### R code from vignette source 'KCS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: KCS.Rnw:22-23 ################################################### library(KCsmart) ################################################### ### code chunk number 2: KCS.Rnw:26-27 ################################################### data(hsSampleData) ################################################### ### code chunk number 3: KCS.Rnw:30-31 ################################################### str(hsSampleData) ################################################### ### code chunk number 4: KCS.Rnw:38-39 ################################################### data(hsMirrorLocs) ################################################### ### code chunk number 5: KCS.Rnw:42-44 ################################################### spm1mb <- calcSpm(hsSampleData, hsMirrorLocs) spm4mb <- calcSpm(hsSampleData, hsMirrorLocs, sigma=4000000) ################################################### ### code chunk number 6: KCS.Rnw:49-50 ################################################### plot(spm1mb) ################################################### ### code chunk number 7: KCS.Rnw:56-57 ################################################### plot(spm1mb, chromosomes=c(1, 12, "X"), type="g") ################################################### ### code chunk number 8: KCS.Rnw:63-64 ################################################### sigLevel4mb <- findSigLevelTrad(hsSampleData, spm4mb, n=10, p=0.05) ################################################### ### code chunk number 9: KCS.Rnw:70-71 ################################################### plot(spm4mb, sigLevels=sigLevel4mb, type=1) ################################################### ### code chunk number 10: KCS.Rnw:78-79 ################################################### plot(spm4mb, chromosomes=c(1, 12, "X"), type="g", sigLevels=sigLevel4mb) ################################################### ### code chunk number 11: KCS.Rnw:87-88 ################################################### sigRegions4mb <- getSigSegments(spm4mb,sigLevel4mb) ################################################### ### code chunk number 12: KCS.Rnw:93-94 ################################################### sigRegions4mb ################################################### ### code chunk number 13: KCS.Rnw:99-100 ################################################### sigRegions4mb@gains[[1]]$probes ################################################### ### code chunk number 14: KCS.Rnw:109-110 ################################################### sigLevel1mb <- findSigLevelTrad(hsSampleData, spm1mb, n=10) ################################################### ### code chunk number 15: KCS.Rnw:116-117 ################################################### plotScaleSpace(list(spm1mb, spm4mb), list(sigLevel1mb, sigLevel4mb), type='g') ################################################### ### code chunk number 16: KCS.Rnw:131-132 ################################################### spmc1mb <- calcSpmCollection(hsSampleData, hsMirrorLocs, cl=c(rep(0,10),rep(1,10)), sigma=1000000) ################################################### ### code chunk number 17: KCS.Rnw:137-139 ################################################### spmc1mb.sig <- compareSpmCollection(spmc1mb, nperms=3, method=c("siggenes")) spmc1mb.sig ################################################### ### code chunk number 18: KCS.Rnw:144-146 ################################################### spmc1mb.sig.regions <- getSigRegionsCompKC(spmc1mb.sig) spmc1mb.sig.regions ################################################### ### code chunk number 19: KCS.Rnw:152-153 ################################################### plot(spmc1mb.sig, sigRegions=spmc1mb.sig.regions)