See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2021-09-24 08:44:46 -0400 (Fri, 24 Sep 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (44838)
2BiocVersion (42878)
3S4Vectors (39299)
4IRanges (38273)
5Biobase (37495)
6GenomeInfoDb (33994)
7zlibbioc (33856)
8XVector (32464)
9DelayedArray (31193)
10BiocParallel (29055)
11GenomicRanges (28853)
12SummarizedExperiment (28243)
13AnnotationDbi (28116)
14limma (26223)
15Biostrings (25534)
16MatrixGenerics (21892)
17biomaRt (18993)
18annotate (18109)
19genefilter (17766)
20rtracklayer (16884)
21BiocFileCache (16598)
22graph (16549)
23Rsamtools (16503)
24edgeR (15916)
25GenomicAlignments (15852)
26Rhdf5lib (15710)
27Rhtslib (15591)
28DESeq2 (14787)
29GenomicFeatures (14070)
30geneplotter (13536)
31rhdf5 (13436)
32preprocessCore (11751)
33qvalue (10495)
34KEGGREST (10109)
35Rgraphviz (9745)
36rhdf5filters (9692)
37RBGL (9444)
38clusterProfiler (9430)
39fgsea (9263)
40GOSemSim (9033)
41enrichplot (8911)
42multtest (8801)
43DOSE (8745)
44DelayedMatrixStats (8441)
45BSgenome (8338)
46HDF5Array (8088)
47ProtGenerics (7960)
48impute (7527)
49affyio (7465)
50affy (7343)
51SingleCellExperiment (7297)
52GEOquery (7265)
53ensembldb (7188)
54beachmat (7141)
55ComplexHeatmap (7120)
56AnnotationHub (6731)
57AnnotationFilter (6553)
58VariantAnnotation (6298)
59GSEABase (6069)
60sparseMatrixStats (5992)
61interactiveDisplayBase (5834)
62BiocSingular (5608)
63sva (5166)
64BiocNeighbors (5082)
65BiocStyle (5075)
66ShortRead (5021)
67ggtree (4999)
68treeio (4656)
69scater (4291)
70biovizBase (4211)
71KEGGgraph (4135)
72vsn (4040)
73pathview (3957)
74scuttle (3915)
75pcaMethods (3897)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (77)
a4Base (101)
a4Classif (75)
a4Core (112)
a4Preproc (112)
a4Reporting (77)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (69)
ABarray (59)
abseqR (60)
ABSSeq (74)
acde (71)
ACE (67)
aCGH (131)
ACME (74)
ADaCGH2 (54)
ADAM (51)
ADAMgui (50)
adaptest (9)
adductomicsR (47)
ADImpute (38)
adSplit (57)
AffiXcan (51)
affxparser (1532)
affy (7343)
affycomp (85)
AffyCompatible (83)
affyContam (67)
affycoretools (340)
affydata (0)
AffyExpress (42)
affyILM (52)
affyio (7465)
affylmGUI (85)
affyPara (57)
affypdnn (10)
affyPLM (1212)
affyQCReport (134)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (57)
AffyTiling (1)
AGDEX (54)
aggregateBioVar (40)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (142)
AgiMicroRna (139)
agimicrorna (0)
AIMS (367)
airpart (15)
ALDEx2 (424)
alevinQC (72)
AllelicImbalance (78)
AlphaBeta (52)
alpine (83)
ALPS (55)
AlpsNMR (40)
alsace (69)
altcdfenvs (61)
AMARETTO (56)
AMOUNTAIN (70)
amplican (69)
ampliQueso (3)
AnalysisPageServer (11)
anamiR (7)
Anaquin (56)
ANCOMBC (199)
AneuFinder (82)
ANF (55)
animalcules (65)
annaffy (288)
AnnBuilder (0)
annmap (48)
annotate (18109)
AnnotationDbi (28116)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6553)
AnnotationForge (2872)
AnnotationFuncs (66)
AnnotationHub (6731)
AnnotationHubData (140)
annotationTools (95)
annotatr (354)
anota (67)
anota2seq (64)
antiProfiles (58)
AnVIL (236)
AnVILBilling (35)
AnVILPublish (40)
APAlyzer (59)
apcluster (0)
apComplex (64)
apcomplex (0)
apeglm (2505)
applera (0)
appreci8R (51)
aroma.light (1957)
ArrayExpress (564)
ArrayExpressHTS (41)
arrayMagic (0)
arrayMvout (49)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (68)
arrayQualityMetrics (506)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (77)
ArrayTV (12)
ARRmNormalization (58)
artMS (87)
ASAFE (54)
ASEB (55)
ASGSCA (55)
ASICS (66)
asmn (1)
ASpediaFI (48)
ASpli (88)
AssessORF (49)
ASSET (68)
ASSIGN (64)
ATACseqQC (276)
AtlasRDF (2)
atSNP (36)
attract (58)
AUCell (864)
autonomics (16)
Autotuner (66)
AWFisher (52)
awst (13)

B

BaalChIP (58)
BAC (55)
bacon (103)
BADER (58)
BadRegionFinder (51)
BAGS (54)
ballgown (643)
bambu (49)
bamsignals (753)
BANDITS (53)
banocc (48)
barcodetrackR (14)
basecallQC (66)
BaseSpaceR (61)
Basic4Cseq (59)
BASiCS (108)
BasicSTARRseq (55)
basilisk (465)
basilisk.utils (474)
batchelor (2053)
BatchQC (138)
BayesKnockdown (49)
BayesPeak (19)
BayesSpace (101)
bayNorm (80)
baySeq (540)
BBCAnalyzer (52)
BCRANK (68)
bcSeq (54)
BDMMAcorrect (52)
beachmat (7141)
beadarray (652)
beadarraySNP (60)
BeadDataPackR (635)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (51)
BEAT (54)
BEclear (66)
BentoBox (2)
betr (2)
bgafun (10)
BgeeCall (49)
BgeeDB (89)
BGmix (53)
bgx (68)
BHC (148)
BicARE (97)
BiFET (61)
BiGGR (59)
BigMatrix (0)
bigmelon (68)
bigmemoryExtras (52)
bigPint (90)
bim (0)
BindingSiteFinder (2)
bioassayR (72)
Biobase (37495)
biobase (0)
biobroom (168)
biobtreeR (52)
bioCancer (63)
BiocCaseStudies (42)
BiocCheck (2177)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (54)
BiocFileCache (16598)
BiocGenerics (44838)
biocGraph (176)
BiocInstaller (2165)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (2731)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5082)
BiocOncoTK (63)
Bioconductor (0)
BioCor (67)
BiocParallel (29055)
BiocPkgTools (95)
BiocSet (78)
BiocSingular (5608)
BiocSklearn (62)
BiocStyle (5075)
biocthis (83)
BiocVersion (42878)
biocViews (3657)
BiocWorkflowTools (145)
biodb (14)
bioDist (222)
biomaRt (18993)
BioMedR (1)
biomformat (3624)
BioMM (54)
BioMVCClass (52)
biomvRCNS (51)
BioNERO (23)
BioNet (187)
bionet (0)
BioNetStat (58)
BioPlex (0)
BioQC (125)
BioSeqClass (18)
biosigner (76)
Biostrings (25534)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (11)
BioTIP (49)
biotmle (58)
biovizBase (4211)
BiRewire (83)
birta (16)
birte (3)
biscuiteer (51)
BiSeq (89)
BitSeq (68)
blacksheepr (49)
blima (57)
BLMA (67)
BloodGen3Module (14)
bluster (1948)
bnbc (52)
bnem (19)
BPRMeth (65)
BRAIN (138)
brainflowprobes (43)
brainImageR (2)
BrainSABER (40)
BrainStars (40)
branchpointer (62)
breakpointR (52)
brendaDb (52)
BRGenomics (75)
bridge (54)
BridgeDbR (72)
BrowserViz (96)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8338)
bsseq (1052)
BubbleTree (57)
BufferedMatrix (61)
BufferedMatrixMethods (56)
bugsigdbr (0)
BUMHMM (51)
bumphunter (2056)
BumpyMatrix (71)
BUS (54)
BUScorrect (51)
BUSpaRse (196)
BUSseq (3)
BuxcoR (0)

C

CAEN (17)
CAFE (50)
CAGEfightR (75)
cageminer (2)
CAGEr (100)
CALIB (5)
calm (45)
CAMERA (440)
CAMTHC (10)
canceR (58)
cancerclass (62)
CancerInSilico (56)
CancerMutationAnalysis (46)
CancerSubtypes (161)
CAnD (48)
caOmicsV (54)
Cardinal (109)
CARNIVAL (90)
casper (61)
CATALYST (328)
Category (2717)
categoryCompare (53)
CausalR (61)
cbaf (52)
cBioPortalData (169)
cbpManager (14)
ccfindR (80)
ccmap (80)
CCPROMISE (50)
ccrepe (97)
celaref (85)
celda (180)
CellaRepertorium (39)
cellbaseR (56)
CellBench (70)
cellGrowth (5)
cellHTS (1)
cellHTS2 (126)
CelliD (32)
cellity (54)
CellMapper (55)
cellmigRation (13)
CellMixS (65)
CellNOptR (86)
cellscape (63)
CellScore (54)
CellTrails (53)
cellTree (59)
CEMiTool (187)
censcyt (18)
ceRNAnetsim (46)
CeTF (60)
CexoR (36)
CFAssay (67)
cfDNAPro (29)
CGEN (34)
CGHbase (266)
CGHcall (237)
cghMCR (66)
CGHnormaliter (51)
CGHregions (63)
ChAMP (568)
CHARGE (11)
charm (4)
ChemmineOB (191)
ChemmineR (457)
chemminer (0)
CHETAH (108)
ChIC (54)
Chicago (85)
chimera (39)
chimeraviz (76)
ChIPanalyser (53)
ChIPComp (63)
chipenrich (100)
ChIPexoQual (55)
ChIPpeakAnno (960)
ChIPQC (317)
ChIPseeker (1344)
chipseq (483)
ChIPseqR (118)
ChIPSeqSpike (45)
ChIPsim (121)
ChIPXpress (44)
chopsticks (103)
chroGPS (6)
chromDraw (57)
ChromHeatMap (68)
ChromoViz (0)
chromPlot (94)
ChromSCape (42)
chromstaR (81)
chromswitch (53)
chromVAR (552)
CHRONOS (57)
cicero (187)
CIMICE (15)
CINdex (59)
cindex (0)
circRNAprofiler (66)
cisPath (55)
CiteFuse (64)
ClassifyR (60)
cleanUpdTSeq (55)
cleaver (159)
clippda (56)
clipper (71)
cliqueMS (61)
Clomial (57)
Clonality (65)
clonotypeR (60)
clst (59)
clstutils (58)
CluMSID (55)
clustComp (55)
clusterExperiment (449)
ClusterJudge (51)
clusterProfiler (9430)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (50)
ClusterSignificance (57)
clusterStab (121)
clustifyr (109)
CMA (148)
cmapR (174)
cn.farms (52)
cn.mops (189)
CNAnorm (67)
cnanorm (0)
CNEr (914)
CNORdt (52)
CNORfeeder (53)
CNORfuzzy (52)
CNORode (73)
CNPBayes (3)
CNTools (114)
CNVfilteR (49)
CNVgears (22)
cnvGSA (53)
CNViz (13)
CNVPanelizer (65)
CNVRanger (81)
CNVrd2 (50)
CNVtools (14)
cnvtools (0)
cobindR (13)
CoCiteStats (50)
COCOA (48)
codelink (60)
CODEX (104)
coexnet (67)
CoGAPS (117)
cogena (92)
coGPS (52)
COHCAP (61)
cola (92)
combi (47)
coMET (72)
compartmap (48)
COMPASS (65)
compcodeR (87)
compEpiTools (69)
CompGO (62)
ComplexHeatmap (7120)
ComPrAn (15)
conclus (12)
condcomp (2)
condiments (22)
CONFESS (50)
consensus (48)
ConsensusClusterPlus (2264)
consensusDE (51)
consensusOV (59)
consensusSeekeR (55)
CONSTANd (20)
contiBAIT (50)
conumee (125)
convert (118)
copa (54)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (379)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (84)
CopywriteR (81)
coRdon (112)
CoRegFlux (32)
CoRegNet (74)
CoreGx (167)
Cormotif (50)
CorMut (13)
coRNAi (2)
corral (68)
CORREP (56)
coseq (90)
cosmiq (52)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (16)
COSNet (56)
CountClust (84)
countsimQC (58)
covEB (47)
CoverageView (82)
covRNA (52)
cpvSNP (53)
cqn (224)
CRImage (76)
CRISPRseek (98)
crisprseekplus (47)
CrispRVariants (84)
crlmm (125)
CrossICC (12)
crossmeta (79)
CSAR (123)
csaw (330)
csawBook (1)
csdR (2)
CSSP (57)
CSSQ (46)
ctc (285)
CTDquerier (20)
ctgGEM (43)
cTRAP (52)
ctsGE (57)
cummeRbund (371)
cummerbund (0)
customCMPdb (34)
customProDB (78)
CVE (6)
cyanoFilter (13)
cycle (53)
cydar (86)
CytoDx (60)
cytofast (45)
cytofkit (40)
CytoGLMM (13)
cytolib (1740)
cytomapper (71)
CytoML (970)
CytoTree (53)

D

dada2 (1681)
dagLogo (55)
daMA (50)
DAMEfinder (52)
DaMiRseq (84)
DAPAR (79)
DART (56)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (42)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (58)
dcanr (65)
dce (31)
dcGSA (50)
DChIPRep (11)
ddCt (106)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (49)
dearseq (51)
debCAM (48)
debrowser (190)
DECIPHER (1366)
deco (51)
DEComplexDisease (51)
decompTumor2Sig (68)
DeconRNASeq (193)
decontam (293)
decoupleR (14)
DEDS (7)
DeepBlueR (66)
DeepPINCS (12)
deepSNV (93)
DEFormats (227)
DegNorm (41)
DEGraph (55)
DEGreport (440)
DEGseq (241)
DelayedArray (31193)
DelayedDataFrame (50)
DelayedMatrixStats (8441)
DelayedRandomArray (13)
DelayedTensor (3)
deltaCaptureC (44)
deltaGseg (50)
DeMAND (55)
DeMixT (65)
densvis (49)
DEP (323)
DepecheR (54)
DEqMS (110)
derfinder (507)
derfinderHelper (505)
derfinderPlot (96)
DEScan2 (51)
DESeq (1510)
deseq (0)
DESeq2 (14787)
DEsingle (233)
destiny (582)
DEsubs (48)
DEWSeq (49)
DExMA (13)
DEXSeq (686)
dexus (39)
DFP (52)
DIAlignR (47)
DiffBind (1060)
diffcoexp (68)
diffcyt (206)
diffGeneAnalysis (52)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (100)
DiffLogo (65)
diffloop (118)
diffuStats (67)
diffUTR (14)
diggit (53)
Dino (2)
dir.expiry (134)
Director (46)
DirichletMultinomial (1098)
discordant (82)
DiscoRhythm (58)
distinct (52)
dittoSeq (372)
divergence (46)
dks (52)
DMCFB (46)
DMCHMM (51)
DMRcaller (87)
DMRcate (768)
DMRforPairs (54)
DMRScan (49)
dmrseq (110)
DNABarcodeCompatibility (47)
DNABarcodes (121)
DNAcopy (2010)
DNaseR (0)
DNAshapeR (82)
domainsignatures (2)
DominoEffect (47)
doppelgangR (59)
DOQTL (7)
Doscheda (52)
DOSE (8745)
doseR (48)
dpeak (50)
drawProteins (109)
DRIMSeq (317)
DriverNet (59)
DropletUtils (1321)
drugTargetInteractions (15)
DrugVsDisease (57)
dSimer (3)
DSS (874)
dStruct (3)
DTA (52)
dualKS (52)
Dune (52)
DupChecker (10)
dupRadar (98)
dyebias (55)
DynDoc (560)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (86)
easyreporting (46)
easyRNASeq (55)
easyrnaseq (0)
EBarrays (119)
EBcoexpress (61)
EBImage (2241)
EBSEA (49)
EBSeq (383)
EBSeqHMM (69)
ecolitk (53)
EDASeq (1804)
edd (0)
EDDA (38)
edge (108)
edgeR (15916)
edger (0)
eegc (50)
EGAD (69)
EGSEA (189)
eiR (49)
eisa (45)
eisaR (80)
ELBOW (37)
ELMER (255)
EMDomics (59)
EmpiricalBrownsMethod (79)
ENCODExplorer (60)
EnhancedVolcano (2364)
enhancerHomologSearch (2)
EnMCB (49)
ENmix (148)
EnrichedHeatmap (230)
EnrichmentBrowser (305)
enrichplot (8911)
enrichTF (59)
ensembldb (7188)
ensemblVEP (123)
ENVISIONQuery (26)
epialleleR (12)
EpiCluster (0)
epidecodeR (13)
EpiDISH (154)
epigenomix (54)
epigraHMM (11)
epihet (46)
epiNEM (78)
EpiTxDb (49)
epivizr (74)
epivizrChart (47)
epivizrData (72)
epivizrServer (77)
epivizrStandalone (63)
erccdashboard (70)
erma (99)
ERSSA (46)
esATAC (99)
escape (100)
esetVis (72)
eudysbiome (49)
evaluomeR (47)
EventPointer (60)
EWCE (22)
ExCluster (46)
ExiMiR (54)
exomeCopy (246)
exomecopy (0)
exomePeak (16)
exomePeak2 (75)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (3764)
ExperimentHubData (100)
ExperimentSubset (34)
explorase (22)
ExploreModelMatrix (77)
ExpressionAtlas (101)
ExpressionView (37)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (113)
facopy (2)
factDesign (51)
FamAgg (70)
famat (37)
farms (62)
fastLiquidAssociation (50)
FastqCleaner (100)
fastseg (599)
fbat (0)
FCBF (78)
fCCAC (51)
fCI (51)
fcoex (57)
fcScan (44)
fdrame (58)
FEAST (17)
fedup (15)
FELLA (145)
FEM (148)
ffpe (67)
fgga (14)
FGNet (86)
fgsea (9263)
FilterFFPE (38)
FindIT2 (3)
FindMyFriends (81)
FISHalyseR (50)
fishpond (147)
FitHiC (70)
flagme (52)
FLAMES (3)
flipflop (3)
flowAI (398)
flowBeads (52)
flowBin (49)
flowcatchR (57)
flowCHIC (56)
flowCL (69)
flowClean (211)
flowClust (1044)
flowCore (1871)
flowCut (52)
flowCyBar (56)
flowDensity (147)
flowFit (15)
flowFlowJo (0)
flowFP (75)
flowGraph (20)
flowMap (55)
flowMatch (56)
flowMeans (139)
flowMerge (67)
flowPeaks (108)
flowPhyto (0)
flowPloidy (54)
flowPlots (57)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (3)
FlowRepositoryR (63)
FlowSOM (885)
flowSpecs (50)
flowSpy (39)
flowStats (1032)
flowTime (55)
flowTrans (73)
flowType (14)
flowUtils (199)
flowViz (1213)
flowVS (47)
flowWorkspace (1220)
flowworkspace (0)
fmcsR (186)
fmrs (40)
fobitools (16)
focalCall (9)
FoldGO (52)
FourCSeq (45)
FRASER (69)
frenchFISH (42)
FRGEpistasis (57)
frma (110)
frmaTools (58)
FScanR (36)
FunChIP (50)
FunciSNP (26)
funtooNorm (51)

G

GA4GHclient (53)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (47)
gaga (64)
gage (967)
gaggle (52)
gaia (159)
GAPGOM (49)
GAprediction (63)
garfield (59)
GARS (49)
GateFinder (45)
gaucho (2)
gcapc (55)
gcatest (56)
gCMAP (16)
gCMAPWeb (6)
gCrisprTools (55)
gcrma (1616)
GCSConnection (45)
GCSFilesystem (36)
GCSscore (47)
GDCRNATools (438)
GDSArray (91)
gdsfmt (1471)
geecc (9)
GEM (52)
gemini (46)
genArise (54)
genbankr (198)
GENE.E (1)
gene2pathway (0)
GeneAccord (46)
GeneAnswers (76)
geneAttribution (49)
GeneBreak (51)
geneClassifiers (51)
GeneExpressionSignature (58)
genefilter (17766)
genefu (406)
GeneGA (53)
GeneGeneInteR (54)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (75)
GeneNetworkBuilder (70)
GeneOverlap (225)
geneplast (50)
geneplotter (13536)
GeneR (0)
geneRecommender (54)
GeneRegionScan (55)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (49)
GeneSelectMMD (55)
GeneSelector (3)
GENESIS (258)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (65)
geNetClassifier (84)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (15)
GeneticsPed (106)
GeneTonic (73)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (55)
GENIE3 (604)
genoCN (60)
GenoGAM (56)
genomation (441)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (33)
GenomeInfoDb (33994)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (171)
genomeintervals (0)
genomes (66)
GenomicAlignments (15852)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (900)
GenomicDistributions (23)
GenomicFeatures (14070)
GenomicFiles (850)
genomicInstability (1)
GenomicInteractions (172)
GenomicOZone (44)
GenomicRanges (28853)
GenomicScores (343)
GenomicSuperSignature (14)
GenomicTuples (48)
Genominator (6)
genoset (104)
genotypeeval (48)
GenoView (1)
genphen (41)
GenRank (9)
GenVisR (388)
GEOexplorer (1)
GEOfastq (19)
GEOmetadb (212)
GeomxTools (29)
GEOquery (7265)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (53)
gep2pep (51)
gespeR (63)
getDEE2 (38)
geva (15)
GEWIST (49)
gff3Plotter (0)
GGBase (68)
ggbio (2060)
ggcyto (1076)
GGPA (44)
ggspavis (0)
GGtools (62)
ggtree (4999)
ggtreeExtra (164)
GIGSEA (46)
girafe (124)
GISPA (57)
GLAD (288)
GladiaTOX (46)
Glimma (1263)
glmGamPoi (459)
glmSparseNet (72)
GlobalAncova (456)
globalSeq (53)
globaltest (1120)
gmapR (83)
GmicR (51)
gmoviz (42)
GMRP (53)
GNET2 (54)
goCluster (0)
GOexpress (115)
GOfuncR (134)
GOFunction (17)
GoogleGenomics (2)
GOpro (57)
goProfiles (96)
goprofiles (0)
GOSemSim (9033)
gosemsim (0)
goseq (1257)
GOSim (137)
goSTAG (61)
GOstats (2609)
gostats (0)
GOsummaries (83)
GOTHiC (60)
goTools (65)
gotools (0)
GPA (46)
gpart (61)
gpls (89)
gprege (65)
gpuMagic (47)
gQTLBase (64)
gQTLstats (55)
gramm4R (33)
granulator (14)
graper (50)
graph (16549)
GraphAlignment (59)
GraphAT (51)
graphite (1659)
GraphPAC (53)
GRENITS (57)
GreyListChIP (511)
GRmetrics (108)
groHMM (76)
GRridge (63)
GSALightning (56)
GSAR (140)
GSCA (53)
gscreend (48)
GSEABase (6069)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (59)
GSEAlm (83)
GSEAmining (41)
gsean (52)
GSgalgoR (40)
GSReg (53)
GSRI (50)
GSVA (2795)
gtrellis (124)
GUIDEseq (61)
Guitar (107)
Gviz (3036)
GWAS.BAYES (33)
gwascat (394)
GWASTools (438)
gwasurvivr (74)
GWENA (64)

H

h5vc (65)
hapFabia (52)
Harman (173)
Harshlight (47)
harshlight (0)
hca (17)
HCABrowser (34)
HCAExplorer (33)
HCAMatrixBrowser (33)
HCsnip (3)
HDF5Array (8088)
HDTD (52)
heatmaps (251)
Heatplus (474)
HelloRanges (91)
HELP (56)
HEM (49)
Herper (74)
hexbin (0)
HGC (14)
hiAnnotator (69)
HIBAG (96)
HiCBricks (52)
hicbricks (0)
HiCcompare (126)
HiCDCPlus (23)
hicrep (25)
hierGWAS (57)
hierinf (46)
HilbertCurve (76)
HilbertVis (173)
HilbertVisGUI (35)
HiLDA (47)
hipathia (66)
HIPPO (46)
hiReadsProcessor (54)
HIREewas (47)
HiTC (136)
hmdbQuery (68)
HMMcopy (207)
hopach (192)
HPAanalyze (75)
hpar (249)
HPAStainR (38)
HTqPCR (229)
HTSanalyzeR (16)
HTSeqGenie (38)
htSeqTools (6)
htseqtools (0)
HTSFilter (189)
HubPub (12)
HumanTranscriptomeCompendium (47)
hummingbird (38)
HybridMTest (74)
hypeR (89)
hyperdraw (75)
hypergraph (101)

I

iASeq (50)
iasva (52)
iBBiG (87)
ibh (46)
iBMQ (36)
iCARE (87)
Icens (293)
icetea (47)
iCheck (47)
iChip (48)
iClusterPlus (248)
iCNV (55)
iCOBRA (117)
ideal (90)
ideogram (0)
IdeoViz (80)
idiogram (49)
IdMappingAnalysis (4)
IdMappingRetrieval (4)
idpr (43)
idr2d (53)
iFlow (0)
iGC (49)
IgGeneUsage (39)
igvR (87)
IHW (703)
illuminaio (2291)
ILoReg (39)
imageHTS (55)
IMAS (48)
Imetagene (31)
IMMAN (47)
ImmuneSpaceR (58)
immunoClust (53)
immunotation (12)
IMPCdata (47)
ImpulseDE (10)
ImpulseDE2 (38)
impute (7527)
INDEED (45)
infercnv (467)
infinityFlow (46)
Informeasure (39)
InPAS (56)
INPower (52)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (61)
InTAD (48)
intansv (65)
interacCircos (16)
InteractionSet (586)
InteractiveComplexHeatmap (46)
interactiveDisplay (74)
interactiveDisplayBase (5834)
InterCellar (16)
IntEREst (59)
InterMineR (71)
IntramiRExploreR (36)
inveRsion (49)
inversion (0)
IONiseR (69)
iontree (1)
iPAC (56)
iPath (2)
ipdDb (49)
IPO (122)
IPPD (43)
IRanges (38273)
IRISFGM (16)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (37)
iSEE (315)
iSEEu (58)
iSeq (51)
iSNetwork (0)
isobar (123)
IsoCorrectoR (62)
IsoCorrectoRGUI (49)
IsoformSwitchAnalyzeR (213)
IsoGeneGUI (48)
ISoLDE (41)
isomiRs (68)
iSPlot (0)
ITALICS (47)
iterativeBMA (54)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (52)
iterClust (55)
iteremoval (48)
IVAS (53)
ivygapSE (48)
IWTomics (49)

J

JASPAR2018 (2)
jmosaics (1)
joda (9)
JunctionSeq (33)

K

karyoploteR (648)
KBoost (13)
KCsmart (50)
kebabs (113)
KEGGgraph (4135)
KEGGlincs (60)
keggorth (0)
keggorthology (67)
KEGGprofile (176)
KEGGREST (10109)
KEGGSOAP (0)
kimod (9)
KinSwingR (53)
kissDE (53)
kmknn (0)
KnowSeq (53)

L

LACE (43)
lapmix (47)
LBE (244)
ldblock (71)
LEA (315)
LedPred (47)
lefser (94)
les (53)
levi (46)
lfa (228)
limma (26223)
limmaGUI (80)
LINC (9)
LineagePulse (50)
LinkHD (42)
Linnorm (147)
lionessR (54)
lipidr (84)
LiquidAssociation (51)
lisaClust (14)
lmdme (59)
LMGene (14)
LOBSTAHS (48)
loci2path (46)
logicFS (90)
logitT (52)
Logolas (18)
lol (5)
LOLA (156)
LoomExperiment (282)
LowMACA (50)
LPE (59)
LPEadj (50)
lpNet (44)
lpsymphony (939)
LRBaseDbi (66)
LRcell (14)
lumi (1089)
LVSmiRNA (5)
LymphoSeq (66)

M

M3C (518)
M3D (14)
M3Drop (261)
m6Aboost (3)
maanova (66)
Maaslin2 (230)
macat (51)
maCorrPlot (57)
MACPET (48)
MACSQuantifyR (44)
MACSr (20)
maDB (0)
madb (0)
made4 (230)
MADSEQ (50)
maftools (1788)
MAGAR (16)
MAGeCKFlute (268)
MAI (1)
maigesPack (56)
MAIT (70)
makecdfenv (118)
makePlatformDesign (0)
MANOR (51)
manta (4)
MantelCorr (48)
mAPKL (50)
maPredictDSC (50)
mapscape (55)
marr (34)
marray (1535)
martini (56)
maser (84)
maSigPro (269)
maskBAD (51)
MassArray (55)
massarray (0)
massiR (55)
MassSpecWavelet (1271)
MAST (1164)
matchBox (52)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (21892)
MatrixQCvis (13)
MatrixRider (46)
matter (107)
MaxContrastProjection (9)
MBAmethyl (48)
MBASED (56)
MBCB (54)
mbkmeans (374)
mBPCR (51)
MBQN (46)
MBttest (48)
mcaGUI (30)
MCbiclust (51)
MCRestimate (6)
mCSEA (64)
mdgsa (61)
mdp (52)
mdqc (63)
MDTS (45)
MEAL (69)
MeasurementError.cor (49)
MEAT (50)
MEB (42)
MEDIPS (111)
MEDME (50)
megadepth (54)
MEIGOR (69)
Melissa (46)
memes (27)
MergeMaid (21)
mergemaid (0)
Mergeomics (63)
MeSHDbi (215)
meshes (130)
meshr (93)
MeSHSim (2)
MesKit (49)
messina (46)
metaArray (14)
metaarray (0)
Metab (53)
metabCombiner (34)
MetaboCoreUtils (23)
metabolomicsWorkbenchR (45)
metabomxtr (52)
MetaboSignal (69)
metaCCA (64)
MetaCyto (61)
metagene (63)
metagene2 (61)
metagenomeFeatures (52)
metagenomeSeq (741)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (50)
metaMS (86)
MetaNeighbor (67)
metapod (559)
metaR (0)
metaSeq (68)
metaseqR (69)
metaseqR2 (52)
metavizr (51)
MetaVolcanoR (75)
metaX (3)
MetCirc (54)
MethCP (40)
methimpute (59)
methInheritSim (48)
MethPed (49)
MethReg (39)
methrix (54)
MethTargetedNGS (47)
methVisual (10)
methyAnalysis (89)
MethylAid (65)
methylCC (47)
methylclock (0)
methylGSA (89)
methylInheritance (46)
methylKit (488)
MethylMix (131)
methylMnM (52)
methylPipe (76)
methylscaper (14)
MethylSeekR (175)
methylSig (53)
methylumi (1291)
methyvim (30)
MetID (45)
MetNet (50)
mfa (66)
Mfuzz (388)
mfuzz (0)
MGFM (51)
MGFR (54)
mgsa (80)
mia (56)
miaViz (24)
MiChip (49)
microbiome (1015)
microbiomeDASim (47)
microbiomeExplorer (51)
MicrobiotaProcess (131)
microRNA (137)
midasHLA (15)
MIGSA (54)
miloR (19)
mimager (51)
MIMOSA (52)
mina (18)
MineICA (66)
minet (494)
minfi (1773)
MinimumDistance (49)
MiPP (47)
miQC (16)
MIRA (57)
MiRaGE (56)
miRBaseConverter (116)
miRcomp (48)
mirIntegrator (50)
miRLAB (55)
miRmine (57)
miRNAmeConverter (72)
miRNApath (67)
miRNAtap (108)
miRSM (46)
miRsponge (2)
miRspongeR (55)
Mirsynergy (9)
mirTarRnaSeq (13)
missMethyl (838)
missRows (46)
mistyR (14)
mitch (61)
mitoClone2 (2)
mitoODE (9)
mixOmics (2087)
MLInterfaces (300)
mlm4omics (3)
MLP (77)
MLSeq (191)
MMAPPR2 (36)
MMDiff (1)
MMDiff2 (49)
mmgmos (0)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (9)
MMUPHin (55)
mnem (77)
moanin (22)
MODA (61)
ModCon (14)
Modstrings (74)
MOFA (111)
MOFA2 (137)
MOGAMUN (38)
mogsa (91)
MOMA (52)
monocle (2020)
MoonlightR (66)
MoPS (9)
mosaics (106)
MOSim (46)
motifbreakR (96)
motifcounter (57)
MotifDb (435)
motifmatchr (623)
motifRG (26)
motifStack (517)
MotIV (224)
MouseFM (25)
MPFE (46)
mpra (54)
MPRAnalyze (52)
MQmetrics (11)
mQTL.NMR (2)
msa (1051)
MsBackendMassbank (17)
MsBackendMgf (29)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (1157)
MSEADbi (32)
MsFeatures (30)
msgbsR (47)
MSGFgui (60)
MSGFplus (155)
msImpute (40)
msmsEDA (193)
msmsTests (186)
MSnbase (2314)
MSnID (188)
MSPrep (38)
msPurity (70)
msQC (0)
msqrob2 (17)
MSstats (353)
MSstatsConvert (89)
MSstatsLOBD (12)
MSstatsPTM (42)
MSstatsQC (48)
MSstatsQCgui (43)
MSstatsSampleSize (43)
MSstatsTMT (106)
MSstatsTMTPTM (35)
mtbls2 (0)
MTseeker (3)
Mulcom (111)
MultiAssayExperiment (1315)
MultiBaC (42)
multiClust (77)
multicrispr (42)
MultiDataSet (589)
multiGSEA (59)
multiHiCcompare (62)
MultiMed (53)
multiMiR (175)
multiOmicsViz (63)
multiscan (47)
multiSight (11)
multtest (8801)
mumosa (24)
MungeSumstats (16)
muscat (129)
muscle (181)
musicatk (39)
MutationalPatterns (325)
MVCClass (51)
mvGST (2)
MWASTools (77)
mygene (346)
myvariant (75)
mzID (2013)
mzR (2284)

N

NADfinder (51)
NanoMethViz (38)
NanoStringDiff (89)
NanoStringNCTools (28)
NanoStringQCPro (81)
nanotatoR (50)
NanoTube (3)
NarrowPeaks (10)
NBAMSeq (45)
NBSplice (49)
ncdfFlow (1193)
ncGTW (45)
NCIgraph (58)
ncRNAtools (37)
ndexr (65)
neaGUI (1)
nearBynding (37)
Nebulosa (150)
NeighborNet (46)
nem (12)
nempi (18)
netbenchmark (16)
netbiov (78)
netboost (41)
netboxr (46)
NetCRG (0)
netDx (53)
nethet (51)
NetPathMiner (68)
netprioR (48)
netReg (24)
netresponse (66)
NetSAM (52)
netSmooth (61)
networkBMA (58)
NeuCA (2)
NewWave (38)
NGScopy (2)
ngsReports (70)
nnNorm (49)
NOISeq (645)
nondetects (143)
NoRCE (45)
normalize450K (47)
NormalyzerDE (82)
NormqPCR (236)
normr (136)
NPARC (53)
npGSEA (56)
NTW (46)
nucleoSim (51)
nucleR (66)
nucler (0)
nuCpos (46)
nudge (2)
NuPoP (58)

O

occugene (50)
OCplus (120)
odseq (55)
OGSA (8)
oligo (1643)
oligoClasses (1705)
OLIN (53)
OLINgui (47)
OmaDB (65)
omicade4 (86)
OmicCircos (264)
omiccircos (0)
omicplotR (53)
omicRexposome (47)
OmicsLonDA (47)
OmicsMarkeR (18)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (56)
omicsPrint (51)
Omixer (42)
OmnipathR (140)
Onassis (45)
oncomix (52)
OncoScore (53)
OncoSimulR (66)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (48)
onlineFDR (56)
ontoCAT (2)
ontoProc (84)
ontoTools (0)
openCyto (1007)
openPrimeR (107)
openPrimeRui (63)
OpenStats (45)
OperaMate (1)
oposSOM (66)
oppar (52)
oppti (40)
optimalFlow (42)
OPWeight (52)
OrderedList (86)
ORFhunteR (18)
ORFik (116)
Organism.dplyr (402)
OrganismDbi (2793)
OSAT (61)
OSCA (3)
OSCA.advanced (2)
OSCA.basic (2)
OSCA.intro (5)
OSCA.multisample (2)
OSCA.workflows (7)
Oscope (59)
OTUbase (47)
OutlierD (48)
OUTRIDER (118)
OVESEG (42)

P

PAA (62)
packFinder (43)
padma (36)
PADOG (205)
pageRank (34)
PAIRADISE (70)
paircompviz (57)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (64)
panelcn.mops (80)
PAnnBuilder (2)
panp (54)
PANR (50)
PanVizGenerator (55)
PAPi (8)
parglms (49)
parody (63)
PAST (53)
Path2PPI (64)
pathifier (210)
PathNet (53)
PathoStat (60)
pathprint (9)
pathRender (50)
pathVar (49)
pathview (3957)
pathwayPCA (81)
PathwaySplice (13)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (82)
Pbase (4)
pbcmc (2)
pcaExplorer (401)
pcaGoPromoter (11)
pcaMethods (3897)
PCAN (55)
PCAtools (792)
pcot2 (87)
PCpheno (33)
pcxn (50)
PDATK (16)
pdInfoBuilder (101)
pdmclass (1)
PeacoQC (36)
peakPantheR (52)
PECA (64)
peco (47)
PepsNMR (74)
pepStat (52)
pepXMLTab (57)
PERFect (51)
periodicDNA (39)
perturbatr (48)
PFP (18)
PGA (29)
pga (0)
pgca (51)
PGSEA (68)
pgUtils (0)
phantasus (72)
PharmacoGx (165)
phemd (45)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (13)
phenopath (76)
phenoTest (84)
PhenStat (59)
philr (128)
PhIPData (21)
phosphonormalizer (43)
PhosR (48)
PhyloProfile (54)
phyloseq (3794)
Pi (80)
piano (315)
pickgene (47)
PICS (116)
Pigengene (73)
PING (51)
pint (5)
pipeComp (41)
pipeFrame (92)
pkgDepTools (64)
planet (18)
plateCore (3)
plethy (47)
plgem (73)
plier (165)
PloGO2 (50)
plotgardener (0)
plotGrouper (51)
PLPE (48)
plrs (9)
plw (9)
plyranges (500)
pmm (47)
pmp (88)
PoDCall (17)
podkat (56)
pogos (47)
polyester (124)
Polyfit (32)
POMA (51)
POST (32)
PoTRA (46)
PowerExplorer (7)
powerTCR (197)
POWSC (14)
ppcseq (13)
PPInfer (64)
ppiStats (52)
pqsfinder (71)
prada (99)
pram (47)
prebs (50)
preciseTAD (37)
PrecisionTrialDrawer (41)
PREDA (78)
predictionet (46)
preprocessCore (11751)
primirTSS (45)
PrInCE (46)
Prize (9)
proActiv (43)
proBAMr (49)
proBatch (66)
PROcess (100)
procoil (54)
ProCoNA (2)
proDA (110)
proFIA (46)
profileplyr (83)
profileScoreDist (48)
progeny (206)
projectR (60)
pRoloc (249)
pRolocGUI (80)
PROMISE (48)
PROPER (88)
PROPS (51)
Prostar (66)
prostar (0)
prot2D (3)
proteinProfiles (47)
ProteomicsAnnotationHubData (46)
ProteoMM (60)
proteoQC (7)
ProtGenerics (7960)
PSEA (54)
psichomics (78)
PSICQUIC (63)
psygenet2r (53)
ptairMS (13)
PubScore (44)
pulsedSilac (45)
puma (123)
PureCN (142)
pvac (51)
pvca (217)
Pviz (52)
PWMEnrich (93)
pwOmics (52)
pwrEWAS (60)
pxr (0)

Q

qckitfastq (63)
qcmetrics (61)
QDNAseq (234)
QFeatures (100)
qpcrNorm (56)
qpgraph (113)
qPLEXanalyzer (46)
qrqc (143)
qsea (58)
qsmooth (57)
QSutils (58)
qtbase (0)
Qtlizer (49)
qtpaint (0)
QUALIFIER (5)
quantiseqr (15)
quantro (113)
quantsmooth (466)
QuartPAC (43)
QuasR (342)
QuaternaryProd (73)
QUBIC (91)
qusage (308)
qvalue (10495)

R

R3CPET (48)
r3Cseq (118)
R453Plus1Toolbox (56)
R4RNA (79)
RadioGx (40)
RaggedExperiment (614)
rain (77)
rama (55)
RamiGO (4)
ramigo (0)
ramr (20)
ramwas (75)
RandomWalkRestartMH (66)
randPack (59)
randRotation (43)
RankProd (298)
RareVariantVis (53)
Rariant (35)
rawrr (27)
RbcBook1 (49)
Rbec (11)
RBGL (9444)
RBioinf (73)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (168)
RBM (52)
Rbowtie (373)
Rbowtie2 (209)
rbsurv (76)
Rcade (74)
RCAS (65)
RCASPAR (51)
rcellminer (61)
rCGH (82)
Rchemcpp (3)
RchyOptimyx (33)
RcisTarget (602)
RCM (57)
RConferoMapping (0)
Rcpi (133)
RCSL (14)
Rcwl (48)
RcwlPipelines (39)
RCy3 (638)
RCyjs (63)
RCytoscape (5)
RDAVIDWebService (236)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (78)
Rdisop (289)
RDRToolbox (107)
ReactomeContentService4R (23)
ReactomeGraph4R (12)
ReactomeGSA (159)
ReactomePA (1409)
readat (20)
ReadqPCR (248)
reb (8)
REBET (44)
rebook (64)
receptLoss (42)
reconsi (42)
recount (437)
recount3 (75)
recountmethylation (38)
recoup (49)
RedeR (146)
REDseq (111)
RefNet (11)
RefPlus (55)
RegEnrich (42)
regioneR (1535)
regionReport (122)
regsplice (50)
regutools (44)
REMP (60)
Repitools (233)
ReportingTools (878)
reposTools (0)
RepViz (53)
ReQON (56)
ResidualMatrix (1209)
Resourcerer (0)
restfulSE (52)
rexposome (69)
rfaRm (46)
Rfastp (47)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (48)
rGADEM (483)
RGalaxy (58)
Rgin (51)
RGMQL (36)
RGraph2js (52)
Rgraphviz (9745)
rGREAT (252)
RGSEA (81)
rgsepd (49)
rhdf5 (13436)
rhdf5client (64)
rhdf5filters (9692)
Rhdf5lib (15710)
Rhisat2 (324)
Rhtslib (15591)
rHVDM (2)
RiboDiPA (19)
RiboProfiling (75)
ribor (45)
riboSeq (0)
riboSeqR (73)
ribosomeProfilingQC (49)
RImmPort (51)
Ringo (255)
Rintact (0)
RIPAT (39)
RIPSeeker (21)
Risa (61)
RITAN (60)
RIVER (50)
RJMCMCNucleosomes (48)
RLassoCox (21)
RLMM (52)
RMAGEML (0)
Rmagpie (51)
RMAPPER (0)
RMassBank (85)
rMAT (3)
rmelting (60)
RmiR (53)
rmir (0)
Rmmquant (44)
rmspc (0)
RNAAgeCalc (54)
RNAdecay (42)
rnaEditr (31)
RNAinteract (44)
RNAither (31)
rnaither (0)
RNAmodR (50)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (42)
RNAmodR.ML (40)
RNAmodR.RiboMethSeq (42)
RNAprobR (34)
RNAsense (43)
rnaseqcomp (53)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (33)
RNASeqPower (153)
RNASeqR (58)
RnaSeqSampleSize (77)
RnBeads (277)
Rnits (52)
roar (66)
ROC (1099)
ROCpAI (43)
Roleswitch (16)
Rolexa (1)
rols (278)
roma (0)
ROntoTools (94)
ropls (541)
ROSeq (43)
ROTS (136)
RPA (57)
RProtoBufLib (1589)
RpsiXML (62)
rpx (254)
Rqc (191)
rqt (47)
rqubic (68)
rRDP (49)
Rredland (0)
RRHO (93)
rrvgo (125)
Rsamtools (16503)
rsbml (87)
rScudo (47)
rsemmed (39)
RSeqAn (64)
rSFFreader (3)
RSNPper (0)
Rsubread (1776)
RSVSim (57)
rSWeeP (44)
rTANDEM (37)
RTCA (52)
RTCGA (550)
RTCGAToolbox (409)
RTN (114)
RTNduals (63)
RTNsurvival (58)
RTools4TB (0)
RTopper (49)
Rtpca (40)
rtracklayer (16884)
Rtreemix (52)
rTRM (62)
rTRMui (47)
runibic (64)
Ruuid (0)
RUVcorr (56)
RUVnormalize (67)
RUVSeq (816)
RVS (46)
RWebServices (1)
rWikiPathways (253)

S

S4Vectors (39299)
safe (399)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (46)
SAGx (123)
SAIGEgds (68)
samExploreR (26)
sampleClassifier (35)
SamSPECTRAL (110)
sangeranalyseR (99)
sangerseqR (279)
SANTA (24)
sapFinder (23)
saps (1)
sarks (44)
satuRn (18)
savR (77)
SBGNview (53)
sbgr (1)
SBMLR (51)
SC3 (416)
Scale4C (47)
ScaledMatrix (1400)
scAlign (49)
SCAN.UPC (116)
scanMiR (3)
scanMiRApp (2)
SCANVIS (52)
SCArray (19)
SCATE (36)
scater (4291)
scBFA (44)
SCBN (58)
scCB2 (41)
scClassifR (20)
scClassify (50)
scDataviz (48)
scDblFinder (261)
scDD (126)
scde (326)
scds (175)
SCFA (40)
scFeatureFilter (46)
scfind (12)
scGPS (44)
schex (119)
scHOT (52)
ScISI (55)
scMAGeCK (52)
scmap (169)
scMerge (138)
scmeth (53)
SCnorm (136)
scone (132)
Sconify (49)
SCOPE (47)
scoreInvHap (46)
scp (45)
scPCA (73)
scPipe (83)
scran (2972)
scRecover (55)
scRepertoire (114)
scruff (60)
scry (73)
scShapes (3)
scsR (8)
scTensor (61)
scTGIF (40)
scTHI (44)
scuttle (3915)
SDAMS (51)
sechm (13)
segmenter (3)
segmentSeq (112)
selectKSigs (43)
SELEX (54)
SemDist (46)
semisup (49)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (50)
seq2pathway (56)
SeqArray (588)
seqbias (58)
seqCAT (53)
seqCNA (66)
seqcombo (55)
SeqGate (41)
SeqGSEA (122)
seqLogo (1551)
Seqnames (0)
seqPattern (419)
seqplots (84)
seqsetvis (57)
SeqSQC (48)
seqTools (115)
SeqVarTools (389)
sesame (311)
SEtools (52)
sevenbridges (79)
sevenC (51)
SGSeq (406)
SharedObject (66)
shinyepico (22)
shinyMethyl (95)
shinyTANDEM (27)
ShortRead (5021)
shortread (0)
SIAMCAT (96)
SICtools (42)
sidap (0)
sigaR (20)
SigCheck (49)
sigFeature (102)
SigFuge (48)
siggenes (2134)
sights (54)
signatureSearch (88)
signeR (77)
signet (9)
sigPathway (142)
SigsPack (46)
sigsquared (46)
SIM (48)
SIMAT (51)
SimBindProfiles (49)
SIMD (43)
SimFFPE (44)
similaRpeak (52)
SIMLR (210)
simpleaffy (470)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (113)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (36)
sincell (58)
SingleCellExperiment (7297)
SingleCellSignalR (135)
singleCellTK (96)
SingleMoleculeFootprinting (11)
SingleR (1645)
SingleRBook (2)
singscore (481)
SISPA (50)
sitadela (14)
sitePath (41)
sizepower (56)
SJava (1)
skewr (46)
slalom (53)
SLGI (51)
slingshot (789)
slinky (56)
SLqPCR (62)
SMAD (47)
SMAP (48)
SMITE (54)
SNAData (0)
SNAGEE (45)
snapCGH (56)
snapcount (44)
snifter (60)
snm (140)
snpAssoc (0)
SNPchip (45)
SNPediaR (49)
SNPhood (48)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1139)
snpStats (1325)
soGGi (138)
sojourner (37)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (167)
SOMNiBUS (16)
SpacePAC (49)
spade (1)
Spaniel (60)
sparseDOSSA (50)
sparseMatrixStats (5992)
sparsenetgls (41)
SparseSignatures (51)
SpatialCPie (58)
spatialDE (1)
SpatialDecon (42)
SpatialExperiment (198)
spatialHeatmap (33)
spatzie (3)
specL (54)
SpeCond (110)
Spectra (134)
SpectralTAD (58)
SPEM (73)
SPIA (475)
spicyR (38)
SpidermiR (71)
spikeLI (46)
spiky (4)
spkTools (51)
splatter (373)
splicegear (4)
spliceR (6)
spliceSites (3)
SplicingFactory (19)
SplicingGraphs (109)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (76)
SPLINTER (50)
splots (125)
SPONGE (54)
spotSegmentation (9)
spqn (47)
SPsimSeq (41)
SQLDataFrame (46)
SQUADD (43)
sRACIPE (48)
SRAdb (402)
sRAP (9)
SRGnet (37)
srnadiff (38)
sscore (51)
sscu (49)
sSeq (200)
ssize (76)
SSPA (366)
ssPATHS (43)
ssrch (47)
ssviz (52)
stageR (153)
stam (0)
STAN (55)
staRank (46)
StarBioTrek (54)
Starr (9)
STATegRa (57)
statTarget (106)
stepNorm (48)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (45)
Streamer (50)
STRINGdb (668)
STROMA4 (50)
struct (91)
Structstrings (61)
structToolbox (69)
StructuralVariantAnnotation (136)
SubCellBarCode (45)
subSeq (66)
SummarizedBenchmark (53)
SummarizedExperiment (28243)
Summix (15)
supersigs (12)
supraHex (269)
survcomp (698)
survtype (49)
Sushi (265)
sva (5166)
svaNUMT (2)
SVAPLSseq (9)
svaRetro (0)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (63)
SwathXtend (58)
swfdr (51)
SwimR (40)
switchBox (88)
switchde (60)
synapter (97)
synergyfinder (152)
SynExtend (42)
synlet (45)
SynMut (45)
systemPipeR (1197)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (41)
systemPipeTools (12)

T

TADCompare (47)
TAPseq (51)
target (48)
TargetScore (54)
TargetSearch (60)
targetsearch (0)
TarSeqQC (56)
TBSignatureProfiler (42)
TCC (303)
TCGAbiolinks (2407)
TCGAbiolinksGUI (119)
TCGAutils (589)
TCseq (125)
TDARACNE (50)
tdaracne (0)
tenXplore (47)
TEQC (70)
ternarynet (47)
TFARM (45)
TFBSTools (948)
TFEA.ChIP (68)
TFHAZ (44)
TFutils (45)
tidybulk (132)
tidySingleCellExperiment (60)
tidySummarizedExperiment (82)
tiger (0)
tigre (54)
TileDBArray (42)
tilingArray (78)
timecourse (65)
timeOmics (52)
TimerQuant (0)
timescape (77)
TimeSeriesExperiment (58)
TimiRGeN (36)
TIN (50)
TissueEnrich (97)
TitanCNA (86)
tkWidgets (549)
tLOH (12)
TMixClust (70)
TNBC.CMS (45)
TnT (53)
TOAST (68)
tofsims (57)
tomoda (37)
ToPASeq (44)
topconfects (92)
topdownr (46)
topGO (2846)
topicmodels (0)
ToxicoGx (39)
TPP (88)
TPP2D (49)
tracktables (87)
trackViewer (276)
tradeSeq (272)
TrajectoryGeometry (14)
TrajectoryUtils (186)
transcriptogramer (48)
transcriptR (53)
transite (52)
tRanslatome (47)
transomics2cytoscape (37)
TransView (48)
TraRe (16)
traseR (49)
Travel (11)
traviz (1)
TreeAndLeaf (50)
treeio (4656)
treekoR (11)
TreeSummarizedExperiment (200)
TReNA (1)
trena (44)
Trendy (60)
tricycle (18)
triform (7)
trigger (51)
trio (90)
triplex (50)
tRNA (64)
tRNAdbImport (50)
tRNAscanImport (51)
TRONCO (72)
TSCAN (213)
tscR (48)
tspair (53)
TSRchitect (54)
TSSi (2)
ttgsea (19)
TTMap (46)
TurboNorm (48)
TVTB (59)
tweeDEseq (91)
twilight (92)
twoddpcr (52)
tximeta (1001)
tximport (2629)
TxRegInfra (29)
TypeInfo (46)

U

Ularcirc (48)
UMI4Cats (40)
uncoverappLib (34)
UNDO (55)
unifiedWMWqPCR (52)
UniProt.ws (263)
Uniquorn (44)
universalmotif (233)
uSORT (46)

V

VAExprs (2)
VanillaICE (63)
VarCon (18)
variancePartition (349)
VariantAnnotation (6298)
VariantExperiment (42)
VariantFiltering (60)
VariantTools (97)
vasp (30)
VaSP (23)
vbmp (65)
VCFArray (43)
Vega (10)
VegaMC (46)
velociraptor (74)
veloviz (1)
VennDetail (107)
VERSO (36)
vidger (102)
viper (417)
virtualArray (0)
ViSEAGO (168)
vissE (18)
VplotR (41)
vsn (4040)
vtpnet (45)
vulcan (46)

W

waddR (51)
wateRmelon (730)
wavClusteR (56)
waveTiling (4)
weaver (59)
webbioc (57)
weitrix (43)
widgetInvoke (0)
widgetTools (557)
wiggleplotr (96)
wpm (46)
wppi (14)
Wrench (694)

X

XBSeq (41)
XCIR (42)
xcms (1322)
XDE (51)
Xeva (55)
XINA (46)
xmapbridge (47)
xmapcore (0)
XNAString (13)
xps (40)
XVector (32464)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (50)
YAPSA (87)
yaqcaffy (46)
yarn (65)

Z

zellkonverter (200)
zFPKM (116)
zinbwave (630)
zlibbioc (33856)