### R code from vignette source 'DeMAND.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DeMAND.Rnw:24-27 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("DeMAND") ################################################### ### code chunk number 2: DeMAND.Rnw:34-35 ################################################### library(DeMAND) ################################################### ### code chunk number 3: DeMAND.Rnw:50-52 ################################################### data(inputExample) #ls() ################################################### ### code chunk number 4: DeMAND.Rnw:57-59 ################################################### dobj <- demandClass(exp=bcellExp, anno=bcellAnno, network=bcellNetwork) printDeMAND(dobj) ################################################### ### code chunk number 5: DeMAND.Rnw:66-68 ################################################### dobj <- runDeMAND(dobj, fgIndex=caseIndex, bgIndex=controlIndex) printDeMAND(dobj) ################################################### ### code chunk number 6: DeMAND.Rnw:100-101 ################################################### sessionInfo()