### R code from vignette source 'ITALICS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: ITALICS.Rnw:95-100 ################################################### require(ITALICS) ITALICSDataPATH <- attr(as.environment(match("package:ITALICSData",search())),"path") load(paste(ITALICSDataPATH,"/data/snpInfo.RData", sep="")) load(paste(ITALICSDataPATH,"/data/quartetInfo.RData", sep="")) ################################################### ### code chunk number 2: ITALICS.Rnw:106-114 ################################################### ITALICSDataPATH <- attr(as.environment(match("package:ITALICSData",search())),"path") filename <- paste(ITALICSDataPATH,"/extdata/HF0844_Xba.CEL", sep="") headdetails <- readCelHeader(filename[1]) pkgname <- cleanPlatformName(headdetails[["chiptype"]]) quartetEffectFile <- paste(ITALICSDataPATH,"/extdata/Xba.QuartetEffect.csv", sep="") quartetEffect <- read.table(quartetEffectFile, sep=";", header=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: ITALICS.Rnw:129-132 ################################################### profilSNPXba <- ITALICS(quartet$quartetInfo, snpInfo, formule="Smoothing+QuartetEffect+FL+I(FL^2)+I(FL^3)+GC+I(GC^2)+I(GC^3)") ################################################### ### code chunk number 4: ITALICS.Rnw:139-141 ################################################### data(cytoband) plotProfile(profilSNPXba, Smoothing="Smoothing", cytoband=cytoband)