### R code from vignette source 'MPFE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MPFE.Rnw:52-56 ################################################### library(MPFE) data(patternsExample) patternsExample estimatePatterns(patternsExample, epsilon=0.01, column=2) ################################################### ### code chunk number 2: MPFE.Rnw:66-70 ################################################### estimates <- estimatePatterns(patternsExample, epsilon=0.01, eta=c(0.008, 0.01, 0.01, 0.01, 0.008)) estimates ################################################### ### code chunk number 3: MPFE.Rnw:79-80 ################################################### plotPatterns(estimates[[2]]) ################################################### ### code chunk number 4: MPFE.Rnw:89-109 ################################################### par(mfrow=c(2, 2)) patternMap(estimates[[1]], maxFreq=0.5, main='Estimated frequencies') patternMap(estimates[[1]], estimatedDistribution=FALSE, maxFreq=0.5, topDown=FALSE, main='Observed frequencies') patternMap(estimates[[1]], maxFreq=0.5, methCol=colorRampPalette(c('red', 'blue')), unMethCol='lightgrey', main='Estimated frequencies') patternMap(estimates[[1]], estimatedDistribution=FALSE, maxFreq=0.5, methCol=c('bisque4', 'azure4'), unMethCol=c('beige', 'azure'), main='Observed frequencies')