### R code from vignette source 'LRBase.Mmu.eg.db.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: LRBase.Mmu.eg.db.Rnw:58-62 ################################################### library('LRBaseDbi') if(interactive()){ example('makeLRBasePackage') } ################################################### ### code chunk number 3: LRBase.Mmu.eg.db.Rnw:70-76 ################################################### if(interactive()){ filepath <- list.files(destination, full.names=TRUE) install.packages(filepath, repos=NULL, type='source') library('FANTOM5.Hsa.eg.db') packageVersion('FANTOM5.Hsa.eg.db') } ################################################### ### code chunk number 4: LRBase.Mmu.eg.db.Rnw:86-93 ################################################### if(interactive()){ columns(FANTOM5.Hsa.eg.db) keytypes(FANTOM5.Hsa.eg.db) key_FN5 <- keys(FANTOM5.Hsa.eg.db, keytype='GENEID_R') head(select(FANTOM5.Hsa.eg.db, keys=key_FN5[1:2], columns=c('GENEID_L', 'GENEID_R'), keytype='GENEID_R')) } ################################################### ### code chunk number 5: LRBase.Mmu.eg.db.Rnw:102-111 ################################################### if(interactive()){ species(FANTOM5.Hsa.eg.db) nomenclature(FANTOM5.Hsa.eg.db) listDatabases(FANTOM5.Hsa.eg.db) dbInfo(FANTOM5.Hsa.eg.db) dbfile(FANTOM5.Hsa.eg.db) dbschema(FANTOM5.Hsa.eg.db) dbconn(FANTOM5.Hsa.eg.db) } ################################################### ### code chunk number 6: LRBase.Mmu.eg.db.Rnw:132-140 ################################################### if(interactive()){ if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE)){ install.packages('BiocManager') } BiocManager::install('scTensor') library('scTensor') vignette('scTensor') }