### R code from vignette source 'ASEB.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ASEB.Rnw:78-81 ################################################### library(ASEB) ff <- system.file("extdata", "background_sites.fa", package="ASEB") readSequence(ff) ################################################### ### code chunk number 2: ASEB.Rnw:89-94 ################################################### backgroundSites <- readSequence(system.file("extdata", "background_sites.fa", package="ASEB")) prodefinedSites <- readSequence(system.file("extdata", "predefined_sites.fa", package="ASEB")) testSites <- readSequence(system.file("extdata", "sites_to_test.fa", package="ASEB")) resultList <- asebSites(backgroundSites, prodefinedSites, testSites, permutationTimes=100) resultList$results[1:2,] ################################################### ### code chunk number 3: ASEB.Rnw:101-105 ################################################### backgroundSitesFile <- system.file("extdata", "background_sites.fa", package="ASEB") prodefinedSitesFile <- system.file("extdata", "predefined_sites.fa", package="ASEB") testSitesFile <- system.file("extdata", "sites_to_test.fa", package="ASEB") asebSites(backgroundSitesFile, prodefinedSitesFile, testSitesFile, permutationTimes=100) ################################################### ### code chunk number 4: ASEB.Rnw:113-114 ################################################### drawEScurve(resultList$curveInfo, max_p_value=0.1, min_es=0.1) ################################################### ### code chunk number 5: ASEB.Rnw:124-129 ################################################### backgroundSites <- readSequence(system.file("extdata", "background_sites.fa", package="ASEB")) prodefinedSites <- readSequence(system.file("extdata", "predefined_sites.fa", package="ASEB")) testProteins <- readSequence(system.file("extdata", "proteins_to_test.fa", package="ASEB")) resultList <- asebProteins(backgroundSites, prodefinedSites, testProteins, permutationTimes=100) resultList$results[1:2,] ################################################### ### code chunk number 6: ASEB.Rnw:134-138 ################################################### backgroundSitesFile <- system.file("extdata", "background_sites.fa", package="ASEB") prodefinedSitesFile <- system.file("extdata", "predefined_sites.fa", package="ASEB") testProteinsFile <- system.file("extdata", "sites_to_test.fa", package="ASEB") asebProteins(backgroundSitesFile, prodefinedSitesFile, testProteinsFile, permutationTimes=100) ################################################### ### code chunk number 7: ASEB.Rnw:146-147 ################################################### drawStat(curveInfoDataFrame=resultList$curveInfo);