### R code from vignette source 'CNORfuzzy-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### options(width=70, useFancyQuotes="UTF-8", prompt=" ", continue=" ") ################################################### ### code chunk number 2: installCNORfuzzy (eval = FALSE) ################################################### ## if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("CNORfuzzy") ################################################### ### code chunk number 3: installCNORfuzzy2 ################################################### library(CNORfuzzy) ################################################### ### code chunk number 4: quickstart ################################################### library(CNORfuzzy) data(CNOlistToy, package="CellNOptR") data(ToyModel, package="CellNOptR") ################################################### ### code chunk number 5: CNORfuzzy-vignette.Rnw:153-157 ################################################### library(CNORfuzzy) library(xtable) data(CNOlistToy, package="CellNOptR") data(ToyModel, package="CellNOptR") ################################################### ### code chunk number 6: reacIDtab ################################################### xtable(matrix(ToyModel$reacID, ncol=4), caption="The ToyModel object contains a prior knowledge network with 16 reactions stored in the field \\emph{ToyModel\\$reacID}. There are other fields such as \\emph{namesSpecies} or \\emph{interMat} that are used during the analysis.", label="tab:reacID") ################################################### ### code chunk number 7: quickstartPlotModel ################################################### library(CNORfuzzy) data(CNOlistToy, package="CellNOptR") data(ToyModel, package="CellNOptR") plotModel(ToyModel, CNOlistToy, compressed=c("p38", "TRAF6", "Ras")) ################################################### ### code chunk number 8: quickstartPlotModelCompressed ################################################### library(CNORfuzzy) data(CNOlistToy, package="CellNOptR") data(ToyModel, package="CellNOptR") plotModel(expandGates(compressModel(ToyModel, indexFinder(CNOlistToy, ToyModel))), CNOlistToy) ################################################### ### code chunk number 9: cnolist ################################################### data(CNOlistToy, package="CellNOptR") CNOlistToy = CNOlist(CNOlistToy) print(CNOlistToy) ################################################### ### code chunk number 10: plotCNOlist ################################################### # with the old CNOlist (output of makeCNOlist), type data(CNOlistToy, package="CellNOptR") plotCNOlist(CNOlistToy) # with the new version, just type: CNOlistToy = CNOlist(CNOlistToy) plot(CNOlistToy) ################################################### ### code chunk number 11: Ropts ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 12: CNORfuzzy-vignette.Rnw:246-250 ################################################### paramsList = defaultParametersFuzzy(CNOlistToy, ToyModel) paramsList$popSize = 50 paramsList$maxGens = 50 paramsList$optimisation$maxtime = 30 ################################################### ### code chunk number 13: optimisation ################################################### N = 1 allRes = list() paramsList$verbose=TRUE for (i in 1:N){ Res = CNORwrapFuzzy(CNOlistToy, ToyModel, paramsList=paramsList) allRes[[i]] = Res } ################################################### ### code chunk number 14: compileMultiRes ################################################### summary = compileMultiRes(allRes,show=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: plotMeanFuzzyFit ################################################### plotMeanFuzzyFit(0.1, summary$allFinalMSEs, allRes, plotParams=list(cmap_scale=0.5, cex=.9, margin=0.3)) ################################################### ### code chunk number 16: FullAnalysis_start ################################################### library(CNORfuzzy) data(DreamModel, package="CellNOptR") data(CNOlistDREAM, package="CellNOptR") ################################################### ### code chunk number 17: quickstartPlotModel2 ################################################### library(CNORfuzzy) data(CNOlistToy, package="CellNOptR") data(ToyModel, package="CellNOptR") compModel = compressModel(DreamModel, indexFinder(CNOlistDREAM, DreamModel)) compSpecies = compModel$speciesCompressed plotModel(DreamModel, CNOlistDREAM, compressed=compSpecies, graphvizParams=list(fontsize=40, nodeWidth=15, nodeHeight=8)) ################################################### ### code chunk number 18: quickstartPlotModelCompressed2 ################################################### library(CNORfuzzy) data(CNOlistToy, package="CellNOptR") data(ToyModel, package="CellNOptR") compModel = compressModel(DreamModel, indexFinder(CNOlistDREAM, DreamModel)) plotModel(compModel, CNOlistDREAM, graphvizParams=list(fontsize=40)) ################################################### ### code chunk number 19: param1 ################################################### # Default parameters paramsList = defaultParametersFuzzy(CNOlistDREAM, DreamModel) # Some Genetic Algorithm parameters paramsList$popSize = 50 paramsList$maxTime = 5*60 paramsList$maxGens = 200 paramsList$stallGenMax = 50 paramsList$verbose = FALSE ################################################### ### code chunk number 20: param_funs1 ################################################### # Default Fuzzy Logic Type1 parameters (Hill transfer functions) nrow = 7 paramsList$type1Funs = matrix(data = NaN,nrow=nrow,ncol=3) paramsList$type1Funs[,1] = 1 paramsList$type1Funs[,2] = c(3, 3, 3, 3, 3, 3, 1.01) paramsList$type1Funs[,3] = c(0.2, 0.3, 0.4, 0.55, 0.72,1.03, 68.5098) ################################################### ### code chunk number 21: param_funs2 ################################################### # Default Fuzzy Logic Type2 parameters nrow = 7 paramsList$type2Funs = matrix(data = NaN,nrow=nrow,ncol=3) paramsList$type2Funs[,1] = seq(from=0.2, to=0.8, length=nrow) #paramsList$type2Funs[,1] = c(0.2,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8) paramsList$type2Funs[,2] = 1 paramsList$type2Funs[,3] = 1 ################################################### ### code chunk number 22: param_funs3 ################################################### paramsList$redThres = c(0, 0.0001, 0.0005, 0.001, 0.003, 0.005, 0.01) ################################################### ### code chunk number 23: param_optim ################################################### paramsList$optimisation$algorithm = "NLOPT_LN_SBPLX" paramsList$optimisation$xtol_abs = 0.001 paramsList$optimisation$maxeval = 10000 paramsList$optimisation$maxtime = 60*5 ################################################### ### code chunk number 24: FullAnalysis (eval = FALSE) ################################################### ## N = 10 ## allRes = list() ## for (i in 1:N){ ## Res = CNORwrapFuzzy(CNOlistDREAM, DreamModel, paramsList=paramsList, ## verbose=TRUE) ## allRes[[i]] = Res ## } ## summary = compileMultiRes(allRes, show=TRUE) ################################################### ### code chunk number 25: FullAnalysis2 (eval = FALSE) ################################################### ## plotMeanFuzzyFit(0.01, summary$allFinalMSEs, allRes) ################################################### ### code chunk number 26: FullAnalysis3 (eval = FALSE) ################################################### ## plotMeanFuzzyFit(0.5, summary$allFinalMSEs, allRes) ################################################### ### code chunk number 27: writeFuzzyNetwork (eval = FALSE) ################################################### ## writeFuzzyNetwork(0.01, summary$allFinalMSEs, allRes, "output_dream") ################################################### ### code chunk number 28: FullAnalysisPlotModel ################################################### library(CNORfuzzy) data(CNOlistToy, package="CellNOptR") data(ToyModel, package="CellNOptR") plotModel("output_dream_PKN.sif", CNOlistDREAM)