### R code from vignette source 'CormotifVignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: CormotifVignette.Rnw:44-50 ################################################### library(Cormotif) data(simudata2) colnames(simudata2) exprs.simu2<-as.matrix(simudata2[,2:25]) data(simu2_groupid) simu2_groupid ################################################### ### code chunk number 2: CormotifVignette.Rnw:56-58 ################################################### data(simu2_compgroup) simu2_compgroup ################################################### ### code chunk number 3: CormotifVignette.Rnw:65-67 ################################################### motif.fitted<-cormotiffit(exprs.simu2,simu2_groupid,simu2_compgroup, K=1:5,max.iter=1000,BIC=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: CormotifVignette.Rnw:71-73 ################################################### motif.fitted$bic plotIC(motif.fitted) ################################################### ### code chunk number 5: CormotifVignette.Rnw:77-78 ################################################### plotIC(motif.fitted) ################################################### ### code chunk number 6: CormotifVignette.Rnw:91-92 ################################################### plotMotif(motif.fitted) ################################################### ### code chunk number 7: CormotifVignette.Rnw:98-99 ################################################### head(motif.fitted$bestmotif$p.post) ################################################### ### code chunk number 8: CormotifVignette.Rnw:104-106 ################################################### dif.pattern.simu2<-(motif.fitted$bestmotif$p.post>0.5) head(dif.pattern.simu2) ################################################### ### code chunk number 9: CormotifVignette.Rnw:111-113 ################################################### topgenelist<-generank(motif.fitted$bestmotif$p.post) head(topgenelist) ################################################### ### code chunk number 10: CormotifVignette.Rnw:118-119 ################################################### misprop<-0.10 ################################################### ### code chunk number 11: CormotifVignette.Rnw:123-130 ################################################### fullindex<-1:nrow(exprs.simu2) ##sample index to mimic the merging of studies from different platforms mis_index1<-sample(fullindex,misprop*length(fullindex)) mis_index2<-sample(fullindex[-mis_index1],misprop*length(fullindex)) exprs.simu2.missing<-exprs.simu2 exprs.simu2.missing[mis_index1,1:12]<-NA exprs.simu2.missing[mis_index2,13:24]<-NA ################################################### ### code chunk number 12: CormotifVignette.Rnw:134-138 ################################################### motif.fitted.missing<-cormotiffit(exprs.simu2.missing,simu2_groupid,simu2_compgroup, K=1:5,max.iter=1000,BIC=TRUE) plotIC(motif.fitted.missing) plotMotif(motif.fitted.missing) ################################################### ### code chunk number 13: CormotifVignette.Rnw:141-142 ################################################### plotIC(motif.fitted.missing) ################################################### ### code chunk number 14: CormotifVignette.Rnw:148-149 ################################################### plotMotif(motif.fitted.missing) ################################################### ### code chunk number 15: CormotifVignette.Rnw:163-164 ################################################### motif.fitted.all<-cormotiffitall(exprs.simu2,simu2_groupid,simu2_compgroup,max.iter=1) ################################################### ### code chunk number 16: CormotifVignette.Rnw:171-172 ################################################### motif.fitted.sep<-cormotiffitsep(exprs.simu2,simu2_groupid,simu2_compgroup,max.iter=1) ################################################### ### code chunk number 17: CormotifVignette.Rnw:177-178 ################################################### motif.fitted.full<-cormotiffitfull(exprs.simu2,simu2_groupid,simu2_compgroup,max.iter=1)