### R code from vignette source 'twoWay.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup1 ################################################### library("cellHTS2") ################################################### ### code chunk number 2: setup2 ################################################### ## for debugging: options(error=recover) ################################################### ### code chunk number 3: dataPath ################################################### experimentName <- "TwoWayAssay" dataPath <- system.file(experimentName, package="cellHTS2") ################################################### ### code chunk number 4: source import function ################################################### source(file.path(dataPath, "importData.R")) ################################################### ### code chunk number 5: readPlateData ################################################### x <- readPlateList("Platelist.txt", name=experimentName, importFun=importData, path=dataPath) ################################################### ### code chunk number 6: showX ################################################### x ################################################### ### code chunk number 7: plateFileTable ################################################### cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "Platelist.txt"), selRows=1, "plate list", preName="twoWay") ################################################### ### code chunk number 8: configure the data ################################################### x <- configure(x, descripFile = "Description.txt", confFile="Plateconf.txt", path=dataPath) ################################################### ### code chunk number 9: well annottaion ################################################### table(wellAnno(x)) ################################################### ### code chunk number 10: annotate the data ################################################### x <- annotate(x, geneIDFile="GeneIDs.txt", path=dataPath) ################################################### ### code chunk number 11: plateConfscreenLogTable ################################################### cellHTS2:::tableOutputWithHeaderRows(file.path(dataPath, "Plateconf.txt"), "plate configuration", selRows=NULL, preName="twoWay") ################################################### ### code chunk number 12: geneIDsTable ################################################### cellHTS2:::tableOutput(file.path(dataPath, "GeneIDs.txt"), "gene ID", selRows = 3:6, preName="twoWay") ################################################### ### code chunk number 13: define controls ################################################### negCtr <- "(?i)^GFP$|^mock$" posCtr <- list(act = "(?i)^AATK$|^ATTK$", inh = "(?i)^MAP2K6$") ################################################### ### code chunk number 14: writeReport1Show (eval = FALSE) ################################################### ## setSettings(list(platelist=list(intensities=list(range=c(300, 4000), ## include=TRUE)))) ## out <- writeReport(raw=x, outdir="2Wraw", ## posControls=posCtr, negControls=negCtr) ################################################### ### code chunk number 15: writeReport1Do ################################################### setSettings(list(platelist=list(intensities=list(range=c(300, 4000), include=TRUE)))) out <- writeReport(raw=x, force=TRUE, outdir="2Wraw", posControls=posCtr, negControls=negCtr) ################################################### ### code chunk number 16: browseReport1 (eval = FALSE) ################################################### ## browseURL(out) ################################################### ### code chunk number 17: normalization ################################################### xn <- normalizePlates(x, scale="multiplicative", log=TRUE, method ="negatives", varianceAdjust="none", negControls = negCtr) ################################################### ### code chunk number 18: get the data as an array ################################################### xnorm <- Data(xn) dim(xnorm) ################################################### ### code chunk number 19: score and summarize replicates ################################################### xsc <- scoreReplicates(xn, sign="+", method="zscore") xsc <- summarizeReplicates(xsc, summary="mean") ################################################### ### code chunk number 20: boxplotzscore ################################################### ylim <- quantile(Data(xsc), c(0.001, 0.999), na.rm=TRUE) wa <- factor(as.character(wellAnno(xsc)), exclude="empty") # to exclude "empty" wells boxplot(Data(xsc) ~ wa, col="lightblue", main="scores", outline=FALSE, ylim=ylim, xaxt="n") lab <- unique(plateConf(xsc)$Content) lab <- lab[match(levels(wa), tolower(lab))] axis(1, at=c(1:nlevels(wa)), labels=lab) ################################################### ### code chunk number 21: report2Show (eval = FALSE) ################################################### ## setSettings(list(platelist=list(intensities=list(range=c(-1, 1), include=TRUE)), ## screenSummary=list(scores=list(range=c(-2,3))))) ## out <- writeReport(raw=x, normalized=xn, scored=xsc, ## outdir="2Wnormalized", posControls=posCtr, negControls=negCtr) ################################################### ### code chunk number 22: report2Do ################################################### setSettings(list(platelist=list(intensities=list(range=c(-1, 1), include=TRUE)), screenSummary=list(scores=list(range=c(-2,3))))) out <- writeReport(raw=x, normalized=xn, scored=xsc, outdir="2Wnormalized", posControls=posCtr, negControls=negCtr, force=TRUE) ################################################### ### code chunk number 23: browse2 (eval = FALSE) ################################################### ## browseURL(out) ################################################### ### code chunk number 24: savex ################################################### save(xsc, file=paste(experimentName, ".rda", sep="")) ################################################### ### code chunk number 25: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())