### R code from vignette source 'oldHeatplus.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: oldHeatplus.Rnw:44-45 ################################################### options(width=65) ################################################### ### code chunk number 2: oldHeatplus.Rnw:54-62 ################################################### mm = matrix(rnorm(1000, m=1), 100,10) mm = cbind(mm, matrix(rnorm(2000), 100, 20)) mm = cbind(mm, matrix(rnorm(1500, m=-1), 100, 15)) mm2 = matrix(rnorm(450), 30, 15) mm2 = cbind(mm2, matrix(rnorm(900,m=1.5), 30,30)) mm=rbind(mm, mm2) colnames(mm) = paste("Sample", 1:45) rownames(mm) = paste("Gene", 1:130) ################################################### ### code chunk number 3: oldHeatplus.Rnw:67-72 ################################################### addvar = data.frame(Var1=rep(c(0,1,0),c(10,20,15)), Var2=rep(c(1,0,0),c(10,20,15)), Var3=rep(c(1,0), c(15,30)), Var4=rep(seq(0,1,length=4), c(10,5,15,15))+rnorm(45,sd=0.5)) addvar[3,3] = addvar[17,2] = addvar[34,1] =NA ################################################### ### code chunk number 4: oldHeatplus.Rnw:81-83 ################################################### library(Heatplus) heatmap_2(mm) ################################################### ### code chunk number 5: oldHeatplus.Rnw:91-92 ################################################### heatmap_2(mm, do.dendro=c(FALSE, TRUE), legend=1, legfrac=12) ################################################### ### code chunk number 6: oldHeatplus.Rnw:100-101 ################################################### heatmap_plus(mm) ################################################### ### code chunk number 7: oldHeatplus.Rnw:109-111 ################################################### colnames(mm) = NULL heatmap_plus(mm, addvar=addvar, cov=4) ################################################### ### code chunk number 8: oldHeatplus.Rnw:119-120 ################################################### heatmap_plus(mm, addvar=addvar, cov=4, h=20, col=RGBColVec(64))