### R code from vignette source 'clustComp.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadData ################################################### library(Biobase) library(colonCA) data(colonCA) ################################################### ### code chunk number 2: renameLongNames ################################################### rownames(colonCA)[39:42] <- paste("HSAC07", 0:3) rownames(colonCA)[50:53] <- paste("UMGAP", 0:3) rownames(colonCA)[260:263] <- paste("i", 0:3) ################################################### ### code chunk number 3: loadPackage ################################################### library(clustComp) ################################################### ### code chunk number 4: clustComp.Rnw:72-80 ################################################### set.seed(0) # seven flat clusters: flat1 <- paste("A", kmeans(exprs(colonCA), 7)$cluster, sep = "") # six flat clusters: flat2 <- paste("B", kmeans(exprs(colonCA), 6)$cluster, sep = "") # dendrograms with 2000 leaves: hierar <- hclust(dist(exprs(colonCA))) hierar2 <- hclust(dist(exprs(colonCA)), method = 'ward.D') ################################################### ### code chunk number 5: comparisonFlatVsFlat1 ################################################### flatVSflat( flat1, flat2, line.wd = 5, h.min = 0.3, greedy = FALSE) ################################################### ### code chunk number 6: fig01 ################################################### bitmap("fig01.png", height = 4, width = 4, pointsize = 10, res = 300) flatVSflat(flat1, flat2, line.wd = 5, h.min = 0.3, greedy = FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 7: comparisonFlatVsFlat1a ################################################### flatVSflat(flat1, flat2, coord1=c(6,3,4,7,5,1,2), coord2=c(5,1,4,6,3,2), greedy = FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: fig01a ################################################### bitmap("fig01a.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300) flatVSflat(flat1, flat2, coord1=c(6,3,4,7,5,1,2), coord2=c(5,1,4,6,3,2), greedy = FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 9: comparisonFlatVsFlat2 ################################################### flatVSflat(flat1, flat2, evenly=TRUE, horiz=TRUE, greedy = FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: fig02 ################################################### bitmap("fig02.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300) flatVSflat(flat1, flat2, evenly=TRUE, horiz=TRUE, greedy = FALSE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 11: greedyAlgorithm ################################################### myMapping<-SCmapping(flat1, flat2) ################################################### ### code chunk number 12: fig03 ################################################### bitmap("fig03.png",height=4,width=7,pointsize=10,res=300) SCmapping(flat1,flat2) dev.off() ################################################### ### code chunk number 13: comparisonFlatVsFlatGreedy ################################################### flatVSflat( flat1, flat2, line.wd = 5, h.min = 0.3, greedy = TRUE) ################################################### ### code chunk number 14: fig04 ################################################### bitmap("fig04.png", height = 4, width = 4, pointsize = 10, res = 300) flatVSflat(flat1, flat2, line.wd = 5, h.min = 0.3, greedy = TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 15: aestheticsNoLookAhead ################################################### comparison.flatVShier.1<-flatVShier(hierar, flat1, verbose=FALSE, pausing=FALSE, score.function="crossing", greedy.colours=1:4, look.ahead=0) ################################################### ### code chunk number 16: fig05 ################################################### bitmap("fig05.png",height=6,width=8,pointsize=9,res=300) flatVShier(hierar,flat1,pausing=FALSE,verbose=FALSE, score.function="crossing",greedy.colours=1:4,look.ahead=0) dev.off() ################################################### ### code chunk number 17: aestheticsNoLookAheadExpanded ################################################### comparison.flatVShier.1<-flatVShier(hierar, flat1, verbose=FALSE, pausing=FALSE, score.function="crossing", greedy.colours=1:4, look.ahead=0, expanded=TRUE) ################################################### ### code chunk number 18: fig06 ################################################### bitmap("fig06.png",height=14,width=8,pointsize=9,res=300) flatVShier(hierar,flat1,pausing=FALSE,verbose=FALSE, score.function="crossing",greedy.colours=1:4,look.ahead=0, expanded=TRUE) dev.off() ################################################### ### code chunk number 19: itLookAhead1 ################################################### comparison.flatVShier.2<-flatVShier(hierar, flat1, verbose=FALSE, pausing=FALSE, h.min=0.2, score.function="it", greedy.colours=1:4, look.ahead=1) ################################################### ### code chunk number 20: fig07 ################################################### bitmap("fig07.png",height=6,width=8,pointsize=9,res=300) flatVShier(hierar,flat1,pausing=FALSE,h.min=0.2,verbose=FALSE, score.function="it",greedy.colours=1:4,look.ahead=1) dev.off() ################################################### ### code chunk number 21: itLookAhead2 ################################################### comparison.flatVShier.3<-flatVShier(hierar, flat1, verbose=FALSE, pausing=FALSE, h.min=0.2, score.function="it", greedy.colours=1:4, look.ahead=2) ################################################### ### code chunk number 22: fig08 ################################################### bitmap("fig08.png", height=6, width=8, pointsize=9, res=300) flatVShier(hierar, flat1, pausing=FALSE, verbose=FALSE, score.function="it", greedy.colours=1:4, look.ahead=2,h.min=0.2) dev.off() ################################################### ### code chunk number 23: itLookAhead2Expanded ################################################### comparison.flatVShier.4<-flatVShier(hierar2, flat1, verbose=FALSE, pausing=FALSE, h.min=0.2, score.function="it", greedy.colours=1:4, look.ahead=2, expanded=TRUE) ################################################### ### code chunk number 24: fig09 ################################################### bitmap("fig09.png", height=14, width=8, pointsize=9, res=300) flatVShier(hierar2, flat1, pausing=FALSE, verbose=FALSE, score.function="it", greedy.colours=1:4, look.ahead=2, h.min=0.2, expanded=TRUE) dev.off() Sys.sleep(10) ################################################### ### code chunk number 25: itLookAhead2Heatmap ################################################### comparison.flatVShier.5<-flatVShier(hierar2, flat1, verbose=FALSE, pausing=FALSE, h.min=0.2, score.function="it", greedy.colours=1:4, look.ahead=2, expanded=TRUE, expression=exprs(colonCA)) ################################################### ### code chunk number 26: fig10 ################################################### bitmap("fig10.png", height=14, width=8, pointsize=9, res=300) flatVShier(hierar2, flat1, pausing=FALSE, verbose=FALSE, score.function="it", greedy.colours=1:4, look.ahead=2, h.min=0.2, expanded=TRUE, expression=exprs(colonCA)) dev.off() Sys.sleep(10)