### R code from vignette source 'Metabomxtr_Vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Metabomxtr_Vignette.Rnw:34-35 ################################################### library(metabomxtr) ################################################### ### code chunk number 2: Metabomxtr_Vignette.Rnw:40-42 ################################################### data(metabdata) dim(metabdata) ################################################### ### code chunk number 3: Metabomxtr_Vignette.Rnw:47-49 ################################################### yvars<-colnames(metabdata)[24:27] apply(metabdata[,yvars],2,function(x){sum(is.na(x))}) ################################################### ### code chunk number 4: Metabomxtr_Vignette.Rnw:54-59 ################################################### par(mfrow = c(2, 2)) hist(metabdata$malonic.acid,main="Malonic Acid",xlab=NULL) hist(metabdata$ribose,main="Ribose",xlab=NULL) hist(metabdata$phenylalanine,main="Phenylalanine",xlab=NULL) hist(metabdata$pyruvic.acid,main="Pyruvic Acid",xlab=NULL) ################################################### ### code chunk number 5: Metabomxtr_Vignette.Rnw:68-70 ################################################### levels(metabdata$PHENO) metabdata$PHENO<-relevel(metabdata$PHENO,ref="MomLowFPG") ################################################### ### code chunk number 6: Metabomxtr_Vignette.Rnw:75-76 ################################################### table(metabdata$PHENO) ################################################### ### code chunk number 7: Metabomxtr_Vignette.Rnw:81-82 ################################################### fullModel<-~PHENO|PHENO+age_ogtt_mc+ga_ogtt_wks_mc+storageTimesYears_mc+parity12 ################################################### ### code chunk number 8: Metabomxtr_Vignette.Rnw:87-88 ################################################### reducedModel<-~1|age_ogtt_mc+ga_ogtt_wks_mc+storageTimesYears_mc+parity12 ################################################### ### code chunk number 9: Metabomxtr_Vignette.Rnw:93-95 ################################################### fullModelResults<-mxtrmod(ynames=yvars,mxtrModel=fullModel,data=metabdata) fullModelResults ################################################### ### code chunk number 10: Metabomxtr_Vignette.Rnw:104-106 ################################################### reducedModelResults<-mxtrmod(ynames=yvars,mxtrModel=reducedModel,data=metabdata,fullModel=fullModel) reducedModelResults ################################################### ### code chunk number 11: Metabomxtr_Vignette.Rnw:113-115 ################################################### finalResult<-mxtrmodLRT(fullmod=fullModelResults,redmod=reducedModelResults,adj="BH") finalResult ################################################### ### code chunk number 12: Metabomxtr_Vignette.Rnw:119-120 ################################################### pa.pval<-round(finalResult[finalResult$.id=="pyruvic.acid","adjP"],digits=4) ################################################### ### code chunk number 13: Metabomxtr_Vignette.Rnw:130-133 ################################################### HighFPG.Prop<-round(exp(fullModelResults$xInt+fullModelResults$x_PHENOMomHighFPG)/ (1+exp(fullModelResults$xInt+fullModelResults$x_PHENOMomHighFPG)),digits=2) LowFPG.Prop<-round(exp(fullModelResults$xInt)/(1+exp(fullModelResults$xInt)),digits=2) ################################################### ### code chunk number 14: Metabomxtr_Vignette.Rnw:138-141 ################################################### HighFPG.Mean<-round(fullModelResults$zInt+fullModelResults$z_PHENOMomHighFPG,digits=2) LowFPG.Mean<-round(fullModelResults$zInt,digits=2) FPG.MeanDiff<-round(fullModelResults$z_PHENOMomHighFPG,digits=2) ################################################### ### code chunk number 15: Metabomxtr_Vignette.Rnw:146-150 ################################################### finalResultTable<-data.frame(Metabolite=fullModelResults$.id,HighFPG.Prop=HighFPG.Prop, LowFPG.Prop=LowFPG.Prop,HighFPG.Mean=HighFPG.Mean, LowFPG.Mean=LowFPG.Mean,Mean.Difference=FPG.MeanDiff, FDR.Adj.P=round(finalResult$adjP,digits=4)) ################################################### ### code chunk number 16: dTable ################################################### library(xtable) finalXTable<-xtable(finalResultTable,digits=c(0,2,2,2,2,2,2,4)) print(finalXTable) ################################################### ### code chunk number 17: Metabomxtr_Vignette.Rnw:165-166 ################################################### toLatex(sessionInfo())