### R code from vignette source 'rGADEM.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loading rGADEM package ################################################### library(rGADEM) ################################################### ### code chunk number 2: loading BSgenome package ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) ################################################### ### code chunk number 3: loading BSgenome package ################################################### library(rtracklayer) ################################################### ### code chunk number 4: BED File ################################################### pwd<-"" #INPUT FILES- BedFiles, FASTA, etc. path<- system.file("extdata/Test_100.bed",package="rGADEM") BedFile<-paste(pwd,path,sep="") Sequences<-import(BedFile) ################################################### ### code chunk number 5: Create the RD Files (eval = FALSE) ################################################### ## ## pwd<-"" #INPUT FILES- BedFiles, FASTA, etc. ## path<- system.file("extdata/Test_100.fasta",package="rGADEM") ## FastaFile<-paste(pwd,path,sep="") ## Sequences <- read.DNAStringSet(FastaFile, "fasta") ################################################### ### code chunk number 6: rGADEM analysis ################################################### gadem<-GADEM(Sequences,verbose=1,genome=Hsapiens) ################################################### ### code chunk number 7: prepare PWM (eval = FALSE) ################################################### ## path<- system.file("extdata/jaspar2009.txt",package="rGADEM") ## seededPwm<-readPWMfile(path) ## grep("STAT1",names(seededPwm)) ## STAT1.PWM=seededPwm[103] ################################################### ### code chunk number 8: rGADEM seeded analysis (eval = FALSE) ################################################### ## gadem<-GADEM(Sequences,verbose=1,genome=Hsapiens,Spwm=STAT1.PWM, fixSeeded=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: rGADEM seeded analysis (eval = FALSE) ################################################### ## gadem<-GADEM(Sequences,verbose=1,genome=Hsapiens,Spwm=STAT1.PWM) ################################################### ### code chunk number 10: pwm ################################################### nOccurrences(gadem) ################################################### ### code chunk number 11: pwm ################################################### nOccurrences(gadem)[1] ################################################### ### code chunk number 12: consensus ################################################### consensus(gadem) ################################################### ### code chunk number 13: consensus ################################################### consensus(gadem)[1] ################################################### ### code chunk number 14: position ################################################### startPos(gadem) ################################################### ### code chunk number 15: position ################################################### endPos(gadem) ################################################### ### code chunk number 16: parameters (eval = FALSE) ################################################### ## gadem@parameters