See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-05-15 09:38:43 -0400 (Sat, 15 May 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2772)
2HSMMSingleCell (1948)
3airway (1664)
4geneLenDataBase (1278)
5scRNAseq (1128)
6pasilla (1031)
7TCGAbiolinksGUI.data (804)
8tximportData (643)
9ChAMPdata (489)
10bladderbatch (484)
11Illumina450ProbeVariants.db (428)
12celldex (428)
13GSVAdata (399)
14TENxPBMCData (394)
15msdata (368)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (50)
adductData (29)
affxparser (0)
affy (1)
affycompData (23)
affycoretools (0)
affydata (256)
Affyhgu133A2Expr (25)
Affyhgu133aExpr (29)
Affyhgu133Plus2Expr (40)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (36)
Affymoe4302Expr (27)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (1)
AIMS (0)
airway (1664)
ALL (2772)
all (0)
allenpvc (2)
ALLMLL (66)
alpineData (25)
AmpAffyExample (23)
AneuFinderData (59)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (36)
aracne.networks (49)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (35)
AshkenazimSonChr21 (16)
ASICSdata (26)
AssessORFData (21)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (215)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (41)
BeadArrayUseCases (33)
BeadDataPackR (0)
benchmarkfdrData2019 (16)
beta7 (16)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (25)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (33)
bladderbatch (484)
blimaTestingData (22)
BloodCancerMultiOmics2017 (31)
bodymapRat (23)
brainImageRdata (14)
breakpointRdata (31)
breastCancerMAINZ (65)
breastCancerNKI (77)
breastCancerTRANSBIG (50)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (40)
breastCancerUPP (44)
breastCancerVDX (81)
brgedata (39)
bronchialIL13 (15)
BSgenome (0)
bsseqData (51)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (32)
CardinalWorkflows (36)
Category (0)
ccdata (62)
CCl4 (34)
ccTutorial (16)
celarefData (21)
celldex (428)
CellMapperData (22)
ceu1kg (13)
ceu1kgv (13)
ceuhm3 (12)
cgdv17 (40)
cghMCR (0)
ChAMPdata (489)
charmData (3)
cheung2010 (1)
ChIC.data (35)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (19)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (71)
ChIPexoQualExample (20)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (29)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (33)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (57)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (298)
CLLmethylation (17)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (24)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (10)
CMA (0)
cMap2data (38)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (18)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (44)
colonCA (27)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (20)
ConnectivityMap (24)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (128)
CopyhelpeR (59)
CopyNeutralIMA (17)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (41)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (14)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (13)
curatedAdipoChIP (14)
curatedAdipoRNA (16)
curatedBladderData (25)
curatedBreastData (39)
curatedCRCData (20)
curatedMetagenomicData (165)
curatedOvarianData (67)
curatedTCGAData (215)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (55)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (19)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (65)
derfinderData (41)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (15)
destiny (0)
DExMAdata (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (26)
diggit (0)
diggitdata (22)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (54)
DmelSGI (15)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (281)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (13)
DOQTL (0)
dorothea (194)
DREAM4 (18)
dressCheck (14)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (41)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (39)
dsQTL (15)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (49)
DupChecker (0)
DvDdata (15)
dyebias (0)
dyebiasexamples (20)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (29)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (188)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (233)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (79)
etec16s (20)
eudysbiome (0)
ewceData (1)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (288)
fabia (0)
fabiaData (16)
facopy.annot (5)
facsDorit (15)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (24)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (18)
FGNet (0)
fibroEset (43)
FieldEffectCrc (8)
FindMyFriends (0)
FIs (58)
FISHalyseR (0)
fission (326)
flagme (0)
Fletcher2013a (29)
Fletcher2013b (28)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (18)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (22)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (236)
FlowSorted.Blood.EPIC (129)
FlowSorted.CordBlood.450k (44)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (50)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (36)
FlowSorted.DLPFC.450k (25)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (106)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (23)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (17)
furrowSeg (14)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (266)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (13)
gatingMLData (22)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (63)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (1278)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (50)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (39)
geuvPack (21)
geuvStore (1)
geuvStore2 (20)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (35)
ggtut (1)
GIGSEAdata (13)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (264)
GOSemSim (1)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (17)
graph (1)
graphite (0)
grndata (39)
GSBenchMark (19)
GSE62944 (38)
GSEABase (0)
gskb (91)
GSVAdata (399)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (54)
GWASTools (0)

H

h5vcData (65)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (31)
hapmap500knsp (13)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (26)
hapmapsnp6 (35)
harbChIP (23)
HarmanData (24)
HarmonizedTCGAData (18)
HCAData (61)
HD2013SGI (17)
HDCytoData (129)
healthyFlowData (19)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (32)
hgu133abarcodevecs (12)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (13)
hgu133plus2CellScore (19)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (13)
HiCDataHumanIMR90 (27)
HiCDataLymphoblast (21)
HighlyReplicatedRNASeq (13)
Hiiragi2013 (73)
HIVcDNAvantWout03 (13)
HMP16SData (53)
HMP2Data (23)
hmyriB36 (13)
HSMMSingleCell (1948)
HumanAffyData (20)
humanStemCell (71)

I

IHW (0)
IHWpaper (16)
Illumina450ProbeVariants.db (428)
IlluminaDataTestFiles (44)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (2)
impute (1)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (1)
ITALICSData (31)
Iyer517 (12)

J

JASPAR2014 (38)
JASPAR2016 (127)
JctSeqData (21)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (43)
KEGGdzPathwaysGEO (233)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (17)
KOdata (42)

L

leeBamViews (55)
leukemiasEset (141)
LiebermanAidenHiC2009 (19)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (13)
LRcellTypeMarkers (1)
lumi (0)
lumiBarnes (24)
LungCancerACvsSCCGEO (33)
LungCancerLines (25)
lungExpression (35)
lydata (24)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (31)
macrophage (100)
MACSdata (1)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (15)
mAPKLData (19)
maqcExpression4plex (34)
MAQCsubset (19)
MAQCsubsetAFX (19)
MAQCsubsetILM (14)
marray (0)
mCSEAdata (40)
mcsurvdata (14)
MEALData (1)
MEDIPSData (36)
MEEBOdata (18)
Metab (0)
MetaGxBreast (28)
MetaGxOvarian (23)
MetaGxPancreas (19)
metaMS (0)
metaMSdata (27)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (21)
methylclockData (1)
MethylMix (0)
MethylSeqData (7)
methylumi (0)
methyvimData (15)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (8)
microRNAome (16)
MIGSAdata (20)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (332)
minfiDataEPIC (56)
minionSummaryData (22)
miRcompData (31)
miRNATarget (20)
mitoODEdata (18)
MMAPPR2data (16)
MMDiffBamSubset (19)
MOFAdata (63)
mosaicsExample (35)
mouse4302barcodevecs (11)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (88)
MouseThymusAgeing (1)
MSBdata (1)
msd16s (27)
msdata (368)
MSMB (36)
MSnbase (0)
msPurityData (36)
msqc1 (13)
MSstatsBioData (28)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (30)
MTseekerData (9)
MUGAExampleData (14)
Mulder2012 (2)
multtest (0)
muscData (65)
mvoutData (17)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (12)
nanotubes (20)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (13)
NestLink (14)
netDx.examples (5)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (63)
NOISeq (0)

O

ObMiTi (0)
oct4 (12)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (32)
OnassisJavaLibs (51)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (23)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (291)
pasilla (1031)
pasillaBamSubset (230)
PasillaTranscriptExpr (42)
pathifier (0)
PathNetData (19)
pathprintGEOData (15)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (28)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (24)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (17)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (27)
pcxnData (28)
pd.atdschip.tiling (14)
pepDat (20)
PepsNMRData (24)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (12)
phyloseq (0)
plasFIA (18)
plier (0)
polyester (0)
ppiData (38)
prebsdata (17)
preciseTADhub (1)
PREDAsampledata (40)
preprocessCore (1)
ProData (19)
pRolocdata (206)
prostateCancerCamcap (16)
prostateCancerGrasso (14)
prostateCancerStockholm (15)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (13)
ProtGenerics (0)
ptairData (1)
PtH2O2lipids (19)
pumadata (20)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (24)
PWMEnrich.Hsapiens.background (31)
PWMEnrich.Mmusculus.background (22)
pwrEWAS.data (43)

Q

QDNAseq.hg19 (78)
QDNAseq.mm10 (35)
qPLEXdata (18)
quantsmooth (0)
QUBICdata (30)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (44)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (33)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (38)
RegParallel (56)
ReportingTools (0)
restfulSEData (21)
rfcdmin (0)
RforProteomics (167)
RGMQLlib (29)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (13)
RIPSeekerData (12)
RITANdata (42)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (11)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (28)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (191)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (22)
RnaSeqSampleSizeData (62)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (164)
RnBeads.hg38 (126)
RnBeads.mm10 (112)
RnBeads.mm9 (59)
RnBeads.rn5 (12)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (13)
rRDPData (18)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (323)
RTCGA.CNV (42)
RTCGA.methylation (50)
RTCGA.miRNASeq (99)
RTCGA.mRNA (177)
RTCGA.mutations (95)
RTCGA.PANCAN12 (37)
RTCGA.rnaseq (171)
RTCGA.RPPA (40)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (43)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (17)
SBGNview.data (33)
SCATE (1)
SCATEData (15)
SCLCBam (22)
scpdata (3)
scRNAseq (1128)
scTHI.data (17)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (40)
seqc (23)
seqCNA.annot (46)
seqLogo (0)
serumStimulation (13)
sesameData (318)
seventyGeneData (15)
shinyMethylData (26)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (39)
sigPathway (0)
SimBenchData (1)
simpIntLists (40)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (15)
SingleCellMultiModal (23)
SNAData (15)
snadata (0)
SNAGEEdata (30)
SNPhoodData (18)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (13)
SomaticCancerAlterations (56)
spade (0)
spatialLIBD (52)
SPIA (0)
SpikeIn (28)
SpikeInSubset (112)
spliceR (0)
spqnData (16)
stemHypoxia (36)
stjudem (18)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (16)
synapterdata (83)
systemPipeRdata (180)

T

TabulaMurisData (23)
TargetScoreData (17)
TargetSearchData (18)
tartare (19)
TBX20BamSubset (36)
TCGAbiolinksGUI.data (804)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (14)
TCGAMethylation450k (25)
tcgaWGBSData.hg19 (13)
TCGAWorkflowData (112)
TENxBrainData (81)
TENxBUSData (26)
TENxPBMCData (394)
TFBSTools (0)
timecoursedata (10)
TimerQuant (11)
tinesath1cdf (11)
tinesath1probe (11)
tissueTreg (19)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (9)
tofsimsData (19)
topdownrdata (18)
topGO (1)
Trendy (0)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (130)
twilight (0)
tximportData (643)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (13)
vsn (0)
vulcandata (17)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (14)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (55)
WGSmapp (22)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (12)
XVector (1)

Y

yeastCC (63)
yeastExpData (91)
yeastGSData (11)
yeastNagalakshmi (34)
yeastRNASeq (54)
yri1kgv (23)
yriMulti (12)

Z

zebrafishRNASeq (144)
zlibbioc (1)