See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-09-18 11:17:19 -0400 (Sat, 18 Sep 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2803)
2HSMMSingleCell (2012)
3airway (1622)
4TCGAbiolinksGUI.data (1328)
5geneLenDataBase (1304)
6scRNAseq (1081)
7pasilla (985)
8celldex (759)
9tximportData (640)
10ChAMPdata (503)
11bladderbatch (464)
12Illumina450ProbeVariants.db (446)
13GSVAdata (404)
14msdata (368)
15minfiData (326)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (50)
adductData (32)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (22)
affycoretools (0)
affydata (268)
Affyhgu133A2Expr (24)
Affyhgu133aExpr (26)
Affyhgu133Plus2Expr (35)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (36)
Affymoe4302Expr (27)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1622)
ALL (2803)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (65)
alpineData (26)
AmpAffyExample (22)
AneuFinderData (59)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (35)
aracne.networks (52)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (37)
AshkenazimSonChr21 (16)
ASICSdata (25)
AssessORFData (20)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (262)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (39)
BeadArrayUseCases (31)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (4)
benchmarkfdrData2019 (16)
BentoBoxData (1)
beta7 (16)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (5)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (23)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (36)
bladderbatch (464)
blimaTestingData (21)
BloodCancerMultiOmics2017 (35)
bodymapRat (22)
brainImageRdata (14)
breakpointRdata (36)
breastCancerMAINZ (66)
breastCancerNKI (71)
breastCancerTRANSBIG (47)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (44)
breastCancerVDX (87)
brgedata (40)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (46)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (31)
CardinalWorkflows (33)
Category (0)
ccdata (63)
CCl4 (35)
ccTutorial (15)
celarefData (21)
celldex (759)
CellMapperData (22)
ceu1kg (10)
ceu1kgv (10)
ceuhm3 (8)
cgdv17 (32)
cghMCR (0)
ChAMPdata (503)
charmData (2)
cheung2010 (1)
ChIC.data (41)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (80)
ChIPexoQualExample (20)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (31)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (36)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (61)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (263)
CLLmethylation (16)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (23)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (17)
CMA (0)
cMap2data (41)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (44)
colonCA (26)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (19)
ConnectivityMap (22)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (65)
CopyhelpeR (61)
CopyNeutralIMA (18)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (48)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (14)
curatedAdipoChIP (14)
curatedAdipoRNA (15)
curatedBladderData (25)
curatedBreastData (35)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (203)
curatedOvarianData (62)
curatedTCGAData (223)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (63)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (18)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (89)
derfinderData (39)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
DExMAdata (9)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (21)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (69)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (260)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
dorothea (257)
DREAM4 (18)
dressCheck (14)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (66)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (42)
dsQTL (11)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (43)
DupChecker (0)
DvDdata (14)
dyebias (0)
dyebiasexamples (20)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (28)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (174)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (231)
EMDomics (0)
emtdata (11)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (75)
etec16s (21)
eudysbiome (0)
ewceData (18)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (284)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (3)
facsDorit (11)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (25)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (18)
FGNet (0)
fibroEset (45)
FieldEffectCrc (12)
FindMyFriends (0)
FIs (61)
FISHalyseR (0)
fission (320)
flagme (0)
Fletcher2013a (28)
Fletcher2013b (27)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (12)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (21)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (228)
FlowSorted.Blood.EPIC (137)
FlowSorted.CordBlood.450k (38)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (49)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (27)
FlowSorted.DLPFC.450k (28)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (109)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (8)
furrowSeg (13)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (281)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (13)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (56)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1304)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (49)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (6)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (38)
geuvPack (14)
geuvStore (1)
geuvStore2 (15)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (24)
ggtut (1)
GIGSEAdata (13)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (252)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (17)
graph (1)
graphite (0)
grndata (28)
GSBenchMark (18)
GSE103322 (1)
GSE13015 (6)
GSE62944 (35)
GSEABase (0)
gskb (70)
GSVAdata (404)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (50)
GWASTools (0)

H

h5vcData (62)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (31)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (24)
hapmapsnp6 (32)
harbChIP (19)
HarmanData (24)
HarmonizedTCGAData (20)
HCAData (58)
HD2013SGI (18)
HDCytoData (130)
healthyFlowData (19)
HEEBOdata (19)
HelloRangesData (30)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (19)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (12)
HiCDataHumanIMR90 (28)
HiCDataLymphoblast (21)
HighlyReplicatedRNASeq (14)
Hiiragi2013 (86)
HIVcDNAvantWout03 (13)
HMP16SData (46)
HMP2Data (24)
hmyriB36 (10)
HSMMSingleCell (2012)
HumanAffyData (18)
humanStemCell (78)

I

IHW (0)
IHWpaper (16)
Illumina450ProbeVariants.db (446)
IlluminaDataTestFiles (45)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (7)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (34)
Iyer517 (13)

J

JASPAR2014 (38)
JASPAR2016 (110)
JctSeqData (16)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (44)
KEGGdzPathwaysGEO (211)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (15)
KOdata (44)

L

leeBamViews (53)
leukemiasEset (132)
LiebermanAidenHiC2009 (18)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (13)
LRcellTypeMarkers (6)
lumi (0)
lumiBarnes (23)
LungCancerACvsSCCGEO (36)
LungCancerLines (23)
lungExpression (33)
lydata (25)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (30)
macrophage (118)
MACSdata (6)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (15)
mAPKLData (19)
maqcExpression4plex (32)
MAQCsubset (19)
MAQCsubsetAFX (17)
MAQCsubsetILM (13)
marray (0)
mCSEAdata (45)
mcsurvdata (14)
MEALData (1)
MEDIPSData (34)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
MetaGxBreast (26)
MetaGxOvarian (22)
MetaGxPancreas (20)
metaMS (0)
metaMSdata (26)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (21)
methylclockData (9)
MethylMix (0)
MethylSeqData (11)
methylumi (0)
methyvimData (11)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (28)
microRNAome (16)
MIGSAdata (20)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (326)
minfiDataEPIC (56)
minionSummaryData (23)
miRcompData (33)
miRNATarget (19)
mitoODEdata (13)
MMAPPR2data (17)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (62)
mosaicsExample (52)
mouse4302barcodevecs (11)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (96)
MouseThymusAgeing (4)
MSBdata (1)
msd16s (29)
msdata (368)
msigdb (30)
MSMB (56)
MSnbase (0)
msPurityData (29)
msqc1 (13)
MSstatsBioData (28)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (30)
MTseekerData (4)
MUGAExampleData (14)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (72)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (20)
nanotubes (20)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (12)
NestLink (13)
netDx.examples (2)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (37)
NOISeq (0)

O

ObMiTi (4)
oct4 (13)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (36)
OnassisJavaLibs (40)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (29)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (246)
pasilla (985)
pasillaBamSubset (199)
PasillaTranscriptExpr (43)
pathifier (0)
PathNetData (18)
pathprintGEOData (10)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (20)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (18)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (13)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (25)
pcxnData (31)
pd.atdschip.tiling (13)
pepDat (20)
PepsNMRData (23)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (13)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (0)
plotgardenerData (0)
polyester (0)
ppiData (38)
prebsdata (17)
preciseTADhub (5)
PREDAsampledata (44)
preprocessCore (0)
ProData (17)
pRolocdata (203)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (14)
prostateCancerStockholm (14)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (0)
ptairData (6)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (20)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (31)
PWMEnrich.Mmusculus.background (23)
pwrEWAS.data (45)

Q

QDNAseq.hg19 (85)
QDNAseq.mm10 (40)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (32)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (46)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (34)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (48)
RegParallel (55)
ReportingTools (0)
restfulSEData (19)
rfcdmin (0)
RforProteomics (165)
RGMQLlib (31)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (8)
RITANdata (44)
RMassBankData (25)
RNAinteractMAPK (11)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (30)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (197)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (21)
RnaSeqSampleSizeData (74)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (165)
RnBeads.hg38 (134)
RnBeads.mm10 (121)
RnBeads.mm9 (83)
RnBeads.rn5 (12)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (18)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (295)
RTCGA.CNV (41)
RTCGA.methylation (45)
RTCGA.miRNASeq (85)
RTCGA.mRNA (171)
RTCGA.mutations (85)
RTCGA.PANCAN12 (34)
RTCGA.rnaseq (156)
RTCGA.RPPA (36)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (46)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (17)
SBGNview.data (42)
scanMiRData (1)
SCATE (1)
SCATEData (25)
SCLCBam (21)
scpdata (10)
scRNAseq (1081)
scTHI.data (17)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (39)
seqc (23)
seqCNA.annot (50)
seqLogo (0)
serumStimulation (12)
sesameData (310)
seventyGeneData (15)
shinyMethylData (24)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (42)
sigPathway (0)
SimBenchData (4)
simpIntLists (43)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (14)
SingleCellMultiModal (26)
SingleMoleculeFootprintingData (5)
SNAData (14)
snadata (0)
SNAGEEdata (33)
SNPhoodData (18)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (12)
SomaticCancerAlterations (48)
spade (0)
spatialDmelxsim (1)
spatialLIBD (74)
SPIA (0)
SpikeIn (26)
SpikeInSubset (83)
spliceR (0)
spqnData (16)
stemHypoxia (41)
STexampleData (15)
stjudem (17)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (14)
synapterdata (72)
systemPipeRdata (231)

T

TabulaMurisData (21)
TabulaMurisSenisData (0)
TargetScoreData (17)
TargetSearchData (17)
tartare (29)
TBX20BamSubset (39)
TCGAbiolinksGUI.data (1328)
TCGAcrcmiRNA (12)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (25)
tcgaWGBSData.hg19 (13)
TCGAWorkflowData (113)
TENxBrainData (72)
TENxBUSData (25)
TENxPBMCData (321)
TENxVisiumData (6)
TFBSTools (0)
timecoursedata (18)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (12)
tinesath1probe (11)
tissueTreg (19)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (15)
tofsimsData (18)
topdownrdata (17)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (123)
twilight (0)
tximportData (640)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (12)
vsn (0)
vulcandata (17)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (9)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (50)
WGSmapp (23)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (13)
XVector (1)

Y

yeastCC (60)
yeastExpData (77)
yeastGSData (11)
yeastNagalakshmi (35)
yeastRNASeq (52)
yri1kgv (17)
yriMulti (9)

Z

zebrafishRNASeq (139)
zlibbioc (1)