### R code from vignette source 'DeconRNASeq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: set_width ################################################### options( width = 60 ) ################################################### ### code chunk number 2: packageLoad ################################################### library(DeconRNASeq) ## multi_tissue: expression profiles for 10 mixing samples from ## multiple tissues data(multi_tissue) datasets <- x.data[,2:11] signatures <- x.signature.filtered.optimal[,2:6] proportions <- fraction ################################################### ### code chunk number 3: mixing matrix ################################################### proportions ################################################### ### code chunk number 4: Expression signature ################################################### signatures <- x.signature.filtered.optimal[,2:6] attributes(signatures)[c(1,2)] ################################################### ### code chunk number 5: Deconolution ################################################### DeconRNASeq(datasets, signatures, proportions, checksig=FALSE, known.prop = TRUE, use.scale = TRUE, fig = TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: Condition_num ################################################### DeconRNASeq(datasets, signatures, proportions, checksig=TRUE, known.prop = TRUE, use.scale = TRUE, fig = TRUE)