### R code from vignette source 'PGSEA.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: PGSEA.Rnw:40-43 ################################################### library(PGSEA) basic <- new("smc",ids=c("gene a","gene b"),reference="simple smc") str(basic) ################################################### ### code chunk number 2: PGSEA.Rnw:50-53 ################################################### datadir <- system.file("extdata", package = "PGSEA") sample <- readGmt(file.path(datadir, "sample.gmt")) str(sample[1]) ################################################### ### code chunk number 3: PGSEA.Rnw:58-61 ################################################### data(nbEset) pg <- PGSEA(nbEset,cl=sample,ref=1:5) ################################################### ### code chunk number 4: PGSEA.Rnw:66-69 ################################################### sub <- factor(c(rep(NA,5),rep("NeuroB",5),rep("NeuroB_MYC+",5))) smcPlot(pg[,],sub,scale=c(-12,12),show.grid=T,margins=c(1,1,7,13),col=.rwb) ################################################### ### code chunk number 5: PGSEA.Rnw:77-80 ################################################### mcs <- go2smc()[1:10] pg <- PGSEA(nbEset,cl=mcs,ref=1:5) ################################################### ### code chunk number 6: PGSEA.Rnw:85-88 ################################################### smcPlot(pg[,],sub,scale=c(-12,12),show.grid=T,margins=c(1,1,7,20),col=.rwb) ################################################### ### code chunk number 7: PGSEA.Rnw:98-102 ################################################### #data(VAImcs) data(VAIgsc) pg <- PGSEA(nbEset,cl=VAIgsc,ref=1:5) ################################################### ### code chunk number 8: PGSEA.Rnw:107-110 ################################################### smcPlot(pg[,],sub,scale=c(-5,5),show.grid=T,margins=c(1,1,8,14),col=.rwb,r.cex=.7)