### R code from vignette source 'MeSH.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MeSH.Rnw:151-152 (eval = FALSE) ################################################### ## library(MeSH.db) ################################################### ### code chunk number 2: MeSH.Rnw:158-160 (eval = FALSE) ################################################### ## ls("package:MeSH.db") ## MeSH.db ################################################### ### code chunk number 3: MeSH.Rnw:168-169 (eval = FALSE) ################################################### ## columns(MeSH.db) ################################################### ### code chunk number 4: MeSH.Rnw:176-177 (eval = FALSE) ################################################### ## keytypes(MeSH.db) ################################################### ### code chunk number 5: MeSH.Rnw:184-187 (eval = FALSE) ################################################### ## k <- keys(MeSH.db, keytype="MESHID") ## length(k) ## head(k) ################################################### ### code chunk number 6: MeSH.Rnw:193-195 (eval = FALSE) ################################################### ## select(MeSH.db, keys=k[1:10], columns=c("MESHID","MESHTERM"), ## keytype="MESHID") ################################################### ### code chunk number 7: MeSH.Rnw:206-209 (eval = FALSE) ################################################### ## LEU <- select(MeSH.db, keys="Leukemia", ## columns=c("MESHID", "MESHTERM", "CATEGORY", "SYNONYM"), keytype="MESHTERM") ## LEU ################################################### ### code chunk number 8: MeSH.Rnw:218-222 (eval = FALSE) ################################################### ## library("MeSH.AOR.db") ## ANC <- select(MeSH.AOR.db, keys="D007938", ## columns=c("ANCESTOR","OFFSPRING"), keytype="OFFSPRING") ## ANC ################################################### ### code chunk number 9: MeSH.Rnw:229-230 (eval = FALSE) ################################################### ## select(MeSH.db, keys=ANC[1,1], columns=c("MESHTERM"), keytype="MESHID") ################################################### ### code chunk number 10: MeSH.Rnw:237-241 (eval = FALSE) ################################################### ## OFF <- select(MeSH.AOR.db, keys="D007938", ## columns=c("ANCESTOR","OFFSPRING"), keytype="ANCESTOR") ## OFF ## select(MeSH.db, keys=OFF[,2], columns=c("MESHTERM"), keytype="MESHID") ################################################### ### code chunk number 11: MeSH.Rnw:248-253 (eval = FALSE) ################################################### ## library("MeSH.PCR.db") ## CHI <- select(MeSH.PCR.db, keys=LEU[1,1], ## columns=c("PARENT","CHILD"), keytype="PARENT") ## head(CHI) ## head(select(MeSH.db, keys=CHI[,2], columns=c("MESHTERM"), keytype="MESHID")) ################################################### ### code chunk number 12: MeSH.Rnw:266-270 (eval = FALSE) ################################################### ## dbInfo(MeSH.db) ## dbfile(MeSH.db) ## dbschema(MeSH.db) ## dbconn(MeSH.db) ################################################### ### code chunk number 13: MeSH.Rnw:276-297 (eval = FALSE) ################################################### ## library("RSQLite") ## SQL1 <- paste( ## "SELECT MESHTERM, QUALIFIERID, QUALIFIER FROM DATA", ## "WHERE MESHID = 'D000001'", ## "AND QUALIFIERID = 'Q000494'" ## ) ## dbGetQuery(dbconn(MeSH.db), SQL1) ## SQL2 <- paste( ## "SELECT ANCESTOR, OFFSPRING FROM DATA", ## "WHERE OFFSPRING = 'D000002'", ## "OR OFFSPRING = 'D000003'", ## "OR OFFSPRING = 'D000004'", ## "OR ANCESTOR = 'D009275'" ## ) ## dbGetQuery(dbconn(MeSH.AOR.db), SQL2) ## SQL3 <- paste( ## "SELECT PARENT, CHILD FROM DATA", ## "WHERE PARENT = 'D000005'", ## "AND NOT CHILD = 'D004312'" ## ) ## dbGetQuery(dbconn(MeSH.PCR.db), SQL3) ################################################### ### code chunk number 14: MeSH.Rnw:307-313 (eval = FALSE) ################################################### ## library("MeSH.Hsa.eg.db") ## columns(MeSH.Hsa.eg.db) ## keytypes(MeSH.Hsa.eg.db) ## key_HSA <- keys(MeSH.Hsa.eg.db, keytype="MESHID") ## select(MeSH.db, keys=key_HSA[1:10], columns=c("MESHID","MESHTERM"), ## keytype="MESHID") ################################################### ### code chunk number 15: MeSH.Rnw:319-332 (eval = FALSE) ################################################### ## library("MeSH.Aca.eg.db") ## library("MeSH.Bsu.168.eg.db") ## library("MeSH.Syn.eg.db") ## ## species(MeSH.Hsa.eg.db) ## species(MeSH.Aca.eg.db) ## species(MeSH.Bsu.168.eg.db) ## species(MeSH.Syn.eg.db) ## ## nomenclature(MeSH.Hsa.eg.db) ## nomenclature(MeSH.Aca.eg.db) ## nomenclature(MeSH.Bsu.168.eg.db) ## nomenclature(MeSH.Syn.eg.db) ################################################### ### code chunk number 16: MeSH.Rnw:339-343 (eval = FALSE) ################################################### ## listDatabases(MeSH.Hsa.eg.db) ## listDatabases(MeSH.Aca.eg.db) ## listDatabases(MeSH.Bsu.168.eg.db) ## listDatabases(MeSH.Syn.eg.db) ################################################### ### code chunk number 17: MeSH.Rnw:353-355 ################################################### library("MeSHDbi") example("makeGeneMeSHPackage") ################################################### ### code chunk number 18: MeSH.Rnw:371-374 (eval = FALSE) ################################################### ## library("meshr") ## data(geneid.cummeRbund) ## data(sig.geneid.cummeRbund) ################################################### ### code chunk number 19: MeSH.Rnw:382-384 (eval = FALSE) ################################################### ## dim(geneid.cummeRbund)[1] ## dim(sig.geneid.cummeRbund)[1] ################################################### ### code chunk number 20: MeSH.Rnw:391-393 (eval = FALSE) ################################################### ## library("fdrtool") ## library("MeSH.Hsa.eg.db") ################################################### ### code chunk number 21: MeSH.Rnw:404-406 (eval = FALSE) ################################################### ## meshParams <- new("MeSHHyperGParams", geneIds=sig.geneid.cummeRbund[,2], universeGeneIds=geneid.cummeRbund[,2], ## annotation="MeSH.Hsa.eg.db", category="C", database="gendoo", pvalueCutoff=0.05, pAdjust="none") ################################################### ### code chunk number 22: MeSH.Rnw:413-414 (eval = FALSE) ################################################### ## meshR <- meshHyperGTest(meshParams) ################################################### ### code chunk number 23: MeSH.Rnw:422-423 (eval = FALSE) ################################################### ## meshR ################################################### ### code chunk number 24: MeSH.Rnw:431-432 (eval = FALSE) ################################################### ## head(summary(meshR)) ################################################### ### code chunk number 25: MeSH.Rnw:440-444 (eval = FALSE) ################################################### ## category(meshParams) <- "G" ## database(meshParams) <- "gene2pubmed" ## meshR <- meshHyperGTest(meshParams) ## meshR ################################################### ### code chunk number 26: session ################################################### sessionInfo()