### R code from vignette source 'HOWTO-BCV.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: HOWTO-BCV.Rnw:43-45 ################################################### library("biocViews") library("Biobase") ################################################### ### code chunk number 2: VocabDefinition ################################################### vocabFile <- system.file("dot/biocViewsVocab.dot", package="biocViews") cat(readLines(vocabFile)[1:20], sep="\n") cat("...\n") ################################################### ### code chunk number 3: getViews ################################################### data(biocViewsVocab) reposPath <- system.file("doc", package="biocViews") reposUrl <- paste("file://", reposPath, sep="") biocViews <- getBiocSubViews(reposUrl, biocViewsVocab, topTerm="Software") print(biocViews[1:2]) ################################################### ### code chunk number 4: listTerms ################################################### getSubTerms(biocViewsVocab, term="Technology") ################################################### ### code chunk number 5: htmlViewsGen ################################################### viewsDir <- file.path(tempdir(), "biocViews") dir.create(viewsDir) writeBiocViews(biocViews, dir=viewsDir) dir(viewsDir)[1:2]