See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2021-04-09 05:15:08 -0400 (Fri, 09 Apr 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (42474)
2BiocGenerics (41145)
3S4Vectors (39025)
4IRanges (36737)
5Biobase (36063)
6zlibbioc (31397)
7GenomeInfoDb (30141)
8XVector (29838)
9DelayedArray (29666)
10AnnotationDbi (28592)
11BiocParallel (27551)
12GenomicRanges (27322)
13SummarizedExperiment (27132)
14limma (25030)
15Biostrings (22488)
16biomaRt (19147)
17annotate (17936)
18genefilter (17517)
19Rsamtools (16922)
20BiocFileCache (16454)
21graph (16346)
22GenomicAlignments (15865)
23rtracklayer (15800)
24edgeR (15779)
25Rhtslib (15362)
26Rhdf5lib (14520)
27DESeq2 (14303)
28GenomicFeatures (13855)
29geneplotter (13404)
30rhdf5 (13251)
31preprocessCore (11423)
32MatrixGenerics (10386)
33qvalue (10145)
34Rgraphviz (9627)
35RBGL (9279)
36multtest (9009)
37GOSemSim (8759)
38clusterProfiler (8745)
39fgsea (8745)
40BSgenome (8269)
41enrichplot (8139)
42DOSE (8131)
43HDF5Array (7931)
44affyio (7447)
45ProtGenerics (7441)
46affy (7427)
47impute (7316)
48DelayedMatrixStats (7267)
49GEOquery (6599)
50ComplexHeatmap (6544)
51SingleCellExperiment (6455)
52ensembldb (6293)
53AnnotationFilter (6269)
54VariantAnnotation (6155)
55AnnotationHub (6019)
56beachmat (6013)
57GSEABase (5811)
58KEGGREST (5590)
59interactiveDisplayBase (5552)
60ShortRead (5303)
61sva (5269)
62BiocStyle (4915)
63BiocSingular (4736)
64BiocNeighbors (4661)
65rhdf5filters (4641)
66scater (4513)
67biovizBase (4150)
68KEGGgraph (4112)
69pathview (4039)
70vsn (3853)
71pcaMethods (3689)
72biocViews (3564)
73phyloseq (3556)
74BiocInstaller (3464)
75biomformat (3344)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (74)
a4Base (102)
a4Classif (73)
a4Core (117)
a4Preproc (110)
a4Reporting (73)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (68)
ABarray (59)
abseqR (54)
ABSSeq (69)
acde (68)
ACE (62)
aCGH (127)
ACME (75)
ADaCGH2 (55)
ADAM (49)
ADAMgui (47)
adaptest (23)
adductomicsR (44)
ADImpute (18)
adSplit (57)
AffiXcan (49)
affxparser (1572)
affy (7427)
affycomp (85)
AffyCompatible (87)
affyContam (62)
affycoretools (333)
affydata (0)
AffyExpress (55)
affyILM (52)
affyio (7447)
affylmGUI (87)
affyPara (59)
affypdnn (18)
affyPLM (1276)
affyQCReport (174)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (57)
AffyTiling (1)
AGDEX (54)
aggregateBioVar (18)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (157)
AgiMicroRna (131)
agimicrorna (0)
AIMS (440)
ALDEx2 (386)
alevinQC (67)
AllelicImbalance (80)
AlphaBeta (48)
alpine (93)
ALPS (56)
AlpsNMR (18)
alsace (64)
altcdfenvs (62)
AMARETTO (53)
AMOUNTAIN (71)
amplican (69)
ampliQueso (5)
AnalysisPageServer (26)
anamiR (15)
Anaquin (56)
ANCOMBC (57)
AneuFinder (78)
ANF (53)
animalcules (58)
annaffy (351)
AnnBuilder (0)
annmap (48)
annotate (17936)
AnnotationDbi (28592)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6269)
AnnotationForge (2827)
AnnotationFuncs (84)
AnnotationHub (6019)
AnnotationHubData (133)
annotationTools (95)
annotatr (318)
anota (65)
anota2seq (65)
antiProfiles (55)
AnVIL (170)
AnVILBilling (15)
AnVILPublish (15)
APAlyzer (58)
apcluster (0)
apComplex (66)
apcomplex (0)
apeglm (2207)
applera (0)
appreci8R (49)
aroma.light (2355)
ArrayExpress (623)
ArrayExpressHTS (42)
arrayMagic (0)
arrayMvout (48)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (66)
arrayQualityMetrics (521)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (100)
ArrayTV (29)
ARRmNormalization (54)
artMS (78)
ASAFE (50)
ASEB (53)
ASGSCA (54)
ASICS (68)
asmn (1)
ASpediaFI (45)
ASpli (84)
AssessORF (46)
ASSET (66)
ASSIGN (69)
ATACseqQC (288)
AtlasRDF (2)
atSNP (36)
attract (57)
AUCell (735)
autonomics (1)
Autotuner (65)
AWFisher (47)

B

BaalChIP (56)
BAC (52)
bacon (99)
BADER (55)
BadRegionFinder (52)
BAGS (52)
ballgown (695)
bambu (22)
bamsignals (720)
BANDITS (51)
banocc (53)
basecallQC (75)
BaseSpaceR (60)
Basic4Cseq (59)
BASiCS (107)
BasicSTARRseq (55)
basilisk (316)
basilisk.utils (325)
batchelor (1723)
BatchQC (138)
BayesKnockdown (47)
BayesPeak (40)
BayesSpace (30)
bayNorm (77)
baySeq (589)
BBCAnalyzer (52)
BCRANK (70)
bcSeq (51)
BDMMAcorrect (51)
beachmat (6013)
beadarray (748)
beadarraySNP (60)
BeadDataPackR (669)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (48)
BEAT (51)
BEclear (62)
betr (3)
bgafun (23)
BgeeCall (45)
BgeeDB (89)
BGmix (46)
bgx (62)
BHC (164)
BicARE (103)
BiFET (60)
BiGGR (56)
BigMatrix (0)
bigmelon (69)
bigmemoryExtras (59)
bigPint (82)
bim (0)
bioassayR (67)
Biobase (36063)
biobase (0)
biobroom (173)
biobtreeR (46)
bioCancer (61)
BiocCaseStudies (55)
BiocCheck (2147)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (45)
BiocFileCache (16454)
BiocGenerics (41145)
biocGraph (217)
BiocInstaller (3464)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (191)
biocLite (0)
BiocNeighbors (4661)
BiocOncoTK (61)
Bioconductor (0)
BioCor (61)
BiocParallel (27551)
BiocPkgTools (88)
BiocSet (69)
BiocSingular (4736)
BiocSklearn (207)
BiocStyle (4915)
biocthis (35)
BiocVersion (42474)
biocViews (3564)
BiocWorkflowTools (103)
bioDist (227)
biomaRt (19147)
BioMedR (1)
biomformat (3344)
BioMM (51)
BioMVCClass (49)
biomvRCNS (52)
BioNet (178)
bionet (0)
BioNetStat (55)
BioQC (112)
BioSeqClass (40)
biosigner (72)
Biostrings (22488)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (25)
BioTIP (43)
biotmle (57)
biovizBase (4150)
BiRewire (76)
birta (36)
birte (5)
biscuiteer (49)
BiSeq (90)
BitSeq (71)
blacksheepr (45)
blima (53)
BLMA (74)
bluster (1040)
bnbc (51)
bnem (4)
BPRMeth (64)
BRAIN (143)
brainflowprobes (40)
brainImageR (2)
BrainSABER (27)
BrainStars (48)
branchpointer (62)
breakpointR (50)
brendaDb (47)
BRGenomics (61)
bridge (52)
BridgeDbR (67)
BrowserViz (98)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8269)
bsseq (1062)
BubbleTree (58)
BufferedMatrix (59)
BufferedMatrixMethods (54)
BUMHMM (49)
bumphunter (2074)
BumpyMatrix (19)
BUS (53)
BUScorrect (47)
BUSpaRse (179)
BuxcoR (0)

C

CAEN (4)
CAFE (48)
CAGEfightR (76)
CAGEr (106)
CALIB (11)
calm (39)
CAMERA (448)
CAMTHC (25)
canceR (64)
cancerclass (57)
CancerInSilico (55)
CancerMutationAnalysis (58)
CancerSubtypes (168)
CAnD (45)
caOmicsV (52)
Cardinal (116)
CARNIVAL (64)
casper (59)
CATALYST (319)
Category (2717)
categoryCompare (52)
CausalR (58)
cbaf (47)
cBioPortalData (131)
ccfindR (70)
ccmap (79)
CCPROMISE (49)
ccrepe (77)
celaref (89)
celda (159)
CellaRepertorium (17)
cellbaseR (56)
CellBench (66)
cellGrowth (12)
cellHTS (1)
cellHTS2 (149)
CelliD (0)
cellity (54)
CellMapper (52)
CellMixS (59)
CellNOptR (91)
cellscape (62)
CellScore (49)
CellTrails (47)
cellTree (62)
CEMiTool (192)
censcyt (4)
ceRNAnetsim (41)
CeTF (64)
CexoR (49)
CFAssay (62)
cfDNAPro (17)
CGEN (40)
CGHbase (274)
CGHcall (242)
cghMCR (64)
CGHnormaliter (50)
CGHregions (61)
ChAMP (589)
CHARGE (25)
charm (7)
ChemmineOB (346)
ChemmineR (458)
chemminer (0)
CHETAH (98)
ChIC (45)
Chicago (81)
chimera (53)
chimeraviz (76)
ChIPanalyser (50)
ChIPComp (62)
chipenrich (99)
ChIPexoQual (54)
ChIPpeakAnno (909)
ChIPQC (308)
ChIPseeker (1249)
chipseq (497)
ChIPseqR (134)
ChIPSeqSpike (57)
ChIPsim (136)
ChIPXpress (41)
chopsticks (113)
chroGPS (11)
chromDraw (55)
ChromHeatMap (72)
ChromoViz (0)
chromPlot (95)
ChromSCape (20)
chromstaR (76)
chromswitch (52)
chromVAR (461)
CHRONOS (56)
cicero (188)
CINdex (58)
cindex (0)
circRNAprofiler (58)
cisPath (54)
CiteFuse (56)
ClassifyR (60)
cleanUpdTSeq (54)
cleaver (158)
clippda (55)
clipper (67)
cliqueMS (59)
Clomial (54)
Clonality (61)
clonotypeR (56)
clst (56)
clstutils (54)
CluMSID (54)
clustComp (55)
clusterExperiment (488)
ClusterJudge (49)
clusterProfiler (8745)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (52)
ClusterSignificance (53)
clusterStab (136)
clustifyr (82)
CMA (143)
cmapR (136)
cn.farms (52)
cn.mops (166)
CNAnorm (70)
cnanorm (0)
CNEr (809)
CNORdt (51)
CNORfeeder (53)
CNORfuzzy (50)
CNORode (75)
CNPBayes (4)
CNTools (128)
CNVfilteR (44)
CNVgears (5)
cnvGSA (52)
CNVPanelizer (64)
CNVRanger (79)
CNVrd2 (51)
CNVtools (33)
cnvtools (0)
cobindR (29)
CoCiteStats (50)
COCOA (51)
codelink (59)
CODEX (112)
coexnet (65)
CoGAPS (121)
cogena (92)
coGPS (49)
COHCAP (63)
cola (70)
combi (42)
coMET (76)
compartmap (47)
COMPASS (62)
compcodeR (78)
compEpiTools (68)
CompGO (64)
ComplexHeatmap (6544)
ComPrAn (1)
condcomp (2)
CONFESS (49)
consensus (45)
ConsensusClusterPlus (2176)
consensusDE (49)
consensusOV (58)
consensusSeekeR (54)
CONSTANd (4)
contiBAIT (48)
conumee (116)
convert (124)
copa (52)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (337)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (76)
CopywriteR (84)
coRdon (106)
CoRegFlux (40)
CoRegNet (75)
CoreGx (142)
Cormotif (48)
CorMut (28)
coRNAi (2)
corral (42)
CORREP (54)
coseq (96)
cosmiq (53)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
COSNet (53)
CountClust (85)
countsimQC (58)
covEB (44)
CoverageView (78)
covRNA (50)
cpvSNP (51)
cqn (207)
CRImage (73)
CRISPRseek (103)
crisprseekplus (48)
CrispRVariants (90)
crlmm (137)
CrossICC (30)
crossmeta (75)
CSAR (142)
csaw (332)
CSSP (53)
CSSQ (41)
ctc (296)
CTDquerier (10)
ctgGEM (41)
cTRAP (50)
ctsGE (55)
cummeRbund (410)
cummerbund (0)
customCMPdb (15)
customProDB (84)
CVE (11)
cycle (51)
cydar (84)
CytoDx (56)
cytofast (59)
cytofkit (48)
cytolib (1561)
cytomapper (51)
CytoML (930)
CytoTree (25)

D

dada2 (1578)
dagLogo (56)
daMA (48)
DAMEfinder (49)
DaMiRseq (83)
DAPAR (75)
DART (53)
DASC (2)
DASiR (1)
dasper (17)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (85)
dcanr (61)
dce (1)
dcGSA (49)
DChIPRep (28)
ddCt (99)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (49)
dearseq (45)
debCAM (48)
debrowser (216)
DECIPHER (1233)
deco (51)
DEComplexDisease (50)
decompTumor2Sig (62)
DeconRNASeq (194)
decontam (232)
DEDS (17)
DeepBlueR (66)
deepSNV (98)
DEFormats (236)
DegNorm (25)
DEGraph (51)
DEGreport (433)
DEGseq (265)
DelayedArray (29666)
DelayedDataFrame (46)
DelayedMatrixStats (7267)
deltaCaptureC (41)
deltaGseg (49)
DeMAND (52)
DeMixT (62)
densvis (19)
DEP (305)
DepecheR (50)
DEqMS (94)
derfinder (531)
derfinderHelper (523)
derfinderPlot (101)
DEScan2 (51)
DESeq (2784)
deseq (0)
DESeq2 (14303)
DEsingle (215)
destiny (716)
DEsubs (53)
DEWSeq (47)
DEXSeq (723)
dexus (51)
DFP (49)
DIAlignR (42)
DiffBind (957)
diffcoexp (62)
diffcyt (217)
diffGeneAnalysis (49)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (90)
DiffLogo (63)
diffloop (114)
diffuStats (67)
diggit (50)
dir.expiry (0)
Director (41)
DirichletMultinomial (1097)
discordant (60)
DiscoRhythm (52)
distinct (43)
dittoSeq (213)
divergence (43)
dks (50)
DMCFB (44)
DMCHMM (51)
DMRcaller (87)
DMRcate (754)
DMRforPairs (51)
DMRScan (49)
dmrseq (97)
DNABarcodeCompatibility (43)
DNABarcodes (109)
DNAcopy (2076)
DNaseR (0)
DNAshapeR (81)
domainsignatures (3)
DominoEffect (47)
doppelgangR (58)
DOQTL (10)
Doscheda (49)
DOSE (8131)
doseR (43)
dpeak (44)
drawProteins (107)
DRIMSeq (309)
DriverNet (58)
DropletUtils (1091)
DrugVsDisease (57)
dSimer (6)
DSS (828)
DTA (50)
dualKS (51)
Dune (47)
DupChecker (23)
dupRadar (94)
dyebias (52)
DynDoc (512)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (109)
easyreporting (42)
easyRNASeq (65)
easyrnaseq (0)
EBarrays (117)
EBcoexpress (61)
EBImage (2405)
EBSEA (47)
EBSeq (424)
EBSeqHMM (74)
ecolitk (49)
EDASeq (2170)
edd (0)
EDDA (57)
edge (114)
edgeR (15779)
edger (0)
eegc (49)
EGAD (68)
EGSEA (214)
eiR (51)
eisa (59)
eisaR (69)
ELBOW (47)
ELMER (267)
EMDomics (59)
EmpiricalBrownsMethod (79)
ENCODExplorer (75)
EnhancedVolcano (2154)
EnMCB (48)
ENmix (139)
EnrichedHeatmap (183)
EnrichmentBrowser (284)
enrichplot (8139)
enrichTF (53)
ensembldb (6293)
ensemblVEP (118)
ENVISIONQuery (34)
EpiCluster (0)
EpiDISH (143)
epigenomix (54)
epihet (45)
epiNEM (74)
EpiTxDb (46)
epivizr (66)
epivizrChart (48)
epivizrData (68)
epivizrServer (72)
epivizrStandalone (59)
erccdashboard (65)
erma (129)
ERSSA (44)
esATAC (103)
escape (42)
esetVis (71)
eudysbiome (48)
evaluomeR (43)
EventPointer (62)
EWCE (2)
ExCluster (41)
ExiMiR (53)
exomeCopy (235)
exomecopy (0)
exomePeak (21)
exomePeak2 (60)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (3317)
ExperimentHubData (90)
ExperimentSubset (16)
explorase (33)
ExploreModelMatrix (63)
ExpressionAtlas (89)
ExpressionView (50)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (113)
facopy (2)
factDesign (51)
FamAgg (63)
famat (19)
farms (57)
fastLiquidAssociation (49)
FastqCleaner (94)
fastseg (594)
fbat (0)
FCBF (69)
fCCAC (50)
fCI (49)
fcoex (50)
fcScan (40)
fdrame (55)
FELLA (122)
FEM (304)
ffpe (64)
FGNet (90)
fgsea (8745)
FilterFFPE (18)
FindMyFriends (81)
FISHalyseR (47)
fishpond (123)
FitHiC (67)
flagme (50)
flipflop (5)
flowAI (368)
flowBeads (51)
flowBin (50)
flowcatchR (56)
flowCHIC (54)
flowCL (72)
flowClean (181)
flowClust (989)
flowCore (1765)
flowCut (32)
flowCyBar (56)
flowDensity (149)
flowFit (32)
flowFlowJo (0)
flowFP (78)
flowGraph (4)
flowMap (54)
flowMatch (56)
flowMeans (148)
flowMerge (73)
flowPeaks (89)
flowPhyto (0)
flowPloidy (54)
flowPlots (54)
flowQ (3)
flowq (0)
flowQB (4)
FlowRepositoryR (58)
FlowSOM (853)
flowSpecs (47)
flowSpy (49)
flowStats (974)
flowTime (51)
flowTrans (77)
flowType (35)
flowUtils (249)
flowViz (1143)
flowVS (43)
flowWorkspace (1169)
flowworkspace (0)
fmcsR (182)
fmrs (25)
fobitools (1)
focalCall (22)
FoldGO (52)
FourCSeq (57)
FRASER (52)
frenchFISH (38)
FRGEpistasis (54)
frma (109)
frmaTools (55)
FScanR (17)
FunChIP (48)
FunciSNP (43)
funtooNorm (48)

G

GA4GHclient (47)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (47)
gaga (62)
gage (927)
gaggle (49)
gaia (158)
GAPGOM (46)
GAprediction (58)
garfield (58)
GARS (50)
GateFinder (45)
gaucho (2)
gcapc (50)
gcatest (52)
gCMAP (33)
gCMAPWeb (15)
gCrisprTools (56)
gcrma (1742)
GCSConnection (42)
GCSFilesystem (15)
GCSscore (41)
GDCRNATools (472)
GDSArray (83)
gdsfmt (1431)
geecc (22)
GEM (49)
gemini (41)
genArise (52)
genbankr (201)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (44)
GeneAnswers (93)
geneAttribution (49)
GeneBreak (50)
geneClassifiers (49)
GeneExpressionSignature (61)
genefilter (17517)
genefu (487)
GeneGA (48)
GeneGeneInteR (54)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (77)
GeneNetworkBuilder (75)
GeneOverlap (234)
geneplast (50)
geneplotter (13404)
GeneR (0)
geneRecommender (52)
GeneRegionScan (51)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (47)
GeneSelectMMD (56)
GeneSelector (5)
GENESIS (241)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (64)
geNetClassifier (82)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (33)
GeneticsPed (106)
GeneTonic (52)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (54)
GENIE3 (543)
genoCN (57)
GenoGAM (53)
genomation (440)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (63)
GenomeInfoDb (30141)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (191)
genomeintervals (0)
genomes (68)
GenomicAlignments (15865)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (963)
GenomicDistributions (5)
GenomicFeatures (13855)
GenomicFiles (914)
GenomicInteractions (195)
GenomicOZone (41)
GenomicRanges (27322)
GenomicScores (351)
GenomicTuples (46)
Genominator (13)
genoset (132)
genotypeeval (47)
GenoView (1)
genphen (44)
GenRank (23)
GenVisR (378)
GEOfastq (4)
GEOmetadb (213)
GeomxTools (4)
GEOquery (6599)
GEOsearch (2)
GEOsubmission (50)
gep2pep (47)
gespeR (67)
getDEE2 (23)
geva (0)
GEWIST (48)
gff3Plotter (0)
GGBase (96)
ggbio (2013)
ggcyto (1016)
GGPA (35)
GGtools (89)
ggtree (2969)
ggtreeExtra (62)
GIGSEA (43)
girafe (138)
GISPA (55)
GLAD (284)
GladiaTOX (43)
Glimma (1261)
glmGamPoi (184)
glmSparseNet (60)
GlobalAncova (423)
globalSeq (50)
globaltest (1105)
gmapR (82)
GmicR (50)
gmoviz (39)
GMRP (51)
GNET2 (48)
goCluster (0)
GOexpress (108)
GOfuncR (132)
GOFunction (38)
GoogleGenomics (4)
GOpro (55)
goProfiles (101)
goprofiles (0)
GOSemSim (8759)
gosemsim (0)
goseq (1276)
GOSim (137)
goSTAG (59)
GOstats (2583)
gostats (0)
GOsummaries (87)
GOTHiC (61)
goTools (69)
gotools (0)
GPA (38)
gpart (60)
gpls (87)
gprege (67)
gpuMagic (43)
gQTLBase (99)
gQTLstats (96)
gramm4R (43)
graper (46)
graph (16346)
GraphAlignment (57)
GraphAT (51)
graphite (1584)
GraphPAC (50)
GRENITS (57)
GreyListChIP (274)
GRmetrics (123)
groHMM (68)
GRridge (59)
GSALightning (54)
GSAR (160)
GSCA (51)
gscreend (46)
GSEABase (5811)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (59)
GSEAlm (85)
GSEAmining (23)
gsean (53)
GSgalgoR (18)
GSReg (50)
GSRI (49)
GSVA (2509)
gtrellis (122)
GUIDEseq (61)
Guitar (96)
Gviz (2984)
GWAS.BAYES (16)
gwascat (457)
GWASTools (457)
gwasurvivr (75)
GWENA (31)

H

h5vc (66)
hapFabia (51)
Harman (189)
Harshlight (45)
harshlight (0)
hca (1)
HCABrowser (43)
HCAExplorer (42)
HCAMatrixBrowser (27)
HCsnip (3)
HDF5Array (7931)
HDTD (51)
heatmaps (268)
Heatplus (518)
HelloRanges (90)
HELP (53)
HEM (46)
Herper (35)
hexbin (0)
hiAnnotator (70)
HIBAG (95)
HiCBricks (49)
hicbricks (0)
HiCcompare (130)
HiCDCPlus (2)
hicrep (44)
hierGWAS (55)
hierinf (42)
HilbertCurve (75)
HilbertVis (182)
HilbertVisGUI (33)
HiLDA (44)
hipathia (65)
HIPPO (39)
hiReadsProcessor (53)
HIREewas (42)
HiTC (138)
hmdbQuery (65)
HMMcopy (209)
hopach (214)
HPAanalyze (66)
hpar (242)
HPAStainR (19)
HTqPCR (212)
HTSanalyzeR (38)
HTSeqGenie (36)
htSeqTools (14)
htseqtools (0)
HTSFilter (205)
HumanTranscriptomeCompendium (44)
hummingbird (20)
HybridMTest (70)
hypeR (79)
hyperdraw (72)
hypergraph (101)

I

iASeq (46)
iasva (49)
iBBiG (92)
ibh (45)
iBMQ (37)
iCARE (79)
Icens (291)
icetea (46)
iCheck (47)
iChip (45)
iClusterPlus (226)
iCNV (56)
iCOBRA (107)
ideal (87)
ideogram (0)
IdeoViz (81)
idiogram (49)
IdMappingAnalysis (9)
IdMappingRetrieval (9)
idpr (21)
idr2d (48)
iFlow (0)
iGC (46)
IgGeneUsage (40)
igvR (83)
IHW (769)
illuminaio (2349)
ILoReg (20)
imageHTS (62)
IMAS (47)
Imetagene (45)
IMMAN (43)
ImmuneSpaceR (52)
immunoClust (53)
IMPCdata (44)
ImpulseDE (25)
ImpulseDE2 (68)
impute (7316)
INDEED (43)
infercnv (370)
infinityFlow (25)
Informeasure (18)
InPAS (52)
INPower (48)
inSilicoDb (6)
inSilicoMerging (3)
insilicomerging (0)
INSPEcT (58)
InTAD (50)
intansv (69)
InteractionSet (458)
InteractiveComplexHeatmap (5)
interactiveDisplay (79)
interactiveDisplayBase (5552)
InterCellar (1)
IntEREst (57)
InterMineR (75)
IntramiRExploreR (47)
inveRsion (48)
inversion (0)
IONiseR (66)
iontree (2)
iPAC (54)
ipdDb (45)
IPO (114)
IPPD (78)
IRanges (36737)
IRISFGM (1)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (16)
iSEE (350)
iSEEu (59)
iSeq (48)
iSNetwork (0)
isobar (129)
IsoCorrectoR (58)
IsoCorrectoRGUI (45)
IsoformSwitchAnalyzeR (206)
IsoGeneGUI (46)
ISoLDE (34)
isomiRs (70)
iSPlot (0)
ITALICS (46)
iterativeBMA (51)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (50)
iterClust (51)
iteremoval (44)
IVAS (51)
ivygapSE (50)
IWTomics (47)

J

JASPAR2018 (3)
jmosaics (1)
joda (21)
JunctionSeq (62)

K

karyoploteR (624)
KCsmart (48)
kebabs (111)
KEGGgraph (4112)
KEGGlincs (59)
keggorth (0)
keggorthology (67)
KEGGprofile (210)
KEGGREST (5590)
KEGGSOAP (0)
kimod (23)
KinSwingR (49)
kissDE (54)
kmknn (0)
KnowSeq (48)

L

LACE (36)
lapmix (46)
LBE (249)
ldblock (70)
LEA (313)
LedPred (47)
lefser (39)
les (50)
levi (42)
lfa (210)
limma (25030)
limmaGUI (80)
LINC (21)
LineagePulse (49)
LinkHD (40)
Linnorm (139)
lionessR (49)
lipidr (76)
LiquidAssociation (50)
lisaClust (1)
lmdme (56)
LMGene (32)
LOBSTAHS (48)
loci2path (43)
logicFS (91)
logitT (49)
Logolas (39)
lol (10)
LOLA (154)
LoomExperiment (178)
LowMACA (49)
LPE (58)
LPEadj (47)
lpNet (40)
lpsymphony (906)
LRBaseDbi (59)
lumi (1103)
LVSmiRNA (10)
LymphoSeq (66)

M

M3C (429)
M3D (29)
M3Drop (258)
maanova (66)
Maaslin2 (191)
macat (50)
maCorrPlot (54)
MACPET (45)
MACSQuantifyR (41)
MACSr (2)
maDB (0)
madb (0)
made4 (243)
MADSEQ (48)
maftools (1683)
MAGAR (1)
MAGeCKFlute (263)
maigesPack (52)
MAIT (68)
makecdfenv (124)
makePlatformDesign (0)
MANOR (48)
manta (9)
MantelCorr (46)
mAPKL (50)
maPredictDSC (48)
mapscape (54)
marr (15)
marray (1536)
martini (53)
maser (79)
maSigPro (291)
maskBAD (50)
MassArray (56)
massarray (0)
massiR (53)
MassSpecWavelet (1107)
MAST (1078)
matchBox (49)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (10386)
MatrixRider (46)
matter (111)
MaxContrastProjection (21)
MBAmethyl (44)
MBASED (55)
MBCB (53)
mbkmeans (181)
mBPCR (50)
MBQN (41)
MBttest (46)
mcaGUI (44)
MCbiclust (53)
MCRestimate (12)
mCSEA (61)
mdgsa (78)
mdp (48)
mdqc (56)
MDTS (44)
MEAL (69)
MeasurementError.cor (47)
MEAT (46)
MEB (38)
MEDIPS (106)
MEDME (50)
megadepth (20)
MEIGOR (72)
Melissa (45)
MergeMaid (48)
mergemaid (0)
Mergeomics (61)
MeSHDbi (210)
meshes (120)
meshr (92)
MeSHSim (2)
MesKit (26)
messina (45)
metaArray (37)
metaarray (0)
Metab (53)
metabCombiner (15)
MetaboCoreUtils (2)
metabolomicsWorkbenchR (18)
metabomxtr (51)
MetaboSignal (66)
metaCCA (59)
MetaCyto (62)
metagene (71)
metagene2 (56)
metagenomeFeatures (62)
metagenomeSeq (676)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (48)
metaMS (90)
MetaNeighbor (68)
metapod (86)
metaR (0)
metaSeq (69)
metaseqR (91)
metaseqR2 (42)
metavizr (52)
MetaVolcanoR (74)
metaX (3)
MetCirc (52)
MethCP (38)
methimpute (58)
methInheritSim (44)
MethPed (45)
MethReg (18)
methrix (50)
MethTargetedNGS (44)
methVisual (26)
methyAnalysis (96)
MethylAid (69)
methylCC (44)
methylGSA (93)
methylInheritance (46)
methylKit (489)
MethylMix (135)
methylMnM (53)
methylPipe (76)
methylscaper (0)
MethylSeekR (152)
methylSig (43)
methylumi (1280)
methyvim (40)
MetID (42)
MetNet (49)
mfa (62)
Mfuzz (341)
mfuzz (0)
MGFM (52)
MGFR (56)
mgsa (80)
MiChip (48)
microbiome (834)
microbiomeDASim (44)
microbiomeExplorer (19)
MicrobiotaProcess (89)
microRNA (126)
midasHLA (1)
MIGSA (53)
mimager (47)
MIMOSA (52)
mina (4)
MineICA (64)
minet (525)
minfi (1796)
MinimumDistance (47)
MiPP (46)
miQC (1)
MIRA (59)
MiRaGE (52)
miRBaseConverter (110)
miRcomp (46)
mirIntegrator (48)
miRLAB (59)
miRmine (58)
miRNAmeConverter (68)
miRNApath (65)
miRNAtap (109)
miRSM (40)
miRsponge (3)
miRspongeR (54)
Mirsynergy (21)
missMethyl (796)
missRows (44)
mitch (61)
mitoODE (22)
mixOmics (1995)
MLInterfaces (324)
mlm4omics (7)
MLP (79)
MLSeq (218)
MMAPPR2 (26)
MMDiff (1)
MMDiff2 (48)
mmgmos (0)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (22)
MMUPHin (51)
mnem (71)
moanin (5)
MODA (63)
ModCon (1)
Modstrings (81)
MOFA (141)
MOFA2 (56)
MOGAMUN (17)
mogsa (82)
MOMA (41)
monocle (1947)
MoonlightR (66)
MoPS (22)
mosaics (88)
MOSim (43)
motifbreakR (85)
motifcounter (54)
MotifDb (424)
motifmatchr (523)
motifRG (79)
motifStack (519)
MotIV (369)
MouseFM (23)
MPFE (38)
mpra (52)
MPRAnalyze (48)
mQTL.NMR (3)
msa (1085)
MsBackendMassbank (1)
MsBackendMgf (1)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (516)
MSEADbi (15)
MsFeatures (4)
msgbsR (50)
MSGFgui (62)
MSGFplus (185)
msImpute (19)
msmsEDA (161)
msmsTests (159)
MSnbase (1977)
MSnID (196)
MSPrep (18)
msPurity (70)
msQC (0)
MSstats (349)
MSstatsConvert (15)
MSstatsPTM (15)
MSstatsQC (50)
MSstatsQCgui (43)
MSstatsSampleSize (40)
MSstatsTMT (100)
MSstatsTMTPTM (14)
mtbls2 (0)
MTseeker (6)
Mulcom (131)
MultiAssayExperiment (1259)
MultiBaC (22)
multiClust (79)
multicrispr (26)
MultiDataSet (523)
multiGSEA (31)
multiHiCcompare (63)
MultiMed (49)
multiMiR (177)
multiOmicsViz (60)
multiscan (45)
multtest (9009)
mumosa (7)
muscat (108)
muscle (174)
musicatk (17)
MutationalPatterns (313)
MVCClass (47)
mvGST (2)
MWASTools (76)
mygene (340)
myvariant (77)
mzID (1765)
mzR (2011)

N

NADfinder (51)
NanoMethViz (17)
NanoStringDiff (87)
NanoStringNCTools (4)
NanoStringQCPro (75)
nanotatoR (45)
NarrowPeaks (25)
NBAMSeq (44)
NBSplice (46)
ncdfFlow (1107)
ncGTW (41)
NCIgraph (54)
ncRNAtools (18)
ndexr (54)
neaGUI (1)
nearBynding (18)
Nebulosa (62)
NeighborNet (43)
nem (26)
nempi (4)
netbenchmark (32)
netbiov (77)
netboost (37)
netboxr (40)
NetCRG (0)
netDx (49)
nethet (49)
NetPathMiner (66)
netprioR (46)
netReg (33)
netresponse (60)
NetSAM (51)
netSmooth (58)
networkBMA (58)
NewWave (17)
NGScopy (4)
ngsReports (66)
nnNorm (47)
NOISeq (681)
nondetects (130)
NoRCE (41)
normalize450K (45)
NormalyzerDE (79)
NormqPCR (243)
normr (130)
NPARC (47)
npGSEA (54)
NTW (43)
nucleoSim (48)
nucleR (62)
nucler (0)
nuCpos (42)
nudge (2)
NuPoP (55)

O

occugene (46)
OCplus (137)
odseq (55)
OGSA (20)
oligo (1723)
oligoClasses (1796)
OLIN (50)
OLINgui (47)
OmaDB (64)
omicade4 (84)
OmicCircos (265)
omiccircos (0)
omicplotR (53)
omicRexposome (45)
OmicsLonDA (43)
OmicsMarkeR (39)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (51)
omicsPrint (49)
Omixer (22)
OmnipathR (103)
Onassis (52)
oncomix (53)
OncoScore (51)
OncoSimulR (66)
oneChannelGUI (4)
oneSENSE (47)
onlineFDR (51)
ontoCAT (4)
ontoProc (82)
ontoTools (0)
openCyto (955)
openPrimeR (106)
openPrimeRui (63)
OpenStats (38)
OperaMate (2)
oposSOM (64)
oppar (50)
oppti (37)
optimalFlow (31)
OPWeight (52)
OrderedList (90)
ORFhunteR (3)
ORFik (107)
Organism.dplyr (430)
OrganismDbi (2818)
OSAT (58)
OSCA (1)
OSCA.advanced (1)
OSCA.basic (1)
OSCA.intro (1)
OSCA.multisample (0)
OSCA.workflows (1)
Oscope (59)
OTUbase (44)
OutlierD (59)
OUTRIDER (113)
OVESEG (39)

P

PAA (60)
packFinder (36)
padma (20)
PADOG (237)
pageRank (15)
PAIRADISE (61)
paircompviz (55)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (64)
panelcn.mops (72)
PAnnBuilder (3)
panp (55)
PANR (50)
PanVizGenerator (54)
PAPi (14)
parglms (45)
parody (58)
PAST (53)
Path2PPI (63)
pathifier (208)
PathNet (47)
PathoStat (59)
pathprint (21)
pathRender (50)
pathVar (48)
pathview (4039)
pathwayPCA (69)
PathwaySplice (27)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (84)
Pbase (10)
pbcmc (2)
pcaExplorer (411)
pcaGoPromoter (23)
pcaMethods (3689)
PCAN (52)
PCAtools (678)
pcot2 (128)
PCpheno (43)
pcxn (47)
PDATK (1)
pdInfoBuilder (106)
pdmclass (2)
PeacoQC (21)
peakPantheR (47)
PECA (61)
peco (40)
PepsNMR (69)
pepStat (51)
pepXMLTab (55)
PERFect (43)
periodicDNA (19)
perturbatr (44)
PFP (4)
PGA (48)
pga (0)
pgca (50)
PGSEA (145)
pgUtils (0)
phantasus (72)
PharmacoGx (173)
phemd (43)
phenoDist (3)
PhenoGeneRanker (1)
phenopath (70)
phenoTest (96)
PhenStat (61)
philr (128)
PhIPData (1)
phosphonormalizer (38)
PhosR (21)
PhyloProfile (54)
phyloseq (3556)
Pi (88)
piano (310)
pickgene (44)
PICS (131)
Pigengene (70)
PING (49)
pint (10)
pipeComp (24)
pipeFrame (80)
pkgDepTools (66)
planet (2)
plateCore (4)
plethy (45)
plgem (70)
plier (188)
PloGO2 (41)
plotGrouper (50)
PLPE (47)
plrs (22)
plw (21)
plyranges (436)
pmm (43)
pmp (67)
PoDCall (4)
podkat (54)
pogos (46)
polyester (129)
Polyfit (46)
POMA (19)
POST (42)
PoTRA (43)
PowerExplorer (20)
powerTCR (142)
PPInfer (68)
ppiStats (52)
pqsfinder (67)
prada (196)
pram (44)
prebs (48)
preciseTAD (19)
PrecisionTrialDrawer (39)
PREDA (73)
predictionet (42)
preprocessCore (11423)
primirTSS (43)
PrInCE (42)
Prize (24)
proActiv (20)
proBAMr (49)
proBatch (60)
PROcess (102)
procoil (52)
ProCoNA (2)
proDA (79)
proFIA (48)
profileplyr (68)
profileScoreDist (43)
progeny (165)
projectR (58)
pRoloc (258)
pRolocGUI (79)
PROMISE (46)
PROPER (82)
PROPS (48)
Prostar (66)
prostar (0)
prot2D (4)
proteinProfiles (45)
ProteomicsAnnotationHubData (45)
ProteoMM (55)
proteoQC (12)
ProtGenerics (7441)
PSEA (53)
psichomics (75)
PSICQUIC (68)
psygenet2r (53)
PubScore (41)
pulsedSilac (40)
puma (138)
PureCN (146)
pvac (49)
pvca (212)
Pviz (51)
PWMEnrich (89)
pwOmics (52)
pwrEWAS (56)
pxr (0)

Q

qckitfastq (55)
qcmetrics (61)
QDNAseq (236)
QFeatures (49)
qpcrNorm (54)
qpgraph (108)
qPLEXanalyzer (45)
qrqc (159)
qsea (56)
qsmooth (56)
QSutils (53)
qtbase (0)
Qtlizer (43)
qtpaint (0)
QUALIFIER (11)
quantro (120)
quantsmooth (474)
QuartPAC (42)
QuasR (361)
QuaternaryProd (76)
QUBIC (87)
qusage (280)
qvalue (10145)

R

R3CPET (48)
r3Cseq (135)
R453Plus1Toolbox (52)
R4RNA (56)
RadioGx (27)
RaggedExperiment (587)
rain (81)
rama (51)
RamiGO (5)
ramigo (0)
ramr (4)
ramwas (76)
RandomWalkRestartMH (59)
randPack (52)
randRotation (33)
RankProd (342)
RareVariantVis (54)
Rariant (45)
RbcBook1 (48)
RBGL (9279)
RBioinf (69)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (165)
RBM (47)
Rbowtie (399)
Rbowtie2 (223)
rbsurv (80)
Rcade (69)
RCAS (62)
RCASPAR (49)
rcellminer (60)
rCGH (79)
Rchemcpp (6)
RchyOptimyx (52)
RcisTarget (533)
RCM (56)
RConferoMapping (0)
Rcpi (136)
Rcwl (48)
RcwlPipelines (39)
RCy3 (600)
RCyjs (58)
RCytoscape (6)
RDAVIDWebService (316)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (73)
Rdisop (282)
RDRToolbox (116)
ReactomeContentService4R (5)
ReactomeGSA (95)
ReactomePA (1378)
readat (25)
ReadqPCR (252)
reb (21)
REBET (41)
rebook (33)
receptLoss (37)
reconsi (38)
recount (457)
recount3 (31)
recountmethylation (18)
recoup (47)
RedeR (142)
REDseq (129)
RefNet (26)
RefPlus (51)
RegEnrich (23)
regioneR (1538)
regionReport (126)
regsplice (47)
regutools (37)
REMP (61)
Repitools (227)
ReportingTools (844)
reposTools (0)
RepViz (47)
ReQON (55)
ResidualMatrix (524)
Resourcerer (0)
restfulSE (56)
rexposome (66)
rfaRm (37)
Rfastp (23)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (45)
rGADEM (532)
RGalaxy (56)
Rgin (49)
RGMQL (34)
RGraph2js (49)
Rgraphviz (9627)
rGREAT (225)
RGSEA (85)
rgsepd (50)
rhdf5 (13251)
rhdf5client (64)
rhdf5filters (4641)
Rhdf5lib (14520)
Rhisat2 (362)
Rhtslib (15362)
rHVDM (4)
RiboDiPA (3)
RiboProfiling (76)
ribor (39)
riboSeq (0)
riboSeqR (70)
ribosomeProfilingQC (47)
RImmPort (48)
Ringo (251)
Rintact (0)
RIPAT (19)
RIPSeeker (39)
Risa (58)
RITAN (58)
RIVER (49)
RJMCMCNucleosomes (48)
RLassoCox (5)
RLMM (51)
RMAGEML (0)
Rmagpie (51)
RMAPPER (0)
RMassBank (83)
rMAT (8)
rmelting (57)
RmiR (50)
rmir (0)
Rmmquant (43)
RNAAgeCalc (43)
RNAdecay (37)
rnaEditr (14)
RNAinteract (46)
RNAither (44)
rnaither (0)
RNAmodR (43)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (40)
RNAmodR.ML (37)
RNAmodR.RiboMethSeq (39)
RNAprobR (45)
RNAsense (38)
rnaseqcomp (52)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (49)
RNASeqPower (134)
RNASeqR (55)
RnaSeqSampleSize (51)
RnBeads (259)
Rnits (52)
roar (61)
ROC (1074)
ROCpAI (40)
Roleswitch (35)
Rolexa (1)
rols (298)
roma (0)
ROntoTools (99)
ropls (526)
ROSeq (35)
ROTS (142)
RPA (55)
RProtoBufLib (1367)
RpsiXML (68)
rpx (243)
Rqc (167)
rqt (47)
rqubic (73)
rRDP (48)
Rredland (0)
RRHO (90)
rrvgo (78)
Rsamtools (16922)
rsbml (85)
rScudo (47)
rsemmed (19)
RSeqAn (59)
rSFFreader (4)
RSNPper (0)
Rsubread (1745)
RSVSim (58)
rSWeeP (39)
rTANDEM (73)
RTCA (51)
RTCGA (587)
RTCGAToolbox (473)
RTN (111)
RTNduals (62)
RTNsurvival (58)
RTools4TB (0)
RTopper (48)
Rtpca (22)
rtracklayer (15800)
Rtreemix (51)
rTRM (63)
rTRMui (46)
runibic (61)
Ruuid (0)
RUVcorr (55)
RUVnormalize (67)
RUVSeq (816)
RVS (45)
RWebServices (1)
rWikiPathways (220)

S

S4Vectors (39025)
safe (419)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (43)
SAGx (175)
SAIGEgds (54)
samExploreR (35)
sampleClassifier (28)
SamSPECTRAL (84)
sangeranalyseR (64)
sangerseqR (259)
SANTA (14)
sapFinder (39)
saps (1)
sarks (39)
satuRn (2)
savR (73)
SBGNview (44)
sbgr (1)
SBMLR (49)
SC3 (412)
Scale4C (46)
ScaledMatrix (105)
scAlign (43)
SCAN.UPC (102)
SCANVIS (44)
SCArray (4)
SCATE (18)
scater (4513)
scBFA (43)
SCBN (53)
scCB2 (23)
scClassifR (3)
scClassify (41)
scDataviz (26)
scDblFinder (164)
scDD (120)
scde (352)
scds (138)
SCFA (19)
scFeatureFilter (44)
scfind (30)
scGPS (43)
schex (117)
scHOT (44)
ScISI (58)
scMAGeCK (47)
scmap (160)
scMerge (124)
scmeth (51)
SCnorm (141)
scone (135)
Sconify (47)
SCOPE (39)
scoreInvHap (46)
scp (22)
scPCA (67)
scPipe (81)
scran (2574)
scRecover (51)
scRepertoire (46)
scruff (57)
scry (61)
scsR (21)
scTensor (65)
scTGIF (43)
scTHI (39)
scuttle (2145)
SDAMS (50)
segmentSeq (125)
selectKSigs (37)
SELEX (50)
SemDist (44)
semisup (47)
SemSim (0)
SEPA (3)
SEPIRA (46)
seq2pathway (55)
SeqArray (552)
seqbias (55)
seqCAT (55)
seqCNA (63)
seqcombo (59)
SeqGate (20)
SeqGSEA (168)
seqLogo (1509)
Seqnames (0)
seqPattern (415)
seqplots (106)
seqsetvis (53)
SeqSQC (52)
seqTools (105)
SeqVarTools (413)
sesame (315)
SEtools (48)
sevenbridges (74)
sevenC (54)
SGSeq (465)
SharedObject (68)
shinyepico (5)
shinyMethyl (100)
shinyTANDEM (44)
ShortRead (5303)
shortread (0)
SIAMCAT (81)
SICtools (39)
sidap (0)
sigaR (37)
SigCheck (48)
sigFeature (86)
SigFuge (47)
siggenes (2100)
sights (53)
signatureSearch (77)
signeR (83)
signet (22)
sigPathway (158)
SigsPack (44)
sigsquared (44)
SIM (48)
SIMAT (51)
SimBindProfiles (46)
SIMD (40)
SimFFPE (39)
similaRpeak (51)
SIMLR (190)
simpleaffy (551)
simpleSingleCell (1)
simplifyEnrichment (54)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (51)
sincell (61)
SingleCellExperiment (6455)
SingleCellSignalR (99)
singleCellTK (91)
SingleR (1411)
SingleRBook (0)
singscore (454)
SISPA (49)
sitadela (0)
sitePath (39)
sizepower (57)
SJava (1)
skewr (45)
slalom (53)
SLGI (50)
slingshot (775)
slinky (54)
SLqPCR (61)
SMAD (42)
SMAP (46)
SMITE (56)
SNAData (0)
SNAGEE (42)
snapCGH (55)
snapcount (35)
snifter (30)
snm (149)
snpAssoc (0)
SNPchip (86)
SNPediaR (45)
SNPhood (47)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1107)
snpStats (1410)
soGGi (133)
sojourner (36)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (179)
SOMNiBUS (2)
SpacePAC (51)
spade (2)
Spaniel (50)
sparseDOSSA (48)
sparseMatrixStats (2689)
sparsenetgls (38)
SparseSignatures (48)
SpatialCPie (52)
SpatialDecon (17)
SpatialExperiment (79)
spatialHeatmap (17)
specL (52)
SpeCond (127)
Spectra (60)
SpectralTAD (56)
SPEM (74)
SPIA (475)
spicyR (36)
SpidermiR (74)
spikeLI (43)
spkTools (47)
splatter (410)
splicegear (9)
spliceR (7)
spliceSites (5)
SplicingFactory (5)
SplicingGraphs (127)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (76)
SPLINTER (48)
splots (148)
SPONGE (53)
spotSegmentation (21)
spqn (38)
SPsimSeq (25)
SQLDataFrame (42)
SQUADD (41)
sRACIPE (46)
SRAdb (438)
sRAP (21)
SRGnet (48)
srnadiff (32)
sscore (49)
sscu (47)
sSeq (229)
ssize (75)
SSPA (423)
ssPATHS (42)
ssrch (44)
ssviz (49)
stageR (141)
stam (0)
STAN (54)
staRank (47)
StarBioTrek (55)
Starr (24)
STATegRa (58)
statTarget (99)
stepNorm (46)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (42)
Streamer (49)
STRINGdb (609)
STROMA4 (49)
struct (62)
Structstrings (65)
structToolbox (55)
StructuralVariantAnnotation (124)
SubCellBarCode (40)
subSeq (66)
SummarizedBenchmark (51)
SummarizedExperiment (27132)
Summix (1)
supraHex (264)
survcomp (784)
survtype (46)
Sushi (267)
sva (5269)
SVAPLSseq (21)
SVM2CRM (4)
SWATH2stats (65)
SwathXtend (50)
swfdr (50)
SwimR (46)
switchBox (77)
switchde (56)
synapter (122)
synergyfinder (149)
SynExtend (36)
synlet (44)
SynMut (42)
systemPipeR (1066)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (16)

T

TADCompare (33)
TAPseq (47)
target (44)
TargetScore (55)
TargetSearch (59)
targetsearch (0)
TarSeqQC (49)
TBSignatureProfiler (39)
TCC (330)
TCGAbiolinks (2475)
TCGAbiolinksGUI (127)
TCGAutils (570)
TCseq (113)
TDARACNE (50)
tdaracne (0)
tenXplore (48)
TEQC (65)
ternarynet (45)
TFARM (45)
TFBSTools (841)
TFEA.ChIP (64)
TFHAZ (44)
TFutils (41)
tidybulk (90)
tidySingleCellExperiment (29)
tidySummarizedExperiment (33)
tiger (0)
tigre (51)
TileDBArray (20)
tilingArray (79)
timecourse (65)
timeOmics (45)
TimerQuant (0)
timescape (78)
TimeSeriesExperiment (57)
TimiRGeN (18)
TIN (49)
TissueEnrich (93)
TitanCNA (90)
tkWidgets (498)
TMixClust (71)
TNBC.CMS (45)
TnT (54)
TOAST (60)
tofsims (56)
tomoda (17)
ToPASeq (56)
topconfects (88)
topdownr (47)
topGO (2966)
topicmodels (0)
ToxicoGx (25)
TPP (89)
TPP2D (42)
tracktables (81)
trackViewer (272)
tradeSeq (218)
TrajectoryGeometry (1)
TrajectoryUtils (11)
transcriptogramer (48)
transcriptR (50)
transite (48)
tRanslatome (51)
transomics2cytoscape (19)
TransView (48)
TraRe (2)
traseR (49)
Travel (1)
TreeAndLeaf (41)
treeio (2594)
TreeSummarizedExperiment (106)
TReNA (1)
trena (40)
Trendy (58)
triform (17)
trigger (49)
trio (83)
triplex (49)
tRNA (65)
tRNAdbImport (46)
tRNAscanImport (50)
TRONCO (75)
TSCAN (184)
tscR (44)
tspair (54)
TSRchitect (53)
TSSi (4)
ttgsea (4)
TTMap (44)
TurboNorm (44)
TVTB (57)
tweeDEseq (95)
twilight (96)
twoddpcr (51)
tximeta (920)
tximport (2745)
TxRegInfra (41)
TypeInfo (43)

U

Ularcirc (46)
UMI4Cats (22)
uncoverappLib (17)
UNDO (52)
unifiedWMWqPCR (49)
UniProt.ws (264)
Uniquorn (44)
universalmotif (168)
uSORT (46)

V

VanillaICE (68)
VarCon (4)
variancePartition (325)
VariantAnnotation (6155)
VariantExperiment (39)
VariantFiltering (58)
VariantTools (104)
vasp (38)
VaSP (4)
vbmp (64)
VCFArray (42)
Vega (22)
VegaMC (44)
velociraptor (38)
VennDetail (104)
VERSO (16)
vidger (95)
viper (348)
virtualArray (0)
ViSEAGO (152)
VplotR (21)
vsn (3853)
vtpnet (41)
vulcan (50)

W

waddR (44)
wateRmelon (708)
wavClusteR (56)
waveTiling (8)
weaver (58)
webbioc (53)
weitrix (36)
widgetInvoke (0)
widgetTools (504)
wiggleplotr (91)
wpm (26)
Wrench (592)

X

XBSeq (54)
XCIR (38)
xcms (1243)
XDE (48)
Xeva (50)
XINA (42)
xmapbridge (43)
xmapcore (0)
xps (48)
XVector (29838)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (51)
YAPSA (86)
yaqcaffy (60)
yarn (67)

Z

zellkonverter (87)
zFPKM (106)
zinbwave (642)
zlibbioc (31397)