### R code from vignette source 'MetabPackage.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LoadAMDISReport ################################################### library(Metab) data(exampleAMDISReport) print(head(exampleAMDISReport, 25)) ################################################### ### code chunk number 2: LoadIonLibrary ################################################### data(exampleMSLfile) print(head(exampleMSLfile, 29)) testLib <- buildLib(exampleMSLfile, save = FALSE, verbose = FALSE) print(testLib) ################################################### ### code chunk number 3: RunMetReport ################################################### ###### Load exampleAMDISReport ###### data(exampleAMDISReport) ###### Load exampleIonLib ########### data(exampleIonLib) ###### Analyse a single file ######## testfile <- unzip(system.file("extdata/130513_REF_SOL2_2_50_50_1.CDF.zip", package = "Metab")) test <- MetReport(inputData = testfile, singleFile = TRUE, AmdisReport = exampleAMDISReport, ionLib = exampleIonLib, abundance = "recalculate", TimeWindow = 0.5, save = FALSE) ###### Show results ################# print(test) ################################################### ### code chunk number 4: RunMetReportArea ################################################### ###### Load exampleAMDISReport ###### data(exampleAMDISReport) ###### Analyse a single file ######## test <- MetReport(inputData = testfile, singleFile = TRUE, AmdisReport = exampleAMDISReport, abundance = "Area", TimeWindow = 0.5, save = FALSE) ###### Show results ################# print(test) ################################################### ### code chunk number 5: ExampleForMetReport (eval = FALSE) ################################################### ## MetReport( ## dataFolder = "/Users/ThePathToTheMainFolder/", ## AmdisReport = "/Users/MyAMDISreport.TXT", ## ionLib = "/Users/MyIonLibrary.csv", ## save = TRUE, ## output = "metabData", ## TimeWindow = 2.5, ## Remove = c("Ethanol", "Pyridine")) ################################################### ### code chunk number 6: LoadReportMetReport ################################################### data(exampleMetReport) print(exampleMetReport) ################################################### ### code chunk number 7: ExampleMetReportNames ################################################### ### Load the example of AMDIS report ##### data(exampleAMDISReport) ### Extract the Area of compounds in samples # 130513_REF_SOL2_2_100_1 and 130513_REF_SOL2_2_100_2 ## test <- MetReportNames( c("130513_REF_SOL2_2_100_1", "130513_REF_SOL2_2_100_2"), exampleAMDISReport, save = FALSE, TimeWindow = 0.5, base.peak = FALSE) print(test) ################################################### ### code chunk number 8: RemovingFalsePositives ################################################### ### Load the inputData ### data(exampleMetReport) ### Normalize #### normalizedData <- removeFalsePositives(exampleMetReport, truePercentage = 40, save = FALSE) ################## # The abundances of compound Zylene3 will be replaced by NA in samples from experimental #condition 50ul, as it is present in less than 40 per cent of the samples from this #experimental condition. ### Show results #### print(normalizedData) ################################################### ### code chunk number 9: ExampleIST ################################################### ### Load the inputData ### data(exampleMetReport) ### Normalize #### normalizedData <- normalizeByInternalStandard( exampleMetReport, internalStandard = "Acetone", save = FALSE) ### Show results #### print(normalizedData) ################################################### ### code chunk number 10: LoadBiomasses ################################################### data(exampleBiomass) print(exampleBiomass) ################################################### ### code chunk number 11: ExampleBiomassNorm ################################################### ### Load the inputData ### data(exampleMetReport) ### Load the list of biomasses ### data(exampleBiomass) ### Normalize #### normalizedData <- normalizeByBiomass( exampleMetReport, biomass = exampleBiomass, save = FALSE) ### Show results ### print(normalizedData) ################################################### ### code chunk number 12: ExampleForHtest ################################################### ### Load the inputData ### data(exampleMetReport) ### Perform t-test #### tTestResults <- htest( exampleMetReport, signif.level = 0.05, StatTest = "T", save = FALSE ) ### Show results ### print(tTestResults) ### Perform ANOVA #### AnovaResults <- htest( exampleMetReport, signif.level = 0.05, StatTest = "Anova", save = FALSE ) ### Show results ### print(AnovaResults) ################################################### ### code chunk number 13: sessioninfo ################################################### print(sessionInfo(), locale = FALSE)