### R code from vignette source 'Introduction_to_OTUbase.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library("OTUbase") ################################################### ### code chunk number 3: dirPath ################################################### dirPath <- system.file("extdata/Sogin_2006", package="OTUbase") ################################################### ### code chunk number 4: readOTUset ################################################### soginOTU <- readOTUset(dirPath=dirPath, level="0.03", samplefile="sogin.groups", fastafile="sogin.fasta", otufile="sogin.unique.filter.fn.list", sampleADF="sample_metadata.txt") soginOTU ################################################### ### code chunk number 5: readTAXset ################################################### soginTAX <- readTAXset(dirPath=dirPath, fastafile='sogin.fasta', sampleADF='sample_metadata.txt', taxfile='sogin.unique.fix.tax', namefile='sogin.names', samplefile='sogin.groups') soginTAX ################################################### ### code chunk number 6: accessors ################################################### head(id(soginOTU)) head(sread(soginOTU)) head(sampleID(soginOTU)) head(sData(soginOTU)) ################################################### ### code chunk number 7: accessors ################################################### head(otuID(soginOTU)) head(tax(soginTAX)) ################################################### ### code chunk number 8: abundance ################################################### abundOTU <- abundance(soginOTU, weighted=F, collab='Site') head(abundOTU) abundTAX <- abundance(soginTAX, weighted=F, taxCol='genus', collab='Site') head(abundTAX) ################################################### ### code chunk number 9: RichnessEstimate ################################################### estrichOTU <- apply(abundOTU, 2, estimateR) estrichOTU estrichTAX <- apply(abundTAX, 2, estimateR) estrichTAX ################################################### ### code chunk number 10: clusterSamples ################################################### clusterSamples(soginOTU, distmethod='jaccard', clustermethod='complete', collab='Site') clusterSamples(soginTAX, taxCol='genus', distmethod='jaccard', clustermethod='complete', collab='Site') ################################################### ### code chunk number 11: subOTUset ################################################### soginReduced <- subOTUset(soginOTU, samples=c("137", "138", "53R", "55R")) soginReduced ################################################### ### code chunk number 12: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())