### R code from vignette source 'chromDraw.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vignette.exampleData ################################################### library(GenomicRanges) exampleData <- GRanges(seqnames =Rle(c("ACK1"), c(4)),ranges = IRanges(start = c(0, 6700000,0,12400000), end = c(6700000,12400000,0,17000000), names = c("A","B","CENTROMERE","C")), color = c("yellow","yellow","","yellow") ); exampleData; ################################################### ### code chunk number 2: vignette.exampleColor ################################################### name <- c("yellow", "red"); r <- c(255, 255); g <- c(255, 0); b <- c(0, 0); exampleColor <- data.frame(name,r,g,b); exampleColor; ################################################### ### code chunk number 3: vignette.chromDraw ################################################### library(chromDraw) OUTPUTPATH = file.path(getwd()); INPUTPATH = system.file('extdata', 'Ack_and_Stenopetalum_nutans.txt', package ='chromDraw') COLORPATH = system.file('extdata', 'default_colors.txt', package ='chromDraw') chromDraw(argc=7, argv=c("chromDraw","-c",COLORPATH,"-d",INPUTPATH,"-o", OUTPUTPATH)); ################################################### ### code chunk number 4: vignette.chromDrawGR ################################################### library(chromDraw) chromDrawGR(list(exampleData), exampleColor); ################################################### ### code chunk number 5: vignette.chromDraw ################################################### library(chromDraw) OUTPUTPATH = file.path(getwd()); INPUTPATH = system.file('extdata', 'bed.bed', package ='chromDraw') chromDraw(argc=7, argv=c("chromDraw", "-f", "bed", "-d",INPUTPATH, "-o", OUTPUTPATH));