### R code from vignette source 'norm2.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### par(mfrow=c(1,1)) ################################################### ### code chunk number 2: importData ################################################### library(prada) sampdat <- readFCS(system.file("extdata", "fas-Bcl2-plate323-04-04.A01", package="prada")) fdat <- exprs(sampdat) ################################################### ### code chunk number 3: plotsbefore ################################################### plot(fdat[,"FSC-H"], fdat[,"SSC-H"], pch=20, col="#303030", xlab="FSC", ylab="SSC", main="Scatter plot FSC vs SSC") ################################################### ### code chunk number 4: plotNorm2 ################################################### nfit <- fitNorm2(fdat[,"FSC-H"], fdat[,"SSC-H"], scalefac=2) ################################################### ### code chunk number 5: plotNorm2-1 ################################################### plotNorm2(nfit, selection=TRUE, ellipse=TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: plotNorm2-2 ################################################### nfit3 <- fitNorm2(fdat[,"FSC-H"], fdat[,"SSC-H"], scalefac=3) plotNorm2(nfit3, selection=TRUE, ellipse=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: indexing ################################################### cleanfdat <- fdat[nfit$sel,] ################################################### ### code chunk number 8: plotafter ################################################### par(mfrow=c(1,2)) xlim <- range(fdat[,"FL1-H"]) ylim <- range(fdat[,"FL4-H"]) plot(fdat[,"FL1-H"], fdat[,"FL4-H"], pch=20, col="#303030", xlab="FL1", ylab="FL4", main="all data", xlim=xlim, ylim=ylim) plot(cleanfdat[,"FL1-H"], cleanfdat[,"FL4-H"], pch=20, col="#303030", xlab="FL1", ylab="FL4", main="clean data only", xlim=xlim, ylim=ylim) ################################################### ### code chunk number 9: smoothscatter ################################################### smoothScatter(fdat[,c("FSC-H", "SSC-H")], nrpoints=50)