### R code from vignette source 'vulcandata.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vulcandata.Rnw:35-36 ################################################### set.seed(1) ################################################### ### code chunk number 2: vulcandata.Rnw:39-42 (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("vulcandata") ################################################### ### code chunk number 3: vulcandata.Rnw:48-49 ################################################### library(vulcandata) ################################################### ### code chunk number 4: vulcandata.Rnw:55-60 ################################################### # Generate an annotation file from the dummy ChIP-Seq dataset vfile<-"deleteme.csv" vulcansheet(vfile) read.csv(vfile) unlink(vfile) ################################################### ### code chunk number 5: vulcandata.Rnw:65-75 ################################################### # Example regulon object library(viper) load(system.file('extdata','network.rda',package='vulcandata',mustWork=TRUE)) network # Example regulon object library(viper) load(system.file('extdata','network.rda',package='vulcandata',mustWork=TRUE)) network