### R code from vignette source 'GeneExpressionSignature.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: GeneExpressionSignature.Rnw:36-37 ################################################### library(GeneExpressionSignature) ################################################### ### code chunk number 2: GeneExpressionSignature.Rnw:48-62 ################################################### # If you have network access #GSM118720 <- getGEO('GSM118720') # GSM118721 <- getGEO('GSM118721') if (require(GEOquery)){ #treatment gene-expression profiles GSM118720 <- getGEO(filename=system.file("extdata/GSM118720.soft",package= "GeneExpressionSignature")) #control gene-expression profiles GSM118721 <- getGEO(filename=system.file("extdata/GSM118721.soft",package= "GeneExpressionSignature")) #data ranking according to the different expression values control <- as.matrix(as.numeric(Table(GSM118721)[,2])) treatment <- as.matrix(as.numeric(Table(GSM118720)[,2])) ranked_list <-getRLs(control,treatment)} ################################################### ### code chunk number 3: GeneExpressionSignature.Rnw:73-77 ################################################### data(exampleSet) show(exampleSet) exprs(exampleSet)[c(1:10),c(1:3)] levels(as(phenoData(exampleSet),"data.frame")[,1]) ################################################### ### code chunk number 4: RankMerging ################################################### MergingSet <- RankMerging(exampleSet,"Spearman",weighted=TRUE) show(MergingSet) ################################################### ### code chunk number 5: ScoreGSEA ################################################### ds <- ScoreGSEA(MergingSet,250,"avg") ds[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 6: SignatureDistance ################################################### SignatureDistance(exampleSet,SignatureLength=250,MergingDistance="Spearman",ScoringMethod="GSEA",ScoringDistance="avg",weighted=TRUE) ds[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 7: RankMerging ################################################### MergingSet <- RankMerging(exampleSet,"Spearman",weighted=TRUE) show(MergingSet) ################################################### ### code chunk number 8: ScoreGSEA ################################################### ds <- ScoreGSEA(MergingSet,250,"avg") ds[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 9: ScorePGSEA ################################################### ds <- ScorePGSEA(MergingSet,250,"avg") ds[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 10: GeneExpressionSignature.Rnw:147-152 ################################################### if (require(apcluster)){ library(apcluster) clusterResult <- apcluster(1-ds) show(clusterResult) } ################################################### ### code chunk number 11: GeneExpressionSignature.Rnw:163-164 ################################################### sessionInfo()