### R code from vignette source 'runLC.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: runLC.Rnw:50-53 ################################################### library(metaMS) data(FEMsettings) Synapt.RP ################################################### ### code chunk number 2: runLC.Rnw:78-82 ################################################### library(metaMSdata) cdfpath <- system.file("extdata", package = "metaMSdata") files <- list.files(cdfpath, "_RP_", full.names=TRUE) files ################################################### ### code chunk number 3: runLC.Rnw:89-91 ################################################### library(metaMS) data(exptable) ################################################### ### code chunk number 4: runLC.Rnw:94-95 ################################################### head(exptable) ################################################### ### code chunk number 5: runLC.Rnw:127-129 ################################################### exptable$stdFile <- sapply(exptable$stdFile, grep, files, value = TRUE) exptable$stdFile ################################################### ### code chunk number 6: runLC.Rnw:141-142 ################################################### metaSetting(Synapt.RP, "PeakPicking") ################################################### ### code chunk number 7: runLC.Rnw:157-158 ################################################### metaSetting(Synapt.RP, "DBconstruction") ################################################### ### code chunk number 8: runLC.Rnw:178-179 ################################################### exptable$compound ################################################### ### code chunk number 9: runLC.Rnw:183-189 ################################################### library(metaMSdata) cdfpath <- system.file("extdata", package = "metaMSdata") files <- list.files(cdfpath, "_RP_", full.names=TRUE) exptable$stdFile <- sapply(exptable$stdFile, function(x) files[grep(x,files)]) ################################################### ### code chunk number 10: runLC.Rnw:193-194 ################################################### metaSetting(Synapt.RP, "DBconstruction.minfeat") <- 2 ################################################### ### code chunk number 11: runLC.Rnw:198-202 (eval = FALSE) ################################################### ## LCDBtest <- createSTDdbLC(stdInfo=exptable, ## settings = Synapt.RP, ## polarity = "positive", ## Ithr = 20) ################################################### ### code chunk number 12: runLC.Rnw:210-211 ################################################### data(LCDBtest) ################################################### ### code chunk number 13: runLC.Rnw:214-215 ################################################### names(LCDBtest) ################################################### ### code chunk number 14: runLC.Rnw:218-219 ################################################### head(LCDBtest$Reftable) ################################################### ### code chunk number 15: runLC.Rnw:222-223 ################################################### names(LCDBtest$Info) ################################################### ### code chunk number 16: runLC.Rnw:226-227 ################################################### head(LCDBtest$DB) ################################################### ### code chunk number 17: runLC.Rnw:241-242 ################################################### table(LCDBtest$DB$compound) ################################################### ### code chunk number 18: runLC.Rnw:310-311 (eval = FALSE) ################################################### ## LC <- runLC(files, settings = Synapt.RP, DB = LCDBtest$DB) ################################################### ### code chunk number 19: runLC.Rnw:318-319 ################################################### data(LCresults) ################################################### ### code chunk number 20: runLC.Rnw:324-325 ################################################### head(LCresults$Annotation$annotation.table) ################################################### ### code chunk number 21: runLC.Rnw:346-348 ################################################### LCresults$Annotation$compounds LCresults$Annotation$ChemSpiderIDs ################################################### ### code chunk number 22: runLC.Rnw:352-353 ################################################### LCresults$Annotation$multiple.annotations ################################################### ### code chunk number 23: runLC.Rnw:357-358 ################################################### LCresults$Annotation$ann.features ################################################### ### code chunk number 24: runLC.Rnw:365-366 ################################################### head(LCresults$PeakTable)