### R code from vignette source 'logicFS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: logicFS.Rnw:56-57 ################################################### library(logicFS) ################################################### ### code chunk number 2: logicFS.Rnw:62-63 ################################################### data(data.logicfs) ################################################### ### code chunk number 3: logicFS.Rnw:94-95 ################################################### bin.snps <- make.snp.dummy(data.logicfs) ################################################### ### code chunk number 4: logicFS.Rnw:107-108 ################################################### my.anneal <- logreg.anneal.control(start = 2, end = -2, iter = 10000) ################################################### ### code chunk number 5: logicFS.Rnw:114-116 ################################################### log.out <- logicFS(bin.snps, cl.logicfs, B = 20, nleaves = 10, rand = 1234, anneal.control = my.anneal) ################################################### ### code chunk number 6: logicFS.Rnw:125-126 ################################################### log.out ################################################### ### code chunk number 7: logicFS.Rnw:137-138 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(log.out) ################################################### ### code chunk number 8: logicFS.Rnw:168-171 ################################################### bag.out <- logic.bagging(bin.snps, cl.logicfs, B = 20, nleaves = 10, rand = 1234, anneal.control = my.anneal) bag.out ################################################### ### code chunk number 9: logicFS.Rnw:178-179 ################################################### bag.out$vim ################################################### ### code chunk number 10: logicFS.Rnw:187-188 ################################################### cl.preds <- predict(bag.out, bin.snps) ################################################### ### code chunk number 11: logicFS.Rnw:194-195 ################################################### mean(cl.preds != cl.logicfs)