### R code from vignette source 'GateFinder.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: c1 ################################################### library(GateFinder) library(flowCore) data(LPSData) targetpop <- (exprs(rawdata)[,34] > 3.5) plot(exprs(rawdata)[ , c(2,34)], pch='.', col=targetpop+1, xlab='Cell Length', ylab='p-p38') abline(h=3.5, col=3, lwd=2, lty=2) ################################################### ### code chunk number 2: c12 ################################################### x=exprs(rawdata)[ , prop.markers] colnames(x)=marker.names[prop.markers] results=GateFinder(x, targetpop) ################################################### ### code chunk number 3: c13 ################################################### plot (x, results, c(2,3), targetpop) ################################################### ### code chunk number 4: c14 ################################################### plot(results) ################################################### ### code chunk number 5: c2 ################################################### results=GateFinder(x, targetpop, outlier.percentile=0.5) plot (x, results, c(2,3), targetpop) plot(results) ################################################### ### code chunk number 6: c21 ################################################### results=GateFinder(x, targetpop, beta=0.5) plot (x, results, c(2,3), targetpop) plot(results)