### R code from vignette source 'bgx.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: bgx.Rnw:35-36 ################################################### library(bgx) ################################################### ### code chunk number 2: bgx.Rnw:61-65 ################################################### library(affydata) library(hgu95av2cdf) data(Dilution) eset <- bgx(Dilution, samplesets=c(2,2), probeAff=FALSE, burnin=2048, iter=8192,genes=c(12500:12599), output="all") ################################################### ### code chunk number 3: bgx.Rnw:70-71 ################################################### exprs(eset)[10:40,] # Shorthand for assayData(eset)\$exprs[10:40,] ################################################### ### code chunk number 4: bgx.Rnw:78-79 ################################################### sampleNames(Dilution) ################################################### ### code chunk number 5: bgx.Rnw:102-103 ################################################### bgxOutput <- readOutput.bgx("run.1") ################################################### ### code chunk number 6: bgx.Rnw:108-109 ################################################### plotExpressionDensity(bgxOutput, gene=10) ################################################### ### code chunk number 7: bgx.Rnw:114-116 ################################################### rankedGeneList <- rankByDE(bgxOutput) print(rankedGeneList[1:25,]) # print top 25 DEG ################################################### ### code chunk number 8: bgx.Rnw:121-122 ################################################### unlink("run.1", recursive=TRUE)