### R code from vignette source 'LRBaseDbi.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: LRBaseDbi.Rnw:53-60 ################################################### library("LRBaseDbi") library("AnnotationHub") ah <- AnnotationHub() dbfile <- query(ah, c("LRBaseDb", "Sus scrofa", "v001"))[[1]] # Constructor LRBase.Ssc.eg.db <- LRBaseDbi::LRBaseDb(dbfile) ################################################### ### code chunk number 3: LRBaseDbi.Rnw:73-80 ################################################### if(interactive()){ (cols <- columns(LRBase.Ssc.eg.db)) keytypes(LRBase.Ssc.eg.db) (ks <- keys(LRBase.Ssc.eg.db, keytype='GENEID_R')) head(select(LRBase.Ssc.eg.db, keys=ks[1:2], columns=c('GENEID_L', 'GENEID_R'), keytype='GENEID_R')) } ################################################### ### code chunk number 4: LRBaseDbi.Rnw:97-117 ################################################### if(interactive()){ # show LRBase.Ssc.eg.db # dbconn dbconn(LRBase.Ssc.eg.db) # dbfile dbfile(LRBase.Ssc.eg.db) # dbschema dbschema(LRBase.Ssc.eg.db) # dbInfo dbInfo(LRBase.Ssc.eg.db) # species species(LRBase.Ssc.eg.db) # lrNomenclature lrNomenclature(LRBase.Ssc.eg.db) # lrListDatabases lrListDatabases(LRBase.Ssc.eg.db) # lrVersion lrVersion(LRBase.Ssc.eg.db) } ################################################### ### code chunk number 5: LRBaseDbi.Rnw:138-146 ################################################### if(interactive()){ if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)){ install.packages('BiocManager') } BiocManager::install('scTensor') library('scTensor') vignette('scTensor') }