### R code from vignette source 'genomeIntervals.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: set_width ################################################### options( width = 80 ) ################################################### ### code chunk number 2: classes ################################################### library( genomeIntervals ) data("gen_ints") i ################################################### ### code chunk number 3: ends ################################################### i[,1] i[,2] closed(i) closed(i)[2,2] <- FALSE ################################################### ### code chunk number 4: quick.closure ################################################### i2 <- i closed(i2) <- c( TRUE, FALSE ) i2 ################################################### ### code chunk number 5: seqname.strand ################################################### seqnames(i) strand(i) strand(i)[2] <- "-" ################################################### ### code chunk number 6: combine ################################################### j c( i[1:3,], j[1:2,] ) ################################################### ### code chunk number 7: annotation ################################################### annotation(i) annotation(i)$myannot = rep( c("my", "annot"), length=nrow(i) ) annotation(i[2:3,]) ################################################### ### code chunk number 8: annotationColumns ################################################### i$myannot i[["myannot"]] ################################################### ### code chunk number 9: close-intervals ################################################### close_intervals(i) ################################################### ### code chunk number 10: size ################################################### size(i) ################################################### ### code chunk number 11: new ################################################### new( "Genome_intervals_stranded", matrix(c(1, 2, 2, 5), ncol = 2), closed = TRUE, annotation = data.frame( seq_name = factor(c("chr01","chr02")), inter_base = FALSE, strand = factor( c("+", "+"), levels=c("+", "-") ) ) ) ################################################### ### code chunk number 12: intervalOverlap ################################################### interval_overlap( from=i, to=j ) ################################################### ### code chunk number 13: interval-union ################################################### interval_union(i) ################################################### ### code chunk number 14: setoperations ################################################### interval_intersection(i,j) interval_complement(j[1:2,]) ################################################### ### code chunk number 15: distance ################################################### distance_to_nearest(i,j) ################################################### ### code chunk number 16: inter-base ################################################### k inter_base(k) k[inter_base(k),] ################################################### ### code chunk number 17: size.inter-base ################################################### size(k) ################################################### ### code chunk number 18: intervalOverlap.inter-base ################################################### interval_overlap(j,k) ################################################### ### code chunk number 19: distance.inter-base ################################################### distance_to_nearest(j,k) ################################################### ### code chunk number 20: setoperations.inter-base ################################################### interval_union(k) interval_intersection(k,j) interval_complement(k[1:2,]) ################################################### ### code chunk number 21: loadgff ################################################### libPath <- installed.packages()["genomeIntervals", "LibPath"] filePath <- file.path( libPath, "genomeIntervals", "example_files" ) gff <- readGff3( file.path( filePath, "sgd_simple.gff" ), isRightOpen=FALSE,quiet=TRUE ) idpa = getGffAttribute( gff, c( "ID", "Parent" ) ) head(idpa) ################################################### ### code chunk number 22: sessionInfo ################################################### si <- as.character( toLatex( sessionInfo() ) ) cat( si[ -grep( "Locale", si ) ], sep = "\n" )