See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2021-06-11 07:42:11 -0400 (Fri, 11 Jun 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (42871)
2BiocVersion (42269)
3S4Vectors (38416)
4IRanges (37112)
5Biobase (36334)
6zlibbioc (31970)
7GenomeInfoDb (31218)
8XVector (30478)
9DelayedArray (30250)
10AnnotationDbi (28354)
11GenomicRanges (27735)
12BiocParallel (27541)
13SummarizedExperiment (27478)
14limma (25213)
15Biostrings (22731)
16biomaRt (18689)
17annotate (17836)
18genefilter (17562)
19BiocFileCache (16475)
20Rsamtools (16466)
21graph (16391)
22rtracklayer (16197)
23edgeR (15819)
24GenomicAlignments (15689)
25Rhtslib (15209)
26Rhdf5lib (14970)
27MatrixGenerics (14789)
28DESeq2 (14544)
29GenomicFeatures (14042)
30rhdf5 (13387)
31geneplotter (13323)
32preprocessCore (11535)
33qvalue (10192)
34Rgraphviz (9671)
35RBGL (9367)
36clusterProfiler (8918)
37fgsea (8837)
38multtest (8755)
39GOSemSim (8669)
40enrichplot (8313)
41BSgenome (8232)
42DOSE (8199)
43HDF5Array (8018)
44DelayedMatrixStats (7669)
45ProtGenerics (7602)
46affyio (7407)
47impute (7390)
48affy (7366)
49rhdf5filters (6933)
50GEOquery (6821)
51SingleCellExperiment (6790)
52ComplexHeatmap (6785)
53ensembldb (6628)
54AnnotationHub (6426)
55beachmat (6333)
56AnnotationFilter (6331)
57KEGGREST (6269)
58VariantAnnotation (6179)
59GSEABase (5869)
60interactiveDisplayBase (5655)
61sva (5134)
62ShortRead (5083)
63BiocStyle (5049)
64BiocSingular (4949)
65BiocNeighbors (4781)
66scater (4426)
67biovizBase (4153)
68KEGGgraph (4097)
69pathview (4037)
70sparseMatrixStats (3931)
71vsn (3884)
72pcaMethods (3734)
73biocViews (3673)
74phyloseq (3662)
75ExperimentHub (3586)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (78)
a4Base (101)
a4Classif (75)
a4Core (113)
a4Preproc (108)
a4Reporting (76)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (69)
ABarray (61)
abseqR (58)
ABSSeq (72)
acde (72)
ACE (65)
aCGH (130)
ACME (75)
ADaCGH2 (57)
ADAM (51)
ADAMgui (49)
adaptest (15)
adductomicsR (47)
ADImpute (27)
adSplit (59)
AffiXcan (51)
affxparser (1527)
affy (7366)
affycomp (85)
AffyCompatible (83)
affyContam (66)
affycoretools (337)
affydata (0)
AffyExpress (54)
affyILM (53)
affyio (7407)
affylmGUI (89)
affyPara (60)
affypdnn (13)
affyPLM (1261)
affyQCReport (164)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (59)
AffyTiling (1)
AGDEX (56)
aggregateBioVar (29)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (146)
AgiMicroRna (138)
agimicrorna (0)
AIMS (414)
airpart (4)
ALDEx2 (406)
alevinQC (71)
AllelicImbalance (79)
AlphaBeta (50)
alpine (91)
ALPS (59)
AlpsNMR (29)
alsace (67)
altcdfenvs (62)
AMARETTO (56)
AMOUNTAIN (71)
amplican (69)
ampliQueso (4)
AnalysisPageServer (20)
anamiR (10)
Anaquin (58)
ANCOMBC (116)
AneuFinder (81)
ANF (56)
animalcules (64)
annaffy (320)
AnnBuilder (0)
annmap (50)
annotate (17836)
AnnotationDbi (28354)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6331)
AnnotationForge (2818)
AnnotationFuncs (82)
AnnotationHub (6426)
AnnotationHubData (139)
annotationTools (96)
annotatr (327)
anota (67)
anota2seq (65)
antiProfiles (59)
AnVIL (216)
AnVILBilling (25)
AnVILPublish (26)
APAlyzer (57)
apcluster (0)
apComplex (67)
apcomplex (0)
apeglm (2343)
applera (0)
appreci8R (51)
aroma.light (2080)
ArrayExpress (589)
ArrayExpressHTS (41)
arrayMagic (0)
arrayMvout (51)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (68)
arrayQualityMetrics (526)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (94)
ArrayTV (21)
ARRmNormalization (56)
artMS (85)
ASAFE (54)
ASEB (55)
ASGSCA (56)
ASICS (70)
asmn (1)
ASpediaFI (48)
ASpli (89)
AssessORF (49)
ASSET (69)
ASSIGN (67)
ATACseqQC (279)
AtlasRDF (2)
atSNP (35)
attract (59)
AUCell (789)
autonomics (6)
Autotuner (66)
AWFisher (51)
awst (3)

B

BaalChIP (58)
BAC (56)
bacon (104)
BADER (59)
BadRegionFinder (53)
BAGS (55)
ballgown (678)
bambu (35)
bamsignals (731)
BANDITS (54)
banocc (50)
barcodetrackR (4)
basecallQC (76)
BaseSpaceR (62)
Basic4Cseq (61)
BASiCS (109)
BasicSTARRseq (57)
basilisk (398)
basilisk.utils (406)
batchelor (1885)
BatchQC (145)
BayesKnockdown (49)
BayesPeak (30)
BayesSpace (48)
bayNorm (79)
baySeq (551)
BBCAnalyzer (54)
BCRANK (72)
bcSeq (53)
BDMMAcorrect (52)
beachmat (6333)
beadarray (687)
beadarraySNP (61)
BeadDataPackR (649)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (52)
BEAT (55)
BEclear (65)
betr (2)
bgafun (17)
BgeeCall (48)
BgeeDB (90)
BGmix (50)
bgx (64)
BHC (155)
BicARE (104)
BiFET (61)
BiGGR (59)
BigMatrix (0)
bigmelon (71)
bigmemoryExtras (62)
bigPint (86)
bim (0)
bioassayR (72)
Biobase (36334)
biobase (0)
biobroom (170)
biobtreeR (51)
bioCancer (63)
BiocCaseStudies (54)
BiocCheck (2296)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (52)
BiocFileCache (16475)
BiocGenerics (42871)
biocGraph (204)
BiocInstaller (2840)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (547)
biocLite (0)
BiocNeighbors (4781)
BiocOncoTK (64)
Bioconductor (0)
BioCor (65)
BiocParallel (27541)
BiocPkgTools (94)
BiocSet (74)
BiocSingular (4949)
BiocSklearn (96)
BiocStyle (5049)
biocthis (57)
BiocVersion (42269)
biocViews (3673)
BiocWorkflowTools (119)
biodb (2)
bioDist (221)
biomaRt (18689)
BioMedR (1)
biomformat (3440)
BioMM (52)
BioMVCClass (52)
biomvRCNS (53)
BioNERO (6)
BioNet (169)
bionet (0)
BioNetStat (58)
BioQC (117)
BioSeqClass (29)
biosigner (74)
Biostrings (22731)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (18)
BioTIP (47)
biotmle (60)
biovizBase (4153)
BiRewire (79)
birta (27)
birte (4)
biscuiteer (52)
BiSeq (93)
BitSeq (70)
blacksheepr (48)
blima (57)
BLMA (74)
BloodGen3Module (3)
bluster (1412)
bnbc (55)
bnem (9)
BPRMeth (67)
BRAIN (145)
brainflowprobes (44)
brainImageR (2)
BrainSABER (36)
BrainStars (48)
branchpointer (64)
breakpointR (53)
brendaDb (51)
BRGenomics (71)
bridge (54)
BridgeDbR (72)
BrowserViz (97)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8232)
bsseq (1061)
BubbleTree (58)
BufferedMatrix (62)
BufferedMatrixMethods (57)
BUMHMM (52)
bumphunter (2074)
BumpyMatrix (36)
BUS (56)
BUScorrect (50)
BUSpaRse (185)
BuxcoR (0)

C

CAEN (8)
CAFE (50)
CAGEfightR (79)
CAGEr (105)
CALIB (7)
calm (43)
CAMERA (447)
CAMTHC (18)
canceR (62)
cancerclass (60)
CancerInSilico (57)
CancerMutationAnalysis (58)
CancerSubtypes (164)
CAnD (47)
caOmicsV (55)
Cardinal (115)
CARNIVAL (79)
casper (61)
CATALYST (319)
Category (2692)
categoryCompare (54)
CausalR (62)
cbaf (49)
cBioPortalData (163)
cbpManager (3)
ccfindR (76)
ccmap (80)
CCPROMISE (51)
ccrepe (86)
celaref (88)
celda (164)
CellaRepertorium (27)
cellbaseR (58)
CellBench (69)
cellGrowth (8)
cellHTS (1)
cellHTS2 (134)
CelliD (8)
cellity (56)
CellMapper (55)
cellmigRation (3)
CellMixS (63)
CellNOptR (88)
cellscape (65)
CellScore (54)
CellTrails (51)
cellTree (64)
CEMiTool (194)
censcyt (9)
ceRNAnetsim (46)
CeTF (62)
CexoR (48)
CFAssay (67)
cfDNAPro (26)
CGEN (32)
CGHbase (269)
CGHcall (238)
cghMCR (66)
CGHnormaliter (52)
CGHregions (64)
ChAMP (571)
CHARGE (17)
charm (5)
ChemmineOB (230)
ChemmineR (457)
chemminer (0)
CHETAH (107)
ChIC (49)
Chicago (84)
chimera (49)
chimeraviz (76)
ChIPanalyser (53)
ChIPComp (64)
chipenrich (97)
ChIPexoQual (57)
ChIPpeakAnno (936)
ChIPQC (312)
ChIPseeker (1290)
chipseq (482)
ChIPseqR (125)
ChIPSeqSpike (56)
ChIPsim (126)
ChIPXpress (44)
chopsticks (111)
chroGPS (8)
chromDraw (58)
ChromHeatMap (72)
ChromoViz (0)
chromPlot (96)
ChromSCape (31)
chromstaR (80)
chromswitch (55)
chromVAR (491)
CHRONOS (59)
cicero (185)
CIMICE (5)
CINdex (60)
cindex (0)
circRNAprofiler (64)
cisPath (56)
CiteFuse (64)
ClassifyR (60)
cleanUpdTSeq (56)
cleaver (163)
clippda (57)
clipper (69)
cliqueMS (61)
Clomial (57)
Clonality (64)
clonotypeR (60)
clst (59)
clstutils (58)
CluMSID (57)
clustComp (57)
clusterExperiment (479)
ClusterJudge (52)
clusterProfiler (8918)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (54)
ClusterSignificance (57)
clusterStab (126)
clustifyr (101)
CMA (147)
cmapR (158)
cn.farms (55)
cn.mops (179)
CNAnorm (72)
cnanorm (0)
CNEr (839)
CNORdt (53)
CNORfeeder (54)
CNORfuzzy (53)
CNORode (74)
CNPBayes (3)
CNTools (124)
CNVfilteR (48)
CNVgears (11)
cnvGSA (54)
CNViz (3)
CNVPanelizer (66)
CNVRanger (85)
CNVrd2 (52)
CNVtools (23)
cnvtools (0)
cobindR (20)
CoCiteStats (52)
COCOA (53)
codelink (61)
CODEX (109)
coexnet (68)
CoGAPS (118)
cogena (94)
coGPS (52)
COHCAP (62)
cola (77)
combi (46)
coMET (74)
compartmap (50)
COMPASS (64)
compcodeR (85)
compEpiTools (69)
CompGO (66)
ComplexHeatmap (6785)
ComPrAn (5)
conclus (4)
condcomp (2)
condiments (6)
CONFESS (52)
consensus (48)
ConsensusClusterPlus (2183)
consensusDE (52)
consensusOV (62)
consensusSeekeR (57)
CONSTANd (10)
contiBAIT (51)
conumee (122)
convert (122)
copa (54)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (350)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (82)
CopywriteR (84)
coRdon (110)
CoRegFlux (41)
CoRegNet (74)
CoreGx (162)
Cormotif (51)
CorMut (21)
coRNAi (2)
corral (57)
CORREP (57)
coseq (91)
cosmiq (55)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (3)
COSNet (55)
CountClust (89)
countsimQC (60)
covEB (47)
CoverageView (82)
covRNA (53)
cpvSNP (53)
cqn (215)
CRImage (77)
CRISPRseek (103)
crisprseekplus (50)
CrispRVariants (91)
crlmm (133)
CrossICC (23)
crossmeta (77)
CSAR (131)
csaw (331)
CSSP (57)
CSSQ (45)
ctc (293)
CTDquerier (11)
ctgGEM (46)
cTRAP (53)
ctsGE (58)
cummeRbund (394)
cummerbund (0)
customCMPdb (25)
customProDB (81)
CVE (8)
cyanoFilter (4)
cycle (54)
cydar (88)
CytoDx (59)
cytofast (57)
cytofkit (43)
CytoGLMM (4)
cytolib (1617)
cytomapper (62)
CytoML (928)
CytoTree (41)

D

dada2 (1617)
dagLogo (59)
daMA (52)
DAMEfinder (53)
DaMiRseq (84)
DAPAR (78)
DART (55)
DASC (2)
DASiR (1)
dasper (29)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (77)
dcanr (63)
dce (6)
dcGSA (52)
DChIPRep (21)
ddCt (105)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (51)
dearseq (49)
debCAM (48)
debrowser (210)
DECIPHER (1306)
deco (53)
DEComplexDisease (51)
decompTumor2Sig (67)
DeconRNASeq (197)
decontam (250)
decoupleR (3)
DEDS (10)
DeepBlueR (68)
DeepPINCS (2)
deepSNV (97)
DEFormats (231)
DegNorm (35)
DEGraph (56)
DEGreport (437)
DEGseq (252)
DelayedArray (30250)
DelayedDataFrame (48)
DelayedMatrixStats (7669)
DelayedRandomArray (3)
deltaCaptureC (44)
deltaGseg (51)
DeMAND (54)
DeMixT (63)
densvis (32)
DEP (316)
DepecheR (52)
DEqMS (105)
derfinder (524)
derfinderHelper (518)
derfinderPlot (97)
DEScan2 (52)
DESeq (2147)
deseq (0)
DESeq2 (14544)
DEsingle (227)
destiny (675)
DEsubs (51)
DEWSeq (49)
DExMA (2)
DEXSeq (717)
dexus (50)
DFP (52)
DIAlignR (47)
DiffBind (997)
diffcoexp (65)
diffcyt (210)
diffGeneAnalysis (52)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (92)
DiffLogo (68)
diffloop (120)
diffuStats (63)
diffUTR (4)
diggit (53)
dir.expiry (31)
Director (45)
DirichletMultinomial (1020)
discordant (70)
DiscoRhythm (57)
distinct (51)
dittoSeq (294)
divergence (45)
dks (54)
DMCFB (47)
DMCHMM (53)
DMRcaller (89)
DMRcate (767)
DMRforPairs (54)
DMRScan (51)
dmrseq (105)
DNABarcodeCompatibility (46)
DNABarcodes (117)
DNAcopy (2005)
DNaseR (0)
DNAshapeR (82)
domainsignatures (2)
DominoEffect (48)
doppelgangR (62)
DOQTL (8)
Doscheda (53)
DOSE (8199)
doseR (47)
dpeak (51)
drawProteins (107)
DRIMSeq (314)
DriverNet (61)
DropletUtils (1133)
drugTargetInteractions (5)
DrugVsDisease (59)
dSimer (5)
DSS (840)
DTA (54)
dualKS (53)
Dune (52)
DupChecker (16)
dupRadar (97)
dyebias (56)
DynDoc (528)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (108)
easyreporting (47)
easyRNASeq (57)
easyrnaseq (0)
EBarrays (117)
EBcoexpress (62)
EBImage (2295)
EBSEA (49)
EBSeq (406)
EBSeqHMM (74)
ecolitk (53)
EDASeq (1917)
edd (0)
EDDA (51)
edge (112)
edgeR (15819)
edger (0)
eegc (51)
EGAD (69)
EGSEA (202)
eiR (49)
eisa (57)
eisaR (76)
ELBOW (47)
ELMER (262)
EMDomics (61)
EmpiricalBrownsMethod (80)
ENCODExplorer (74)
EnhancedVolcano (2260)
EnMCB (51)
ENmix (148)
EnrichedHeatmap (193)
EnrichmentBrowser (297)
enrichplot (8313)
enrichTF (60)
ensembldb (6628)
ensemblVEP (122)
ENVISIONQuery (33)
epialleleR (3)
EpiCluster (0)
epidecodeR (4)
EpiDISH (149)
epigenomix (56)
epigraHMM (2)
epihet (48)
epiNEM (76)
EpiTxDb (50)
epivizr (73)
epivizrChart (49)
epivizrData (72)
epivizrServer (78)
epivizrStandalone (64)
erccdashboard (68)
erma (115)
ERSSA (47)
esATAC (104)
escape (69)
esetVis (73)
eudysbiome (50)
evaluomeR (46)
EventPointer (64)
EWCE (6)
ExCluster (44)
ExiMiR (54)
exomeCopy (241)
exomecopy (0)
exomePeak (18)
exomePeak2 (71)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (3586)
ExperimentHubData (98)
ExperimentSubset (25)
explorase (30)
ExploreModelMatrix (72)
ExpressionAtlas (92)
ExpressionView (48)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (114)
facopy (2)
factDesign (53)
FamAgg (69)
famat (30)
farms (63)
fastLiquidAssociation (51)
FastqCleaner (102)
fastseg (601)
fbat (0)
FCBF (76)
fCCAC (53)
fCI (51)
fcoex (55)
fcScan (44)
fdrame (58)
FEAST (3)
fedup (5)
FELLA (135)
FEM (240)
ffpe (68)
fgga (3)
FGNet (90)
fgsea (8837)
FilterFFPE (28)
FindMyFriends (84)
FISHalyseR (51)
fishpond (129)
FitHiC (70)
flagme (52)
flipflop (3)
flowAI (373)
flowBeads (54)
flowBin (51)
flowcatchR (59)
flowCHIC (58)
flowCL (71)
flowClean (188)
flowClust (995)
flowCore (1799)
flowCut (44)
flowCyBar (59)
flowDensity (146)
flowFit (23)
flowFlowJo (0)
flowFP (78)
flowGraph (10)
flowMap (57)
flowMatch (58)
flowMeans (148)
flowMerge (72)
flowPeaks (92)
flowPhyto (0)
flowPloidy (57)
flowPlots (57)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (3)
FlowRepositoryR (60)
FlowSOM (855)
flowSpecs (50)
flowSpy (50)
flowStats (981)
flowTime (55)
flowTrans (79)
flowType (25)
flowUtils (223)
flowViz (1151)
flowVS (46)
flowWorkspace (1177)
flowworkspace (0)
fmcsR (182)
fmrs (35)
fobitools (5)
focalCall (16)
FoldGO (54)
FourCSeq (56)
FRASER (63)
frenchFISH (43)
FRGEpistasis (57)
frma (111)
frmaTools (58)
FScanR (26)
FunChIP (51)
FunciSNP (36)
funtooNorm (51)

G

GA4GHclient (50)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (49)
gaga (64)
gage (962)
gaggle (53)
gaia (160)
GAPGOM (49)
GAprediction (62)
garfield (59)
GARS (50)
GateFinder (46)
gaucho (2)
gcapc (54)
gcatest (57)
gCMAP (26)
gCMAPWeb (10)
gCrisprTools (57)
gcrma (1700)
GCSConnection (46)
GCSFilesystem (26)
GCSscore (45)
GDCRNATools (462)
GDSArray (91)
gdsfmt (1445)
geecc (15)
GEM (52)
gemini (44)
genArise (56)
genbankr (197)
GENE.E (1)
gene2pathway (0)
GeneAccord (47)
GeneAnswers (92)
geneAttribution (51)
GeneBreak (52)
geneClassifiers (52)
GeneExpressionSignature (59)
genefilter (17562)
genefu (461)
GeneGA (51)
GeneGeneInteR (56)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (79)
GeneNetworkBuilder (74)
GeneOverlap (231)
geneplast (52)
geneplotter (13323)
GeneR (0)
geneRecommender (54)
GeneRegionScan (55)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (49)
GeneSelectMMD (56)
GeneSelector (4)
GENESIS (244)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (66)
geNetClassifier (84)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (25)
GeneticsPed (110)
GeneTonic (60)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (56)
GENIE3 (569)
genoCN (60)
GenoGAM (56)
genomation (447)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (42)
GenomeInfoDb (31218)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (178)
genomeintervals (0)
genomes (69)
GenomicAlignments (15689)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (952)
GenomicDistributions (10)
GenomicFeatures (14042)
GenomicFiles (896)
GenomicInteractions (174)
GenomicOZone (44)
GenomicRanges (27735)
GenomicScores (341)
GenomicSuperSignature (3)
GenomicTuples (48)
Genominator (8)
genoset (122)
genotypeeval (49)
GenoView (1)
genphen (42)
GenRank (16)
GenVisR (377)
GEOfastq (8)
GEOmetadb (215)
GeomxTools (12)
GEOquery (6821)
GEOsearch (2)
GEOsubmission (53)
gep2pep (49)
gespeR (66)
getDEE2 (33)
geva (5)
GEWIST (50)
gff3Plotter (0)
GGBase (88)
ggbio (2063)
ggcyto (1013)
GGPA (42)
GGtools (82)
ggtree (3300)
ggtreeExtra (105)
GIGSEA (46)
girafe (129)
GISPA (58)
GLAD (288)
GladiaTOX (46)
Glimma (1246)
glmGamPoi (280)
glmSparseNet (68)
GlobalAncova (429)
globalSeq (53)
globaltest (1090)
gmapR (85)
GmicR (52)
gmoviz (43)
GMRP (53)
GNET2 (51)
goCluster (0)
GOexpress (111)
GOfuncR (133)
GOFunction (28)
GoogleGenomics (3)
GOpro (57)
goProfiles (102)
goprofiles (0)
GOSemSim (8669)
gosemsim (0)
goseq (1269)
GOSim (142)
goSTAG (61)
GOstats (2574)
gostats (0)
GOsummaries (87)
GOTHiC (63)
goTools (68)
gotools (0)
GPA (45)
gpart (63)
gpls (89)
gprege (69)
gpuMagic (46)
gQTLBase (86)
gQTLstats (79)
gramm4R (40)
granulator (3)
graper (47)
graph (16391)
GraphAlignment (59)
GraphAT (52)
graphite (1597)
GraphPAC (52)
GRENITS (58)
GreyListChIP (370)
GRmetrics (124)
groHMM (74)
GRridge (62)
GSALightning (57)
GSAR (150)
GSCA (53)
gscreend (48)
GSEABase (5869)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (59)
GSEAlm (88)
GSEAmining (33)
gsean (54)
GSgalgoR (30)
GSReg (54)
GSRI (51)
GSVA (2607)
gtrellis (125)
GUIDEseq (64)
Guitar (103)
Gviz (2983)
GWAS.BAYES (26)
gwascat (430)
GWASTools (444)
gwasurvivr (78)
GWENA (46)

H

h5vc (67)
hapFabia (54)
Harman (183)
Harshlight (47)
harshlight (0)
hca (6)
HCABrowser (42)
HCAExplorer (41)
HCAMatrixBrowser (35)
HCsnip (3)
HDF5Array (8018)
HDTD (54)
heatmaps (262)
Heatplus (500)
HelloRanges (92)
HELP (57)
HEM (49)
Herper (50)
hexbin (0)
HGC (3)
hiAnnotator (70)
HIBAG (101)
HiCBricks (53)
hicbricks (0)
HiCcompare (132)
HiCDCPlus (7)
hicrep (35)
hierGWAS (58)
hierinf (46)
HilbertCurve (77)
HilbertVis (175)
HilbertVisGUI (36)
HiLDA (48)
hipathia (66)
HIPPO (45)
hiReadsProcessor (55)
HIREewas (46)
HiTC (137)
hmdbQuery (67)
HMMcopy (217)
hopach (206)
HPAanalyze (69)
hpar (242)
HPAStainR (29)
HTqPCR (233)
HTSanalyzeR (24)
HTSeqGenie (40)
htSeqTools (10)
htseqtools (0)
HTSFilter (195)
HubPub (3)
HumanTranscriptomeCompendium (48)
hummingbird (29)
HybridMTest (75)
hypeR (81)
hyperdraw (75)
hypergraph (102)

I

iASeq (50)
iasva (53)
iBBiG (92)
ibh (48)
iBMQ (39)
iCARE (84)
Icens (293)
icetea (47)
iCheck (48)
iChip (48)
iClusterPlus (238)
iCNV (58)
iCOBRA (112)
ideal (90)
ideogram (0)
IdeoViz (81)
idiogram (50)
IdMappingAnalysis (6)
IdMappingRetrieval (6)
idpr (32)
idr2d (51)
iFlow (0)
iGC (49)
IgGeneUsage (40)
igvR (87)
IHW (716)
illuminaio (2317)
ILoReg (31)
imageHTS (58)
IMAS (49)
Imetagene (42)
IMMAN (45)
ImmuneSpaceR (56)
immunoClust (55)
immunotation (2)
IMPCdata (47)
ImpulseDE (18)
ImpulseDE2 (55)
impute (7390)
INDEED (46)
infercnv (409)
infinityFlow (36)
Informeasure (28)
InPAS (56)
INPower (52)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (61)
InTAD (50)
intansv (70)
interacCircos (4)
InteractionSet (494)
InteractiveComplexHeatmap (15)
interactiveDisplay (78)
interactiveDisplayBase (5655)
InterCellar (5)
IntEREst (60)
InterMineR (73)
IntramiRExploreR (47)
inveRsion (51)
inversion (0)
IONiseR (69)
iontree (2)
iPAC (55)
ipdDb (48)
IPO (122)
IPPD (64)
IRanges (37112)
IRISFGM (6)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (26)
iSEE (346)
iSEEu (64)
iSeq (51)
iSNetwork (0)
isobar (130)
IsoCorrectoR (62)
IsoCorrectoRGUI (48)
IsoformSwitchAnalyzeR (211)
IsoGeneGUI (48)
ISoLDE (37)
isomiRs (71)
iSPlot (0)
ITALICS (49)
iterativeBMA (53)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (53)
iterClust (54)
iteremoval (47)
IVAS (53)
ivygapSE (51)
IWTomics (49)

J

JASPAR2018 (3)
jmosaics (1)
joda (15)
JunctionSeq (48)

K

karyoploteR (635)
KBoost (3)
KCsmart (50)
kebabs (113)
KEGGgraph (4097)
KEGGlincs (62)
keggorth (0)
keggorthology (68)
KEGGprofile (203)
KEGGREST (6269)
KEGGSOAP (0)
kimod (16)
KinSwingR (53)
kissDE (56)
kmknn (0)
KnowSeq (52)

L

LACE (41)
lapmix (49)
LBE (256)
ldblock (71)
LEA (318)
LedPred (49)
lefser (61)
les (52)
levi (47)
lfa (211)
limma (25213)
limmaGUI (81)
LINC (15)
LineagePulse (51)
LinkHD (42)
Linnorm (144)
lionessR (54)
lipidr (80)
LiquidAssociation (53)
lisaClust (5)
lmdme (61)
LMGene (23)
LOBSTAHS (50)
loci2path (46)
logicFS (94)
logitT (53)
Logolas (29)
lol (7)
LOLA (159)
LoomExperiment (237)
LowMACA (51)
LPE (61)
LPEadj (51)
lpNet (43)
lpsymphony (913)
LRBaseDbi (65)
LRcell (4)
lumi (1098)
LVSmiRNA (6)
LymphoSeq (67)

M

M3C (474)
M3D (22)
M3Drop (256)
maanova (68)
Maaslin2 (215)
macat (52)
maCorrPlot (57)
MACPET (49)
MACSQuantifyR (44)
MACSr (6)
maDB (0)
madb (0)
made4 (237)
MADSEQ (51)
maftools (1730)
MAGAR (6)
MAGeCKFlute (263)
maigesPack (56)
MAIT (72)
makecdfenv (124)
makePlatformDesign (0)
MANOR (52)
manta (6)
MantelCorr (49)
mAPKL (53)
maPredictDSC (52)
mapscape (57)
marr (24)
marray (1518)
martini (56)
maser (84)
maSigPro (280)
maskBAD (52)
MassArray (57)
massarray (0)
massiR (54)
MassSpecWavelet (1155)
MAST (1104)
matchBox (52)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (14789)
MatrixQCvis (3)
MatrixRider (47)
matter (111)
MaxContrastProjection (15)
MBAmethyl (48)
MBASED (56)
MBCB (55)
mbkmeans (241)
mBPCR (52)
MBQN (45)
MBttest (49)
mcaGUI (40)
MCbiclust (55)
MCRestimate (8)
mCSEA (62)
mdgsa (78)
mdp (51)
mdqc (60)
MDTS (45)
MEAL (72)
MeasurementError.cor (50)
MEAT (51)
MEB (41)
MEDIPS (113)
MEDME (51)
megadepth (34)
MEIGOR (71)
Melissa (47)
memes (6)
MergeMaid (36)
mergemaid (0)
Mergeomics (64)
MeSHDbi (215)
meshes (128)
meshr (93)
MeSHSim (2)
MesKit (38)
messina (46)
metaArray (25)
metaarray (0)
Metab (54)
metabCombiner (25)
MetaboCoreUtils (7)
metabolomicsWorkbenchR (32)
metabomxtr (53)
MetaboSignal (68)
metaCCA (64)
MetaCyto (63)
metagene (67)
metagene2 (60)
metagenomeFeatures (63)
metagenomeSeq (708)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (50)
metaMS (89)
MetaNeighbor (69)
metapod (162)
metaR (0)
metaSeq (71)
metaseqR (86)
metaseqR2 (50)
metavizr (53)
MetaVolcanoR (75)
metaX (3)
MetCirc (56)
MethCP (41)
methimpute (60)
methInheritSim (49)
MethPed (49)
MethReg (28)
methrix (54)
MethTargetedNGS (47)
methVisual (18)
methyAnalysis (94)
MethylAid (69)
methylCC (47)
methylGSA (93)
methylInheritance (47)
methylKit (508)
MethylMix (136)
methylMnM (54)
methylPipe (77)
methylscaper (4)
MethylSeekR (171)
methylSig (51)
methylumi (1283)
methyvim (40)
MetID (45)
MetNet (50)
mfa (65)
Mfuzz (359)
mfuzz (0)
MGFM (53)
MGFR (57)
mgsa (80)
mia (15)
miaViz (6)
MiChip (51)
microbiome (918)
microbiomeDASim (46)
microbiomeExplorer (38)
MicrobiotaProcess (113)
microRNA (131)
midasHLA (5)
MIGSA (56)
miloR (4)
mimager (50)
MIMOSA (53)
mina (9)
MineICA (67)
minet (508)
minfi (1788)
MinimumDistance (49)
MiPP (48)
miQC (5)
MIRA (62)
MiRaGE (55)
miRBaseConverter (114)
miRcomp (47)
mirIntegrator (50)
miRLAB (59)
miRmine (58)
miRNAmeConverter (71)
miRNApath (68)
miRNAtap (107)
miRSM (44)
miRsponge (2)
miRspongeR (56)
Mirsynergy (14)
mirTarRnaSeq (3)
missMethyl (815)
missRows (45)
mistyR (3)
mitch (66)
mitoODE (15)
mixOmics (2011)
MLInterfaces (313)
mlm4omics (4)
MLP (81)
MLSeq (206)
MMAPPR2 (32)
MMDiff (1)
MMDiff2 (51)
mmgmos (0)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (15)
MMUPHin (56)
mnem (76)
moanin (11)
MODA (63)
ModCon (5)
Modstrings (77)
MOFA (135)
MOFA2 (90)
MOGAMUN (27)
mogsa (90)
MOMA (50)
monocle (1969)
MoonlightR (69)
MoPS (15)
mosaics (91)
MOSim (47)
motifbreakR (91)
motifcounter (56)
MotifDb (429)
motifmatchr (555)
motifRG (56)
motifStack (524)
MotIV (310)
MouseFM (29)
MPFE (42)
mpra (56)
MPRAnalyze (51)
MQmetrics (2)
mQTL.NMR (3)
msa (1064)
MsBackendMassbank (6)
MsBackendMgf (7)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (726)
MSEADbi (24)
MsFeatures (9)
msgbsR (50)
MSGFgui (62)
MSGFplus (170)
msImpute (31)
msmsEDA (174)
msmsTests (170)
MSnbase (2106)
MSnID (193)
MSPrep (29)
msPurity (70)
msQC (0)
msqrob2 (3)
MSstats (344)
MSstatsConvert (33)
MSstatsLOBD (2)
MSstatsPTM (27)
MSstatsQC (51)
MSstatsQCgui (45)
MSstatsSampleSize (43)
MSstatsTMT (105)
MSstatsTMTPTM (25)
mtbls2 (0)
MTseeker (4)
Mulcom (118)
MultiAssayExperiment (1272)
MultiBaC (34)
multiClust (81)
multicrispr (36)
MultiDataSet (554)
multiGSEA (47)
multiHiCcompare (65)
MultiMed (52)
multiMiR (179)
multiOmicsViz (63)
multiscan (48)
multiSight (3)
multtest (8755)
mumosa (13)
MungeSumstats (3)
muscat (117)
muscle (180)
musicatk (27)
MutationalPatterns (316)
MVCClass (50)
mvGST (2)
MWASTools (78)
mygene (346)
myvariant (78)
mzID (1840)
mzR (2103)

N

NADfinder (53)
NanoMethViz (28)
NanoStringDiff (90)
NanoStringNCTools (12)
NanoStringQCPro (79)
nanotatoR (49)
NarrowPeaks (18)
NBAMSeq (46)
NBSplice (49)
ncdfFlow (1121)
ncGTW (45)
NCIgraph (59)
ncRNAtools (26)
ndexr (59)
neaGUI (1)
nearBynding (28)
Nebulosa (100)
NeighborNet (45)
nem (16)
nempi (8)
netbenchmark (23)
netbiov (79)
netboost (40)
netboxr (45)
NetCRG (0)
netDx (53)
nethet (51)
NetPathMiner (69)
netprioR (48)
netReg (31)
netresponse (61)
NetSAM (54)
netSmooth (62)
networkBMA (59)
NewWave (27)
NGScopy (3)
ngsReports (69)
nnNorm (50)
NOISeq (668)
nondetects (149)
NoRCE (44)
normalize450K (48)
NormalyzerDE (81)
NormqPCR (244)
normr (136)
NPARC (52)
npGSEA (56)
NTW (46)
nucleoSim (51)
nucleR (63)
nucler (0)
nuCpos (44)
nudge (2)
NuPoP (58)

O

occugene (50)
OCplus (126)
odseq (57)
OGSA (14)
oligo (1685)
oligoClasses (1747)
OLIN (54)
OLINgui (49)
OmaDB (64)
omicade4 (87)
OmicCircos (267)
omiccircos (0)
omicplotR (55)
omicRexposome (49)
OmicsLonDA (47)
OmicsMarkeR (30)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (55)
omicsPrint (52)
Omixer (32)
OmnipathR (116)
Onassis (52)
oncomix (54)
OncoScore (54)
OncoSimulR (67)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (50)
onlineFDR (55)
ontoCAT (3)
ontoProc (86)
ontoTools (0)
openCyto (958)
openPrimeR (108)
openPrimeRui (64)
OpenStats (45)
OperaMate (2)
oposSOM (65)
oppar (53)
oppti (39)
optimalFlow (38)
OPWeight (55)
OrderedList (91)
ORFhunteR (8)
ORFik (111)
Organism.dplyr (416)
OrganismDbi (2806)
OSAT (62)
OSCA (2)
OSCA.advanced (1)
OSCA.basic (1)
OSCA.intro (3)
OSCA.multisample (1)
OSCA.workflows (4)
Oscope (59)
OTUbase (46)
OutlierD (58)
OUTRIDER (117)
OVESEG (42)

P

PAA (64)
packFinder (41)
padma (29)
PADOG (219)
pageRank (25)
PAIRADISE (67)
paircompviz (58)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (66)
panelcn.mops (79)
PAnnBuilder (3)
panp (57)
PANR (51)
PanVizGenerator (56)
PAPi (10)
parglms (48)
parody (62)
PAST (56)
Path2PPI (64)
pathifier (214)
PathNet (52)
PathoStat (61)
pathprint (14)
pathRender (51)
pathVar (49)
pathview (4037)
pathwayPCA (77)
PathwaySplice (19)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (83)
Pbase (6)
pbcmc (2)
pcaExplorer (410)
pcaGoPromoter (16)
pcaMethods (3734)
PCAN (54)
PCAtools (730)
pcot2 (113)
PCpheno (42)
pcxn (50)
PDATK (5)
pdInfoBuilder (106)
pdmclass (2)
PeacoQC (30)
peakPantheR (49)
PECA (63)
peco (46)
PepsNMR (71)
pepStat (53)
pepXMLTab (57)
PERFect (49)
periodicDNA (31)
perturbatr (47)
PFP (8)
PGA (41)
pga (0)
pgca (52)
PGSEA (105)
pgUtils (0)
phantasus (73)
PharmacoGx (175)
phemd (46)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (5)
phenopath (75)
phenoTest (91)
PhenStat (62)
philr (127)
PhIPData (6)
phosphonormalizer (40)
PhosR (33)
PhyloProfile (54)
phyloseq (3662)
Pi (93)
piano (316)
pickgene (46)
PICS (122)
Pigengene (73)
PING (51)
pint (6)
pipeComp (35)
pipeFrame (90)
pkgDepTools (66)
planet (7)
plateCore (3)
plethy (48)
plgem (73)
plier (174)
PloGO2 (48)
plotGrouper (52)
PLPE (49)
plrs (15)
plw (14)
plyranges (446)
pmm (46)
pmp (77)
PoDCall (8)
podkat (57)
pogos (47)
polyester (129)
Polyfit (42)
POMA (36)
POST (41)
PoTRA (45)
PowerExplorer (13)
powerTCR (170)
POWSC (3)
ppcseq (4)
PPInfer (66)
ppiStats (54)
pqsfinder (72)
prada (148)
pram (47)
prebs (51)
preciseTAD (25)
PrecisionTrialDrawer (41)
PREDA (76)
predictionet (46)
preprocessCore (11535)
primirTSS (47)
PrInCE (45)
Prize (17)
proActiv (31)
proBAMr (51)
proBatch (65)
PROcess (101)
procoil (53)
ProCoNA (2)
proDA (92)
proFIA (49)
profileplyr (72)
profileScoreDist (47)
progeny (183)
projectR (61)
pRoloc (255)
pRolocGUI (82)
PROMISE (49)
PROPER (87)
PROPS (51)
Prostar (69)
prostar (0)
prot2D (3)
proteinProfiles (47)
ProteomicsAnnotationHubData (47)
ProteoMM (59)
proteoQC (9)
ProtGenerics (7602)
PSEA (55)
psichomics (80)
PSICQUIC (67)
psygenet2r (56)
ptairMS (4)
PubScore (44)
pulsedSilac (43)
puma (128)
PureCN (151)
pvac (51)
pvca (214)
Pviz (53)
PWMEnrich (92)
pwOmics (54)
pwrEWAS (58)
pxr (0)

Q

qckitfastq (59)
qcmetrics (62)
QDNAseq (234)
QFeatures (74)
qpcrNorm (57)
qpgraph (108)
qPLEXanalyzer (45)
qrqc (150)
qsea (59)
qsmooth (58)
QSutils (57)
qtbase (0)
Qtlizer (47)
qtpaint (0)
QUALIFIER (7)
quantiseqr (3)
quantro (117)
quantsmooth (462)
QuartPAC (43)
QuasR (357)
QuaternaryProd (76)
QUBIC (89)
qusage (292)
qvalue (10192)

R

R3CPET (50)
r3Cseq (124)
R453Plus1Toolbox (55)
R4RNA (59)
RadioGx (36)
RaggedExperiment (621)
rain (82)
rama (54)
RamiGO (4)
ramigo (0)
ramr (9)
ramwas (76)
RandomWalkRestartMH (63)
randPack (56)
randRotation (40)
RankProd (314)
RareVariantVis (56)
Rariant (45)
rawrr (1)
RbcBook1 (50)
Rbec (3)
RBGL (9367)
RBioinf (74)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (170)
RBM (53)
Rbowtie (395)
Rbowtie2 (218)
rbsurv (79)
Rcade (72)
RCAS (65)
RCASPAR (51)
rcellminer (60)
rCGH (83)
Rchemcpp (4)
RchyOptimyx (46)
RcisTarget (565)
RCM (58)
RConferoMapping (0)
Rcpi (134)
RCSL (3)
Rcwl (52)
RcwlPipelines (42)
RCy3 (608)
RCyjs (61)
RCytoscape (5)
RDAVIDWebService (294)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (75)
Rdisop (281)
RDRToolbox (112)
ReactomeContentService4R (10)
ReactomeGraph4R (2)
ReactomeGSA (128)
ReactomePA (1372)
readat (21)
ReadqPCR (254)
reb (14)
REBET (43)
rebook (45)
receptLoss (41)
reconsi (42)
recount (458)
recount3 (50)
recountmethylation (28)
recoup (50)
RedeR (143)
REDseq (118)
RefNet (19)
RefPlus (55)
RegEnrich (33)
regioneR (1521)
regionReport (127)
regsplice (51)
regutools (43)
REMP (63)
Repitools (230)
ReportingTools (856)
reposTools (0)
RepViz (51)
ReQON (57)
ResidualMatrix (793)
Resourcerer (0)
restfulSE (56)
rexposome (69)
rfaRm (44)
Rfastp (34)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (47)
rGADEM (513)
RGalaxy (58)
Rgin (50)
RGMQL (36)
RGraph2js (52)
Rgraphviz (9671)
rGREAT (233)
RGSEA (83)
rgsepd (51)
rhdf5 (13387)
rhdf5client (64)
rhdf5filters (6933)
Rhdf5lib (14970)
Rhisat2 (361)
Rhtslib (15209)
rHVDM (3)
RiboDiPA (9)
RiboProfiling (78)
ribor (45)
riboSeq (0)
riboSeqR (72)
ribosomeProfilingQC (52)
RImmPort (52)
Ringo (254)
Rintact (0)
RIPAT (29)
RIPSeeker (25)
Risa (60)
RITAN (60)
RIVER (51)
RJMCMCNucleosomes (50)
RLassoCox (10)
RLMM (55)
RMAGEML (0)
Rmagpie (52)
RMAPPER (0)
RMassBank (85)
rMAT (5)
rmelting (59)
RmiR (53)
rmir (0)
Rmmquant (45)
RNAAgeCalc (51)
RNAdecay (40)
rnaEditr (23)
RNAinteract (45)
RNAither (41)
rnaither (0)
RNAmodR (49)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (43)
RNAmodR.ML (40)
RNAmodR.RiboMethSeq (42)
RNAprobR (44)
RNAsense (41)
rnaseqcomp (54)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (44)
RNASeqPower (143)
RNASeqR (59)
RnaSeqSampleSize (60)
RnBeads (279)
Rnits (54)
roar (66)
ROC (1067)
ROCpAI (44)
Roleswitch (26)
Rolexa (1)
rols (302)
roma (0)
ROntoTools (98)
ropls (529)
ROSeq (42)
ROTS (135)
RPA (57)
RProtoBufLib (1438)
RpsiXML (69)
rpx (249)
Rqc (181)
rqt (49)
rqubic (71)
rRDP (50)
Rredland (0)
RRHO (93)
rrvgo (101)
Rsamtools (16466)
rsbml (87)
rScudo (49)
rsemmed (30)
RSeqAn (61)
rSFFreader (3)
RSNPper (0)
Rsubread (1777)
RSVSim (59)
rSWeeP (43)
rTANDEM (56)
RTCA (53)
RTCGA (557)
RTCGAToolbox (443)
RTN (113)
RTNduals (64)
RTNsurvival (60)
RTools4TB (0)
RTopper (50)
Rtpca (32)
rtracklayer (16197)
Rtreemix (53)
rTRM (65)
rTRMui (49)
runibic (63)
Ruuid (0)
RUVcorr (57)
RUVnormalize (69)
RUVSeq (809)
RVS (47)
RWebServices (1)
rWikiPathways (241)

S

S4Vectors (38416)
safe (413)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (47)
SAGx (155)
SAIGEgds (60)
samExploreR (35)
sampleClassifier (31)
SamSPECTRAL (90)
sangeranalyseR (81)
sangerseqR (269)
SANTA (15)
sapFinder (33)
saps (1)
sarks (44)
satuRn (7)
savR (76)
SBGNview (49)
sbgr (1)
SBMLR (51)
SC3 (415)
Scale4C (48)
ScaledMatrix (281)
scAlign (43)
SCAN.UPC (104)
SCANVIS (48)
SCArray (9)
SCATE (27)
scater (4426)
scBFA (43)
SCBN (58)
scCB2 (34)
scClassifR (8)
scClassify (49)
scDataviz (36)
scDblFinder (195)
scDD (124)
scde (358)
scds (148)
SCFA (30)
scFeatureFilter (46)
scfind (20)
scGPS (43)
schex (117)
scHOT (50)
ScISI (59)
scMAGeCK (52)
scmap (158)
scMerge (129)
scmeth (54)
SCnorm (142)
scone (134)
Sconify (48)
SCOPE (46)
scoreInvHap (48)
scp (34)
scPCA (73)
scPipe (84)
scran (2786)
scRecover (54)
scRepertoire (73)
scruff (62)
scry (71)
scsR (15)
scTensor (64)
scTGIF (42)
scTHI (44)
scuttle (2889)
SDAMS (52)
sechm (3)
segmentSeq (116)
selectKSigs (43)
SELEX (54)
SemDist (47)
semisup (50)
SemSim (0)
SEPA (3)
SEPIRA (49)
seq2pathway (57)
SeqArray (572)
seqbias (58)
seqCAT (57)
seqCNA (66)
seqcombo (54)
SeqGate (31)
SeqGSEA (141)
seqLogo (1510)
Seqnames (0)
seqPattern (421)
seqplots (102)
seqsetvis (56)
SeqSQC (54)
seqTools (114)
SeqVarTools (398)
sesame (311)
SEtools (52)
sevenbridges (81)
sevenC (53)
SGSeq (453)
SharedObject (74)
shinyepico (10)
shinyMethyl (102)
shinyTANDEM (38)
ShortRead (5083)
shortread (0)
SIAMCAT (86)
SICtools (42)
sidap (0)
sigaR (28)
SigCheck (50)
sigFeature (94)
SigFuge (48)
siggenes (2101)
sights (55)
signatureSearch (85)
signeR (82)
signet (14)
sigPathway (147)
SigsPack (46)
sigsquared (46)
SIM (50)
SIMAT (53)
SimBindProfiles (49)
SIMD (42)
SimFFPE (44)
similaRpeak (54)
SIMLR (203)
simpleaffy (546)
simpleSingleCell (1)
simplifyEnrichment (81)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (48)
sincell (60)
SingleCellExperiment (6790)
SingleCellSignalR (122)
singleCellTK (94)
SingleMoleculeFootprinting (3)
SingleR (1482)
SingleRBook (1)
singscore (466)
SISPA (52)
sitadela (5)
sitePath (40)
sizepower (58)
SJava (1)
skewr (47)
slalom (53)
SLGI (52)
slingshot (787)
slinky (57)
SLqPCR (63)
SMAD (45)
SMAP (50)
SMITE (57)
SNAData (0)
SNAGEE (46)
snapCGH (57)
snapcount (42)
snifter (43)
snm (143)
snpAssoc (0)
SNPchip (60)
SNPediaR (50)
SNPhood (51)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1107)
snpStats (1375)
soGGi (132)
sojourner (36)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (181)
SOMNiBUS (7)
SpacePAC (51)
spade (1)
Spaniel (55)
sparseDOSSA (52)
sparseMatrixStats (3931)
sparsenetgls (40)
SparseSignatures (51)
SpatialCPie (54)
SpatialDecon (28)
SpatialExperiment (120)
spatialHeatmap (25)
specL (54)
SpeCond (115)
Spectra (88)
SpectralTAD (60)
SPEM (74)
SPIA (475)
spicyR (39)
SpidermiR (75)
spikeLI (45)
spkTools (51)
splatter (386)
splicegear (6)
spliceR (6)
spliceSites (4)
SplicingFactory (9)
SplicingGraphs (117)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (77)
SPLINTER (52)
splots (133)
SPONGE (56)
spotSegmentation (15)
spqn (45)
SPsimSeq (35)
SQLDataFrame (44)
SQUADD (44)
sRACIPE (49)
SRAdb (418)
sRAP (14)
SRGnet (45)
srnadiff (35)
sscore (52)
sscu (49)
sSeq (214)
ssize (75)
SSPA (421)
ssPATHS (44)
ssrch (46)
ssviz (51)
stageR (147)
stam (0)
STAN (56)
staRank (46)
StarBioTrek (58)
Starr (16)
STATegRa (59)
statTarget (105)
stepNorm (49)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (46)
Streamer (50)
STRINGdb (630)
STROMA4 (52)
struct (76)
Structstrings (63)
structToolbox (63)
StructuralVariantAnnotation (129)
SubCellBarCode (44)
subSeq (68)
SummarizedBenchmark (53)
SummarizedExperiment (27478)
Summix (6)
supersigs (2)
supraHex (271)
survcomp (743)
survtype (48)
Sushi (267)
sva (5134)
SVAPLSseq (14)
SVM2CRM (3)
SWATH2stats (66)
SwathXtend (53)
swfdr (52)
SwimR (44)
switchBox (83)
switchde (60)
synapter (120)
synergyfinder (155)
SynExtend (40)
synlet (46)
SynMut (44)
systemPipeR (1131)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (26)
systemPipeTools (3)

T

TADCompare (43)
TAPseq (53)
target (47)
TargetScore (55)
TargetSearch (60)
targetsearch (0)
TarSeqQC (53)
TBSignatureProfiler (42)
TCC (310)
TCGAbiolinks (2452)
TCGAbiolinksGUI (125)
TCGAutils (600)
TCseq (118)
TDARACNE (52)
tdaracne (0)
tenXplore (49)
TEQC (68)
ternarynet (47)
TFARM (47)
TFBSTools (876)
TFEA.ChIP (68)
TFHAZ (46)
TFutils (43)
tidybulk (112)
tidySingleCellExperiment (43)
tidySummarizedExperiment (59)
tiger (0)
tigre (54)
TileDBArray (31)
tilingArray (80)
timecourse (67)
timeOmics (53)
TimerQuant (0)
timescape (79)
TimeSeriesExperiment (60)
TimiRGeN (27)
TIN (51)
TissueEnrich (96)
TitanCNA (91)
tkWidgets (514)
tLOH (3)
TMixClust (71)
TNBC.CMS (46)
TnT (56)
TOAST (64)
tofsims (60)
tomoda (27)
ToPASeq (55)
topconfects (89)
topdownr (49)
topGO (2890)
topicmodels (0)
ToxicoGx (35)
TPP (88)
TPP2D (46)
tracktables (85)
trackViewer (280)
tradeSeq (244)
TrajectoryGeometry (5)
TrajectoryUtils (44)
transcriptogramer (49)
transcriptR (54)
transite (51)
tRanslatome (48)
transomics2cytoscape (28)
TransView (50)
TraRe (6)
traseR (51)
Travel (4)
TreeAndLeaf (48)
treeio (2971)
treekoR (3)
TreeSummarizedExperiment (132)
TReNA (1)
trena (43)
Trendy (59)
tricycle (4)
triform (12)
trigger (51)
trio (91)
triplex (51)
tRNA (64)
tRNAdbImport (50)
tRNAscanImport (51)
TRONCO (76)
TSCAN (192)
tscR (49)
tspair (57)
TSRchitect (56)
TSSi (3)
ttgsea (9)
TTMap (46)
TurboNorm (49)
TVTB (60)
tweeDEseq (95)
twilight (96)
twoddpcr (53)
tximeta (966)
tximport (2644)
TxRegInfra (40)
TypeInfo (47)

U

Ularcirc (49)
UMI4Cats (31)
uncoverappLib (25)
UNDO (55)
unifiedWMWqPCR (51)
UniProt.ws (263)
Uniquorn (46)
universalmotif (196)
uSORT (49)

V

VanillaICE (68)
VarCon (9)
variancePartition (341)
VariantAnnotation (6179)
VariantExperiment (41)
VariantFiltering (61)
VariantTools (104)
vasp (39)
VaSP (14)
vbmp (67)
VCFArray (44)
Vega (16)
VegaMC (46)
velociraptor (54)
VennDetail (112)
VERSO (27)
vidger (100)
viper (376)
virtualArray (0)
ViSEAGO (161)
vissE (3)
VplotR (31)
vsn (3884)
vtpnet (44)
vulcan (48)

W

waddR (49)
wateRmelon (720)
wavClusteR (56)
waveTiling (5)
weaver (60)
webbioc (56)
weitrix (42)
widgetInvoke (0)
widgetTools (521)
wiggleplotr (92)
wpm (37)
wppi (4)
Wrench (642)

X

XBSeq (53)
XCIR (41)
xcms (1261)
XDE (51)
Xeva (52)
XINA (44)
xmapbridge (47)
xmapcore (0)
XNAString (2)
xps (48)
XVector (30478)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (52)
YAPSA (91)
yaqcaffy (59)
yarn (68)

Z

zellkonverter (134)
zFPKM (110)
zinbwave (638)
zlibbioc (31970)