See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2021-05-14 05:34:05 -0400 (Fri, 14 May 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (42559)
2BiocGenerics (42214)
3S4Vectors (38849)
4IRanges (37192)
5Biobase (36368)
6zlibbioc (31825)
7GenomeInfoDb (30820)
8XVector (30297)
9DelayedArray (30143)
10AnnotationDbi (28639)
11GenomicRanges (27706)
12BiocParallel (27621)
13SummarizedExperiment (27467)
14limma (25294)
15Biostrings (22613)
16biomaRt (18897)
17annotate (18014)
18genefilter (17686)
19Rsamtools (16726)
20BiocFileCache (16566)
21graph (16477)
22rtracklayer (16079)
23edgeR (15925)
24GenomicAlignments (15846)
25Rhtslib (15337)
26Rhdf5lib (14825)
27DESeq2 (14540)
28GenomicFeatures (14098)
29geneplotter (13438)
30rhdf5 (13375)
31MatrixGenerics (12663)
32preprocessCore (11542)
33qvalue (10243)
34Rgraphviz (9689)
35RBGL (9416)
36clusterProfiler (8924)
37fgsea (8848)
38multtest (8818)
39GOSemSim (8754)
40enrichplot (8316)
41BSgenome (8265)
42DOSE (8243)
43HDF5Array (8000)
44ProtGenerics (7544)
45DelayedMatrixStats (7497)
46affyio (7452)
47affy (7418)
48impute (7406)
49GEOquery (6753)
50ComplexHeatmap (6747)
51SingleCellExperiment (6643)
52ensembldb (6467)
53AnnotationFilter (6322)
54AnnotationHub (6267)
55beachmat (6190)
56VariantAnnotation (6160)
57GSEABase (5872)
58KEGGREST (5755)
59interactiveDisplayBase (5650)
60rhdf5filters (5590)
61sva (5267)
62ShortRead (5199)
63BiocStyle (5034)
64BiocSingular (4861)
65BiocNeighbors (4738)
66scater (4496)
67biovizBase (4160)
68KEGGgraph (4139)
69pathview (4075)
70vsn (3869)
71pcaMethods (3722)
72biocViews (3687)
73phyloseq (3616)
74ExperimentHub (3476)
75biomformat (3398)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (76)
a4Base (103)
a4Classif (75)
a4Core (117)
a4Preproc (110)
a4Reporting (75)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (70)
ABarray (60)
abseqR (56)
ABSSeq (71)
acde (71)
ACE (63)
aCGH (129)
ACME (74)
ADaCGH2 (56)
ADAM (51)
ADAMgui (48)
adaptest (19)
adductomicsR (46)
ADImpute (23)
adSplit (59)
AffiXcan (50)
affxparser (1554)
affy (7418)
affycomp (85)
AffyCompatible (84)
affyContam (64)
affycoretools (333)
affydata (0)
AffyExpress (55)
affyILM (53)
affyio (7452)
affylmGUI (89)
affyPara (59)
affypdnn (15)
affyPLM (1273)
affyQCReport (170)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (58)
AffyTiling (1)
AGDEX (55)
aggregateBioVar (24)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (150)
AgiMicroRna (135)
agimicrorna (0)
AIMS (433)
airpart (1)
ALDEx2 (403)
alevinQC (68)
AllelicImbalance (79)
AlphaBeta (49)
alpine (94)
ALPS (58)
AlpsNMR (23)
alsace (66)
altcdfenvs (62)
AMARETTO (55)
AMOUNTAIN (72)
amplican (69)
ampliQueso (4)
AnalysisPageServer (23)
anamiR (11)
Anaquin (57)
ANCOMBC (88)
AneuFinder (81)
ANF (54)
animalcules (62)
annaffy (335)
AnnBuilder (0)
annmap (49)
annotate (18014)
AnnotationDbi (28639)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6322)
AnnotationForge (2822)
AnnotationFuncs (84)
AnnotationHub (6267)
AnnotationHubData (135)
annotationTools (95)
annotatr (326)
anota (67)
anota2seq (65)
antiProfiles (57)
AnVIL (191)
AnVILBilling (20)
AnVILPublish (20)
APAlyzer (58)
apcluster (0)
apComplex (66)
apcomplex (0)
apeglm (2286)
applera (0)
appreci8R (51)
aroma.light (2233)
ArrayExpress (606)
ArrayExpressHTS (41)
arrayMagic (0)
arrayMvout (49)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (67)
arrayQualityMetrics (523)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (98)
ArrayTV (24)
ARRmNormalization (55)
artMS (82)
ASAFE (52)
ASEB (54)
ASGSCA (55)
ASICS (68)
asmn (1)
ASpediaFI (46)
ASpli (86)
AssessORF (48)
ASSET (68)
ASSIGN (67)
ATACseqQC (283)
AtlasRDF (2)
atSNP (33)
attract (58)
AUCell (760)
autonomics (3)
Autotuner (67)
AWFisher (49)
awst (0)

B

BaalChIP (57)
BAC (54)
bacon (101)
BADER (58)
BadRegionFinder (52)
BAGS (53)
ballgown (688)
bambu (29)
bamsignals (732)
BANDITS (52)
banocc (52)
barcodetrackR (1)
basecallQC (76)
BaseSpaceR (61)
Basic4Cseq (59)
BASiCS (108)
BasicSTARRseq (56)
basilisk (353)
basilisk.utils (362)
batchelor (1806)
BatchQC (141)
BayesKnockdown (48)
BayesPeak (36)
BayesSpace (38)
bayNorm (78)
baySeq (574)
BBCAnalyzer (53)
BCRANK (71)
bcSeq (52)
BDMMAcorrect (51)
beachmat (6190)
beadarray (714)
beadarraySNP (61)
BeadDataPackR (660)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (49)
BEAT (53)
BEclear (64)
betr (2)
bgafun (20)
BgeeCall (47)
BgeeDB (90)
BGmix (49)
bgx (63)
BHC (159)
BicARE (104)
BiFET (60)
BiGGR (57)
BigMatrix (0)
bigmelon (70)
bigmemoryExtras (61)
bigPint (83)
bim (0)
bioassayR (69)
Biobase (36368)
biobase (0)
biobroom (169)
biobtreeR (49)
bioCancer (62)
BiocCaseStudies (55)
BiocCheck (2312)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (50)
BiocFileCache (16566)
BiocGenerics (42214)
biocGraph (209)
BiocInstaller (3103)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (249)
biocLite (0)
BiocNeighbors (4738)
BiocOncoTK (62)
Bioconductor (0)
BioCor (64)
BiocParallel (27621)
BiocPkgTools (90)
BiocSet (71)
BiocSingular (4861)
BiocSklearn (140)
BiocStyle (5034)
biocthis (44)
BiocVersion (42559)
biocViews (3687)
BiocWorkflowTools (111)
bioDist (221)
biomaRt (18897)
BioMedR (1)
biomformat (3398)
BioMM (52)
BioMVCClass (51)
biomvRCNS (52)
BioNERO (2)
BioNet (172)
bionet (0)
BioNetStat (56)
BioQC (115)
BioSeqClass (35)
biosigner (73)
Biostrings (22613)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (21)
BioTIP (45)
biotmle (58)
biovizBase (4160)
BiRewire (77)
birta (31)
birte (4)
biscuiteer (50)
BiSeq (90)
BitSeq (69)
blacksheepr (47)
blima (55)
BLMA (75)
bluster (1220)
bnbc (54)
bnem (6)
BPRMeth (65)
BRAIN (143)
brainflowprobes (42)
brainImageR (2)
BrainSABER (32)
BrainStars (48)
branchpointer (63)
breakpointR (51)
brendaDb (49)
BRGenomics (67)
bridge (52)
BridgeDbR (70)
BrowserViz (98)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8265)
bsseq (1064)
BubbleTree (58)
BufferedMatrix (61)
BufferedMatrixMethods (56)
BUMHMM (50)
bumphunter (2073)
BumpyMatrix (26)
BUS (54)
BUScorrect (48)
BUSpaRse (184)
BuxcoR (0)

C

CAEN (5)
CAFE (48)
CAGEfightR (78)
CAGEr (106)
CALIB (8)
calm (41)
CAMERA (449)
CAMTHC (22)
canceR (64)
cancerclass (58)
CancerInSilico (55)
CancerMutationAnalysis (58)
CancerSubtypes (164)
CAnD (46)
caOmicsV (54)
Cardinal (117)
CARNIVAL (73)
casper (59)
CATALYST (312)
Category (2701)
categoryCompare (53)
CausalR (60)
cbaf (48)
cBioPortalData (151)
ccfindR (74)
ccmap (79)
CCPROMISE (50)
ccrepe (82)
celaref (90)
celda (162)
CellaRepertorium (22)
cellbaseR (57)
CellBench (68)
cellGrowth (9)
cellHTS (1)
cellHTS2 (141)
CelliD (2)
cellity (54)
CellMapper (54)
cellmigRation (1)
CellMixS (61)
CellNOptR (91)
cellscape (63)
CellScore (51)
CellTrails (49)
cellTree (62)
CEMiTool (192)
censcyt (5)
ceRNAnetsim (44)
CeTF (66)
CexoR (49)
CFAssay (64)
cfDNAPro (22)
CGEN (35)
CGHbase (274)
CGHcall (242)
cghMCR (66)
CGHnormaliter (51)
CGHregions (63)
ChAMP (580)
CHARGE (20)
charm (6)
ChemmineOB (281)
ChemmineR (465)
chemminer (0)
CHETAH (102)
ChIC (47)
Chicago (83)
chimera (51)
chimeraviz (77)
ChIPanalyser (52)
ChIPComp (62)
chipenrich (97)
ChIPexoQual (55)
ChIPpeakAnno (930)
ChIPQC (309)
ChIPseeker (1281)
chipseq (488)
ChIPseqR (129)
ChIPSeqSpike (57)
ChIPsim (130)
ChIPXpress (42)
chopsticks (114)
chroGPS (9)
chromDraw (56)
ChromHeatMap (73)
ChromoViz (0)
chromPlot (97)
ChromSCape (25)
chromstaR (78)
chromswitch (54)
chromVAR (474)
CHRONOS (58)
cicero (185)
CIMICE (2)
CINdex (59)
cindex (0)
circRNAprofiler (61)
cisPath (55)
CiteFuse (63)
ClassifyR (60)
cleanUpdTSeq (55)
cleaver (160)
clippda (56)
clipper (67)
cliqueMS (60)
Clomial (56)
Clonality (63)
clonotypeR (58)
clst (58)
clstutils (57)
CluMSID (55)
clustComp (56)
clusterExperiment (489)
ClusterJudge (51)
clusterProfiler (8924)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (53)
ClusterSignificance (55)
clusterStab (130)
clustifyr (92)
CMA (149)
cmapR (149)
cn.farms (54)
cn.mops (174)
CNAnorm (71)
cnanorm (0)
CNEr (825)
CNORdt (52)
CNORfeeder (53)
CNORfuzzy (51)
CNORode (76)
CNPBayes (4)
CNTools (127)
CNVfilteR (45)
CNVgears (7)
cnvGSA (53)
CNViz (1)
CNVPanelizer (65)
CNVRanger (82)
CNVrd2 (51)
CNVtools (28)
cnvtools (0)
cobindR (24)
CoCiteStats (51)
COCOA (52)
codelink (60)
CODEX (112)
coexnet (66)
CoGAPS (118)
cogena (93)
coGPS (50)
COHCAP (62)
cola (74)
combi (44)
coMET (75)
compartmap (47)
COMPASS (62)
compcodeR (82)
compEpiTools (69)
CompGO (66)
ComplexHeatmap (6747)
ComPrAn (2)
conclus (1)
condcomp (2)
condiments (1)
CONFESS (50)
consensus (46)
ConsensusClusterPlus (2194)
consensusDE (50)
consensusOV (60)
consensusSeekeR (56)
CONSTANd (6)
contiBAIT (49)
conumee (119)
convert (123)
copa (53)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (342)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (79)
CopywriteR (84)
coRdon (108)
CoRegFlux (40)
CoRegNet (75)
CoreGx (153)
Cormotif (49)
CorMut (24)
coRNAi (2)
corral (49)
CORREP (56)
coseq (95)
cosmiq (53)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
COSNet (54)
CountClust (86)
countsimQC (58)
covEB (45)
CoverageView (80)
covRNA (51)
cpvSNP (52)
cqn (215)
CRImage (75)
CRISPRseek (104)
crisprseekplus (49)
CrispRVariants (90)
crlmm (135)
CrossICC (26)
crossmeta (77)
CSAR (135)
csaw (332)
CSSP (55)
CSSQ (43)
ctc (293)
CTDquerier (9)
ctgGEM (44)
cTRAP (50)
ctsGE (56)
cummeRbund (401)
cummerbund (0)
customCMPdb (20)
customProDB (82)
CVE (9)
cyanoFilter (1)
cycle (53)
cydar (86)
CytoDx (57)
cytofast (59)
cytofkit (45)
CytoGLMM (1)
cytolib (1589)
cytomapper (57)
CytoML (927)
CytoTree (32)

D

dada2 (1601)
dagLogo (57)
daMA (50)
DAMEfinder (52)
DaMiRseq (84)
DAPAR (76)
DART (55)
DASC (2)
DASiR (1)
dasper (23)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (82)
dcanr (62)
dce (3)
dcGSA (50)
DChIPRep (25)
ddCt (102)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (50)
dearseq (47)
debCAM (48)
debrowser (214)
DECIPHER (1284)
deco (51)
DEComplexDisease (51)
decompTumor2Sig (64)
DeconRNASeq (197)
decontam (239)
DEDS (12)
DeepBlueR (66)
DeepPINCS (0)
deepSNV (96)
DEFormats (235)
DegNorm (30)
DEGraph (53)
DEGreport (440)
DEGseq (259)
DelayedArray (30143)
DelayedDataFrame (47)
DelayedMatrixStats (7497)
DelayedRandomArray (0)
deltaCaptureC (42)
deltaGseg (49)
DeMAND (53)
DeMixT (63)
densvis (25)
DEP (311)
DepecheR (50)
DEqMS (100)
derfinder (519)
derfinderHelper (512)
derfinderPlot (95)
DEScan2 (52)
DESeq (2487)
deseq (0)
DESeq2 (14540)
DEsingle (223)
destiny (699)
DEsubs (52)
DEWSeq (48)
DExMA (0)
DEXSeq (731)
dexus (51)
DFP (50)
DIAlignR (45)
DiffBind (982)
diffcoexp (64)
diffcyt (214)
diffGeneAnalysis (50)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (92)
DiffLogo (65)
diffloop (118)
diffuStats (67)
diffUTR (0)
diggit (51)
dir.expiry (9)
Director (43)
DirichletMultinomial (1047)
discordant (65)
DiscoRhythm (54)
distinct (48)
dittoSeq (255)
divergence (44)
dks (52)
DMCFB (46)
DMCHMM (52)
DMRcaller (87)
DMRcate (760)
DMRforPairs (52)
DMRScan (50)
dmrseq (102)
DNABarcodeCompatibility (45)
DNABarcodes (113)
DNAcopy (2020)
DNaseR (0)
DNAshapeR (82)
domainsignatures (2)
DominoEffect (47)
doppelgangR (59)
DOQTL (9)
Doscheda (51)
DOSE (8243)
doseR (45)
dpeak (49)
drawProteins (109)
DRIMSeq (319)
DriverNet (61)
DropletUtils (1103)
drugTargetInteractions (1)
DrugVsDisease (58)
dSimer (5)
DSS (833)
DTA (52)
dualKS (52)
Dune (50)
DupChecker (19)
dupRadar (96)
dyebias (54)
DynDoc (520)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (110)
easyreporting (45)
easyRNASeq (60)
easyrnaseq (0)
EBarrays (116)
EBcoexpress (60)
EBImage (2355)
EBSEA (47)
EBSeq (416)
EBSeqHMM (74)
ecolitk (51)
EDASeq (2059)
edd (0)
EDDA (54)
edge (115)
edgeR (15925)
edger (0)
eegc (49)
EGAD (69)
EGSEA (208)
eiR (50)
eisa (59)
eisaR (73)
ELBOW (47)
ELMER (264)
EMDomics (59)
EmpiricalBrownsMethod (80)
ENCODExplorer (74)
EnhancedVolcano (2214)
EnMCB (50)
ENmix (144)
EnrichedHeatmap (186)
EnrichmentBrowser (288)
enrichplot (8316)
enrichTF (56)
ensembldb (6467)
ensemblVEP (120)
ENVISIONQuery (34)
EpiCluster (0)
epidecodeR (1)
EpiDISH (146)
epigenomix (55)
epihet (46)
epiNEM (75)
EpiTxDb (49)
epivizr (70)
epivizrChart (48)
epivizrData (71)
epivizrServer (76)
epivizrStandalone (62)
erccdashboard (66)
erma (124)
ERSSA (45)
esATAC (102)
escape (53)
esetVis (72)
eudysbiome (49)
evaluomeR (44)
EventPointer (63)
EWCE (2)
ExCluster (43)
ExiMiR (53)
exomeCopy (239)
exomecopy (0)
exomePeak (19)
exomePeak2 (68)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (3476)
ExperimentHubData (93)
ExperimentSubset (20)
explorase (32)
ExploreModelMatrix (68)
ExpressionAtlas (90)
ExpressionView (49)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (112)
facopy (2)
factDesign (51)
FamAgg (68)
famat (24)
farms (62)
fastLiquidAssociation (50)
FastqCleaner (100)
fastseg (601)
fbat (0)
FCBF (72)
fCCAC (51)
fCI (50)
fcoex (51)
fcScan (41)
fdrame (57)
FEAST (0)
fedup (2)
FELLA (128)
FEM (273)
ffpe (66)
FGNet (89)
fgsea (8848)
FilterFFPE (23)
FindMyFriends (82)
FISHalyseR (49)
fishpond (126)
FitHiC (68)
flagme (50)
flipflop (4)
flowAI (370)
flowBeads (52)
flowBin (50)
flowcatchR (57)
flowCHIC (55)
flowCL (71)
flowClean (185)
flowClust (991)
flowCore (1775)
flowCut (39)
flowCyBar (58)
flowDensity (150)
flowFit (27)
flowFlowJo (0)
flowFP (77)
flowGraph (6)
flowMap (55)
flowMatch (56)
flowMeans (149)
flowMerge (72)
flowPeaks (90)
flowPhyto (0)
flowPloidy (55)
flowPlots (55)
flowQ (3)
flowq (0)
flowQB (4)
FlowRepositoryR (59)
FlowSOM (858)
flowSpecs (48)
flowSpy (49)
flowStats (977)
flowTime (52)
flowTrans (77)
flowType (30)
flowUtils (233)
flowViz (1147)
flowVS (43)
flowWorkspace (1177)
flowworkspace (0)
fmcsR (183)
fmrs (30)
fobitools (3)
focalCall (18)
FoldGO (53)
FourCSeq (56)
FRASER (59)
frenchFISH (42)
FRGEpistasis (55)
frma (111)
frmaTools (57)
FScanR (21)
FunChIP (50)
FunciSNP (40)
funtooNorm (50)

G

GA4GHclient (49)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (48)
gaga (63)
gage (921)
gaggle (51)
gaia (159)
GAPGOM (48)
GAprediction (60)
garfield (58)
GARS (50)
GateFinder (45)
gaucho (2)
gcapc (52)
gcatest (54)
gCMAP (29)
gCMAPWeb (12)
gCrisprTools (57)
gcrma (1714)
GCSConnection (44)
GCSFilesystem (20)
GCSscore (43)
GDCRNATools (498)
GDSArray (88)
gdsfmt (1434)
geecc (18)
GEM (50)
gemini (42)
genArise (54)
genbankr (200)
GENE.E (1)
gene2pathway (0)
GeneAccord (45)
GeneAnswers (93)
geneAttribution (50)
GeneBreak (51)
geneClassifiers (50)
GeneExpressionSignature (60)
genefilter (17686)
genefu (481)
GeneGA (49)
GeneGeneInteR (55)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (78)
GeneNetworkBuilder (74)
GeneOverlap (229)
geneplast (51)
geneplotter (13438)
GeneR (0)
geneRecommender (53)
GeneRegionScan (54)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (48)
GeneSelectMMD (56)
GeneSelector (4)
GENESIS (242)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (65)
geNetClassifier (83)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (29)
GeneticsPed (110)
GeneTonic (55)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (55)
GENIE3 (563)
genoCN (59)
GenoGAM (55)
genomation (440)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (48)
GenomeInfoDb (30820)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (183)
genomeintervals (0)
genomes (69)
GenomicAlignments (15846)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (989)
GenomicDistributions (7)
GenomicFeatures (14098)
GenomicFiles (902)
GenomicInteractions (177)
GenomicOZone (42)
GenomicRanges (27706)
GenomicScores (343)
GenomicTuples (47)
Genominator (10)
genoset (131)
genotypeeval (47)
GenoView (1)
genphen (44)
GenRank (19)
GenVisR (382)
GEOfastq (5)
GEOmetadb (215)
GeomxTools (8)
GEOquery (6753)
GEOsearch (2)
GEOsubmission (52)
gep2pep (48)
gespeR (66)
getDEE2 (28)
geva (2)
GEWIST (49)
gff3Plotter (0)
GGBase (94)
ggbio (2063)
ggcyto (1014)
GGPA (41)
GGtools (87)
ggtree (3052)
ggtreeExtra (85)
GIGSEA (44)
girafe (133)
GISPA (56)
GLAD (285)
GladiaTOX (43)
Glimma (1256)
glmGamPoi (230)
glmSparseNet (64)
GlobalAncova (429)
globalSeq (52)
globaltest (1100)
gmapR (83)
GmicR (51)
gmoviz (41)
GMRP (52)
GNET2 (49)
goCluster (0)
GOexpress (111)
GOfuncR (134)
GOFunction (32)
GoogleGenomics (3)
GOpro (57)
goProfiles (100)
goprofiles (0)
GOSemSim (8754)
gosemsim (0)
goseq (1273)
GOSim (139)
goSTAG (61)
GOstats (2575)
gostats (0)
GOsummaries (87)
GOTHiC (62)
goTools (69)
gotools (0)
GPA (43)
gpart (61)
gpls (89)
gprege (68)
gpuMagic (45)
gQTLBase (95)
gQTLstats (88)
gramm4R (42)
granulator (0)
graper (46)
graph (16477)
GraphAlignment (58)
GraphAT (51)
graphite (1592)
GraphPAC (52)
GRENITS (58)
GreyListChIP (321)
GRmetrics (124)
groHMM (72)
GRridge (60)
GSALightning (55)
GSAR (153)
GSCA (51)
gscreend (47)
GSEABase (5872)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (60)
GSEAlm (86)
GSEAmining (28)
gsean (53)
GSgalgoR (24)
GSReg (52)
GSRI (50)
GSVA (2584)
gtrellis (126)
GUIDEseq (63)
Guitar (100)
Gviz (2985)
GWAS.BAYES (21)
gwascat (451)
GWASTools (450)
gwasurvivr (77)
GWENA (38)

H

h5vc (66)
hapFabia (52)
Harman (188)
Harshlight (46)
harshlight (0)
hca (3)
HCABrowser (43)
HCAExplorer (42)
HCAMatrixBrowser (31)
HCsnip (3)
HDF5Array (8000)
HDTD (52)
heatmaps (267)
Heatplus (511)
HelloRanges (91)
HELP (55)
HEM (48)
Herper (42)
hexbin (0)
hiAnnotator (70)
HIBAG (99)
HiCBricks (51)
hicbricks (0)
HiCcompare (132)
HiCDCPlus (3)
hicrep (40)
hierGWAS (56)
hierinf (44)
HilbertCurve (77)
HilbertVis (178)
HilbertVisGUI (35)
HiLDA (47)
hipathia (65)
HIPPO (44)
hiReadsProcessor (54)
HIREewas (44)
HiTC (137)
hmdbQuery (67)
HMMcopy (219)
hopach (212)
HPAanalyze (67)
hpar (241)
HPAStainR (23)
HTqPCR (232)
HTSanalyzeR (29)
HTSeqGenie (38)
htSeqTools (11)
htseqtools (0)
HTSFilter (204)
HumanTranscriptomeCompendium (46)
hummingbird (24)
HybridMTest (73)
hypeR (81)
hyperdraw (74)
hypergraph (101)

I

iASeq (48)
iasva (51)
iBBiG (92)
ibh (47)
iBMQ (37)
iCARE (82)
Icens (292)
icetea (46)
iCheck (47)
iChip (47)
iClusterPlus (232)
iCNV (58)
iCOBRA (109)
ideal (88)
ideogram (0)
IdeoViz (80)
idiogram (50)
IdMappingAnalysis (7)
IdMappingRetrieval (7)
idpr (26)
idr2d (50)
iFlow (0)
iGC (48)
IgGeneUsage (39)
igvR (84)
IHW (741)
illuminaio (2343)
ILoReg (25)
imageHTS (60)
IMAS (47)
Imetagene (44)
IMMAN (43)
ImmuneSpaceR (54)
immunoClust (54)
immunotation (0)
IMPCdata (46)
ImpulseDE (21)
ImpulseDE2 (60)
impute (7406)
INDEED (43)
infercnv (391)
infinityFlow (30)
Informeasure (23)
InPAS (54)
INPower (50)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (60)
InTAD (50)
intansv (70)
interacCircos (0)
InteractionSet (470)
InteractiveComplexHeatmap (9)
interactiveDisplay (78)
interactiveDisplayBase (5650)
InterCellar (2)
IntEREst (58)
InterMineR (74)
IntramiRExploreR (47)
inveRsion (50)
inversion (0)
IONiseR (68)
iontree (2)
iPAC (54)
ipdDb (46)
IPO (118)
IPPD (71)
IRanges (37192)
IRISFGM (3)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (21)
iSEE (350)
iSEEu (63)
iSeq (49)
iSNetwork (0)
isobar (129)
IsoCorrectoR (60)
IsoCorrectoRGUI (47)
IsoformSwitchAnalyzeR (215)
IsoGeneGUI (48)
ISoLDE (35)
isomiRs (71)
iSPlot (0)
ITALICS (48)
iterativeBMA (52)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (52)
iterClust (52)
iteremoval (46)
IVAS (51)
ivygapSE (50)
IWTomics (48)

J

JASPAR2018 (3)
jmosaics (1)
joda (17)
JunctionSeq (55)

K

karyoploteR (631)
KCsmart (50)
kebabs (111)
KEGGgraph (4139)
KEGGlincs (60)
keggorth (0)
keggorthology (67)
KEGGprofile (210)
KEGGREST (5755)
KEGGSOAP (0)
kimod (19)
KinSwingR (51)
kissDE (55)
kmknn (0)
KnowSeq (50)

L

LACE (40)
lapmix (47)
LBE (253)
ldblock (70)
LEA (315)
LedPred (48)
lefser (48)
les (51)
levi (44)
lfa (212)
limma (25294)
limmaGUI (78)
LINC (17)
LineagePulse (50)
LinkHD (41)
Linnorm (143)
lionessR (51)
lipidr (77)
LiquidAssociation (51)
lisaClust (2)
lmdme (58)
LMGene (28)
LOBSTAHS (49)
loci2path (45)
logicFS (95)
logitT (51)
Logolas (34)
lol (8)
LOLA (158)
LoomExperiment (214)
LowMACA (49)
LPE (60)
LPEadj (49)
lpNet (41)
lpsymphony (908)
LRBaseDbi (62)
LRcell (1)
lumi (1105)
LVSmiRNA (7)
LymphoSeq (66)

M

M3C (450)
M3D (26)
M3Drop (260)
maanova (67)
Maaslin2 (204)
macat (51)
maCorrPlot (55)
MACPET (47)
MACSQuantifyR (42)
MACSr (3)
maDB (0)
madb (0)
made4 (238)
MADSEQ (49)
maftools (1722)
MAGAR (3)
MAGeCKFlute (261)
maigesPack (54)
MAIT (69)
makecdfenv (124)
makePlatformDesign (0)
MANOR (50)
manta (7)
MantelCorr (47)
mAPKL (51)
maPredictDSC (49)
mapscape (56)
marr (19)
marray (1518)
martini (54)
maser (81)
maSigPro (288)
maskBAD (50)
MassArray (56)
massarray (0)
massiR (55)
MassSpecWavelet (1132)
MAST (1094)
matchBox (50)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (12663)
MatrixRider (47)
matter (112)
MaxContrastProjection (17)
MBAmethyl (46)
MBASED (56)
MBCB (54)
mbkmeans (209)
mBPCR (51)
MBQN (43)
MBttest (48)
mcaGUI (42)
MCbiclust (54)
MCRestimate (9)
mCSEA (61)
mdgsa (80)
mdp (49)
mdqc (59)
MDTS (44)
MEAL (70)
MeasurementError.cor (49)
MEAT (49)
MEB (40)
MEDIPS (111)
MEDME (51)
megadepth (27)
MEIGOR (72)
Melissa (45)
memes (2)
MergeMaid (42)
mergemaid (0)
Mergeomics (63)
MeSHDbi (214)
meshes (125)
meshr (94)
MeSHSim (2)
MesKit (31)
messina (45)
metaArray (31)
metaarray (0)
Metab (53)
metabCombiner (20)
MetaboCoreUtils (4)
metabolomicsWorkbenchR (23)
metabomxtr (51)
MetaboSignal (65)
metaCCA (61)
MetaCyto (62)
metagene (69)
metagene2 (58)
metagenomeFeatures (63)
metagenomeSeq (698)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (49)
metaMS (90)
MetaNeighbor (67)
metapod (102)
metaR (0)
metaSeq (70)
metaseqR (90)
metaseqR2 (47)
metavizr (52)
MetaVolcanoR (76)
metaX (3)
MetCirc (54)
MethCP (40)
methimpute (59)
methInheritSim (48)
MethPed (47)
MethReg (23)
methrix (51)
MethTargetedNGS (46)
methVisual (21)
methyAnalysis (96)
MethylAid (69)
methylCC (47)
methylGSA (93)
methylInheritance (46)
methylKit (503)
MethylMix (136)
methylMnM (53)
methylPipe (77)
methylscaper (1)
MethylSeekR (164)
methylSig (49)
methylumi (1286)
methyvim (41)
MetID (44)
MetNet (49)
mfa (64)
Mfuzz (351)
mfuzz (0)
MGFM (52)
MGFR (56)
mgsa (80)
mia (6)
miaViz (2)
MiChip (49)
microbiome (882)
microbiomeDASim (45)
microbiomeExplorer (32)
MicrobiotaProcess (103)
microRNA (132)
midasHLA (2)
MIGSA (55)
miloR (0)
mimager (49)
MIMOSA (52)
mina (6)
MineICA (65)
minet (514)
minfi (1800)
MinimumDistance (48)
MiPP (47)
miQC (2)
MIRA (61)
MiRaGE (53)
miRBaseConverter (113)
miRcomp (46)
mirIntegrator (49)
miRLAB (60)
miRmine (57)
miRNAmeConverter (70)
miRNApath (66)
miRNAtap (108)
miRSM (42)
miRsponge (3)
miRspongeR (55)
Mirsynergy (17)
mirTarRnaSeq (1)
missMethyl (806)
missRows (44)
mitch (65)
mitoODE (18)
mixOmics (1994)
MLInterfaces (318)
mlm4omics (6)
MLP (82)
MLSeq (214)
MMAPPR2 (29)
MMDiff (1)
MMDiff2 (49)
mmgmos (0)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (18)
MMUPHin (53)
mnem (75)
moanin (7)
MODA (64)
ModCon (2)
Modstrings (76)
MOFA (137)
MOFA2 (69)
MOGAMUN (22)
mogsa (86)
MOMA (48)
monocle (1968)
MoonlightR (68)
MoPS (18)
mosaics (89)
MOSim (45)
motifbreakR (90)
motifcounter (55)
MotifDb (430)
motifmatchr (536)
motifRG (67)
motifStack (525)
MotIV (342)
MouseFM (26)
MPFE (40)
mpra (54)
MPRAnalyze (48)
mQTL.NMR (3)
msa (1085)
MsBackendMassbank (3)
MsBackendMgf (4)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (608)
MSEADbi (20)
MsFeatures (6)
msgbsR (49)
MSGFgui (61)
MSGFplus (176)
msImpute (26)
msmsEDA (165)
msmsTests (162)
MSnbase (2049)
MSnID (194)
MSPrep (23)
msPurity (71)
msQC (0)
MSstats (337)
MSstatsConvert (20)
MSstatsPTM (21)
MSstatsQC (50)
MSstatsQCgui (43)
MSstatsSampleSize (42)
MSstatsTMT (101)
MSstatsTMTPTM (19)
mtbls2 (0)
MTseeker (4)
Mulcom (124)
MultiAssayExperiment (1254)
MultiBaC (27)
multiClust (80)
multicrispr (31)
MultiDataSet (535)
multiGSEA (39)
multiHiCcompare (65)
MultiMed (51)
multiMiR (174)
multiOmicsViz (61)
multiscan (47)
multiSight (0)
multtest (8818)
mumosa (9)
MungeSumstats (0)
muscat (109)
muscle (175)
musicatk (22)
MutationalPatterns (318)
MVCClass (49)
mvGST (2)
MWASTools (75)
mygene (341)
myvariant (79)
mzID (1803)
mzR (2061)

N

NADfinder (52)
NanoMethViz (22)
NanoStringDiff (88)
NanoStringNCTools (7)
NanoStringQCPro (76)
nanotatoR (46)
NarrowPeaks (21)
NBAMSeq (45)
NBSplice (47)
ncdfFlow (1116)
ncGTW (42)
NCIgraph (56)
ncRNAtools (22)
ndexr (56)
neaGUI (1)
nearBynding (23)
Nebulosa (82)
NeighborNet (43)
nem (18)
nempi (5)
netbenchmark (27)
netbiov (78)
netboost (39)
netboxr (43)
NetCRG (0)
netDx (52)
nethet (50)
NetPathMiner (67)
netprioR (47)
netReg (33)
netresponse (60)
NetSAM (52)
netSmooth (59)
networkBMA (59)
NewWave (22)
NGScopy (4)
ngsReports (68)
nnNorm (49)
NOISeq (679)
nondetects (147)
NoRCE (43)
normalize450K (47)
NormalyzerDE (80)
NormqPCR (239)
normr (134)
NPARC (50)
npGSEA (55)
NTW (45)
nucleoSim (49)
nucleR (62)
nucler (0)
nuCpos (43)
nudge (2)
NuPoP (57)

O

occugene (48)
OCplus (130)
odseq (57)
OGSA (17)
oligo (1710)
oligoClasses (1776)
OLIN (52)
OLINgui (47)
OmaDB (64)
omicade4 (85)
OmicCircos (268)
omiccircos (0)
omicplotR (55)
omicRexposome (46)
OmicsLonDA (44)
OmicsMarkeR (35)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (51)
omicsPrint (50)
Omixer (27)
OmnipathR (110)
Onassis (52)
oncomix (53)
OncoScore (52)
OncoSimulR (67)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (49)
onlineFDR (53)
ontoCAT (3)
ontoProc (84)
ontoTools (0)
openCyto (957)
openPrimeR (108)
openPrimeRui (64)
OpenStats (43)
OperaMate (2)
oposSOM (64)
oppar (52)
oppti (38)
optimalFlow (35)
OPWeight (53)
OrderedList (90)
ORFhunteR (4)
ORFik (110)
Organism.dplyr (425)
OrganismDbi (2833)
OSAT (60)
OSCA (2)
OSCA.advanced (1)
OSCA.basic (1)
OSCA.intro (2)
OSCA.multisample (1)
OSCA.workflows (3)
Oscope (59)
OTUbase (44)
OutlierD (58)
OUTRIDER (115)
OVESEG (40)

P

PAA (62)
packFinder (39)
padma (24)
PADOG (229)
pageRank (20)
PAIRADISE (63)
paircompviz (57)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (66)
panelcn.mops (76)
PAnnBuilder (3)
panp (55)
PANR (50)
PanVizGenerator (55)
PAPi (11)
parglms (46)
parody (60)
PAST (53)
Path2PPI (64)
pathifier (209)
PathNet (50)
PathoStat (60)
pathprint (17)
pathRender (50)
pathVar (48)
pathview (4075)
pathwayPCA (72)
PathwaySplice (22)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (85)
Pbase (7)
pbcmc (2)
pcaExplorer (415)
pcaGoPromoter (19)
pcaMethods (3722)
PCAN (53)
PCAtools (709)
pcot2 (121)
PCpheno (43)
pcxn (49)
PDATK (2)
pdInfoBuilder (106)
pdmclass (2)
PeacoQC (25)
peakPantheR (48)
PECA (62)
peco (44)
PepsNMR (70)
pepStat (52)
pepXMLTab (56)
PERFect (46)
periodicDNA (24)
perturbatr (46)
PFP (6)
PGA (46)
pga (0)
pgca (50)
PGSEA (122)
pgUtils (0)
phantasus (72)
PharmacoGx (173)
phemd (44)
phenoDist (3)
PhenoGeneRanker (2)
phenopath (72)
phenoTest (94)
PhenStat (61)
philr (128)
PhIPData (2)
phosphonormalizer (39)
PhosR (27)
PhyloProfile (55)
phyloseq (3616)
Pi (90)
piano (307)
pickgene (45)
PICS (125)
Pigengene (71)
PING (50)
pint (7)
pipeComp (30)
pipeFrame (85)
pkgDepTools (65)
planet (4)
plateCore (4)
plethy (46)
plgem (71)
plier (182)
PloGO2 (47)
plotGrouper (51)
PLPE (48)
plrs (18)
plw (17)
plyranges (440)
pmm (45)
pmp (73)
PoDCall (5)
podkat (56)
pogos (46)
polyester (129)
Polyfit (44)
POMA (25)
POST (41)
PoTRA (44)
PowerExplorer (16)
powerTCR (158)
ppcseq (0)
PPInfer (67)
ppiStats (53)
pqsfinder (69)
prada (169)
pram (45)
prebs (49)
preciseTAD (22)
PrecisionTrialDrawer (40)
PREDA (75)
predictionet (44)
preprocessCore (11542)
primirTSS (45)
PrInCE (44)
Prize (20)
proActiv (25)
proBAMr (49)
proBatch (63)
PROcess (101)
procoil (52)
ProCoNA (2)
proDA (85)
proFIA (49)
profileplyr (69)
profileScoreDist (45)
progeny (170)
projectR (60)
pRoloc (257)
pRolocGUI (82)
PROMISE (48)
PROPER (84)
PROPS (50)
Prostar (67)
prostar (0)
prot2D (4)
proteinProfiles (46)
ProteomicsAnnotationHubData (45)
ProteoMM (56)
proteoQC (10)
ProtGenerics (7544)
PSEA (54)
psichomics (77)
PSICQUIC (68)
psygenet2r (54)
ptairMS (1)
PubScore (42)
pulsedSilac (42)
puma (132)
PureCN (149)
pvac (50)
pvca (214)
Pviz (51)
PWMEnrich (90)
pwOmics (53)
pwrEWAS (57)
pxr (0)

Q

qckitfastq (57)
qcmetrics (62)
QDNAseq (237)
QFeatures (62)
qpcrNorm (55)
qpgraph (108)
qPLEXanalyzer (44)
qrqc (153)
qsea (58)
qsmooth (56)
QSutils (55)
qtbase (0)
Qtlizer (45)
qtpaint (0)
QUALIFIER (8)
quantiseqr (0)
quantro (119)
quantsmooth (467)
QuartPAC (42)
QuasR (359)
QuaternaryProd (76)
QUBIC (88)
qusage (285)
qvalue (10243)

R

R3CPET (49)
r3Cseq (129)
R453Plus1Toolbox (53)
R4RNA (56)
RadioGx (31)
RaggedExperiment (608)
rain (82)
rama (51)
RamiGO (5)
ramigo (0)
ramr (6)
ramwas (75)
RandomWalkRestartMH (62)
randPack (54)
randRotation (38)
RankProd (322)
RareVariantVis (55)
Rariant (46)
RbcBook1 (49)
Rbec (0)
RBGL (9416)
RBioinf (71)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (166)
RBM (50)
Rbowtie (396)
Rbowtie2 (218)
rbsurv (79)
Rcade (70)
RCAS (64)
RCASPAR (49)
rcellminer (59)
rCGH (81)
Rchemcpp (5)
RchyOptimyx (49)
RcisTarget (547)
RCM (60)
RConferoMapping (0)
Rcpi (134)
Rcwl (51)
RcwlPipelines (41)
RCy3 (607)
RCyjs (60)
RCytoscape (6)
RDAVIDWebService (308)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (75)
Rdisop (283)
RDRToolbox (114)
ReactomeContentService4R (7)
ReactomeGSA (114)
ReactomePA (1374)
readat (22)
ReadqPCR (249)
reb (17)
REBET (42)
rebook (39)
receptLoss (39)
reconsi (40)
recount (451)
recount3 (38)
recountmethylation (22)
recoup (48)
RedeR (143)
REDseq (122)
RefNet (22)
RefPlus (53)
RegEnrich (28)
regioneR (1535)
regionReport (124)
regsplice (50)
regutools (42)
REMP (61)
Repitools (229)
ReportingTools (845)
reposTools (0)
RepViz (48)
ReQON (56)
ResidualMatrix (652)
Resourcerer (0)
restfulSE (55)
rexposome (69)
rfaRm (42)
Rfastp (28)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (46)
rGADEM (525)
RGalaxy (57)
Rgin (50)
RGMQL (35)
RGraph2js (51)
Rgraphviz (9689)
rGREAT (232)
RGSEA (85)
rgsepd (51)
rhdf5 (13375)
rhdf5client (62)
rhdf5filters (5590)
Rhdf5lib (14825)
Rhisat2 (363)
Rhtslib (15337)
rHVDM (3)
RiboDiPA (5)
RiboProfiling (78)
ribor (43)
riboSeq (0)
riboSeqR (71)
ribosomeProfilingQC (50)
RImmPort (49)
Ringo (254)
Rintact (0)
RIPAT (24)
RIPSeeker (35)
Risa (58)
RITAN (60)
RIVER (49)
RJMCMCNucleosomes (50)
RLassoCox (7)
RLMM (53)
RMAGEML (0)
Rmagpie (51)
RMAPPER (0)
RMassBank (83)
rMAT (6)
rmelting (57)
RmiR (51)
rmir (0)
Rmmquant (44)
RNAAgeCalc (48)
RNAdecay (39)
rnaEditr (18)
RNAinteract (46)
RNAither (43)
rnaither (0)
RNAmodR (47)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (42)
RNAmodR.ML (38)
RNAmodR.RiboMethSeq (40)
RNAprobR (44)
RNAsense (39)
rnaseqcomp (52)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (47)
RNASeqPower (139)
RNASeqR (57)
RnaSeqSampleSize (55)
RnBeads (273)
Rnits (53)
roar (63)
ROC (1078)
ROCpAI (43)
Roleswitch (29)
Rolexa (1)
rols (305)
roma (0)
ROntoTools (100)
ropls (533)
ROSeq (40)
ROTS (138)
RPA (55)
RProtoBufLib (1403)
RpsiXML (68)
rpx (244)
Rqc (177)
rqt (48)
rqubic (72)
rRDP (49)
Rredland (0)
RRHO (92)
rrvgo (91)
Rsamtools (16726)
rsbml (85)
rScudo (48)
rsemmed (24)
RSeqAn (60)
rSFFreader (4)
RSNPper (0)
Rsubread (1770)
RSVSim (58)
rSWeeP (42)
rTANDEM (64)
RTCA (53)
RTCGA (572)
RTCGAToolbox (456)
RTN (112)
RTNduals (63)
RTNsurvival (59)
RTools4TB (0)
RTopper (49)
Rtpca (27)
rtracklayer (16079)
Rtreemix (52)
rTRM (64)
rTRMui (47)
runibic (61)
Ruuid (0)
RUVcorr (56)
RUVnormalize (67)
RUVSeq (804)
RVS (46)
RWebServices (1)
rWikiPathways (233)

S

S4Vectors (38849)
safe (412)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (45)
SAGx (166)
SAIGEgds (57)
samExploreR (35)
sampleClassifier (29)
SamSPECTRAL (87)
sangeranalyseR (73)
sangerseqR (261)
SANTA (13)
sapFinder (36)
saps (1)
sarks (43)
satuRn (3)
savR (73)
SBGNview (47)
sbgr (1)
SBMLR (50)
SC3 (417)
Scale4C (47)
ScaledMatrix (137)
scAlign (42)
SCAN.UPC (104)
SCANVIS (46)
SCArray (6)
SCATE (23)
scater (4496)
scBFA (45)
SCBN (55)
scCB2 (28)
scClassifR (5)
scClassify (46)
scDataviz (31)
scDblFinder (180)
scDD (120)
scde (357)
scds (144)
SCFA (24)
scFeatureFilter (45)
scfind (25)
scGPS (43)
schex (118)
scHOT (48)
ScISI (58)
scMAGeCK (50)
scmap (157)
scMerge (129)
scmeth (51)
SCnorm (141)
scone (133)
Sconify (47)
SCOPE (43)
scoreInvHap (48)
scp (28)
scPCA (71)
scPipe (82)
scran (2701)
scRecover (52)
scRepertoire (58)
scruff (59)
scry (67)
scsR (18)
scTensor (65)
scTGIF (42)
scTHI (42)
scuttle (2499)
SDAMS (50)
sechm (0)
segmentSeq (120)
selectKSigs (40)
SELEX (52)
SemDist (45)
semisup (48)
SemSim (0)
SEPA (3)
SEPIRA (48)
seq2pathway (56)
SeqArray (558)
seqbias (56)
seqCAT (56)
seqCNA (64)
seqcombo (60)
SeqGate (25)
SeqGSEA (153)
seqLogo (1515)
Seqnames (0)
seqPattern (416)
seqplots (104)
seqsetvis (54)
SeqSQC (53)
seqTools (108)
SeqVarTools (405)
sesame (311)
SEtools (50)
sevenbridges (77)
sevenC (54)
SGSeq (462)
SharedObject (71)
shinyepico (8)
shinyMethyl (102)
shinyTANDEM (41)
ShortRead (5199)
shortread (0)
SIAMCAT (84)
SICtools (41)
sidap (0)
sigaR (33)
SigCheck (49)
sigFeature (90)
SigFuge (47)
siggenes (2113)
sights (54)
signatureSearch (82)
signeR (82)
signet (17)
sigPathway (151)
SigsPack (45)
sigsquared (44)
SIM (49)
SIMAT (51)
SimBindProfiles (47)
SIMD (40)
SimFFPE (41)
similaRpeak (53)
SIMLR (198)
simpleaffy (550)
simpleSingleCell (1)
simplifyEnrichment (65)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (50)
sincell (61)
SingleCellExperiment (6643)
SingleCellSignalR (114)
singleCellTK (92)
SingleR (1453)
SingleRBook (1)
singscore (458)
SISPA (51)
sitadela (2)
sitePath (39)
sizepower (58)
SJava (1)
skewr (46)
slalom (53)
SLGI (51)
slingshot (787)
slinky (55)
SLqPCR (62)
SMAD (43)
SMAP (48)
SMITE (56)
SNAData (0)
SNAGEE (45)
snapCGH (56)
snapcount (39)
snifter (36)
snm (148)
snpAssoc (0)
SNPchip (71)
SNPediaR (48)
SNPhood (49)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1105)
snpStats (1394)
soGGi (132)
sojourner (36)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (180)
SOMNiBUS (4)
SpacePAC (51)
spade (1)
Spaniel (53)
sparseDOSSA (50)
sparseMatrixStats (3297)
sparsenetgls (39)
SparseSignatures (49)
SpatialCPie (53)
SpatialDecon (23)
SpatialExperiment (92)
spatialHeatmap (21)
specL (52)
SpeCond (120)
Spectra (74)
SpectralTAD (57)
SPEM (74)
SPIA (472)
spicyR (39)
SpidermiR (75)
spikeLI (44)
spkTools (49)
splatter (404)
splicegear (6)
spliceR (7)
spliceSites (5)
SplicingFactory (6)
SplicingGraphs (120)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (76)
SPLINTER (50)
splots (140)
SPONGE (54)
spotSegmentation (18)
spqn (43)
SPsimSeq (30)
SQLDataFrame (42)
SQUADD (42)
sRACIPE (47)
SRAdb (426)
sRAP (17)
SRGnet (46)
srnadiff (32)
sscore (50)
sscu (48)
sSeq (223)
ssize (75)
SSPA (427)
ssPATHS (43)
ssrch (44)
ssviz (49)
stageR (145)
stam (0)
STAN (55)
staRank (46)
StarBioTrek (57)
Starr (20)
STATegRa (59)
statTarget (103)
stepNorm (48)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (43)
Streamer (49)
STRINGdb (621)
STROMA4 (51)
struct (68)
Structstrings (61)
structToolbox (60)
StructuralVariantAnnotation (126)
SubCellBarCode (42)
subSeq (66)
SummarizedBenchmark (51)
SummarizedExperiment (27467)
Summix (3)
supersigs (0)
supraHex (264)
survcomp (774)
survtype (45)
Sushi (268)
sva (5267)
SVAPLSseq (17)
SVM2CRM (3)
SWATH2stats (65)
SwathXtend (52)
swfdr (51)
SwimR (45)
switchBox (78)
switchde (59)
synapter (121)
synergyfinder (152)
SynExtend (39)
synlet (45)
SynMut (42)
systemPipeR (1080)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (20)

T

TADCompare (38)
TAPseq (51)
target (45)
TargetScore (55)
TargetSearch (59)
targetsearch (0)
TarSeqQC (50)
TBSignatureProfiler (43)
TCC (323)
TCGAbiolinks (2510)
TCGAbiolinksGUI (127)
TCGAutils (589)
TCseq (115)
TDARACNE (51)
tdaracne (0)
tenXplore (48)
TEQC (65)
ternarynet (46)
TFARM (46)
TFBSTools (862)
TFEA.ChIP (66)
TFHAZ (45)
TFutils (42)
tidybulk (103)
tidySingleCellExperiment (35)
tidySummarizedExperiment (50)
tiger (0)
tigre (53)
TileDBArray (25)
tilingArray (80)
timecourse (65)
timeOmics (50)
TimerQuant (0)
timescape (78)
TimeSeriesExperiment (58)
TimiRGeN (23)
TIN (51)
TissueEnrich (96)
TitanCNA (90)
tkWidgets (506)
tLOH (0)
TMixClust (70)
TNBC.CMS (45)
TnT (55)
TOAST (62)
tofsims (58)
tomoda (22)
ToPASeq (57)
topconfects (89)
topdownr (48)
topGO (2953)
topicmodels (0)
ToxicoGx (30)
TPP (89)
TPP2D (44)
tracktables (83)
trackViewer (277)
tradeSeq (229)
TrajectoryGeometry (3)
TrajectoryUtils (20)
transcriptogramer (48)
transcriptR (53)
transite (49)
tRanslatome (50)
transomics2cytoscape (23)
TransView (49)
TraRe (3)
traseR (51)
Travel (2)
TreeAndLeaf (45)
treeio (2709)
treekoR (0)
TreeSummarizedExperiment (111)
TReNA (1)
trena (41)
Trendy (58)
tricycle (0)
triform (14)
trigger (50)
trio (88)
triplex (49)
tRNA (60)
tRNAdbImport (48)
tRNAscanImport (50)
TRONCO (76)
TSCAN (187)
tscR (47)
tspair (56)
TSRchitect (55)
TSSi (3)
ttgsea (5)
TTMap (45)
TurboNorm (47)
TVTB (59)
tweeDEseq (96)
twilight (96)
twoddpcr (52)
tximeta (948)
tximport (2697)
TxRegInfra (41)
TypeInfo (45)

U

Ularcirc (47)
UMI4Cats (26)
uncoverappLib (21)
UNDO (54)
unifiedWMWqPCR (49)
UniProt.ws (262)
Uniquorn (45)
universalmotif (183)
uSORT (48)

V

VanillaICE (68)
VarCon (6)
variancePartition (331)
VariantAnnotation (6160)
VariantExperiment (40)
VariantFiltering (60)
VariantTools (103)
vasp (40)
VaSP (9)
vbmp (67)
VCFArray (43)
Vega (18)
VegaMC (45)
velociraptor (46)
VennDetail (107)
VERSO (22)
vidger (99)
viper (362)
virtualArray (0)
ViSEAGO (156)
VplotR (26)
vsn (3869)
vtpnet (42)
vulcan (49)

W

waddR (46)
wateRmelon (719)
wavClusteR (55)
waveTiling (6)
weaver (59)
webbioc (54)
weitrix (40)
widgetInvoke (0)
widgetTools (512)
wiggleplotr (90)
wpm (31)
wppi (1)
Wrench (623)

X

XBSeq (54)
XCIR (40)
xcms (1252)
XDE (49)
Xeva (52)
XINA (43)
xmapbridge (45)
xmapcore (0)
xps (49)
XVector (30297)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (50)
YAPSA (88)
yaqcaffy (60)
yarn (68)

Z

zellkonverter (110)
zFPKM (108)
zinbwave (644)
zlibbioc (31825)