### R code from vignette source 'plrs_vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: plrs_vignette.Rnw:204-207 ################################################### library(plrs) data(neveCN17) data(neveGE17) ################################################### ### code chunk number 2: plrs_vignette.Rnw:215-217 ################################################### neveGE17 neveCN17 ################################################### ### code chunk number 3: plrs_vignette.Rnw:236-238 ################################################### # Index of gene PITPNA idx <- which(fData(neveGE17)$Symbol=="PITPNA")[1] ################################################### ### code chunk number 4: plrs_vignette.Rnw:240-245 ################################################### # Obtain vectors of gene expression (normalized) and # copy number (segmented and called) data rna <- exprs(neveGE17)[idx,] cghseg <- segmented(neveCN17)[idx,] cghcall <- calls(neveCN17)[idx,] ################################################### ### code chunk number 5: plrs_vignette.Rnw:247-252 ################################################### # Obtain vectors of posterior membership probabilities probloss <- probloss(neveCN17)[idx,] probnorm <- probnorm(neveCN17)[idx,] probgain <- probgain(neveCN17)[idx,] probamp <- probamp(neveCN17)[idx,] ################################################### ### code chunk number 6: plrs_vignette.Rnw:271-273 ################################################### # Check: how many observations per state? table(cghcall) ################################################### ### code chunk number 7: plrs_vignette.Rnw:279-286 ################################################### # Set the minimum to 4 observations per state cghcall2 <- modify.conf(cghcall, min.obs=4, discard=FALSE) table(cghcall2) # Set the minimum to 4 observations per state cghcall2 <- modify.conf(cghcall, min.obs=4, discard=TRUE) table(cghcall2) ################################################### ### code chunk number 8: plrs_vignette.Rnw:331-335 ################################################### # Fit a model model <- plrs(rna, cghseg, cghcall, probloss, probnorm, probgain, probamp) model plot(model) ################################################### ### code chunk number 9: plrs_vignette.Rnw:369-375 ################################################### # Model selection modelSelection <- plrs.select(model) summary(modelSelection) # Plot selected model plot(modelSelection) ################################################### ### code chunk number 10: plrs_vignette.Rnw:382-384 ################################################### selectedModel <- modelSelection@model selectedModel ################################################### ### code chunk number 11: plrs_vignette.Rnw:433-445 ################################################### # Testing the full model with model <- plrs.test(model, alpha=0.05) model # or with selectedModel <- plrs.test(selectedModel, alpha=0.05) selectedModel # Testing the selected model selectedModel2 <- selectedModel selectedModel2@selected <- FALSE plrs.test(selectedModel2, alpha=0.05) ################################################### ### code chunk number 12: plrs_vignette.Rnw:466-472 ################################################### # Compute and plot CBs selectedModel <- plrs.cb(selectedModel, alpha=0.05) str(selectedModel@cb) plot(selectedModel) ################################################### ### code chunk number 13: plrs_vignette.Rnw:480-481 ################################################### plot(selectedModel, col.pts="black", col.cb="pink") ################################################### ### code chunk number 14: plrs_vignette.Rnw:496-501 ################################################### # Testing the full model, no model selection (fast) neveSeries <- plrs.series(neveGE17[1:200,], neveCN17[1:200,], control.select=NULL) # Testing the full model and applying model selection neveSeries2 <- plrs.series(neveGE17[1:200,], neveCN17[1:200,]) ################################################### ### code chunk number 15: plrs_vignette.Rnw:512-519 ################################################### # Summary of screening test neveSeries summary(neveSeries) # Summary of screening test and model selection neveSeries2 summary(neveSeries2) ################################################### ### code chunk number 16: plrs_vignette.Rnw:524-531 ################################################### # Testing results head(neveSeries@test) head(neveSeries2@test) # Coefficients of selected models head(neveSeries2@coefficients)