
bacon (105)
BADER (98)
BadRegionFinder (85)
BAGS (91)
ballgown (867)
bamsignals (179)
banocc (75)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (121)
Basic4Cseq (104)
BASiCS (96)
BasicSTARRseq (87)
BatchQC (144)
BayesKnockdown (79)
BayesPeak (144)
baySeq (502)
BBCAnalyzer (89)
BCRANK (114)
bcSeq (25)
beachmat (856)
beadarray (628)
beadarraySNP (112)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (601)
BeadExplorer (1)
BEARscc (19)
BEAT (93)
BEclear (93)
betr (25)
bgafun (93)
BgeeDB (128)
BGmix (55)
bgx (90)
BHC (160)
BicARE (150)
BiFET (19)
BiGGR (105)
BigMatrix (0)
bigmelon (86)
bigmemoryExtras (80)
bim (0)
bioassayR (117)
biobase (0)
Biobase (21070)
biobroom (195)
bioCancer (96)
BiocCaseStudies (96)
BiocCheck (429)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (312)
BiocGenerics (25362)
biocGraph (216)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (31503)
biocLite (0)
BiocOncoTK (19)
Bioconductor (0)
BioCor (88)
BiocParallel (13808)
BiocSklearn (54)
BiocStyle (2054)
BiocVersion (117)
biocViews (975)
BiocWorkflowTools (103)
bioDist (287)
biomaRt (10435)
BioMedR (68)
biomformat (1834)
BioMVCClass (90)
biomvRCNS (92)
BioNet (304)
bionet (0)
BioNetStat (18)
BioQC (92)
BioSeqClass (107)
biosigner (99)
biostrings (0)
Biostrings (13815)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (92)
biotmle (86)
biovizBase (3172)
BiRewire (126)
birta (100)
birte (89)
BiSeq (178)
BitSeq (190)
blima (92)
BLMA (82)
bnbc (55)
BPRMeth (84)
BRAIN (181)
BrainStars (93)
branchpointer (75)
bridge (94)
BridgeDbR (114)
BrowserViz (89)
BrowserVizDemo (59)
BSgenome (5979)
bsseq (751)
BubbleTree (95)
BufferedMatrix (104)
BufferedMatrixMethods (99)
BUMHMM (76)
bumphunter (1641)
BUS (89)
BuxcoR (0)

C

CAFE (89)
CAGEfightR (18)
CAGEr (136)
CALIB (104)
CAMERA (425)
CAMTHC (3)
canceR (95)
cancerclass (96)
CancerInSilico (80)
CancerMutationAnalysis (102)
CancerSubtypes (144)
CAnD (86)
caOmicsV (84)
Cardinal (134)
casper (95)
CATALYST (99)
Category (2349)
categoryCompare (88)
CausalR (96)
cbaf (54)
ccfindR (15)
ccmap (100)
CCPROMISE (80)
ccrepe (103)
cellbaseR (79)
cellGrowth (97)
cellHTS (12)
cellHTS2 (222)
cellity (96)
CellMapper (82)
CellNOptR (140)
cellscape (92)
CellScore (17)
CellTrails (3)
cellTree (107)
CEMiTool (99)
CexoR (90)
CFAssay (93)
CGEN (108)
CGHbase (214)
CGHcall (193)
cghMCR (145)
CGHnormaliter (90)
CGHregions (110)
ChAMP (411)
CHARGE (18)
charm (107)
ChemmineOB (191)
ChemmineR (433)
chemminer (0)
ChIC (13)
Chicago (105)
chimera (128)
chimeraviz (115)
ChIPanalyser (54)
ChIPComp (98)
chipenrich (123)
ChIPexoQual (81)
ChIPpeakAnno (764)
ChIPQC (214)
ChIPseeker (808)
chipseq (432)
ChIPseqR (146)
ChIPSeqSpike (22)
ChIPsim (140)
ChIPXpress (73)
chopsticks (255)
chroGPS (90)
chromDraw (93)
ChromHeatMap (103)
ChromoViz (1)
chromPlot (109)
chromstaR (92)
chromswitch (56)
chromVAR (79)
CHRONOS (92)
CINdex (76)
cisPath (95)
ClassifyR (104)
cleanUpdTSeq (92)
cleaver (201)
clippda (98)
clipper (143)
Clomial (93)
Clonality (94)
clonotypeR (95)
clst (97)
clstutils (88)
clustComp (86)
clusterExperiment (204)
ClusterJudge (53)
clusterProfiler (2623)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (94)
clusterStab (141)
CMA (155)
cn.farms (95)
cn.mops (206)
CNAnorm (112)
cnanorm (0)
CNEr (367)
CNORdt (94)
CNORfeeder (91)
CNORfuzzy (92)
CNORode (113)
CNPBayes (85)
CNTools (251)
cnvGSA (91)
CNVPanelizer (103)
CNVrd2 (96)
CNVtools (108)
cnvtools (0)
cobindR (88)
CoCiteStats (96)
codelink (105)
CODEX (146)
coexnet (63)
CoGAPS (104)
cogena (129)
coGPS (88)
COHCAP (107)
coMET (117)
COMPASS (105)
compcodeR (104)
compEpiTools (109)
CompGO (104)
ComplexHeatmap (2372)
condcomp (1)
CONFESS (78)
ConsensusClusterPlus (1411)
consensusOV (63)
consensusSeekeR (87)
contiBAIT (80)
conumee (120)
convert (200)
copa (96)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (238)
CopyNumber450k (8)
CopywriteR (129)
coRdon (0)
CoRegNet (111)
Cormotif (90)
CorMut (92)
coRNAi (47)
CORREP (92)
coseq (93)
cosmiq (97)
cosmo (5)
cosmoGUI (2)
COSNet (91)
CountClust (119)
covEB (75)
CoverageView (109)
covRNA (77)
cpvSNP (89)
cqn (190)
CRImage (120)
CRISPRseek (139)
crisprseekplus (84)
CrispRVariants (113)
crlmm (195)
crossmeta (100)
CSAR (148)
csaw (246)
CSSP (93)
ctc (337)
CTDquerier (18)
ctsGE (93)
cummeRbund (1007)
cummerbund (0)
customProDB (127)
CVE (89)
cycle (95)
cydar (92)
CytoDx (15)
cytofkit (318)
cytolib (289)
CytoML (101)

D

dada2 (744)
dagLogo (86)
daMA (91)
DaMiRseq (86)
DAPAR (129)
DART (96)
DASC (33)
DASiR (7)
DAVIDQuery (8)
DBChIP (129)
dcGSA (76)
DChIPRep (91)
ddCt (150)
ddgraph (66)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (19)
debrowser (124)
DECIPHER (540)
DEComplexDisease (19)
DeconRNASeq (120)
decontam (21)
DEDS (119)
DeepBlueR (100)
deepSNV (125)
DEFormats (201)
DEGraph (91)
DEGreport (148)
DEGseq (289)
DelayedArray (10676)
DelayedMatrixStats (512)
deltaGseg (84)
DeMAND (93)
DEP (95)
derfinder (332)
derfinderHelper (288)
derfinderPlot (131)
DEScan2 (16)
deseq (0)
DESeq (3263)
DESeq2 (7717)
DEsingle (23)
destiny (759)
DEsubs (96)
DEXSeq (672)
dexus (97)
DFP (89)
DiffBind (596)
diffcoexp (19)
diffcyt (21)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (85)
diffHic (124)
DiffLogo (89)
diffloop (106)
diffuStats (60)
diggit (88)
Director (80)
DirichletMultinomial (387)
discordant (79)
dks (86)
DMCHMM (57)
DMRcaller (99)
DMRcate (467)
DMRforPairs (92)
DMRScan (74)
dmrseq (27)
DNABarcodes (115)
DNAcopy (2629)
DNaseR (2)
DNAshapeR (105)
domainsignatures (85)
DominoEffect (19)
doppelgangR (81)
DOQTL (115)
Doscheda (51)
DOSE (2723)
drawProteins (32)
DRIMSeq (135)
DriverNet (104)
DropletUtils (82)
DrugVsDisease (86)
dSimer (78)
DSS (542)
DTA (85)
dualKS (87)
DupChecker (84)
dupRadar (968)
dyebias (93)
DynDoc (580)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (146)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (190)
EBarrays (168)
EBcoexpress (95)
EBImage (2102)
EBSEA (77)
EBSeq (532)
EBSeqHMM (113)
ecolitk (93)
EDASeq (1569)
edd (2)
EDDA (94)
edge (139)
edger (0)
edgeR (8668)
eegc (79)
EGAD (95)
EGSEA (189)
eiR (62)
eisa (110)
ELBOW (85)
ELMER (270)
EMDomics (88)
EmpiricalBrownsMethod (101)
ENCODExplorer (110)
ENmix (130)
EnrichedHeatmap (160)
EnrichmentBrowser (247)
enrichplot (540)
ensembldb (3914)
ensemblVEP (140)
ENVISIONQuery (84)
EpiCluster (0)
EpiDISH (68)
epigenomix (99)
epiNEM (73)
epivizr (120)
epivizrChart (52)
epivizrData (115)
epivizrServer (110)
epivizrStandalone (91)
erccdashboard (115)
erma (210)
esATAC (115)
esetVis (85)
eudysbiome (78)
EventPointer (85)
EWCE (28)
ExiMiR (92)
exomeCopy (262)
exomecopy (0)
exomePeak (126)
exonfindR (0)
exonmap (4)
ExperimentHub (239)
ExperimentHubData (85)
explorase (77)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (87)
exprExternal (1)
externalVector (2)

F

fabia (175)
facopy (82)
factDesign (98)
FamAgg (91)
farms (106)
fastLiquidAssociation (85)
FastqCleaner (3)
fastseg (361)
fbat (1)
fCCAC (77)
fCI (82)
fdrame (91)
FELLA (16)
FEM (329)
ffpe (103)
FGNet (157)
fgsea (2763)
FindMyFriends (112)
FISHalyseR (85)
FitHiC (102)
flagme (90)
flipflop (99)
flowAI (138)
flowBeads (85)
flowBin (84)
flowcatchR (86)
flowCHIC (85)
flowCL (135)
flowClean (129)
flowClust (300)
flowCore (1286)
flowCyBar (88)
flowDensity (147)
flowFit (89)
flowFlowJo (4)
flowFP (110)
flowMap (89)
flowMatch (88)
flowMeans (198)
flowMerge (133)
flowPeaks (145)
flowPhyto (3)
flowPloidy (84)
flowPlots (90)
flowq (0)
flowQ (114)
flowQB (88)
FlowRepositoryR (92)
FlowSOM (404)
flowStats (320)
flowTime (69)
flowTrans (110)
flowType (112)
flowUtils (443)
flowViz (600)
flowVS (88)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (543)
fmcsR (180)
focalCall (87)
FourCSeq (103)
FRGEpistasis (92)
frma (233)
frmaTools (105)
FunChIP (76)
FunciSNP (103)
funtooNorm (69)

G

GA4GHclient (77)
GA4GHshiny (60)
gaga (96)
gage (911)
gaggle (86)
gaia (179)
GAprediction (71)
garfield (77)
GARS (15)
GateFinder (17)
gaucho (77)
gcapc (80)
gcatest (80)
gCMAP (71)
gCMAPWeb (53)
gCrisprTools (79)
gcrma (1666)
GDCRNATools (48)
GDSArray (16)
gdsfmt (851)
geecc (79)
GEM (80)
genArise (97)
genbankr (145)
GENE.E (38)
gene2pathway (2)
GeneAnswers (154)
geneAttribution (74)
GeneBreak (82)
geneClassifiers (70)
GeneExpressionSignature (96)
genefilter (10090)
genefu (241)
GeneGA (74)
GeneGeneInteR (84)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (120)
GeneNetworkBuilder (100)
GeneOverlap (161)
geneplast (77)
geneplotter (7523)
GeneR (2)
geneRecommender (90)
GeneRegionScan (86)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (79)
GeneSelectMMD (95)
GeneSelector (122)
GENESIS (157)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (16)
geNetClassifier (122)
GeneticsBase (1)
GeneticsDesign (112)
GeneticsPed (146)
GeneTraffic (1)
GeneTS (1)
geneXtendeR (81)
GENIE3 (183)
genoCN (90)
GenoGAM (87)
genomation (314)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (241)
GenomeInfoDb (14264)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (321)
genomeintervals (0)
genomes (109)
GenomicAlignments (10578)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (227)
GenomicFeatures (8688)
GenomicFiles (629)
GenomicInteractions (155)
GenomicRanges (16714)
GenomicScores (235)
GenomicTuples (88)
Genominator (102)
genoset (215)
genotypeeval (85)
GenoView (6)
genphen (73)
GenRank (81)
GenVisR (288)
GEOmetadb (247)
GEOquery (4292)
GEOsearch (56)
GEOsubmission (90)
gep2pep (20)
gespeR (99)
GEWIST (80)
gff3Plotter (1)
GGBase (141)
ggbio (1741)
ggcyto (318)
GGtools (135)
ggtree (1246)
GIGSEA (2)
girafe (139)
GISPA (70)
GLAD (206)
Glimma (623)
GlobalAncova (205)
globalSeq (80)
globaltest (583)
gmapR (90)
GMRP (66)
goCluster (0)
GOexpress (153)
GOfuncR (23)
GOFunction (104)
GoogleGenomics (95)
GOpro (87)
goProfiles (141)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2742)
goseq (959)
GOSim (138)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2117)
GOsummaries (139)
GOTHiC (110)
goTools (124)
gotools (0)
gpls (171)
gprege (81)
gQTLBase (206)
gQTLstats (208)
graph (9033)
GraphAlignment (96)
GraphAT (88)
graphite (855)
GraphPAC (94)
GRENITS (88)
GreyListChIP (90)
GRmetrics (117)
groHMM (104)
GRridge (74)
GSALightning (75)
GSAR (156)
GSCA (84)
GSEABase (3403)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (33)
GSEAlm (144)
gsean (18)
GSReg (86)
GSRI (85)
GSVA (599)
gtrellis (133)
GUIDEseq (91)
Guitar (97)
Gviz (2665)
gwascat (199)
GWASTools (317)
gwasurvivr (3)

H

h5vc (94)
hapFabia (92)
Harman (87)
Harshlight (88)
harshlight (0)
HCsnip (65)
HDF5Array (1514)
HDTD (82)
heatmaps (130)
Heatplus (633)
HelloRanges (98)
HELP (90)
HEM (89)
hexbin (4)
hiAnnotator (100)
HIBAG (108)
HiCcompare (63)
hicrep (85)
hierGWAS (83)
HilbertCurve (124)
HilbertVis (291)
HilbertVisGUI (75)
hipathia (17)
hiReadsProcessor (68)
HiTC (214)
hmdbQuery (22)
HMMcopy (156)
hopach (225)
hpar (227)
HTqPCR (213)
HTSanalyzeR (151)
HTSeqGenie (60)
htseqtools (0)
htSeqTools (157)
HTSFilter (167)
HybridMTest (92)
hyperdraw (117)
hypergraph (152)

I

iASeq (80)
iasva (3)
iBBiG (138)
ibh (83)
iBMQ (76)
iCARE (81)
Icens (314)
icetea (2)
iCheck (88)
iChip (83)
iClusterPlus (149)
iCNV (18)
iCOBRA (91)
ideal (86)
ideogram (0)
IdeoViz (123)
idiogram (85)
IdMappingAnalysis (79)
IdMappingRetrieval (79)
iFlow (3)
iGC (80)
igvR (16)
IHW (449)
illuminaio (1839)
imageHTS (95)
IMAS (72)
Imetagene (78)
IMMAN (15)
ImmuneSpaceR (89)
immunoClust (86)
IMPCdata (76)
ImpulseDE (82)
ImpulseDE2 (86)
impute (4918)
INDEED (0)
InPAS (81)
INPower (79)
inSilicoDb (31)
inSilicoMerging (30)
insilicomerging (0)
INSPEcT (87)
InTAD (15)
intansv (100)
InteractionSet (208)
interactiveDisplay (264)
interactiveDisplayBase (3516)
IntEREst (77)
InterMineR (59)
IntramiRExploreR (51)
inversion (0)
inveRsion (80)
IONiseR (112)
iontree (80)
iPAC (100)
ipdDb (1)
IPO (148)
IPPD (154)
IRanges (22322)
IrisSpatialFeatures (46)
iSEE (27)
iSeq (88)
iSNetwork (0)
isobar (182)
IsoformSwitchAnalyzeR (98)
IsoGeneGUI (87)
ISoLDE (76)
isomiRs (85)
iSPlot (1)
ITALICS (88)
iterativeBMA (94)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (87)
iterClust (55)
iteremoval (21)
IVAS (84)
ivygapSE (46)
IWTomics (67)

J

JASPAR2018 (73)
jmosaics (8)
joda (86)
JunctionSeq (136)

K

karyoploteR (241)
KCsmart (81)
kebabs (150)
KEGGgraph (1980)
KEGGlincs (83)
keggorth (1)
keggorthology (112)
KEGGprofile (198)
KEGGREST (2814)
KEGGSOAP (4)
kimod (76)
kissDE (20)
kmknn (12)

L

lapmix (85)
LBE (131)
ldblock (185)
LEA (267)
LedPred (77)
les (88)
lfa (204)
limma (16011)
limmaGUI (140)
LINC (80)
LineagePulse (22)
Linnorm (122)
LiquidAssociation (86)
lmdme (91)
LMGene (102)
LOBSTAHS (90)
loci2path (23)
logicFS (221)
logitT (86)
Logolas (114)
lol (81)
LOLA (147)
LowMACA (80)
LPE (104)
LPEadj (84)
lpNet (81)
lpsymphony (506)
lumi (897)
LVSmiRNA (88)
LymphoSeq (90)

M

M3C (49)
M3D (84)
M3Drop (168)
maanova (112)
macat (84)
maCorrPlot (90)
MACPET (16)
maDB (2)
madb (0)
made4 (352)
MADSEQ (80)
maftools (657)
MAGeCKFlute (20)
maigesPack (92)
MAIT (120)
makecdfenv (214)
makePlatformDesign (1)
MANOR (87)
manta (87)
MantelCorr (85)
mAPKL (78)
maPredictDSC (86)
mapscape (70)
marray (1212)
martini (14)
maser (3)
maSigPro (274)
maskBAD (83)
MassArray (91)
massarray (0)
massiR (83)
MassSpecWavelet (802)
MAST (434)
matchBox (80)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (82)
matter (115)
MaxContrastProjection (67)
MBAmethyl (72)
MBASED (88)
MBCB (89)
mBPCR (87)
MBttest (65)
mcaGUI (86)
MCbiclust (77)
MCRestimate (89)
mCSEA (19)
mdgsa (95)
mdp (16)
mdqc (91)
MDTS (15)
MEAL (81)
MeasurementError.cor (84)
MEDIPS (151)
MEDME (82)
MEIGOR (100)
mergemaid (0)
MergeMaid (131)
Mergeomics (83)
MeSHDbi (173)
meshes (93)
meshr (121)
MeSHSim (30)
messina (78)
metaArray (116)
metaarray (0)
Metab (98)
metabomxtr (91)
MetaboSignal (84)
metaCCA (84)
MetaCyto (51)
metagene (112)
metagenomeFeatures (88)
metagenomeSeq (552)
MetaGxOvarian (7)
metahdep (81)
metaMS (109)
MetaNeighbor (19)
metaR (0)
metaSeq (94)
metaseqR (109)
metavizr (80)
metaX (8)
MetCirc (81)
methimpute (50)
methInheritSim (56)
MethPed (72)
MethTargetedNGS (76)
methVisual (89)
methyAnalysis (168)
MethylAid (96)
methylGSA (2)
methylInheritance (72)
methylKit (391)
MethylMix (112)
methylMnM (80)
methylPipe (122)
MethylSeekR (102)
methylumi (1013)
methyvim (53)
MetID (1)
mfa (61)
Mfuzz (292)
mfuzz (0)
MGFM (82)
MGFR (77)
mgsa (107)
MiChip (82)
microbiome (211)
microRNA (167)
MIGSA (79)
mimager (68)
MIMOSA (87)
MineICA (91)
minet (742)
minfi (1590)
MinimumDistance (82)
MiPP (87)
MIRA (54)
MiRaGE (87)
miRBaseConverter (60)
miRcomp (76)
mirIntegrator (84)
miRLAB (97)
miRmine (47)
miRNAmeConverter (84)
miRNApath (101)
miRNAtap (136)
miRsponge (52)
Mirsynergy (87)
missMethyl (501)
missRows (14)
mitoODE (75)
MLInterfaces (354)
mlm4omics (1)
MLP (101)
MLSeq (124)
MMDiff (9)
MMDiff2 (78)
mmgmos (1)
mmnet (32)
MmPalateMiRNA (86)
MODA (82)
mogsa (90)
monocle (997)
MoonlightR (85)
MoPS (80)
mosaics (148)
motifbreakR (104)
motifcounter (71)
MotifDb (315)
motifmatchr (89)
motifRG (122)
motifStack (423)
MotIV (390)
MPFE (76)
mpra (55)
mQTL.NMR (92)
msa (715)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (67)
MSGFgui (150)
MSGFplus (193)
msmsEDA (175)
msmsTests (169)
MSnbase (1216)
MSnID (185)
msPurity (83)
msQC (0)
MSstats (270)
MSstatsQC (56)
MSstatsQCgui (14)
mtbls2 (0)
Mulcom (131)
MultiAssayExperiment (493)
multiClust (124)
MultiDataSet (105)
MultiMed (77)
multiMiR (81)
multiOmicsViz (70)
multiscan (82)
multtest (5340)
muscle (173)
MutationalPatterns (164)
MVCClass (87)
mvGST (69)
MWASTools (91)
mygene (349)
myvariant (104)
mzID (1069)
mzR (1303)

N

NADfinder (70)
NanoStringDiff (118)
NanoStringQCPro (113)
NarrowPeaks (85)
NBSplice (1)
ncdfFlow (475)
NCIgraph (94)
ndexr (59)
neaGUI (14)
nem (149)
netbenchmark (90)
netbiov (110)
NetCRG (0)
nethet (84)
NetPathMiner (108)
netprioR (73)
netReg (70)
netresponse (91)
NetSAM (82)
netSmooth (17)
networkBMA (92)
NGScopy (81)
nnNorm (89)
NOISeq (522)
nondetects (92)
normalize450K (72)
NormqPCR (272)
normr (81)
npGSEA (92)
NTW (80)
nucleoSim (80)
nucleR (101)
nucler (0)
nudge (81)
NuPoP (88)

O

occugene (79)
OCplus (140)
odseq (74)
OGSA (76)
oligo (1506)
oligoClasses (1564)
OLIN (92)
OLINgui (86)
OmaDB (10)
omicade4 (108)
omiccircos (0)
OmicCircos (270)
omicplotR (17)
omicRexposome (37)
OmicsMarkeR (101)
omicsPrint (18)
Onassis (43)
oncomix (48)
OncoScore (91)
OncoSimulR (95)
oneChannelGUI (72)
oneSENSE (49)
onlineFDR (2)
ontoCAT (85)
ontoProc (49)
ontoTools (1)
openCyto (230)
openPrimeR (60)
openPrimeRui (47)
OperaMate (56)
oposSOM (102)
oppar (72)
OPWeight (60)
OrderedList (253)
ORFik (17)
Organism.dplyr (158)
OrganismDbi (2140)
OSAT (96)
Oscope (89)
OTUbase (87)
OutlierD (102)
OUTRIDER (1)

P

PAA (102)
PADOG (188)
paircompviz (87)
pairseqsim (1)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (98)
panelcn.mops (54)
PAnnBuilder (99)
panp (104)
PANR (84)
PanVizGenerator (81)
PAPi (94)
parglms (75)
parody (157)
Path2PPI (91)
pathifier (229)
PathNet (101)
PathoStat (99)
pathprint (67)
pathRender (88)
pathVar (77)
pathview (2034)
PathwaySplice (53)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (136)
Pbase (98)
pbcmc (79)
pcaExplorer (247)
pcaGoPromoter (137)
pcaMethods (2355)
PCAN (74)
pcot2 (125)
PCpheno (82)
pcxn (49)
pdInfoBuilder (168)
pdmclass (54)
PECA (91)
pepStat (87)
pepXMLTab (88)
perturbatr (16)
PGA (89)
pgca (66)
PGSEA (213)
pgUtils (1)
phantasus (16)
PharmacoGx (132)
phenoDist (81)
phenopath (63)
phenoTest (121)
PhenStat (85)
philr (94)
phosphonormalizer (70)
phyloseq (2178)
Pi (84)
piano (339)
pickgene (87)
PICS (142)
Pigengene (83)
PING (85)
pint (89)
pkgDepTools (111)
plateCore (91)
plethy (78)
plgem (98)
plier (220)
PLPE (87)
plrs (79)
plw (81)
plyranges (30)
pmm (73)
podkat (84)
pogos (18)
polyester (152)
Polyfit (81)
POST (64)
PowerExplorer (19)
powerTCR (16)
PPInfer (81)
ppiStats (93)
pqsfinder (85)
prada (252)
prebs (82)
PREDA (90)
predictionet (53)
preprocessCore (7843)
Prize (77)
proBAMr (91)
PROcess (175)
procoil (87)
ProCoNA (80)
proFIA (83)
profileScoreDist (70)
progeny (59)
pRoloc (240)
pRolocGUI (98)
PROMISE (84)
PROPER (101)
PROPS (48)
Prostar (113)
prot2D (85)
proteinProfiles (80)
ProteomicsAnnotationHubData (83)
proteoQC (96)
ProtGenerics (3789)
PSEA (81)
psichomics (96)
PSICQUIC (107)
psygenet2r (92)
puma (142)
PureCN (133)
pvac (88)
pvca (149)
Pviz (97)
PWMEnrich (138)
pwOmics (85)
pxr (0)

Q

qcmetrics (91)
QDNAseq (172)
qpcrNorm (95)
qpgraph (204)
qPLEXanalyzer (2)
qrqc (165)
qsea (78)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (95)
quantro (115)
quantsmooth (349)
QuartPAC (80)
QuasR (297)
QuaternaryProd (75)
QUBIC (116)
qusage (186)
qvalue (4592)

R

R3CPET (77)
r3Cseq (136)
R453Plus1Toolbox (88)
R4RNA (82)
RaggedExperiment (343)
rain (102)
rama (93)
ramigo (0)
RamiGO (120)
ramwas (74)
RandomWalkRestartMH (16)
randPack (85)
RankProd (386)
RareVariantVis (80)
Rariant (86)
RbcBook1 (98)
RBGL (5385)
RBioinf (90)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (155)
RBM (75)
Rbowtie (301)
Rbowtie2 (114)
rbsurv (109)
Rcade (97)
RCAS (83)
RCASPAR (80)
rcellminer (99)
rCGH (100)
Rchemcpp (93)
RchyOptimyx (95)
RcisTarget (52)
RConferoMapping (0)
Rcpi (128)
RCy3 (225)
RCyjs (85)
RCytoscape (228)
RDAVIDWebService (379)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (90)
Rdisop (267)
RDRToolbox (183)
ReactomePA (728)
readat (96)
ReadqPCR (283)
reb (79)
recount (260)
recoup (77)
RedeR (172)
REDseq (125)
RefNet (79)
RefPlus (87)
regioneR (807)
regionReport (158)
regsplice (78)
REMP (90)
Repitools (255)
ReportingTools (826)
reposTools (0)
ReQON (80)
Resourcerer (3)
restfulSE (63)
rexposome (50)
rfcdmin (0)
rflowcyt (2)
rfPred (86)
rGADEM (464)
RGalaxy (92)
Rgin (15)
RGMQL (20)
RGraph2js (73)
Rgraphviz (5246)
rGREAT (134)
RGSEA (112)
rgsepd (80)
rhdf5 (5581)
rhdf5client (68)
Rhdf5lib (1924)
Rhtslib (620)
rHVDM (78)
RiboProfiling (108)
riboSeq (0)
riboSeqR (102)
RImmPort (82)
Ringo (294)
Rintact (1)
RIPSeeker (146)
Risa (96)
RITAN (69)
RIVER (77)
RJMCMCNucleosomes (74)
RLMM (83)
RMAGEML (1)
Rmagpie (84)
RMAPPER (2)
RMassBank (111)
rMAT (76)
RmiR (82)
rmir (0)
Rmmquant (2)
RNAdecay (14)
RNAinteract (82)
RNAither (87)
rnaither (0)
RNAprobR (79)
rnaseqcomp (84)
RnaSeqGeneEdgeRQL (85)
rnaSeqMap (90)
RNASeqPower (161)
RnaSeqSampleSize (110)
RnBeads (250)
Rnits (84)
roar (101)
ROC (765)
Roleswitch (108)
Rolexa (8)
rols (225)
roma (4)
ROntoTools (106)
ropls (322)
ROTS (152)
RPA (122)
RProtoBufLib (312)
RpsiXML (107)
rpx (300)
Rqc (124)
rqt (72)
rqubic (129)
rRDP (80)
Rredland (1)
RRHO (103)
Rsamtools (9993)
rsbml (134)
RSeqAn (13)
rSFFreader (55)
RSNPper (1)
Rsubread (1748)
RSVSim (92)
rTANDEM (192)
RTCA (92)
RTCGA (398)
RTCGAToolbox (433)
RTN (130)
RTNduals (74)
RTNsurvival (53)
RTools4TB (1)
RTopper (89)
rtracklayer (10147)
Rtreemix (88)
rTRM (94)
rTRMui (83)
runibic (58)
Ruuid (1)
RUVcorr (90)
RUVnormalize (102)
RUVSeq (560)
RVS (50)
RWebServices (4)
rWikiPathways (19)

S

S4Vectors (22230)
safe (339)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (83)
SAGx (159)
samExploreR (59)
sampleClassifier (71)
SamSPECTRAL (129)
sangerseqR (245)
SANTA (91)
sapFinder (78)
saps (6)
savR (101)
sbgr (4)
SBMLR (102)
SC3 (484)
Scale4C (47)
SCAN.UPC (202)
scater (1437)
scDD (127)
scde (370)
scFeatureFilter (18)
scfind (74)
ScISI (96)
scmap (107)
scmeth (15)
SCnorm (123)
scone (153)
Sconify (16)
scoreInvHap (50)
scPipe (68)
scran (938)
scruff (1)
scsR (76)
SDAMS (14)
segmentSeq (133)
SELEX (81)
SemDist (79)
semisup (71)
SemSim (1)
SEPA (77)
SEPIRA (14)
seq2pathway (88)
SeqArray (219)
seqbias (96)
seqCAT (46)
seqCNA (91)
seqcombo (56)
SeqGSEA (187)
seqLogo (957)
Seqnames (0)
seqPattern (296)
seqplots (155)
seqsetvis (15)
SeqSQC (48)
seqTools (105)
SeqVarTools (172)
sesame (3)
sevenbridges (107)
sevenC (14)
SGSeq (147)
shinyMethyl (151)
shinyTANDEM (90)
ShortRead (4139)
shortread (0)
SIAMCAT (15)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (98)
SigCheck (81)
sigFeature (3)
SigFuge (78)
siggenes (1654)
sights (75)
signeR (107)
signet (23)
sigPathway (155)
sigsquared (75)
SIM (85)
SIMAT (86)
SimBindProfiles (77)
similaRpeak (83)
SIMLR (187)
simpleaffy (790)
simulatorAPMS (1)
simulatorZ (81)
sincell (109)
SingleCellExperiment (1005)
singleCellTK (22)
singscore (16)
SISPA (75)
sizepower (101)
SJava (5)
skewr (71)
slalom (59)
SLGI (84)
slingshot (9)
slinky (1)
SLqPCR (101)
SMAP (78)
SMITE (88)
SNAData (1)
SNAGEE (82)
snapCGH (101)
snm (157)
snpAssoc (0)
SNPchip (244)
SNPediaR (89)
SNPhood (86)
snpMatrix (6)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (713)
snpStats (966)
soGGi (88)
SomatiCA (12)
SomaticSignatures (234)
SpacePAC (84)
spade (27)
sparseDOSSA (67)
SparseSignatures (16)
specL (90)
SpeCond (123)
SPEM (89)
SPIA (465)
SpidermiR (116)
spikeLI (78)
spkTools (85)
splatter (169)
splicegear (83)
spliceR (147)
spliceSites (83)
SplicingGraphs (133)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (79)
SPLINTER (75)
splots (218)
SPONGE (48)
spotSegmentation (89)
SQUADD (81)
SRAdb (540)
sRAP (82)
SRGnet (69)
srnadiff (17)
sscore (87)
sscu (74)
sSeq (118)
ssize (117)
SSPA (233)
ssviz (83)
stageR (55)
stam (1)
STAN (91)
staRank (80)
StarBioTrek (77)
Starr (88)
STATegRa (92)
statTarget (121)
stepNorm (87)
stepwiseCM (30)
strandCheckR (0)
Streamer (83)
STRINGdb (422)
STROMA4 (69)
subSeq (97)
SummarizedBenchmark (17)
SummarizedExperiment (13665)
supraHex (414)
survcomp (475)
Sushi (259)
sva (3088)
SVAPLSseq (71)
SVM2CRM (73)
SWATH2stats (106)
SwathXtend (73)
swfdr (66)
SwimR (75)
switchBox (92)
switchde (81)
synapter (163)
synergyfinder (115)
synlet (72)
systemPipeR (711)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (91)
TargetSearch (87)
targetsearch (0)
TarSeqQC (90)
TCC (201)
TCGAbiolinks (1113)
TCGAbiolinksGUI (168)
TCGAutils (25)
TCseq (90)
TDARACNE (88)
tdaracne (0)
tenXplore (45)
TEQC (114)
ternarynet (76)
TFARM (48)
TFBSTools (391)
TFEA.ChIP (19)
TFHAZ (47)
TFutils (22)
tiger (0)
tigre (91)
tilingArray (123)
timecourse (123)
TimerQuant (0)
timescape (73)
TIN (75)
TissueEnrich (17)
TitanCNA (116)
tkWidgets (555)
TMixClust (60)
TnT (54)
tofsims (80)
ToPASeq (64)
topdownr (49)
topGO (2236)
topicmodels (0)
TPP (100)
tracktables (86)
trackViewer (204)
transcriptogramer (49)
transcriptR (79)
tRanslatome (81)
TransView (85)
traseR (81)
treeio (925)
trena (43)
TReNA (30)
Trendy (21)
triform (76)
trigger (80)
trio (107)
triplex (89)
tRNAscanImport (14)
TRONCO (118)
TSCAN (187)
tspair (99)
TSRchitect (80)
TSSi (84)
TTMap (15)
TurboNorm (81)
TVTB (73)
tweeDEseq (112)
twilight (248)
twoddpcr (74)
tximport (2085)
TxRegInfra (12)
TypeInfo (79)

U

Ularcirc (2)
UNDO (80)
unifiedWMWqPCR (79)
UniProt.ws (248)
Uniquorn (72)
uSORT (73)

V

VanillaICE (117)
variancePartition (138)
VariantAnnotation (4838)
VariantFiltering (126)
VariantTools (126)
vbmp (134)
Vega (81)
VegaMC (78)
vidger (18)
viper (164)
virtualArray (13)
vsn (2767)
vtpnet (74)
vulcan (48)

W

wateRmelon (520)
wavClusteR (87)
waveTiling (82)
weaver (112)
webbioc (90)
widgetInvoke (1)
widgetTools (570)
wiggleplotr (79)

X

XBSeq (91)
xcms (989)
XDE (79)
xmapbridge (81)
xmapcore (2)
xps (93)
XVector (15345)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (86)
YAPSA (86)
yaqcaffy (112)
yarn (86)

Z

zFPKM (61)
zinbwave (174)
zlibbioc (17368)