### R code from vignette source 'rama.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: rama.Rnw:81-82 (eval = FALSE) ################################################### ## library(rama,lib.loc='/home/user/Rlib') ################################################### ### code chunk number 2: rama.Rnw:123-125 ################################################### library(rama) data(hiv) ################################################### ### code chunk number 3: rama.Rnw:155-156 ################################################### mcmc.hiv<-fit.model(hiv[1:640,c(1:4)],hiv[1:640,c(5:8)],B=5000,min.iter=4000,batch=1,shift=30,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2) ################################################### ### code chunk number 4: rama.Rnw:162-164 ################################################### gamma1<-mat.mean(mcmc.hiv$gamma1)[,1] gamma2<-mat.mean(mcmc.hiv$gamma2)[,1] ################################################### ### code chunk number 5: logratio ################################################### ratio.plot(mcmc.hiv,col=1,pch=1) ################################################### ### code chunk number 6: histdf ################################################### hist(mcmc.hiv$df[3,],main="Posterior degree of freedoms, array 3",xlab="df",50) ################################################### ### code chunk number 7: imagew ################################################### weight.plot(mcmc.hiv,hiv[1:640,9:10],array=3) ################################################### ### code chunk number 8: rama.Rnw:208-209 ################################################### mcmc.shift<-est.shift(hiv[1:640,c(1:4)],hiv[1:640,c(5:8)],B=2000,min.iter=1000,batch=10,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2) ################################################### ### code chunk number 9: rama.Rnw:225-229 (eval = FALSE) ################################################### ## library(rama) ## data(hiv) ## mcmc.hiv<-fit.model(hiv[,c(1:4)],hiv[,c(5:8)],B=50000,min.iter=5000,batch=90,shift=30,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2) ## save(mcmc.hiv,file='mcmc.hiv.R')