### R code from vignette source 'ChromHeatMap.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ChromHeatMap.Rnw:57-64 ################################################### library('ALL') data('ALL') selSamples <- ALL$mol.biol %in% c('ALL1/AF4', 'E2A/PBX1') ALLs <- ALL[, selSamples] library('ChromHeatMap') chrdata<-makeChrStrandData(exprs(ALLs), lib='hgu95av2') ################################################### ### code chunk number 2: ChromHeatMap.Rnw:87-89 ################################################### groupcol <- ifelse( ALLs$mol.biol == 'ALL1/AF4', 'red', 'green' ) plotChrMap(chrdata, 19, strands='both', RowSideColors=groupcol) ################################################### ### code chunk number 3: ChromHeatMap.Rnw:98-99 ################################################### plotmap<-plotChrMap(chrdata, 1, cytoband='q23', interval=50000, srtCyto=0, cexCyto=1.2) ################################################### ### code chunk number 4: ChromHeatMap.Rnw:135-137 (eval = FALSE) ################################################### ## probes <- grabChrMapProbes( plotmap ) ## genes <- unlist(mget(probes, envir=hgu95av2SYMBOL, ifnotfound=NA)) ################################################### ### code chunk number 5: ChromHeatMap.Rnw:156-157 ################################################### sessionInfo()