### R code from vignette source 'SELEX.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Load.Package ################################################### options(java.parameters="-Xmx1500M") library(SELEX) ################################################### ### code chunk number 2: Init ################################################### workDir = "./cache/" selex.config(workingDir=workDir, maxThreadNumber=4) ################################################### ### code chunk number 3: Load.Data ################################################### # Extract example data from package, including XML annotation exampleFiles = selex.exampledata(workDir) # Load all sample files using XML database selex.loadAnnotation(exampleFiles[3]) ################################################### ### code chunk number 4: Display.Samples ################################################### selex.sampleSummary() ################################################### ### code chunk number 5: Make.Sample.Handles ################################################### r0train = selex.sample(seqName="R0.libraries", sampleName="R0.barcodeGC", round=0) r0test = selex.sample(seqName="R0.libraries", sampleName="R0.barcodeCG", round=0) r2 = selex.sample(seqName="R2.libraries", sampleName="ExdHox.R2", round=2) ################################################### ### code chunk number 6: Find.Kmax ################################################### kmax.value = selex.kmax(sample=r0test) ################################################### ### code chunk number 7: Build.MM ################################################### mm = selex.mm(sample=r0train, order=NA, crossValidationSample=r0test, Kmax=kmax.value) ################################################### ### code chunk number 8: Show.R2 ################################################### selex.mmSummary() ################################################### ### code chunk number 9: R2-Plot ################################################### mm.r2 = selex.mmSummary() idx = which(mm.r2$R==max(mm.r2$R)) colstring = rep('BLUE',nrow(mm.r2)) colstring[idx]='RED' barplot(height=mm.r2$R,names.arg=(mm.r2$Order), ylim=c(.98,1), xpd=FALSE, col=colstring, xlab="Markov Model Order", ylab=expression(Markov ~ Model ~ R^{2})) ################################################### ### code chunk number 10: Calc.IG ################################################### selex.infogain(sample=r2,markovModel=mm) ################################################### ### code chunk number 11: Display.IG ################################################### selex.infogainSummary()[,1:3] ################################################### ### code chunk number 12: Plot-IG ################################################### infoscores = selex.infogainSummary() idx = which(infoscores$InformationGain==max(infoscores$InformationGain)) colstring = rep('BLUE', nrow(infoscores)) colstring[idx] = 'RED' barplot(height=infoscores$InformationGain, names.arg=infoscores$K, col=colstring, xlab="Oligonucleotide Length (bp)", ylab="Information Gain (bits)") optimalLength = infoscores$K[idx] ################################################### ### code chunk number 13: Count.Table ################################################### table = selex.counts(sample=r2, k=optimalLength, markovModel=mm) ################################################### ### code chunk number 14: View.Table ################################################### head(table) ################################################### ### code chunk number 15: Aff.Table ################################################### aff = selex.affinities(sample=r2, k=optimalLength, markovModel=mm) ################################################### ### code chunk number 16: Disp.Aff ################################################### head(aff)[,1:4] ################################################### ### code chunk number 17: Disp.Aff.2 ################################################### head(aff)[,5:6]