### R code from vignette source 'dexus.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: dexus.Rnw:103-107 ################################################### options(width=75) set.seed(0) library(dexus) dexusVersion <- packageDescription("dexus")$Version ################################################### ### code chunk number 2: dexus.Rnw:169-170 ################################################### library(dexus) ################################################### ### code chunk number 3: dexus.Rnw:179-181 ################################################### data(dexus) ls() ################################################### ### code chunk number 4: dexus.Rnw:191-193 (eval = FALSE) ################################################### ## result <- dexus(countsBottomly[1:1000, ]) ## plot(result) ################################################### ### code chunk number 5: dexus.Rnw:197-201 ################################################### result <- dexus(countsBottomly[1:1000, ]) pdf("001.pdf") plot(result,cexSamples=1) dev.off() ################################################### ### code chunk number 6: dexus.Rnw:223-226 (eval = FALSE) ################################################### ## resultSupervised <- dexus(countsBottomly[1:1000, ], ## labels=substr(colnames(countsBottomly),1,2)) ## plot(resultSupervised) ################################################### ### code chunk number 7: dexus.Rnw:229-234 ################################################### resultSupervised <- dexus(countsBottomly[1:1000, ], labels=substr(colnames(countsBottomly),1,2)) pdf("002.pdf") plot(resultSupervised,cexSamples=1) dev.off() ################################################### ### code chunk number 8: dexus.Rnw:280-282 ################################################### data(dexus) countsBottomly[1:10,1:5] ################################################### ### code chunk number 9: dexus.Rnw:287-288 (eval = FALSE) ################################################### ## result <- dexus(countsBottomly) ################################################### ### code chunk number 10: dexus.Rnw:296-300 (eval = FALSE) ################################################### ## library(DESeq) ## cds <- newCountDataSet(countData=countsBottomly, ## conditions=substr(colnames(countsBottomly),1,2) ) ## result <- dexus(cds) ################################################### ### code chunk number 11: dexus.Rnw:316-317 ################################################### resultMontgomery <- dexus(countsMontgomery[1:1000, ]) ################################################### ### code chunk number 12: dexus.Rnw:321-322 ################################################### resultMontgomery ################################################### ### code chunk number 13: dexus.Rnw:334-335 (eval = FALSE) ################################################### ## sort(resultMontgomery) ################################################### ### code chunk number 14: dexus.Rnw:342-343 ################################################### informativeTranscripts <- INI(resultMontgomery,threshold=0.2) ################################################### ### code chunk number 15: dexus.Rnw:348-349 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(informativeTranscripts) ################################################### ### code chunk number 16: dexus.Rnw:353-356 ################################################### pdf("004.pdf",width=12,height=6) plot(informativeTranscripts) dev.off() ################################################### ### code chunk number 17: dexus.Rnw:377-378 ################################################### resultMontgomery["ENSG00000007038"] ################################################### ### code chunk number 18: dexus.Rnw:382-383 (eval = FALSE) ################################################### ## as.data.frame(resultMontgomery["ENSG00000007038"]) ################################################### ### code chunk number 19: dexus.Rnw:385-386 ################################################### as.data.frame(resultMontgomery["ENSG00000007038"])[,1:12] ################################################### ### code chunk number 20: dexus.Rnw:393-394 (eval = FALSE) ################################################### ## as.data.frame(sort(resultMontgomery)) ################################################### ### code chunk number 21: dexus.Rnw:418-421 ################################################### resultSupervised <- dexus(countsBottomly[1:1000, ], labels=substr(colnames(countsBottomly),1,2), normalization="upperquartile") ################################################### ### code chunk number 22: dexus.Rnw:427-428 ################################################### resultSupervised ################################################### ### code chunk number 23: dexus.Rnw:434-435 ################################################### resultSupervised <- sort(resultSupervised) ################################################### ### code chunk number 24: dexus.Rnw:439-440 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(resultSupervised) ################################################### ### code chunk number 25: dexus.Rnw:447-448 (eval = FALSE) ################################################### ## as.data.frame(resultSupervised) ################################################### ### code chunk number 26: dexus.Rnw:467-469 ################################################### resultMultipleGroups <- dexus(countsGilad[1:1000, ], labels=substr(colnames(countsGilad),1,2)) ################################################### ### code chunk number 27: dexus.Rnw:474-475 ################################################### resultMultipleGroups ################################################### ### code chunk number 28: dexus.Rnw:481-482 ################################################### resultMultipleGroups <- sort(resultMultipleGroups) ################################################### ### code chunk number 29: dexus.Rnw:488-489 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(resultMultipleGroups) ################################################### ### code chunk number 30: dexus.Rnw:492-495 ################################################### pdf("003.pdf") plot(resultMultipleGroups,cexSamples=1) dev.off() ################################################### ### code chunk number 31: dexus.Rnw:515-516 (eval = FALSE) ################################################### ## as.data.frame(resultMultipleGroups) ################################################### ### code chunk number 32: dexus.Rnw:538-539 ################################################### informativeTranscripts2 <- INI(resultMontgomery,threshold=0.25) ################################################### ### code chunk number 33: dexus.Rnw:553-555 (eval = FALSE) ################################################### ## #plots the top 8 transcripts ## plot(sort(informativeTranscripts2), idx=1:8) ################################################### ### code chunk number 34: dexus.Rnw:558-561 ################################################### pdf("005.pdf",width=12,height=6) plot(sort(informativeTranscripts2),idx=1:8) dev.off() ################################################### ### code chunk number 35: dexus.Rnw:751-754 (eval = FALSE) ################################################### ## trueSizeParameter <- 2 ## x <- rnbinom(n=5, size=trueSizeParameter, mu=40) ## (sizeML <- getSizeNB(x,eta=0)) ################################################### ### code chunk number 36: dexus.Rnw:756-759 ################################################### trueSizeParameter <- 2 x <- c(38,40,30,55,36) (sizeML <- getSizeNB(x,eta=0)) ################################################### ### code chunk number 37: dexus.Rnw:761-762 ################################################### (sizeMAP <- getSizeNB(x,eta=1)) ################################################### ### code chunk number 38: dexus.Rnw:764-765 ################################################### (trueDispersion <- 1/trueSizeParameter) ################################################### ### code chunk number 39: dexus.Rnw:767-768 ################################################### (dispersionML <- 1/getSizeNB(x,eta=0)) ################################################### ### code chunk number 40: dexus.Rnw:770-771 ################################################### (dispersionMAP <- 1/getSizeNB(x,eta=1))