### R code from vignette source 'LatexStyle2.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: fig ################################################### par(mar=c(4,4,0.5,0.5)) plot(cars) ################################################### ### code chunk number 3: widefig ################################################### par(mar=c(4,4,0.5,0.5)) plot(cars) ################################################### ### code chunk number 4: smallfig ################################################### par(mar=c(4,4,0.5,0.5)) plot(cars) ################################################### ### code chunk number 5: squarefig ################################################### par(mar=c(4,4,0.5,0.5)) plot(cars) ################################################### ### code chunk number 6: figureexample ################################################### par(mar=c(4,4,0.5,0.5)) v = seq(0, 60i, length=1000) plot(abs(v)*exp(v), type="l", col="Royalblue") ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo()) ################################################### ### code chunk number 8: latexPkgs ################################################### bioconductor.sty = readLines(BiocStyle:::bioconductor.sty) pattern = "^\\\\RequirePackage(\\[.*\\])?\\{([[:alnum:]]+)\\}.*" pkgs = sub(pattern, "\\2", grep(pattern, bioconductor.sty, value = TRUE)) # add hyperref which is not captured by the regex pkgs = c(pkgs, "hyperref") # list sorted and unique names pkgs = sort(unique(pkgs)) latexpkgs = paste0("\\\\latex{", pkgs, "}", collapse=", ")