See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-07-31 10:26:30 -0400 (Sat, 31 Jul 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2739)
2HSMMSingleCell (1979)
3airway (1593)
4geneLenDataBase (1294)
5scRNAseq (1109)
6TCGAbiolinksGUI.data (1055)
7pasilla (1016)
8tximportData (638)
9celldex (596)
10ChAMPdata (494)
11bladderbatch (467)
12Illumina450ProbeVariants.db (435)
13GSVAdata (398)
14msdata (367)
15TENxPBMCData (357)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (50)
adductData (31)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (22)
affycoretools (0)
affydata (260)
Affyhgu133A2Expr (24)
Affyhgu133aExpr (28)
Affyhgu133Plus2Expr (37)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (35)
Affymoe4302Expr (26)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1593)
ALL (2739)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (67)
alpineData (26)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (60)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (36)
aracne.networks (51)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (37)
AshkenazimSonChr21 (16)
ASICSdata (26)
AssessORFData (20)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (241)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (41)
BeadArrayUseCases (31)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (2)
benchmarkfdrData2019 (16)
beta7 (16)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (2)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (24)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (35)
bladderbatch (467)
blimaTestingData (22)
BloodCancerMultiOmics2017 (34)
bodymapRat (22)
brainImageRdata (14)
breakpointRdata (34)
breastCancerMAINZ (67)
breastCancerNKI (73)
breastCancerTRANSBIG (49)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (45)
breastCancerVDX (86)
brgedata (38)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (48)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (32)
CardinalWorkflows (35)
Category (0)
ccdata (62)
CCl4 (34)
ccTutorial (16)
celarefData (21)
celldex (596)
CellMapperData (22)
ceu1kg (12)
ceu1kgv (12)
ceuhm3 (10)
cgdv17 (36)
cghMCR (0)
ChAMPdata (494)
charmData (3)
cheung2010 (1)
ChIC.data (37)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (76)
ChIPexoQualExample (20)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (29)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (35)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (60)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (278)
CLLmethylation (17)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (24)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (14)
CMA (0)
cMap2data (40)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (19)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (45)
colonCA (26)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (20)
ConnectivityMap (23)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (89)
CopyhelpeR (61)
CopyNeutralIMA (17)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (44)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (14)
curatedAdipoChIP (14)
curatedAdipoRNA (16)
curatedBladderData (26)
curatedBreastData (36)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (178)
curatedOvarianData (65)
curatedTCGAData (228)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (60)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (18)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (75)
derfinderData (38)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
DExMAdata (4)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (22)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (59)
DmelSGI (14)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (267)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
dorothea (232)
DREAM4 (18)
dressCheck (14)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (54)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (41)
dsQTL (13)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (48)
DupChecker (0)
DvDdata (15)
dyebias (0)
dyebiasexamples (20)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (28)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (178)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (231)
EMDomics (0)
emtdata (7)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (76)
etec16s (20)
eudysbiome (0)
ewceData (9)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (286)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (4)
facsDorit (13)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (25)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (18)
FGNet (0)
fibroEset (43)
FieldEffectCrc (10)
FindMyFriends (0)
FIs (59)
FISHalyseR (0)
fission (323)
flagme (0)
Fletcher2013a (29)
Fletcher2013b (29)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (14)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (22)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (228)
FlowSorted.Blood.EPIC (129)
FlowSorted.CordBlood.450k (40)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (47)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (30)
FlowSorted.DLPFC.450k (28)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (105)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (22)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (12)
furrowSeg (13)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (275)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (13)
gatingMLData (21)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (61)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1294)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (50)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (4)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (40)
geuvPack (17)
geuvStore (1)
geuvStore2 (18)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (30)
ggtut (1)
GIGSEAdata (13)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (255)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (17)
graph (1)
graphite (0)
grndata (31)
GSBenchMark (18)
GSE13015 (3)
GSE62944 (36)
GSEABase (0)
gskb (87)
GSVAdata (398)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (51)
GWASTools (0)

H

h5vcData (63)
hapmap100khind (12)
hapmap100kxba (30)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (25)
hapmapsnp6 (35)
harbChIP (21)
HarmanData (24)
HarmonizedTCGAData (20)
HCAData (63)
HD2013SGI (17)
HDCytoData (127)
healthyFlowData (20)
HEEBOdata (19)
HelloRangesData (30)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (19)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (13)
HiCDataHumanIMR90 (27)
HiCDataLymphoblast (21)
HighlyReplicatedRNASeq (13)
Hiiragi2013 (77)
HIVcDNAvantWout03 (13)
HMP16SData (55)
HMP2Data (24)
hmyriB36 (12)
HSMMSingleCell (1979)
HumanAffyData (19)
humanStemCell (74)

I

IHW (0)
IHWpaper (16)
Illumina450ProbeVariants.db (435)
IlluminaDataTestFiles (43)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (5)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (34)
Iyer517 (12)

J

JASPAR2014 (37)
JASPAR2016 (116)
JctSeqData (19)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (44)
KEGGdzPathwaysGEO (221)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (16)
KOdata (43)

L

leeBamViews (54)
leukemiasEset (139)
LiebermanAidenHiC2009 (19)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (13)
LRcellTypeMarkers (3)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (36)
LungCancerLines (23)
lungExpression (34)
lydata (24)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (30)
macrophage (109)
MACSdata (4)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (14)
mAPKLData (20)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (20)
MAQCsubsetAFX (18)
MAQCsubsetILM (13)
marray (0)
mCSEAdata (43)
mcsurvdata (14)
MEALData (1)
MEDIPSData (36)
MEEBOdata (18)
Metab (0)
MetaGxBreast (27)
MetaGxOvarian (22)
MetaGxPancreas (19)
metaMS (0)
metaMSdata (26)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (21)
methylclockData (4)
MethylMix (0)
MethylSeqData (9)
methylumi (0)
methyvimData (13)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (15)
microRNAome (15)
MIGSAdata (20)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (325)
minfiDataEPIC (55)
minionSummaryData (22)
miRcompData (33)
miRNATarget (20)
mitoODEdata (15)
MMAPPR2data (18)
MMDiffBamSubset (18)
MOFAdata (63)
mosaicsExample (41)
mouse4302barcodevecs (11)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (95)
MouseThymusAgeing (3)
MSBdata (1)
msd16s (28)
msdata (367)
msigdb (13)
MSMB (46)
MSnbase (0)
msPurityData (31)
msqc1 (13)
MSstatsBioData (29)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (30)
MTseekerData (7)
MUGAExampleData (14)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (70)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (16)
nanotubes (20)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (13)
NestLink (14)
netDx.examples (3)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (48)
NOISeq (0)

O

ObMiTi (2)
oct4 (13)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (34)
OnassisJavaLibs (45)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (26)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (261)
pasilla (1016)
pasillaBamSubset (208)
PasillaTranscriptExpr (44)
pathifier (0)
PathNetData (18)
pathprintGEOData (13)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (24)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (21)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (15)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (25)
pcxnData (31)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (20)
PepsNMRData (24)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (13)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (38)
prebsdata (18)
preciseTADhub (3)
PREDAsampledata (42)
preprocessCore (0)
ProData (18)
pRolocdata (204)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (14)
prostateCancerStockholm (15)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (14)
ProtGenerics (0)
ptairData (4)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (20)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (31)
PWMEnrich.Mmusculus.background (23)
pwrEWAS.data (44)

Q

QDNAseq.hg19 (82)
QDNAseq.mm10 (37)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (30)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (45)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (35)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (43)
RegParallel (54)
ReportingTools (0)
restfulSEData (20)
rfcdmin (0)
RforProteomics (168)
RGMQLlib (30)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (10)
RITANdata (43)
RMassBankData (25)
RNAinteractMAPK (10)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (30)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (192)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (22)
RnaSeqSampleSizeData (68)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (169)
RnBeads.hg38 (133)
RnBeads.mm10 (119)
RnBeads.mm9 (76)
RnBeads.rn5 (13)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (19)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (301)
RTCGA.CNV (40)
RTCGA.methylation (45)
RTCGA.miRNASeq (91)
RTCGA.mRNA (173)
RTCGA.mutations (89)
RTCGA.PANCAN12 (35)
RTCGA.rnaseq (158)
RTCGA.RPPA (37)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (45)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (17)
SBGNview.data (39)
scanMiRData (0)
SCATE (1)
SCATEData (21)
SCLCBam (23)
scpdata (7)
scRNAseq (1109)
scTHI.data (17)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (40)
seqc (24)
seqCNA.annot (49)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (313)
seventyGeneData (15)
shinyMethylData (24)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (40)
sigPathway (0)
SimBenchData (3)
simpIntLists (42)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (15)
SingleCellMultiModal (26)
SingleMoleculeFootprintingData (3)
SNAData (14)
snadata (0)
SNAGEEdata (32)
SNPhoodData (18)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (13)
SomaticCancerAlterations (51)
spade (0)
spatialLIBD (68)
SPIA (0)
SpikeIn (28)
SpikeInSubset (96)
spliceR (0)
spqnData (16)
stemHypoxia (40)
STexampleData (3)
stjudem (18)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (15)
synapterdata (79)
systemPipeRdata (217)

T

TabulaMurisData (22)
TargetScoreData (17)
TargetSearchData (18)
tartare (27)
TBX20BamSubset (39)
TCGAbiolinksGUI.data (1055)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (25)
tcgaWGBSData.hg19 (13)
TCGAWorkflowData (113)
TENxBrainData (79)
TENxBUSData (26)
TENxPBMCData (357)
TENxVisiumData (3)
TFBSTools (0)
timecoursedata (14)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (12)
tinesath1probe (11)
tissueTreg (19)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (13)
tofsimsData (19)
topdownrdata (18)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (125)
twilight (0)
tximportData (638)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (12)
vsn (0)
vulcandata (17)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (12)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (52)
WGSmapp (23)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (13)
XVector (1)

Y

yeastCC (63)
yeastExpData (78)
yeastGSData (11)
yeastNagalakshmi (33)
yeastRNASeq (53)
yri1kgv (20)
yriMulti (11)

Z

zebrafishRNASeq (139)
zlibbioc (1)