### R code from vignette source 'GeneOverlap.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: GeneOverlap.Rnw:33-34 ################################################### library(GeneOverlap) ################################################### ### code chunk number 3: GeneOverlap.Rnw:39-40 ################################################### data(GeneOverlap) ################################################### ### code chunk number 4: GeneOverlap.Rnw:43-46 ################################################### sapply(hESC.ChIPSeq.list, length) sapply(hESC.RNASeq.list, length) gs.RNASeq ################################################### ### code chunk number 5: GeneOverlap.Rnw:52-56 ################################################### go.obj <- newGeneOverlap(hESC.ChIPSeq.list$H3K4me3, hESC.RNASeq.list$"Exp High", genome.size=gs.RNASeq) go.obj ################################################### ### code chunk number 6: GeneOverlap.Rnw:59-61 ################################################### go.obj <- testGeneOverlap(go.obj) go.obj ################################################### ### code chunk number 7: GeneOverlap.Rnw:64-65 ################################################### print(go.obj) ################################################### ### code chunk number 8: GeneOverlap.Rnw:70-75 ################################################### go.obj <- newGeneOverlap(hESC.ChIPSeq.list$H3K4me3, hESC.RNASeq.list$"Exp Low", genome.size=gs.RNASeq) go.obj <- testGeneOverlap(go.obj) print(go.obj) ################################################### ### code chunk number 9: GeneOverlap.Rnw:80-84 ################################################### head(getIntersection(go.obj)) getOddsRatio(go.obj) getContbl(go.obj) getGenomeSize(go.obj) ################################################### ### code chunk number 10: GeneOverlap.Rnw:87-90 ################################################### setListA(go.obj) <- hESC.ChIPSeq.list$H3K27me3 setListB(go.obj) <- hESC.RNASeq.list$"Exp Medium" go.obj ################################################### ### code chunk number 11: GeneOverlap.Rnw:93-95 ################################################### go.obj <- testGeneOverlap(go.obj) go.obj ################################################### ### code chunk number 12: GeneOverlap.Rnw:98-104 ################################################### v.gs <- c(12e3, 14e3, 16e3, 18e3, 20e3) setNames(sapply(v.gs, function(g) { setGenomeSize(go.obj) <- g go.obj <- testGeneOverlap(go.obj) getPval(go.obj) }), v.gs) ################################################### ### code chunk number 13: GeneOverlap.Rnw:110-113 ################################################### gom.obj <- newGOM(hESC.ChIPSeq.list, hESC.RNASeq.list, gs.RNASeq) drawHeatmap(gom.obj) ################################################### ### code chunk number 14: GeneOverlap.Rnw:120-121 ################################################### getMatrix(gom.obj, name="pval") ################################################### ### code chunk number 15: GeneOverlap.Rnw:124-125 ################################################### getMatrix(gom.obj, "odds.ratio") ################################################### ### code chunk number 16: GeneOverlap.Rnw:128-130 ################################################### inter.nl <- getNestedList(gom.obj, name="intersection") str(inter.nl) ################################################### ### code chunk number 17: GeneOverlap.Rnw:133-135 ################################################### go.k4.high <- gom.obj[1, 1] go.k4.high ################################################### ### code chunk number 18: GeneOverlap.Rnw:138-139 ################################################### gom.obj["H3K9me3", "Exp Medium"] ################################################### ### code chunk number 19: GeneOverlap.Rnw:143-146 ################################################### gom.self <- newGOM(hESC.ChIPSeq.list, genome.size=gs.RNASeq) drawHeatmap(gom.self) ################################################### ### code chunk number 20: GeneOverlap.Rnw:153-154 ################################################### drawHeatmap(gom.self, ncolused=5, grid.col="Blues", note.col="black") ################################################### ### code chunk number 21: GeneOverlap.Rnw:160-162 ################################################### drawHeatmap(gom.self, what="Jaccard", ncolused=3, grid.col="Oranges", note.col="black") ################################################### ### code chunk number 22: GeneOverlap.Rnw:174-175 ################################################### sessionInfo()