See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-10-23 11:46:37 -0400 (Sat, 23 Oct 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2848)
2HSMMSingleCell (2025)
3airway (1617)
4TCGAbiolinksGUI.data (1472)
5geneLenDataBase (1324)
6scRNAseq (1093)
7pasilla (984)
8celldex (840)
9tximportData (642)
10ChAMPdata (509)
11bladderbatch (463)
12Illumina450ProbeVariants.db (454)
13GSVAdata (416)
14msdata (371)
15TENxPBMCData (327)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (53)
adductData (35)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (23)
affycoretools (0)
affydata (273)
Affyhgu133A2Expr (25)
Affyhgu133aExpr (27)
Affyhgu133Plus2Expr (36)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (43)
Affymoe4302Expr (27)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1617)
ALL (2848)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (67)
alpineData (28)
AmpAffyExample (24)
AneuFinderData (61)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (36)
aracne.networks (54)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (39)
AshkenazimSonChr21 (17)
ASICSdata (27)
AssessORFData (20)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (262)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (42)
BeadArrayUseCases (31)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (6)
benchmarkfdrData2019 (18)
BentoBoxData (1)
beta7 (18)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (7)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (24)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (39)
bladderbatch (463)
blimaTestingData (22)
BloodCancerMultiOmics2017 (35)
bodymapRat (23)
brainImageRdata (15)
breakpointRdata (39)
breastCancerMAINZ (67)
breastCancerNKI (73)
breastCancerTRANSBIG (47)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (45)
breastCancerVDX (87)
brgedata (41)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (48)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (32)
CardinalWorkflows (33)
Category (0)
ccdata (63)
CCl4 (36)
ccTutorial (16)
celarefData (22)
celldex (840)
CellMapperData (22)
ceu1kg (10)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (8)
cgdv17 (30)
cghMCR (0)
ChAMPdata (509)
charmData (2)
cheung2010 (1)
ChIC.data (43)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (20)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (80)
ChIPexoQualExample (21)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (33)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (38)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (64)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (259)
CLLmethylation (17)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (23)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (18)
CMA (0)
cMap2data (43)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (19)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (46)
colonCA (27)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (19)
ConnectivityMap (23)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (63)
CopyhelpeR (61)
CopyNeutralIMA (19)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (50)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (14)
curatedAdipoChIP (15)
curatedAdipoRNA (16)
curatedBladderData (26)
curatedBreastData (36)
curatedCRCData (21)
curatedMetagenomicData (210)
curatedOvarianData (64)
curatedTBData (0)
curatedTCGAData (226)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (65)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (18)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (94)
derfinderData (39)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (16)
destiny (0)
DExMAdata (12)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (27)
diggit (0)
diggitdata (21)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (75)
DmelSGI (16)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (254)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
dorothea (254)
DREAM4 (20)
dressCheck (15)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (70)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (44)
dsQTL (11)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (44)
DupChecker (0)
DvDdata (15)
dyebias (0)
dyebiasexamples (21)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (29)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (172)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (232)
EMDomics (0)
emtdata (13)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (76)
etec16s (21)
eudysbiome (0)
ewceData (25)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (280)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (3)
facsDorit (10)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (27)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (18)
FGNet (0)
fibroEset (46)
FieldEffectCrc (15)
FindMyFriends (0)
FIs (61)
FISHalyseR (0)
fission (312)
flagme (0)
Fletcher2013a (30)
Fletcher2013b (29)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (11)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (21)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (227)
FlowSorted.Blood.EPIC (136)
FlowSorted.CordBlood.450k (38)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (51)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (26)
FlowSorted.DLPFC.450k (29)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (109)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (7)
furrowSeg (13)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (285)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (14)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (55)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1324)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (50)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (9)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (39)
geuvPack (14)
geuvStore (1)
geuvStore2 (14)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (22)
ggtut (1)
GIGSEAdata (13)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (247)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (18)
graph (0)
graphite (0)
grndata (29)
GSBenchMark (19)
GSE103322 (1)
GSE13015 (9)
GSE159526 (1)
GSE62944 (35)
GSEABase (0)
gskb (67)
GSVAdata (416)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (50)
GWASTools (0)

H

h5vcData (63)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (30)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (25)
hapmapsnp6 (33)
harbChIP (19)
HarmanData (25)
HarmonizedTCGAData (20)
HCAData (57)
HD2013SGI (19)
HDCytoData (132)
healthyFlowData (20)
HEEBOdata (20)
HelloRangesData (31)
hgu133abarcodevecs (13)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (20)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (13)
HiCDataHumanIMR90 (29)
HiCDataLymphoblast (22)
HighlyReplicatedRNASeq (14)
Hiiragi2013 (89)
HIVcDNAvantWout03 (15)
HMP16SData (46)
HMP2Data (26)
hmyriB36 (9)
HSMMSingleCell (2025)
HumanAffyData (19)
humanStemCell (82)

I

IHW (1)
IHWpaper (17)
Illumina450ProbeVariants.db (454)
IlluminaDataTestFiles (46)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (9)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (0)
ITALICSData (35)
Iyer517 (14)

J

JASPAR2014 (39)
JASPAR2016 (110)
JctSeqData (15)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (46)
KEGGdzPathwaysGEO (209)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (16)
KOdata (46)

L

leeBamViews (54)
leukemiasEset (131)
LiebermanAidenHiC2009 (19)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (14)
LRcellTypeMarkers (8)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (37)
LungCancerLines (24)
lungExpression (33)
lydata (26)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (32)
macrophage (119)
MACSdata (8)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (16)
mAPKLData (20)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (20)
MAQCsubsetAFX (17)
MAQCsubsetILM (14)
marray (0)
mCSEAdata (47)
mcsurvdata (15)
MEALData (1)
MEDIPSData (34)
MEEBOdata (18)
Metab (0)
MetaGxBreast (27)
MetaGxOvarian (24)
MetaGxPancreas (20)
metaMS (0)
metaMSdata (27)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (22)
methylclockData (11)
MethylMix (0)
MethylSeqData (13)
methylumi (0)
methyvimData (10)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (33)
microRNAome (17)
MIGSAdata (20)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (326)
minfiDataEPIC (55)
minionSummaryData (24)
miRcompData (35)
miRNATarget (20)
mitoODEdata (12)
MMAPPR2data (18)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (63)
mosaicsExample (57)
mouse4302barcodevecs (13)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (100)
MouseThymusAgeing (6)
MSBdata (1)
msd16s (30)
msdata (371)
msigdb (40)
MSMB (60)
MSnbase (0)
msPurityData (31)
msqc1 (14)
MSstatsBioData (28)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (29)
MTseekerData (4)
MUGAExampleData (15)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (75)
mvoutData (18)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (22)
nanotubes (20)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (14)
NestLink (14)
netDx.examples (2)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (37)
NOISeq (0)
nullrangesData (0)

O

ObMiTi (5)
oct4 (14)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (38)
OnassisJavaLibs (41)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (30)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (247)
pasilla (984)
pasillaBamSubset (198)
PasillaTranscriptExpr (44)
pathifier (0)
PathNetData (19)
pathprintGEOData (9)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (19)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (17)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (12)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (27)
pcxnData (33)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (21)
PepsNMRData (24)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (13)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
plotgardenerData (2)
polyester (0)
ppiData (41)
prebsdata (19)
preciseTADhub (7)
PREDAsampledata (45)
preprocessCore (0)
ProData (19)
pRolocdata (200)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (15)
prostateCancerStockholm (15)
prostateCancerTaylor (13)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (0)
ptairData (8)
PtH2O2lipids (21)
pumadata (21)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (32)
PWMEnrich.Mmusculus.background (23)
pwrEWAS.data (47)

Q

QDNAseq.hg19 (87)
QDNAseq.mm10 (43)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (33)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (48)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (35)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (51)
RegParallel (57)
ReportingTools (0)
restfulSEData (20)
rfcdmin (0)
RforProteomics (166)
RGMQLlib (32)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (8)
RITANdata (45)
RMassBankData (24)
RNAinteractMAPK (12)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (33)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (200)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (23)
RnaSeqSampleSizeData (79)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (168)
RnBeads.hg38 (135)
RnBeads.mm10 (123)
RnBeads.mm9 (89)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (14)
rRDPData (19)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (295)
RTCGA.CNV (42)
RTCGA.methylation (45)
RTCGA.miRNASeq (85)
RTCGA.mRNA (172)
RTCGA.mutations (86)
RTCGA.PANCAN12 (34)
RTCGA.rnaseq (155)
RTCGA.RPPA (37)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (48)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (19)
SBGNview.data (46)
scanMiRData (2)
SCATE (0)
SCATEData (27)
SCLCBam (22)
scpdata (13)
scRNAseq (1093)
scTHI.data (18)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (40)
seqc (23)
seqCNA.annot (50)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (312)
seventyGeneData (16)
shinyMethylData (24)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (44)
sigPathway (0)
SimBenchData (6)
simpIntLists (44)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (15)
SingleCellMultiModal (28)
SingleMoleculeFootprintingData (7)
SNAData (15)
snadata (0)
SNAGEEdata (35)
SNPhoodData (19)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (13)
SomaticCancerAlterations (48)
spade (0)
spatialDmelxsim (1)
spatialLIBD (77)
SPIA (0)
SpikeIn (27)
SpikeInSubset (84)
spliceR (0)
spqnData (17)
stemHypoxia (42)
STexampleData (18)
stjudem (18)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (15)
synapterdata (71)
systemPipeRdata (230)

T

TabulaMurisData (22)
TabulaMurisSenisData (1)
TargetScoreData (19)
TargetSearchData (18)
tartare (33)
TBX20BamSubset (42)
TCGAbiolinksGUI.data (1472)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (15)
TCGAMethylation450k (26)
tcgaWGBSData.hg19 (14)
TCGAWorkflowData (113)
TENxBrainData (71)
TENxBUSData (26)
TENxPBMCData (327)
TENxVisiumData (8)
TFBSTools (0)
timecoursedata (21)
TimerQuant (12)
tinesath1cdf (13)
tinesath1probe (12)
tissueTreg (21)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (18)
tofsimsData (19)
topdownrdata (18)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tuberculosis (0)
tweeDEseqCountData (121)
twilight (0)
tximportData (642)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (13)
vsn (0)
vulcandata (17)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (9)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (50)
WGSmapp (25)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (15)
XVector (1)

Y

yeastCC (57)
yeastExpData (79)
yeastGSData (12)
yeastNagalakshmi (36)
yeastRNASeq (53)
yri1kgv (16)
yriMulti (8)

Z

zebrafishRNASeq (137)
zlibbioc (1)