See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-11-22 21:42:29 -0500 (Tue, 22 Nov 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (50111)
2S4Vectors (47672)
3BiocVersion (47406)
4IRanges (44674)
5GenomeInfoDb (44595)
6Biobase (42503)
7zlibbioc (42067)
8XVector (40644)
9Biostrings (36848)
10BiocParallel (35884)
11GenomicRanges (33476)
12DelayedArray (32769)
13MatrixGenerics (31990)
14SummarizedExperiment (31932)
15limma (31494)
16AnnotationDbi (29798)
17KEGGREST (28045)
18annotate (19565)
19genefilter (19010)
20BiocFileCache (18297)
21Rhtslib (17927)
22edgeR (17783)
23biomaRt (17731)
24Rsamtools (17704)
25GenomicAlignments (17579)
26rtracklayer (16400)
27Rhdf5lib (16148)
28graph (16078)
29DESeq2 (14955)
30geneplotter (14694)
31GenomicFeatures (14442)
32rhdf5 (14166)
33ggtree (13074)
34rhdf5filters (12915)
35treeio (12682)
36BiocIO (12606)
37qvalue (11957)
38preprocessCore (11537)
39enrichplot (11443)
40fgsea (11150)
41clusterProfiler (10878)
42DOSE (10850)
43DelayedMatrixStats (10661)
44GOSemSim (10171)
45sparseMatrixStats (9778)
46SingleCellExperiment (9513)
47beachmat (9291)
48ComplexHeatmap (9152)
49multtest (8749)
50RBGL (8661)
51HDF5Array (8621)
52GEOquery (8617)
53BSgenome (8544)
54Rgraphviz (8479)
55ProtGenerics (8227)
56BiocSingular (8018)
57AnnotationHub (7862)
58impute (7691)
59ensembldb (7576)
60ScaledMatrix (7538)
61affyio (7305)
62affy (7176)
63interactiveDisplayBase (6821)
64AnnotationFilter (6798)
65GSEABase (6214)
66VariantAnnotation (6033)
67BiocNeighbors (5890)
68BiocStyle (5772)
69scuttle (5669)
70sva (5209)
71ShortRead (4852)
72ExperimentHub (4481)
73vsn (4404)
74scater (4145)
75KEGGgraph (4086)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (59)
a4Base (74)
a4Classif (56)
a4Core (84)
a4Preproc (89)
a4Reporting (58)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (27)
ABarray (47)
abseqR (48)
ABSSeq (70)
acde (60)
ACE (61)
aCGH (105)
ACME (59)
ADaCGH2 (43)
ADAM (46)
ADAMgui (44)
adaptest (2)
adductomicsR (42)
ADImpute (52)
adSplit (47)
AffiXcan (42)
affxparser (1358)
affy (7176)
affycomp (57)
AffyCompatible (61)
affyContam (48)
affycoretools (322)
affydata (0)
AffyExpress (4)
affyILM (42)
affyio (7305)
affylmGUI (52)
affyPara (8)
affypdnn (3)
affyPLM (1066)
affyQCReport (13)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (46)
AffyTiling (1)
AGDEX (43)
aggregateBioVar (46)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (111)
AgiMicroRna (129)
agimicrorna (0)
AIMS (316)
airpart (39)
ALDEx2 (564)
alevinQC (60)
AllelicImbalance (61)
AlphaBeta (41)
alpine (76)
ALPS (8)
AlpsNMR (54)
alsace (29)
altcdfenvs (49)
AMARETTO (46)
AMOUNTAIN (62)
amplican (60)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (2)
anamiR (2)
Anaquin (47)
ANCOMBC (512)
AneuFinder (70)
ANF (45)
animalcules (82)
annaffy (205)
AnnBuilder (0)
annmap (41)
annotate (19565)
AnnotationDbi (29798)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6798)
AnnotationForge (2226)
AnnotationFuncs (7)
AnnotationHub (7862)
AnnotationHubData (182)
annotationTools (65)
annotatr (320)
anota (52)
anota2seq (52)
antiProfiles (43)
AnVIL (587)
AnVILBilling (37)
AnVILPublish (39)
APAlyzer (52)
apcluster (0)
apComplex (43)
apcomplex (0)
apeglm (2707)
APL (22)
applera (0)
appreci8R (41)
aroma.light (1548)
ArrayExpress (497)
ArrayExpressHTS (37)
arrayMagic (0)
arrayMvout (39)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (58)
arrayQualityMetrics (408)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (8)
ArrayTV (3)
ARRmNormalization (42)
artMS (63)
ASAFE (46)
ASEB (49)
ASGSCA (43)
ASICS (57)
asmn (0)
ASpediaFI (41)
ASpli (65)
AssessORF (41)
ASSET (59)
ASSIGN (58)
ASURAT (25)
ATACCoGAPS (3)
ATACseqQC (238)
ATACseqTFEA (3)
atena (41)
AtlasRDF (1)
atSNP (48)
attract (43)
AUCell (1202)
autonomics (43)
Autotuner (21)
AWFisher (41)
awst (38)

B

BaalChIP (47)
BAC (50)
bacon (80)
BADER (55)
BadRegionFinder (43)
BAGS (42)
ballgown (506)
bambu (151)
bamsignals (728)
BANDITS (50)
bandle (18)
banocc (37)
barcodetrackR (36)
basecallQC (44)
BaseSpaceR (49)
Basic4Cseq (44)
BASiCS (98)
BASiCStan (3)
BasicSTARRseq (45)
basilisk (965)
basilisk.utils (933)
batchelor (2370)
BatchQC (103)
BayesKnockdown (36)
BayesPeak (5)
BayesSpace (120)
bayNorm (67)
baySeq (477)
BBCAnalyzer (37)
BCRANK (49)
bcSeq (43)
BDMMAcorrect (45)
beachmat (9291)
beadarray (528)
beadarraySNP (46)
BeadDataPackR (540)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (40)
BEAT (40)
BEclear (63)
beer (21)
benchdamic (37)
BentoBox (0)
betr (1)
bgafun (2)
BgeeCall (45)
BgeeDB (77)
BGmix (36)
bgx (46)
BHC (105)
BicARE (78)
BiFET (44)
BiGGR (40)
BigMatrix (0)
bigmelon (50)
bigmemoryExtras (5)
bigPint (67)
bim (0)
BindingSiteFinder (35)
bioassayR (56)
Biobase (42503)
biobase (0)
biobroom (151)
biobtreeR (43)
bioCancer (54)
BiocBaseUtils (56)
BiocCaseStudies (4)
BiocCheck (1684)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (42)
BiocFHIR (1)
BiocFileCache (18297)
BiocGenerics (50111)
biocGraph (80)
BiocInstaller (632)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (12606)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5890)
BiocOncoTK (53)
Bioconductor (0)
BioCor (50)
BiocParallel (35884)
BiocPkgTools (81)
BiocSet (178)
BiocSingular (8018)
BiocSklearn (61)
BiocStyle (5772)
biocthis (124)
BiocVersion (47406)
biocViews (3515)
BiocWorkflowTools (150)
biodb (70)
biodbChebi (32)
biodbExpasy (15)
biodbHmdb (32)
biodbKegg (39)
biodbLipidmaps (28)
biodbMirbase (16)
biodbNcbi (16)
biodbNci (15)
biodbUniprot (32)
bioDist (177)
biomaRt (17731)
BioMedR (1)
biomformat (3827)
BioMM (44)
BioMVCClass (40)
biomvRCNS (41)
BioNAR (1)
BioNERO (70)
BioNet (230)
bionet (0)
BioNetStat (53)
BioPlex (36)
BioQC (95)
BioSeqClass (6)
biosigner (63)
Biostrings (36848)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (2)
BioTIP (42)
biotmle (42)
biovizBase (3989)
BiRewire (73)
birta (3)
birte (2)
biscuiteer (50)
BiSeq (62)
BitSeq (49)
blacksheepr (42)
blima (46)
BLMA (43)
BloodGen3Module (45)
bluster (2730)
bnbc (45)
bnem (36)
BOBaFIT (21)
borealis (15)
BPRMeth (47)
BRAIN (103)
brainflowprobes (40)
brainImageR (1)
BrainSABER (39)
BrainStars (4)
branchpointer (52)
breakpointR (43)
brendaDb (43)
BRGenomics (101)
bridge (38)
BridgeDbR (55)
BrowserViz (98)
BrowserVizDemo (1)
BSgenome (8544)
bsseq (1051)
BubbleTree (44)
BufferedMatrix (53)
BufferedMatrixMethods (41)
bugsigdbr (56)
BUMHMM (35)
bumphunter (1921)
BumpyMatrix (231)
BUS (43)
BUScorrect (38)
BUSpaRse (183)
BUSseq (31)
BuxcoR (0)

C

CAEN (35)
CAFE (40)
CAGEfightR (63)
cageminer (32)
CAGEr (80)
CALIB (2)
calm (36)
CAMERA (383)
CAMTHC (2)
canceR (48)
cancerclass (49)
CancerInSilico (39)
CancerMutationAnalysis (3)
CancerSubtypes (180)
CAnD (37)
caOmicsV (34)
cardelino (1)
Cardinal (95)
CARNIVAL (107)
casper (46)
CATALYST (334)
Category (1814)
categoryCompare (42)
CausalR (44)
cbaf (42)
CBEA (17)
cBioPortalData (200)
cbpManager (39)
ccfindR (77)
ccImpute (1)
ccmap (64)
CCPROMISE (36)
ccrepe (103)
celaref (64)
celda (268)
CellaRepertorium (44)
CellBarcode (32)
cellbaseR (53)
CellBench (82)
cellGrowth (3)
cellHTS (1)
cellHTS2 (99)
CelliD (93)
cellity (44)
CellMapper (42)
cellmigRation (36)
CellMixS (55)
CellNOptR (73)
cellscape (37)
CellScore (37)
CellTrails (45)
cellTree (44)
cellxgenedp (65)
CEMiTool (146)
censcyt (32)
Cepo (52)
ceRNAnetsim (35)
CeTF (56)
CexoR (35)
CFAssay (54)
cfDNAPro (34)
CGEN (51)
CGHbase (251)
CGHcall (221)
cghMCR (48)
CGHnormaliter (49)
CGHregions (47)
ChAMP (557)
CHARGE (1)
charm (2)
ChemmineOB (162)
ChemmineR (460)
chemminer (0)
CHETAH (59)
ChIC (42)
Chicago (69)
chimera (4)
chimeraviz (72)
ChIPanalyser (40)
ChIPComp (46)
chipenrich (87)
ChIPexoQual (41)
ChIPpeakAnno (802)
ChIPQC (267)
ChIPseeker (1411)
chipseq (429)
ChIPseqR (87)
ChIPSeqSpike (4)
ChIPsim (84)
ChIPXpress (39)
chopsticks (68)
chroGPS (2)
chromDraw (39)
ChromHeatMap (49)
ChromoViz (0)
chromPlot (72)
ChromSCape (42)
chromstaR (66)
chromswitch (42)
chromVAR (695)
CHRONOS (49)
cicero (160)
CIMICE (36)
CINdex (50)
cindex (0)
circRNAprofiler (48)
CircSeqAlignTk (1)
cisPath (47)
CiteFuse (76)
ClassifyR (54)
cleanUpdTSeq (42)
cleaver (162)
clippda (41)
clipper (67)
cliProfiler (33)
cliqueMS (59)
Clomial (37)
Clonality (46)
clonotypeR (52)
clst (48)
clstutils (46)
CluMSID (55)
clustComp (41)
clusterExperiment (269)
ClusterJudge (39)
clusterProfiler (10878)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (37)
ClusterSignificance (39)
clusterStab (85)
clustifyr (123)
CMA (112)
cmapR (210)
cn.farms (41)
cn.mops (159)
CNAnorm (42)
cnanorm (0)
CNEr (1199)
CNORdt (44)
CNORfeeder (45)
CNORfuzzy (44)
CNORode (57)
CNPBayes (1)
CNTools (80)
CNVfilteR (47)
CNVgears (37)
cnvGSA (39)
CNViz (35)
CNVMetrics (23)
CNVPanelizer (48)
CNVRanger (66)
CNVrd2 (39)
CNVtools (2)
cnvtools (0)
cobindR (2)
CoCiteStats (36)
COCOA (43)
codelink (46)
CODEX (67)
coexnet (24)
CoGAPS (108)
cogena (76)
cogeqc (19)
Cogito (31)
coGPS (49)
COHCAP (45)
cola (108)
comapr (21)
combi (39)
coMET (58)
coMethDMR (24)
compartmap (45)
COMPASS (56)
compcodeR (63)
compEpiTools (47)
CompGO (9)
ComplexHeatmap (9152)
CompoundDb (60)
ComPrAn (35)
conclus (32)
condcomp (1)
condiments (54)
CONFESS (38)
consensus (34)
ConsensusClusterPlus (2422)
consensusDE (43)
consensusOV (46)
consensusSeekeR (60)
consICA (2)
CONSTANd (44)
contiBAIT (40)
conumee (110)
convert (109)
copa (41)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (320)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (78)
CopywriteR (64)
coRdon (103)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (56)
CoreGx (150)
Cormotif (39)
CorMut (3)
coRNAi (1)
corral (62)
CORREP (43)
coseq (82)
cosmiq (42)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (54)
COSNet (47)
COTAN (25)
CountClust (28)
countsimQC (56)
covEB (39)
CoverageView (58)
covRNA (39)
cpvSNP (41)
cqn (230)
CRImage (59)
crisprBase (28)
crisprBowtie (36)
crisprBwa (15)
crisprDesign (9)
crisprScore (37)
CRISPRseek (92)
crisprseekplus (38)
CrispRVariants (79)
crisprVerse (3)
crisprViz (2)
crlmm (97)
CrossICC (1)
crossmeta (63)
CSAR (87)
csaw (294)
csawBook (4)
csdR (34)
CSSP (46)
CSSQ (34)
ctc (237)
CTDquerier (38)
ctgGEM (33)
cTRAP (46)
ctsGE (43)
CTSV (8)
cummeRbund (227)
cummerbund (0)
customCMPdb (39)
customProDB (60)
CVE (2)
cyanoFilter (36)
cycle (37)
cydar (79)
CytoDx (45)
cytofast (4)
cytofkit (11)
CyTOFpower (27)
CytoGLMM (44)
cytoKernel (33)
cytolib (2096)
cytomapper (126)
cytoMEM (18)
CytoML (973)
CytoTree (74)

D

dada2 (1930)
dagLogo (50)
daMA (39)
DAMEfinder (38)
DaMiRseq (64)
DAPAR (88)
DART (43)
DASC (0)
DASiR (1)
dasper (46)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (9)
dcanr (55)
dce (43)
dcGSA (40)
DChIPRep (2)
ddCt (84)
ddgraph (1)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (36)
dearseq (58)
debCAM (49)
debrowser (124)
DECIPHER (1529)
deco (42)
DEComplexDisease (41)
decompTumor2Sig (63)
DeconRNASeq (152)
decontam (563)
deconvR (35)
decoupleR (154)
DEDS (2)
DeepBlueR (44)
DeepPINCS (37)
deepSNV (80)
DEFormats (188)
DegNorm (40)
DEGraph (43)
DEGreport (433)
DEGseq (178)
DelayedArray (32769)
DelayedDataFrame (44)
DelayedMatrixStats (10661)
DelayedRandomArray (39)
DelayedTensor (34)
deltaCaptureC (33)
deltaGseg (36)
DeMAND (38)
DeMixT (56)
demuxmix (3)
densvis (81)
DEP (362)
DepecheR (309)
DepInfeR (16)
DEqMS (155)
derfinder (395)
derfinderHelper (390)
derfinderPlot (72)
DEScan2 (41)
DESeq (360)
deseq (0)
DESeq2 (14955)
DEsingle (235)
destiny (497)
DEsubs (42)
DEWSeq (43)
DExMA (39)
DEXSeq (790)
dexus (4)
DFP (38)
DIAlignR (46)
DiffBind (925)
diffcoexp (63)
diffcyt (201)
DifferentialRegulation (18)
diffGeneAnalysis (37)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (95)
DiffLogo (54)
diffloop (107)
diffuStats (51)
diffUTR (37)
diggit (44)
Dino (36)
dir.expiry (851)
Director (34)
DirichletMultinomial (1616)
discordant (93)
DiscoRhythm (59)
distinct (78)
dittoSeq (508)
divergence (35)
dks (36)
DMCFB (37)
DMCHMM (38)
DMRcaller (65)
DMRcate (762)
DMRforPairs (39)
DMRScan (35)
dmrseq (111)
DNABarcodeCompatibility (35)
DNABarcodes (102)
DNAcopy (2852)
DNAfusion (1)
DNaseR (0)
DNAshapeR (64)
domainsignatures (1)
DominoEffect (34)
doppelgangR (44)
DOQTL (2)
Doscheda (35)
DOSE (10850)
doseR (39)
doubletrouble (0)
dpeak (38)
drawProteins (113)
DRIMSeq (298)
DriverNet (50)
DropletUtils (1698)
drugTargetInteractions (41)
DrugVsDisease (44)
dSimer (1)
DSS (881)
dStruct (30)
DTA (42)
dualKS (14)
Dune (37)
DupChecker (2)
dupRadar (84)
dyebias (41)
DynDoc (755)
dyndoc (0)

E

easier (40)
EasyCellType (3)
EasyqpcR (5)
easyreporting (37)
easyRNASeq (58)
easyrnaseq (0)
EBarrays (105)
EBcoexpress (50)
EBImage (2003)
EBSEA (38)
EBSeq (319)
EBSeqHMM (55)
ecolitk (38)
EDASeq (1395)
edd (0)
EDDA (3)
edge (94)
edgeR (17783)
edger (0)
eds (4)
eegc (41)
EGAD (55)
EGSEA (155)
eiR (42)
eisa (4)
eisaR (80)
ELBOW (3)
ELMER (205)
EMDomics (51)
EmpiricalBrownsMethod (67)
ENCODExplorer (5)
EnhancedVolcano (2765)
enhancerHomologSearch (34)
EnMCB (39)
ENmix (151)
EnrichedHeatmap (318)
EnrichmentBrowser (246)
enrichplot (11443)
enrichTF (60)
ensembldb (7576)
ensemblVEP (104)
ENVISIONQuery (3)
epialleleR (36)
EpiCluster (0)
EpiCompare (24)
epidecodeR (33)
EpiDISH (164)
epigenomix (41)
epigraHMM (40)
epihet (38)
EpiMix (3)
epimutacions (18)
epiNEM (57)
epistack (33)
epistasisGA (1)
EpiTxDb (44)
epivizr (54)
epivizrChart (38)
epivizrData (55)
epivizrServer (58)
epivizrStandalone (44)
erccdashboard (54)
erma (63)
ERSSA (37)
esATAC (79)
escape (180)
esetVis (64)
eudysbiome (36)
evaluomeR (38)
EventPointer (50)
EWCE (79)
ExCluster (35)
ExiMiR (41)
exomeCopy (195)
exomecopy (0)
exomePeak (6)
exomePeak2 (88)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (4481)
ExperimentHubData (149)
ExperimentSubset (42)
explorase (2)
ExploreModelMatrix (83)
ExpressionAtlas (80)
ExpressionView (2)
exprExternal (0)
externalVector (0)
extraChIPs (18)

F

fabia (112)
facopy (1)
factDesign (39)
factR (4)
FamAgg (59)
famat (36)
farms (55)
fastLiquidAssociation (39)
FastqCleaner (75)
fastreeR (20)
fastseg (559)
fbat (0)
FCBF (68)
fCCAC (40)
fCI (43)
fcoex (54)
fcScan (40)
fdrame (45)
FEAST (64)
fedup (34)
FELLA (95)
FEM (38)
ffpe (63)
fgga (38)
FGNet (63)
fgsea (11150)
FilterFFPE (34)
FindIT2 (34)
FindMyFriends (24)
FISHalyseR (39)
fishpond (295)
FitHiC (45)
flagme (39)
FLAMES (37)
flipflop (1)
flowAI (438)
flowBeads (39)
flowBin (43)
flowcatchR (40)
flowCHIC (40)
flowCL (45)
flowClean (181)
flowClust (1065)
flowCore (2035)
flowCut (60)
flowCyBar (38)
flowDensity (166)
flowFit (3)
flowFlowJo (0)
flowFP (63)
flowGraph (33)
flowMap (40)
flowMatch (41)
flowMeans (101)
flowMerge (50)
flowPeaks (100)
flowPhyto (0)
flowPloidy (43)
flowPlots (47)
flowQ (1)
flowq (0)
flowQB (1)
FlowRepositoryR (12)
FlowSOM (815)
flowSpecs (44)
flowSpy (3)
flowStats (1075)
flowTime (40)
flowTrans (49)
flowType (3)
flowUtils (135)
flowViz (1244)
flowVS (72)
flowWorkspace (1361)
flowworkspace (0)
fmcsR (169)
fmrs (38)
fobitools (39)
focalCall (2)
FoldGO (41)
FourCSeq (4)
FRASER (96)
frenchFISH (32)
FRGEpistasis (41)
frma (89)
frmaTools (43)
FScanR (41)
FunChIP (39)
FunciSNP (3)
funtooNorm (39)
FuseSOM (1)

G

GA4GHclient (42)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (35)
gaga (51)
gage (906)
gaggle (37)
gaia (103)
GAPGOM (35)
GAprediction (39)
garfield (49)
GARS (40)
GateFinder (41)
gaucho (1)
GBScleanR (25)
gcapc (44)
gcatest (44)
gCMAP (3)
gCMAPWeb (1)
gCrisprTools (44)
gcrma (1307)
GCSConnection (25)
GCSFilesystem (42)
GCSscore (44)
GDCRNATools (275)
GDSArray (72)
gdsfmt (1519)
geecc (2)
GEM (41)
gemini (38)
gemma.R (2)
genArise (43)
genbankr (160)
GENE.E (1)
gene2pathway (0)
GeneAccord (34)
GeneAnswers (41)
geneAttribution (38)
GeneBreak (46)
geneClassifiers (37)
GeneExpressionSignature (46)
genefilter (19010)
genefu (318)
GeneGA (39)
GeneGeneInteR (40)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (52)
GeneNetworkBuilder (51)
GeneOverlap (199)
geneplast (55)
geneplotter (14694)
GeneR (0)
geneRecommender (39)
GeneRegionScan (41)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (41)
GeneSelectMMD (42)
GeneSelector (1)
GENESIS (253)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (54)
geNetClassifier (78)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (3)
GeneticsPed (75)
GeneTonic (99)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (42)
GENIE3 (697)
genoCN (45)
GenoGAM (17)
genomation (419)
GenomAutomorphism (3)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (8)
GenomeInfoDb (44595)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (122)
genomeintervals (0)
genomes (45)
GenomicAlignments (17579)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (867)
GenomicDistributions (59)
GenomicFeatures (14442)
GenomicFiles (722)
genomicInstability (30)
GenomicInteractionNodes (17)
GenomicInteractions (159)
GenomicOZone (37)
GenomicRanges (33476)
GenomicScores (333)
GenomicSuperSignature (45)
GenomicTuples (38)
Genominator (1)
genoset (17)
genotypeeval (41)
GenoView (1)
genphen (37)
GenProSeq (15)
GenRank (2)
GenVisR (339)
GeoDiff (50)
GEOexplorer (43)
GEOfastq (39)
GEOmetadb (170)
GeomxTools (158)
GEOquery (8617)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (40)
gep2pep (40)
gespeR (58)
getDEE2 (44)
geva (35)
GEWIST (34)
gff3Plotter (0)
GGBase (6)
ggbio (1619)
ggcyto (1135)
ggmanh (26)
ggmsa (229)
GGPA (40)
ggspavis (51)
GGtools (6)
ggtree (13074)
ggtreeDendro (2)
ggtreeExtra (540)
GIGSEA (37)
girafe (87)
GISPA (42)
GLAD (204)
GladiaTOX (36)
Glimma (1088)
glmGamPoi (1072)
glmSparseNet (78)
GlobalAncova (502)
globalSeq (46)
globaltest (1151)
gmapR (63)
GmicR (46)
gmoviz (37)
GMRP (37)
GNET2 (42)
goCluster (0)
GOexpress (86)
GOfuncR (152)
GOFunction (3)
GoogleGenomics (1)
GOpro (43)
goProfiles (67)
goprofiles (0)
GOSemSim (10171)
gosemsim (0)
goseq (1093)
GOSim (98)
goSorensen (4)
goSTAG (46)
GOstats (1666)
gostats (0)
GOsummaries (57)
GOTHiC (45)
goTools (48)
gotools (0)
GPA (34)
gpart (53)
gpls (83)
gprege (44)
gpuMagic (41)
gQTLBase (6)
gQTLstats (6)
gramm4R (3)
GRaNIE (23)
granulator (72)
graper (35)
graph (16078)
GraphAlignment (49)
GraphAT (39)
graphite (1798)
GraphPAC (38)
GRENITS (37)
GreyListChIP (649)
GRmetrics (70)
groHMM (57)
GRridge (45)
GSALightning (45)
GSAR (96)
GSCA (41)
gscreend (46)
GSEABase (6214)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (51)
GSEAlm (61)
GSEAmining (42)
gsean (42)
GSgalgoR (36)
GSReg (40)
GSRI (40)
GSVA (3697)
gtrellis (101)
GUIDEseq (52)
Guitar (93)
Gviz (2786)
GWAS.BAYES (37)
gwascat (348)
GWASTools (436)
gwasurvivr (61)
GWENA (74)

H

h5vc (55)
hapFabia (36)
Harman (125)
Harshlight (36)
harshlight (0)
hca (53)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (3)
HCsnip (1)
HDF5Array (8621)
HDTD (41)
heatmaps (184)
Heatplus (326)
HelloRanges (76)
HELP (38)
HEM (41)
hermes (32)
Herper (61)
hexbin (0)
HGC (47)
hiAnnotator (57)
HIBAG (76)
HiCBricks (41)
hicbricks (0)
HiCcompare (115)
HiCDCPlus (59)
HiCDOC (4)
HiContacts (2)
hicrep (7)
hierGWAS (42)
hierinf (33)
HilbertCurve (62)
HilbertVis (133)
HilbertVisGUI (20)
HiLDA (38)
hipathia (59)
HIPPO (40)
hiReadsProcessor (46)
HIREewas (34)
HiTC (104)
hmdbQuery (60)
HMMcopy (185)
hopach (168)
HPAanalyze (69)
hpar (209)
HPAStainR (34)
HPiP (32)
HTqPCR (130)
HTSanalyzeR (4)
HTSeqGenie (24)
htSeqTools (2)
htseqtools (0)
HTSFilter (158)
HubPub (62)
HumanTranscriptomeCompendium (37)
hummingbird (36)
HybridMTest (63)
hypeR (81)
hyperdraw (51)
hypergraph (71)

I

iASeq (41)
iasva (39)
iBBiG (71)
ibh (38)
iBMQ (28)
iCARE (73)
Icens (245)
icetea (39)
iCheck (35)
iChip (37)
iClusterPlus (248)
iCNV (44)
iCOBRA (118)
ideal (75)
ideogram (0)
IdeoViz (58)
idiogram (42)
IdMappingAnalysis (2)
IdMappingRetrieval (1)
idpr (47)
idr2d (43)
iFlow (0)
iGC (37)
IgGeneUsage (32)
igvR (76)
IHW (538)
illuminaio (2174)
ILoReg (40)
imageHTS (43)
IMAS (40)
imcRtools (72)
Imetagene (2)
IMMAN (44)
ImmuneSpaceR (53)
immunoClust (41)
immunotation (35)
IMPCdata (34)
ImpulseDE (2)
ImpulseDE2 (12)
impute (7691)
INDEED (34)
infercnv (631)
infinityFlow (40)
Informeasure (38)
InPAS (43)
INPower (37)
inSilicoDb (1)
inSilicoMerging (1)
insilicomerging (0)
INSPEcT (47)
InTAD (39)
intansv (49)
interacCircos (45)
InteractionSet (946)
InteractiveComplexHeatmap (167)
interactiveDisplay (65)
interactiveDisplayBase (6821)
InterCellar (57)
IntEREst (44)
InterMineR (51)
IntramiRExploreR (41)
inveRsion (34)
inversion (0)
IONiseR (54)
iontree (1)
iPAC (41)
iPath (30)
ipdDb (38)
IPO (104)
IPPD (7)
IRanges (44674)
IRISFGM (40)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (46)
iSEE (238)
iSEEhex (9)
iSEEhub (2)
iSEEu (62)
iSeq (45)
ISLET (2)
iSNetwork (0)
isobar (82)
IsoCorrectoR (47)
IsoCorrectoRGUI (36)
IsoformSwitchAnalyzeR (205)
IsoGeneGUI (34)
ISoLDE (43)
isomiRs (49)
iSPlot (0)
ITALICS (40)
iterativeBMA (44)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (38)
iterClust (41)
iteremoval (28)
IVAS (47)
ivygapSE (36)
IWTomics (36)

J

JASPAR2018 (1)
jmosaics (1)
joda (2)
JunctionSeq (7)

K

karyoploteR (601)
katdetectr (6)
KBoost (43)
KCsmart (38)
kebabs (114)
KEGGgraph (4086)
KEGGlincs (45)
keggorth (0)
keggorthology (66)
KEGGprofile (20)
KEGGREST (28045)
KEGGSOAP (0)
kimod (2)
KinSwingR (42)
kissDE (39)
kmknn (0)
KnowSeq (46)

L

LACE (37)
lapmix (36)
LBE (261)
ldblock (45)
LEA (364)
LedPred (36)
lefser (159)
les (41)
levi (33)
lfa (298)
limma (31494)
limmaGUI (50)
LINC (2)
LineagePulse (38)
lineagespot (19)
LinkHD (34)
Linnorm (120)
LinTInd (20)
lionessR (46)
lipidr (91)
LiquidAssociation (39)
lisaClust (45)
lmdme (52)
LMGene (2)
LOBSTAHS (45)
loci2path (35)
logicFS (60)
logitT (38)
Logolas (4)
lol (2)
LOLA (137)
LoomExperiment (294)
LowMACA (35)
LPE (53)
LPEadj (34)
lpNet (35)
lpsymphony (859)
LRBaseDbi (45)
LRcell (35)
lumi (1000)
LVSmiRNA (1)
LymphoSeq (58)

M

M3C (780)
M3D (3)
M3Drop (349)
m6Aboost (30)
maanova (53)
Maaslin2 (337)
Macarron (14)
macat (39)
maCorrPlot (39)
MACPET (36)
MACSQuantifyR (33)
MACSr (55)
maDB (0)
madb (0)
made4 (209)
MADSEQ (38)
maftools (2173)
MAGAR (38)
MAGeCKFlute (239)
magrene (2)
MAI (36)
maigesPack (46)
MAIT (58)
makecdfenv (90)
makePlatformDesign (0)
MANOR (39)
manta (2)
MantelCorr (42)
mAPKL (40)
maPredictDSC (40)
mapscape (38)
marr (34)
marray (1448)
martini (43)
maser (85)
maSigPro (225)
maskBAD (37)
MassArray (47)
massarray (0)
massiR (43)
MassSpecWavelet (1200)
MAST (1278)
matchBox (43)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (31990)
MatrixQCvis (44)
MatrixRider (35)
matter (95)
MaxContrastProjection (2)
MBAmethyl (38)
MBASED (45)
MBCB (39)
MBECS (17)
mbkmeans (356)
mbOmic (15)
mBPCR (37)
MBQN (38)
MBttest (34)
mcaGUI (2)
MCbiclust (39)
MCRestimate (2)
mCSEA (51)
mdgsa (8)
mdp (41)
mdqc (42)
MDTS (38)
MEAL (58)
MeasurementError.cor (39)
MEAT (38)
MEB (36)
MEDIPS (95)
MEDME (38)
megadepth (80)
MEIGOR (53)
Melissa (36)
memes (121)
MergeMaid (3)
mergemaid (0)
Mergeomics (54)
MeSHDbi (167)
meshes (111)
meshr (74)
MeSHSim (1)
MesKit (63)
messina (36)
metaArray (2)
metaarray (0)
Metab (43)
metabCombiner (38)
metabinR (1)
MetaboAnnotation (54)
MetaboCoreUtils (109)
metabolomicsWorkbenchR (46)
metabomxtr (41)
MetaboSignal (80)
metaCCA (51)
MetaCyto (48)
metagene (57)
metagene2 (51)
metagenomeFeatures (3)
metagenomeSeq (788)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (43)
metaMS (87)
MetaNeighbor (57)
MetaPhOR (1)
metapod (2574)
metapone (36)
metaR (0)
metaSeq (51)
metaseqR (13)
metaseqR2 (57)
metavizr (37)
MetaVolcanoR (63)
metaX (1)
MetCirc (38)
MethCP (16)
methimpute (44)
methInheritSim (38)
MethPed (37)
MethReg (48)
methrix (55)
MethTargetedNGS (35)
methVisual (2)
methyAnalysis (12)
MethylAid (49)
methylCC (50)
methylclock (77)
methylGSA (88)
methylInheritance (44)
methylKit (430)
MethylMix (99)
methylMnM (36)
methylPipe (50)
methylscaper (33)
MethylSeekR (124)
methylSig (52)
methylumi (1203)
methyvim (2)
MetID (41)
MetNet (49)
mfa (69)
Mfuzz (587)
mfuzz (0)
MGFM (39)
MGFR (43)
mgsa (78)
mia (390)
miaSim (38)
miaViz (114)
MiChip (35)
microbiome (1278)
microbiomeDASim (36)
microbiomeExplorer (53)
microbiomeMarker (143)
MicrobiomeProfiler (47)
MicrobiotaProcess (254)
microRNA (108)
microSTASIS (0)
midasHLA (39)
MIGSA (42)
miloR (113)
mimager (39)
MIMOSA (43)
mina (35)
MineICA (52)
minet (480)
minfi (1676)
MinimumDistance (37)
MiPP (38)
miQC (69)
MIRA (48)
MiRaGE (39)
miRBaseConverter (113)
miRcomp (34)
mirIntegrator (37)
miRLAB (47)
miRmine (35)
miRNAmeConverter (49)
miRNApath (51)
miRNAtap (100)
miRSM (38)
miRsponge (1)
miRspongeR (49)
Mirsynergy (1)
mirTarRnaSeq (34)
missMethyl (777)
missRows (35)
mistyR (44)
mitch (50)
mitoClone2 (29)
mitoODE (1)
mixOmics (2092)
MLInterfaces (259)
mlm4omics (1)
MLP (61)
MLSeq (125)
MMAPPR2 (30)
MMDiff (1)
MMDiff2 (37)
mmgmos (0)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (2)
MMUPHin (68)
mnem (59)
moanin (47)
MobilityTransformR (16)
MODA (47)
ModCon (31)
Modstrings (96)
MOFA (13)
MOFA2 (252)
MOGAMUN (39)
mogsa (102)
MOMA (46)
monaLisa (55)
monocle (2025)
MoonlightR (49)
MoPS (2)
mosaics (89)
mosbi (35)
MOSim (39)
Motif2Site (19)
motifbreakR (77)
motifcounter (42)
MotifDb (381)
motifmatchr (783)
motifRG (4)
motifStack (470)
MotIV (43)
MouseFM (32)
MPFE (39)
mpra (40)
MPRAnalyze (41)
MQmetrics (31)
mQTL.NMR (1)
msa (1003)
MSA2dist (27)
MsBackendMassbank (53)
MsBackendMgf (126)
MsBackendMsp (29)
MsBackendRawFileReader (34)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2130)
MSEADbi (3)
MsExperiment (3)
MsFeatures (900)
msgbsR (39)
MSGFgui (21)
MSGFplus (45)
msImpute (46)
mslp (5)
msmsEDA (146)
msmsTests (139)
MSnbase (2419)
MSnID (130)
MSPrep (45)
msPurity (60)
msQC (0)
msqrob2 (67)
MSstats (318)
MSstatsConvert (259)
MSstatsLiP (30)
MSstatsLOBD (31)
MSstatsPTM (57)
MSstatsQC (42)
MSstatsQCgui (38)
MSstatsSampleSize (36)
MSstatsShiny (1)
MSstatsTMT (145)
MSstatsTMTPTM (10)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (19)
Mulcom (79)
MultiAssayExperiment (1968)
MultiBaC (45)
multiClust (56)
multicrispr (39)
MultiDataSet (620)
multiGSEA (64)
multiHiCcompare (58)
MultiMed (47)
multiMiR (170)
multiOmicsViz (46)
multiscan (35)
multiSight (35)
multtest (8749)
mumosa (52)
MungeSumstats (135)
muscat (168)
muscle (172)
musicatk (52)
MutationalPatterns (310)
MVCClass (46)
mvGST (1)
MWASTools (79)
mygene (275)
myvariant (61)
mzID (2097)
mzR (2275)

N

NADfinder (38)
NanoMethViz (54)
NanoStringDiff (79)
NanoStringNCTools (156)
NanoStringQCPro (72)
nanotatoR (40)
NanoTube (40)
NarrowPeaks (2)
NBAMSeq (36)
NBSplice (39)
ncdfFlow (1395)
ncGTW (36)
NCIgraph (44)
ncRNAtools (38)
ndexr (57)
neaGUI (1)
nearBynding (35)
Nebulosa (443)
NeighborNet (36)
nem (4)
nempi (37)
NetActivity (1)
netbenchmark (2)
netbiov (58)
netboost (32)
netboxr (36)
NetCRG (0)
netDx (44)
nethet (43)
netOmics (35)
NetPathMiner (51)
netprioR (36)
netReg (2)
netresponse (51)
NetSAM (41)
netSmooth (45)
networkBMA (45)
netZooR (27)
NeuCA (34)
NewWave (50)
NGScopy (1)
ngsReports (63)
nnNorm (36)
nnSVG (25)
NOISeq (475)
nondetects (62)
NoRCE (42)
normalize450K (34)
NormalyzerDE (94)
NormqPCR (140)
normr (113)
NPARC (41)
npGSEA (42)
NTW (33)
nucleoSim (38)
nucleR (52)
nucler (0)
nuCpos (41)
nudge (1)
nullranges (43)
NuPoP (49)
NxtIRFcore (35)

O

occugene (39)
OCplus (83)
octad (1)
ODER (30)
odseq (48)
OGRE (17)
OGSA (2)
oligo (1292)
oligoClasses (1403)
OLIN (42)
OLINgui (36)
omada (3)
OmaDB (66)
omicade4 (90)
OmicCircos (189)
omiccircos (0)
omicplotR (42)
omicRexposome (40)
OmicsLonDA (37)
OmicsMarkeR (2)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (40)
omicsPrint (41)
omicsViewer (17)
Omixer (36)
OmnipathR (245)
ompBAM (24)
Onassis (9)
oncomix (38)
oncoscanR (3)
OncoScore (41)
OncoSimulR (52)
oneChannelGUI (2)
oneSENSE (33)
onlineFDR (41)
ontoCAT (1)
ontoProc (97)
ontoTools (0)
openCyto (1056)
openPrimeR (81)
openPrimeRui (47)
OpenStats (42)
OperaMate (1)
oposSOM (60)
oppar (41)
oppti (34)
optimalFlow (33)
OPWeight (35)
OrderedList (76)
ORFhunteR (35)
ORFik (113)
Organism.dplyr (337)
OrganismDbi (2429)
orthogene (123)
OSAT (55)
OSCA (6)
OSCA.advanced (12)
OSCA.basic (14)
OSCA.intro (41)
OSCA.multisample (10)
OSCA.workflows (25)
Oscope (46)
OTUbase (38)
OutlierD (3)
OUTRIDER (132)
OVESEG (32)

P

PAA (48)
packFinder (40)
padma (35)
PADOG (163)
pageRank (39)
PAIRADISE (61)
paircompviz (41)
pairkat (28)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (88)
panelcn.mops (56)
PAnnBuilder (1)
PanomiR (20)
panp (40)
PANR (36)
PanViz (5)
PanVizGenerator (21)
PAPi (2)
pareg (19)
parglms (37)
parody (50)
PAST (38)
Path2PPI (47)
pathifier (110)
PathNet (48)
PathoStat (46)
pathprint (2)
pathRender (41)
pathVar (33)
pathview (3694)
pathwayPCA (75)
PathwaySplice (2)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (82)
Pbase (1)
pbcmc (1)
pcaExplorer (360)
pcaGoPromoter (2)
pcaMethods (3797)
PCAN (48)
PCAtools (866)
pcot2 (7)
PCpheno (2)
pcxn (38)
PDATK (36)
pdInfoBuilder (90)
pdmclass (1)
PeacoQC (67)
peakPantheR (47)
PECA (49)
peco (36)
pengls (30)
PepsNMR (56)
pepStat (40)
pepXMLTab (43)
PERFect (49)
periodicDNA (38)
perturbatr (14)
PFP (33)
PGA (3)
pga (0)
pgca (41)
PGSEA (18)
pgUtils (0)
phantasus (61)
PharmacoGx (132)
phemd (24)
phenoDist (1)
PhenoGeneRanker (32)
phenomis (3)
phenopath (74)
phenoTest (66)
PhenStat (44)
philr (154)
PhIPData (41)
phosphonormalizer (32)
PhosR (67)
PhyloProfile (52)
phyloseq (3788)
Pi (64)
piano (295)
pickgene (36)
PICS (82)
Pigengene (64)
PING (39)
pint (3)
pipeComp (41)
pipeFrame (105)
pkgDepTools (49)
planet (69)
plateCore (1)
plethy (42)
plgem (55)
plier (117)
PloGO2 (49)
plotgardener (106)
plotGrouper (39)
PLPE (37)
plrs (2)
plw (1)
plyranges (643)
pmm (36)
pmp (78)
PoDCall (32)
podkat (45)
pogos (37)
polyester (97)
Polyfit (2)
POMA (54)
POST (2)
PoTRA (35)
PowerExplorer (1)
powerTCR (241)
POWSC (37)
ppcseq (33)
PPInfer (61)
ppiStats (33)
pqsfinder (57)
prada (18)
pram (36)
prebs (39)
preciseTAD (35)
PrecisionTrialDrawer (30)
PREDA (64)
predictionet (16)
preprocessCore (11537)
primirTSS (35)
PrInCE (41)
Prize (2)
proActiv (44)
proBAMr (36)
proBatch (71)
PROcess (76)
procoil (37)
ProCoNA (1)
proDA (120)
proFIA (41)
profileplyr (138)
profileScoreDist (37)
progeny (268)
projectR (54)
pRoloc (205)
pRolocGUI (62)
PROMISE (36)
PROPER (74)
PROPS (38)
Prostar (66)
prostar (0)
prot2D (1)
proteasy (5)
proteinProfiles (42)
ProteoDisco (32)
ProteomicsAnnotationHubData (17)
ProteoMM (50)
proteoQC (2)
protGear (17)
ProtGenerics (8227)
PSEA (40)
psichomics (70)
PSICQUIC (49)
PSMatch (36)
psygenet2r (43)
ptairMS (38)
PubScore (32)
pulsedSilac (29)
puma (87)
PureCN (141)
pvac (39)
pvca (196)
Pviz (45)
PWMEnrich (77)
pwOmics (45)
pwrEWAS (52)
pxr (0)

Q

qckitfastq (53)
qcmetrics (46)
QDNAseq (214)
QFeatures (231)
qmtools (18)
qpcrNorm (42)
qpgraph (103)
qPLEXanalyzer (44)
qrqc (99)
qsea (51)
qsmooth (49)
QSutils (42)
qsvaR (17)
qtbase (0)
Qtlizer (39)
qtpaint (0)
QUALIFIER (1)
quantiseqr (68)
quantro (112)
quantsmooth (450)
QuartPAC (43)
QuasR (276)
QuaternaryProd (58)
QUBIC (84)
qusage (304)
qvalue (11957)

R

R3CPET (39)
r3Cseq (89)
R453Plus1Toolbox (44)
R4RNA (355)
RadioGx (36)
RaggedExperiment (666)
rain (71)
rama (44)
RamiGO (2)
ramigo (0)
ramr (43)
ramwas (59)
RandomWalkRestartMH (69)
randPack (42)
randRotation (37)
RankProd (224)
RAREsim (14)
RareVariantVis (38)
Rariant (2)
rawrr (140)
RbcBook1 (44)
Rbec (38)
RBGL (8661)
RBioinf (47)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (120)
RBM (43)
Rbowtie (335)
Rbowtie2 (196)
rbsurv (50)
Rbwa (27)
Rcade (58)
RCAS (54)
RCASPAR (41)
rcellminer (50)
rCGH (61)
Rchemcpp (1)
RchyOptimyx (3)
RcisTarget (692)
RCM (46)
RConferoMapping (0)
Rcpi (99)
RCSL (36)
Rcwl (39)
RcwlPipelines (33)
RCX (31)
RCy3 (598)
RCyjs (46)
RCytoscape (2)
RDAVIDWebService (31)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (61)
Rdisop (347)
RDRToolbox (71)
ReactomeContentService4R (56)
ReactomeGraph4R (33)
ReactomeGSA (181)
ReactomePA (1520)
readat (3)
ReadqPCR (154)
reb (1)
REBET (35)
rebook (89)
receptLoss (32)
reconsi (35)
recount (319)
recount3 (154)
recountmethylation (41)
recoup (40)
RedeR (178)
RedisParam (4)
REDseq (79)
RefNet (1)
RefPlus (57)
RegEnrich (48)
regioneR (1504)
regioneReloaded (2)
regionReport (96)
regsplice (33)
regutools (39)
REMP (47)
Repitools (628)
ReportingTools (677)
reposTools (0)
RepViz (36)
ReQON (41)
ResidualMatrix (2244)
RESOLVE (1)
Resourcerer (0)
restfulSE (41)
rexposome (57)
rfaRm (37)
Rfastp (85)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (38)
rGADEM (315)
RGalaxy (24)
rGenomeTracks (29)
Rgin (46)
RGMQL (24)
RgnTX (4)
rgoslin (21)
RGraph2js (37)
Rgraphviz (8479)
rGREAT (298)
RGSEA (63)
rgsepd (41)
rhdf5 (14166)
rhdf5client (47)
rhdf5filters (12915)
Rhdf5lib (16148)
Rhisat2 (157)
Rhtslib (17927)
rHVDM (1)
RiboCrypt (30)
RiboDiPA (41)
RiboProfiling (54)
ribor (38)
riboSeq (0)
riboSeqR (51)
ribosomeProfilingQC (51)
rifi (13)
RImmPort (37)
Ringo (640)
Rintact (0)
RIPAT (35)
RIPSeeker (9)
Risa (44)
RITAN (41)
RIVER (35)
RJMCMCNucleosomes (36)
RLassoCox (38)
RLMM (39)
RLSeq (34)
RMAGEML (0)
Rmagpie (39)
RMAPPER (0)
RMassBank (64)
rMAT (1)
rmelting (52)
RmiR (16)
rmir (0)
Rmmquant (36)
rmspc (33)
RNAAgeCalc (55)
RNAdecay (35)
rnaEditr (33)
RNAinteract (40)
RNAither (3)
rnaither (0)
RNAmodR (59)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (41)
RNAmodR.ML (34)
RNAmodR.RiboMethSeq (38)
RNAprobR (3)
RNAsense (34)
rnaseqcomp (47)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (2)
RNASeqPower (126)
RNASeqR (29)
RnaSeqSampleSize (80)
RnBeads (185)
Rnits (35)
roar (47)
ROC (1011)
ROCpAI (32)
RolDE (16)
Roleswitch (2)
Rolexa (0)
rols (273)
roma (0)
ROntoTools (74)
ropls (625)
ROSeq (34)
ROTS (140)
RPA (41)
rprimer (27)
RProtoBufLib (1957)
RpsiXML (42)
rpx (264)
Rqc (169)
rqt (41)
rqubic (52)
rRDP (39)
Rredland (0)
RRHO (70)
rrvgo (234)
Rsamtools (17704)
rsbml (66)
rScudo (38)
rsemmed (32)
RSeqAn (56)
rSFFreader (1)
RSNPper (0)
Rsubread (1814)
RSVSim (44)
rSWeeP (35)
rTANDEM (7)
RTCA (39)
RTCGA (454)
RTCGAToolbox (412)
RTN (104)
RTNduals (46)
RTNsurvival (48)
RTools4TB (0)
RTopper (41)
Rtpca (33)
rtracklayer (16400)
Rtreemix (43)
rTRM (48)
rTRMui (34)
runibic (52)
Ruuid (0)
RUVcorr (44)
RUVnormalize (42)
RUVSeq (707)
RVS (37)
RWebServices (0)
rWikiPathways (237)

S

S4Vectors (47672)
safe (358)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (35)
SAGx (12)
SAIGEgds (52)
samExploreR (2)
sampleClassifier (37)
SamSPECTRAL (110)
sangeranalyseR (116)
sangerseqR (297)
SANTA (40)
sapFinder (2)
saps (1)
sarks (32)
satuRn (47)
savR (50)
SBGNview (65)
sbgr (0)
SBMLR (41)
SC3 (349)
Scale4C (35)
ScaledMatrix (7538)
scAlign (40)
SCAN.UPC (66)
scanMiR (35)
scanMiRApp (30)
scAnnotatR (51)
SCANVIS (45)
SCArray (37)
SCATE (34)
scater (4145)
scatterHatch (26)
scBFA (37)
SCBN (52)
scBubbletree (1)
scCB2 (42)
scClassifR (20)
scClassify (57)
sccomp (22)
scDataviz (56)
scDblFinder (596)
scDD (123)
scDDboost (4)
scde (275)
scds (381)
SCFA (36)
scFeatureFilter (36)
scfind (1)
scGPS (39)
schex (108)
scHOT (53)
scifer (2)
ScISI (16)
scMAGeCK (40)
scmap (300)
scMerge (251)
scMET (4)
scmeth (42)
SCnorm (90)
scone (97)
Sconify (34)
SCOPE (43)
scoreInvHap (36)
scp (51)
scPCA (63)
scPipe (70)
scran (3099)
scReClassify (30)
scRecover (44)
ScreenR (5)
scRepertoire (207)
scruff (48)
scry (76)
scShapes (30)
scsR (1)
scTensor (48)
scTGIF (39)
scTHI (36)
scTreeViz (32)
scuttle (5669)
SDAMS (39)
sechm (65)
segmenter (32)
segmentSeq (82)
selectKSigs (33)
SELEX (38)
SemDist (37)
semisup (35)
SemSim (0)
SEPA (1)
SEPIRA (35)
seq2pathway (43)
seqArchR (20)
SeqArray (662)
seqbias (46)
seqCAT (39)
seqCNA (47)
seqcombo (41)
SeqGate (31)
SeqGSEA (57)
seqLogo (1749)
Seqnames (0)
seqPattern (413)
seqplots (9)
seqsetvis (52)
SeqSQC (42)
seqTools (95)
SeqVarTools (367)
sesame (366)
SEtools (64)
sevenbridges (55)
sevenC (38)
SGSeq (226)
SharedObject (57)
shinyepico (45)
shinyMethyl (73)
shinyTANDEM (2)
ShortRead (4852)
shortread (0)
SIAMCAT (98)
SICtools (31)
sidap (0)
sigaR (4)
SigCheck (40)
sigFeature (114)
SigFuge (36)
siggenes (2135)
sights (42)
signatureSearch (73)
signeR (58)
signet (2)
signifinder (1)
sigPathway (110)
SigsPack (37)
sigsquared (37)
SIM (42)
SIMAT (38)
SimBindProfiles (34)
SimBu (3)
SIMD (33)
SimFFPE (35)
similaRpeak (47)
SIMLR (165)
simpleaffy (115)
simpleSeg (1)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (200)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (2)
sincell (45)
single (15)
SingleCellExperiment (9513)
SingleCellSignalR (125)
singleCellTK (121)
SingleMoleculeFootprinting (36)
SingleR (2263)
SingleRBook (4)
singscore (638)
SISPA (37)
sitadela (35)
sitePath (41)
sizepower (47)
SJava (1)
skewr (35)
slalom (41)
SLGI (18)
slingshot (888)
slinky (20)
SLqPCR (49)
SMAD (34)
SMAP (41)
SMITE (42)
SNAData (0)
SNAGEE (37)
snapCGH (47)
snapcount (46)
snifter (89)
snm (119)
snpAssoc (0)
SNPchip (14)
SNPediaR (37)
SNPhood (38)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1117)
snpStats (1436)
soGGi (190)
sojourner (37)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (127)
SOMNiBUS (33)
SpacePAC (38)
spade (1)
Spaniel (72)
sparrow (60)
sparseDOSSA (37)
sparseMatrixStats (9778)
sparsenetgls (32)
SparseSignatures (45)
spaSim (4)
SpatialCPie (63)
spatialDE (49)
SpatialDecon (94)
SpatialExperiment (512)
SpatialFeatureExperiment (4)
spatialHeatmap (39)
spatzie (33)
specL (44)
SpeCond (77)
Spectra (285)
SpectralTAD (50)
SPEM (55)
SPIA (383)
SPIAT (3)
spicyR (53)
SpidermiR (54)
spikeLI (40)
spiky (38)
spkTools (35)
splatter (317)
splicegear (1)
spliceR (2)
spliceSites (2)
SpliceWiz (6)
SplicingFactory (33)
SplicingGraphs (80)
splineTCDiffExpr (0)
splineTimeR (51)
SPLINTER (36)
splots (106)
SPONGE (56)
SpotClean (9)
SPOTlight (44)
spotSegmentation (1)
spqn (37)
SPsimSeq (61)
SQLDataFrame (38)
SQUADD (32)
sRACIPE (37)
SRAdb (316)
sRAP (2)
SRGnet (2)
srnadiff (39)
sscore (38)
sscu (39)
sSeq (135)
ssize (55)
sSNAPPY (17)
SSPA (76)
ssPATHS (33)
ssrch (38)
ssviz (40)
stageR (133)
stam (0)
STAN (42)
standR (20)
staRank (34)
StarBioTrek (37)
Starr (2)
STATegRa (49)
Statial (1)
statTarget (84)
STdeconvolve (27)
stepNorm (36)
stepwiseCM (1)
stJoincount (1)
strandCheckR (38)
Streamer (43)
STRINGdb (691)
STROMA4 (36)
struct (78)
Structstrings (73)
structToolbox (59)
StructuralVariantAnnotation (119)
SubCellBarCode (40)
subSeq (53)
SUITOR (4)
SummarizedBenchmark (43)
SummarizedExperiment (31932)
Summix (29)
supersigs (39)
supraHex (272)
surfaltr (31)
survcomp (699)
survtype (43)
Sushi (221)
sva (5209)
svaNUMT (29)
SVAPLSseq (1)
svaRetro (29)
SVM2CRM (1)
SWATH2stats (48)
SwathXtend (47)
swfdr (49)
SwimR (5)
switchBox (71)
switchde (44)
synapsis (31)
synapter (24)
synergyfinder (148)
SynExtend (41)
synlet (41)
SynMut (36)
syntenet (12)
systemPipeR (1010)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (48)
systemPipeTools (35)

T

TADCompare (49)
tanggle (38)
TAPseq (44)
target (37)
TargetDecoy (34)
TargetScore (41)
TargetSearch (47)
targetsearch (0)
TarSeqQC (38)
TBSignatureProfiler (40)
TCC (257)
TCGAbiolinks (2657)
TCGAbiolinksGUI (95)
TCGAutils (547)
TCseq (105)
TDARACNE (36)
tdaracne (0)
TEKRABber (18)
TENxIO (1)
tenXplore (33)
TEQC (50)
ternarynet (36)
terraTCGAdata (14)
TFARM (32)
TFBSTools (1202)
TFEA.ChIP (52)
TFHAZ (34)
TFutils (40)
tidybulk (100)
tidySingleCellExperiment (79)
tidySummarizedExperiment (101)
tiger (0)
tigre (37)
TileDBArray (39)
tilingArray (62)
timecourse (52)
timeOmics (50)
TimerQuant (0)
timescape (56)
TimeSeriesExperiment (46)
TimiRGeN (39)
TIN (37)
TissueEnrich (80)
TitanCNA (60)
tkWidgets (749)
tLOH (35)
TMixClust (54)
TNBC.CMS (43)
TnT (38)
TOAST (93)
tofsims (22)
tomoda (31)
tomoseqr (15)
ToPASeq (3)
topconfects (93)
topdownr (41)
topGO (2541)
topicmodels (0)
ToxicoGx (34)
TPP (65)
TPP2D (43)
tracktables (77)
trackViewer (231)
tradeSeq (304)
TrajectoryGeometry (27)
TrajectoryUtils (896)
transcriptogramer (42)
transcriptR (44)
transformGamPoi (33)
transite (42)
tRanslatome (38)
transomics2cytoscape (34)
TransView (38)
TraRe (33)
traseR (36)
Travel (21)
traviz (32)
TreeAndLeaf (75)
treeio (12682)
treekoR (37)
TreeSummarizedExperiment (408)
TREG (16)
TReNA (0)
trena (40)
Trendy (45)
TRESS (32)
tricycle (74)
triform (1)
trigger (38)
trio (69)
triplex (39)
tripr (31)
tRNA (79)
tRNAdbImport (45)
tRNAscanImport (54)
TRONCO (67)
TSCAN (273)
tscR (45)
tspair (36)
TSRchitect (18)
TSSi (1)
ttgsea (40)
TTMap (34)
TurboNorm (36)
TVTB (44)
tweeDEseq (80)
twilight (81)
twoddpcr (38)
txcutr (30)
tximeta (930)
tximport (2600)
TxRegInfra (2)
TypeInfo (41)

U

UCell (165)
Ularcirc (40)
UMI4Cats (39)
uncoverappLib (34)
UNDO (42)
unifiedWMWqPCR (38)
UniProt.ws (234)
Uniquorn (37)
universalmotif (295)
updateObject (17)
uSORT (40)

V

VAExprs (32)
VanillaICE (51)
VarCon (35)
variancePartition (389)
VariantAnnotation (6033)
VariantExperiment (40)
VariantFiltering (47)
VariantTools (79)
vasp (1)
VaSP (36)
vbmp (58)
VCFArray (37)
VDJdive (2)
Vega (2)
VegaMC (37)
velociraptor (87)
veloviz (37)
VennDetail (133)
VERSO (31)
vidger (86)
viper (521)
virtualArray (0)
ViSEAGO (124)
vissE (48)
Voyager (2)
VplotR (40)
vsclust (1)
vsn (4404)
vtpnet (37)
vulcan (39)

W

waddR (49)
wateRmelon (679)
wavClusteR (42)
waveTiling (1)
weaver (42)
webbioc (40)
weitrix (35)
widgetInvoke (0)
widgetTools (761)
wiggleplotr (102)
wpm (42)
wppi (36)
Wrench (788)

X

XBSeq (3)
XCIR (13)
xcms (1161)
xcore (18)
XDE (44)
Xeva (40)
XINA (42)
xmapbridge (42)
xmapcore (0)
XNAString (40)
xps (5)
XVector (40644)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (43)
YAPSA (73)
yaqcaffy (3)
yarn (88)

Z

zellkonverter (425)
zenith (3)
zFPKM (87)
zinbwave (564)
zlibbioc (42067)