### R code from vignette source 'ensemblVEP.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### library(ensemblVEP) ################################################### ### code chunk number 2: man_page (eval = FALSE) ################################################### ## ?ensemblVEP ## ?VEPFlags ################################################### ### code chunk number 3: default_VEPFlags ################################################### param <- VEPFlags() param flags(param) ################################################### ### code chunk number 4: hostChange ################################################### param <- VEPFlags(flags=list(host="useastdb.ensembl.org")) ################################################### ### code chunk number 5: rtn_GRanges ################################################### fl <- system.file("extdata", "gl_chr1.vcf", package="VariantAnnotation") gr <- ensemblVEP(fl, param) head(gr, 3) ################################################### ### code chunk number 6: set_vcf ################################################### param <- VEPFlags(flags=list(vcf=TRUE, host="useastdb.ensembl.org")) vep <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 7: rtn_VCF ################################################### info(vep)$CSQ ################################################### ### code chunk number 8: parseCSQToGRanges ################################################### vcf <- readVcf(fl, "hg19") csq <- parseCSQToGRanges(vep, VCFRowID=rownames(vcf)) head(csq, 3) ################################################### ### code chunk number 9: map_rownames ################################################### vcf[csq$"VCFRowID"] ################################################### ### code chunk number 10: output_file_default ################################################### flags(param)$output_file ################################################### ### code chunk number 11: output_file_filename ################################################### flags(param)$output_file <- "/mypath/myfile" ################################################### ### code chunk number 12: ouput_slot ################################################### ## Write a vcf file to myfile.vcf: myparam <- VEPFlags(flags=list(vcf=TRUE, output_file="/path/myfile.vcf")) ## Write a gvf file to myfile.gvf: myparam <- VEPFlags(flags=list(gvf=TRUE, output_file="/path/myfile.gvf")) ## Write a tab delimited file to myfile.txt: myparam <- VEPFlags(flags=list(output_file="/path/myfile.txt")) ################################################### ### code chunk number 13: samplefile ################################################### fl <- system.file("extdata", "ex2.vcf", package="VariantAnnotation") ################################################### ### code chunk number 14: runtime1 (eval = FALSE) ################################################### ## param <- VEPFlags(flags=list(regulatory=TRUE, host="useastdb.ensembl.org")) ## gr <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 15: runtime2 (eval = FALSE) ################################################### ## param <- VEPFlags(flag=list(format="vcf", ## terms="SO", ## symbol=TRUE, host="useastdb.ensembl.org")) ## gr <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 16: runtime3 (eval = FALSE) ################################################### ## param <- VEPFlags(flags=list(coding_only=TRUE, ## check_existing=TRUE, ## symbol=TRUE, host="useastdb.ensembl.org")) ## gr <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 17: sessionInfo ################################################### sessionInfo()