See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2022-08-11 22:13:16 -0400 (Thu, 11 Aug 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (3067)
2TCGAbiolinksGUI.data (2281)
3HSMMSingleCell (2082)
4airway (1636)
5celldex (1542)
6geneLenDataBase (1470)
7scRNAseq (1188)
8pasilla (871)
9tximportData (667)
10ChAMPdata (549)
11Illumina450ProbeVariants.db (505)
12GSVAdata (472)
13bladderbatch (450)
14msdata (431)
15TENxPBMCData (374)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (40)
adductData (36)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (25)
affycoretools (0)
affydata (263)
Affyhgu133A2Expr (26)
Affyhgu133aExpr (31)
Affyhgu133Plus2Expr (35)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (74)
Affymoe4302Expr (29)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1636)
ALL (3067)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (75)
alpineData (30)
AmpAffyExample (25)
AneuFinderData (65)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (35)
aracne.networks (56)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (42)
AshkenazimSonChr21 (18)
ASICSdata (29)
AssessORFData (24)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (367)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (47)
BeadArrayUseCases (27)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (17)
benchmarkfdrData2019 (20)
BentoBoxData (1)
beta7 (20)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (19)
biomaRt (0)
BioPlex (2)
Biostrings (0)
biotmleData (26)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (41)
bladderbatch (450)
blimaTestingData (23)
BloodCancerMultiOmics2017 (34)
bodymapRat (28)
brainImageRdata (13)
breakpointRdata (45)
breastCancerMAINZ (65)
breastCancerNKI (70)
breastCancerTRANSBIG (46)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (92)
brgedata (36)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (51)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (29)
CardinalWorkflows (28)
Category (0)
ccdata (65)
CCl4 (49)
ccTutorial (18)
celarefData (23)
celldex (1542)
CellMapperData (22)
ceu1kg (3)
ceu1kgv (3)
ceuhm3 (3)
cgdv17 (6)
cghMCR (0)
ChAMPdata (549)
charmData (2)
cheung2010 (1)
ChIC.data (39)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (78)
ChIPexoQualExample (21)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (33)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (32)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (64)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (231)
CLLmethylation (18)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (30)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (22)
CMA (0)
cMap2data (44)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (19)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (48)
colonCA (26)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (18)
ConnectivityMap (25)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (49)
CopyhelpeR (58)
CopyNeutralIMA (22)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (44)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crisprScoreData (14)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (16)
curatedAdipoChIP (18)
curatedAdipoRNA (19)
curatedBladderData (25)
curatedBreastData (27)
curatedCRCData (23)
curatedMetagenomicData (228)
curatedOvarianData (55)
curatedTBData (11)
curatedTCGAData (205)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (77)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (16)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (167)
derfinderData (38)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (17)
destiny (0)
DExMAdata (30)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (27)
diggit (0)
diggitdata (23)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (89)
DmelSGI (19)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (219)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (14)
DOQTL (0)
dorothea (340)
DREAM4 (21)
dressCheck (15)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (103)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (43)
dsQTL (4)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (48)
DupChecker (0)
DvDdata (13)
dyebias (0)
dyebiasexamples (21)
DynDoc (0)

E

easierData (33)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (27)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (159)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (212)
EMDomics (0)
emtdata (29)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
EpiMix.data (1)
epimutacionsData (7)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (80)
etec16s (21)
eudysbiome (0)
ewceData (89)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (217)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (3)
facsDorit (4)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (27)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (20)
FGNet (0)
fibroEset (46)
FieldEffectCrc (20)
FindMyFriends (0)
FIs (57)
FISHalyseR (0)
fission (262)
flagme (0)
Fletcher2013a (35)
Fletcher2013b (33)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (3)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (22)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (236)
FlowSorted.Blood.EPIC (136)
FlowSorted.CordBlood.450k (35)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (49)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (23)
FlowSorted.DLPFC.450k (28)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (94)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (4)
furrowSeg (15)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (287)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (53)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1470)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (48)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (31)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (36)
geuvPack (4)
geuvStore (1)
geuvStore2 (4)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (4)
ggtut (1)
GIGSEAdata (15)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (224)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (17)
graph (0)
graphite (0)
grndata (40)
GSBenchMark (19)
GSE103322 (19)
GSE13015 (27)
GSE159526 (10)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (11)
GSVAdata (472)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (44)
GWASTools (0)

H

h5vcData (73)
hapmap100khind (14)
hapmap100kxba (27)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (14)
hapmapsnp5 (23)
hapmapsnp6 (30)
harbChIP (19)
HarmanData (26)
HarmonizedTCGAData (21)
HCAData (61)
HD2013SGI (23)
HDCytoData (149)
healthyControlsPresenceChecker (4)
healthyFlowData (21)
HEEBOdata (19)
HelloRangesData (30)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (20)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (12)
HiCDataHumanIMR90 (26)
HiCDataLymphoblast (20)
HighlyReplicatedRNASeq (14)
Hiiragi2013 (100)
HIVcDNAvantWout03 (13)
HMP16SData (47)
HMP2Data (27)
hmyriB36 (3)
HSMMSingleCell (2082)
HumanAffyData (22)
humanStemCell (78)

I

IHW (1)
IHWpaper (19)
Illumina450ProbeVariants.db (505)
IlluminaDataTestFiles (50)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (24)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (0)
ITALICSData (40)
Iyer517 (14)

J

JASPAR2014 (41)
JASPAR2016 (108)
JctSeqData (4)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (42)
KEGGdzPathwaysGEO (184)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (18)
KOdata (45)

L

leeBamViews (46)
leukemiasEset (111)
LiebermanAidenHiC2009 (17)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (15)
LRcellTypeMarkers (21)
lumi (0)
lumiBarnes (38)
LungCancerACvsSCCGEO (38)
LungCancerLines (25)
lungExpression (38)
lydata (26)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (37)
macrophage (111)
MACSdata (18)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (18)
mAPKLData (21)
maqcExpression4plex (31)
MAQCsubset (19)
MAQCsubsetAFX (6)
MAQCsubsetILM (14)
marray (0)
mCSEAdata (50)
mcsurvdata (19)
MEALData (1)
MEDIPSData (32)
MEEBOdata (18)
Metab (0)
MetaGxBreast (29)
MetaGxOvarian (25)
MetaGxPancreas (23)
metaMS (0)
metaMSdata (33)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (25)
methylclockData (57)
MethylMix (0)
MethylSeqData (17)
methylumi (0)
methyvimData (3)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (70)
microRNAome (18)
MIGSAdata (20)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (324)
minfiDataEPIC (58)
minionSummaryData (31)
miRcompData (38)
miRNATarget (20)
mitoODEdata (4)
MMAPPR2data (24)
MMDiffBamSubset (19)
MOFAdata (67)
mosaicsExample (72)
mouse4302barcodevecs (13)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (124)
MouseThymusAgeing (34)
MSBdata (1)
msd16s (25)
msdata (431)
msigdb (173)
MSMB (71)
MSnbase (0)
msPurityData (46)
msqc1 (15)
MSstatsBioData (9)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (39)
MTseekerData (2)
MUGAExampleData (13)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (69)
mvoutData (18)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (47)
nanotubes (25)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (15)
NestLink (17)
netDx.examples (2)
Neve2006 (14)
neve2006 (0)
NGScopyData (33)
NOISeq (0)
nullrangesData (17)
NxtIRFdata (27)

O

ObMiTi (15)
oct4 (16)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (33)
OnassisJavaLibs (24)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (36)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (221)
pasilla (871)
pasillaBamSubset (229)
PasillaTranscriptExpr (39)
pathifier (0)
PathNetData (21)
pathprintGEOData (3)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (5)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (5)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (3)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (28)
pcxnData (37)
pd.atdschip.tiling (15)
pepDat (22)
PepsNMRData (26)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (14)
phyloseq (0)
plasFIA (20)
plier (0)
plotgardenerData (30)
polyester (0)
ppiData (29)
prebsdata (20)
preciseTADhub (15)
PREDAsampledata (46)
preprocessCore (0)
ProData (20)
pRolocdata (197)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (14)
prostateCancerStockholm (14)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (0)
ptairData (20)
PtH2O2lipids (23)
pumadata (20)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (23)
PWMEnrich.Hsapiens.background (27)
PWMEnrich.Mmusculus.background (21)
pwrEWAS.data (47)

Q

QDNAseq.hg19 (94)
QDNAseq.mm10 (50)
qPLEXdata (21)
quantsmooth (0)
QUBICdata (34)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (47)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (35)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (67)
RegParallel (65)
ReportingTools (0)
restfulSEData (23)
rfcdmin (0)
RforProteomics (150)
RGMQLlib (36)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (14)
RIPSeekerData (6)
RITANdata (38)
RLHub (23)
RMassBankData (25)
RNAinteractMAPK (18)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (56)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (242)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (25)
RnaSeqSampleSizeData (78)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (129)
RnBeads.hg38 (102)
RnBeads.mm10 (86)
RnBeads.mm9 (69)
RnBeads.rn5 (16)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (14)
rRDPData (20)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (284)
RTCGA.CNV (43)
RTCGA.methylation (44)
RTCGA.miRNASeq (83)
RTCGA.mRNA (161)
RTCGA.mutations (75)
RTCGA.PANCAN12 (38)
RTCGA.rnaseq (138)
RTCGA.RPPA (39)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (40)

S

S4Vectors (0)
sampleClassifierData (19)
SBGNview.data (66)
scanMiRData (21)
scATAC.Explorer (10)
SCATE (0)
SCATEData (30)
SCLCBam (21)
scpdata (28)
scRNAseq (1188)
scTHI.data (19)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (44)
seqc (22)
seqCNA.annot (43)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (354)
seventyGeneData (16)
shinyMethylData (24)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (59)
sigPathway (0)
SimBenchData (21)
simpIntLists (48)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (14)
SingleCellMultiModal (49)
SingleMoleculeFootprintingData (19)
SNAData (21)
snadata (0)
SNAGEEdata (38)
SNPhoodData (18)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (12)
SomaticCancerAlterations (52)
spade (0)
spatialDmelxsim (11)
spatialLIBD (97)
SPIA (0)
SpikeIn (26)
SpikeInSubset (74)
spliceR (0)
spqnData (19)
stemHypoxia (52)
STexampleData (52)
stjudem (19)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (14)
synapterdata (30)
systemPipeRdata (223)

T

TabulaMurisData (30)
TabulaMurisSenisData (35)
TargetScoreData (20)
TargetSearchData (21)
tartare (28)
TBX20BamSubset (44)
TCGAbiolinksGUI.data (2281)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (16)
TCGAMethylation450k (34)
tcgaWGBSData.hg19 (12)
TCGAWorkflowData (106)
TENxBrainData (74)
TENxBUSData (28)
TENxPBMCData (374)
TENxVisiumData (57)
TFBSTools (0)
timecoursedata (30)
TimerQuant (15)
tinesath1cdf (15)
tinesath1probe (13)
tissueTreg (31)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (21)
tofsimsData (21)
topdownrdata (20)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tuberculosis (9)
tweeDEseqCountData (98)
twilight (0)
tximportData (667)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (15)
VectraPolarisData (6)
vsn (0)
vulcandata (18)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (3)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (42)
WGSmapp (29)
widgetTools (0)

X

xcms (1)
xcoredata (8)
XhybCasneuf (16)
XVector (0)

Y

yeastCC (51)
yeastExpData (65)
yeastGSData (13)
yeastNagalakshmi (39)
yeastRNASeq (49)
yri1kgv (4)
yriMulti (2)

Z

zebrafishRNASeq (125)
zlibbioc (0)