### R code from vignette source 'copynumber.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: copynumber.rnw:77-78 ################################################### library(copynumber) ################################################### ### code chunk number 2: copynumber.rnw:83-84 ################################################### data(lymphoma) ################################################### ### code chunk number 3: copynumber.rnw:87-89 ################################################### sub.lymphoma <- subsetData(data=lymphoma,sample=1:3) sub.lymphoma[1:10,] ################################################### ### code chunk number 4: copynumber.rnw:93-94 ################################################### lymph.wins <- winsorize(data=sub.lymphoma,verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: copynumber.rnw:97-98 ################################################### lymph.wins[1:10,] ################################################### ### code chunk number 6: copynumber.rnw:101-103 ################################################### wins.res <- winsorize(data=sub.lymphoma,return.outliers=TRUE,verbose=FALSE) wins.res$wins.outliers[1:10,] ################################################### ### code chunk number 7: copynumber.rnw:108-109 ################################################### single.seg <- pcf(data=lymph.wins,gamma=12,verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: copynumber.rnw:113-114 ################################################### head(single.seg) ################################################### ### code chunk number 9: genomeFile ################################################### png("plotGenome.png", width = 900, height = 500) ################################################### ### code chunk number 10: plotGenome ################################################### plotGenome(data=sub.lymphoma,segments=single.seg,sample=1,cex=3) ################################################### ### code chunk number 11: genomeClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 12: sampleFile ################################################### png("plotSample.png", width = 900, height = 700) ################################################### ### code chunk number 13: plotSample ################################################### plotSample(data=sub.lymphoma,segments=single.seg,layout=c(5,5),sample=1,cex=3) ################################################### ### code chunk number 14: sampleClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 15: copynumber.rnw:165-167 ################################################### multi.seg <- multipcf(data=lymph.wins,verbose=FALSE) head(multi.seg) ################################################### ### code chunk number 16: chromFile ################################################### png("chromPlot.png", width = 480, height=480) ################################################### ### code chunk number 17: chromPlot ################################################### plotChrom(data=lymph.wins,segments=multi.seg,layout=c(3,1),chrom=1) ################################################### ### code chunk number 18: chromClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 19: copynumber.rnw:196-198 ################################################### data(logR) data(BAF) ################################################### ### code chunk number 20: copynumber.rnw:201-202 ################################################### logR.wins <- winsorize(logR,verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 21: copynumber.rnw:205-207 ################################################### allele.seg <- aspcf(logR.wins,BAF,verbose=FALSE) head(allele.seg) ################################################### ### code chunk number 22: aspcfFile ################################################### png("plotAllele.png", width = 800, height = 500) ################################################### ### code chunk number 23: chromPlot ################################################### plotAllele(logR,BAF,allele.seg,sample=1,chrom=c(1:4),layout=c(2,2)) ################################################### ### code chunk number 24: aspcfClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 25: copynumber.rnw:237-238 ################################################### lymphoma.res <- pcf(data=lymphoma,gamma=12,verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 26: freqFile ################################################### png("freqPlot.png", width = 800, height = 400) ################################################### ### code chunk number 27: freqPlot ################################################### plotFreq(segments=lymphoma.res,thres.gain=0.2,thres.loss=-0.1) ################################################### ### code chunk number 28: freqClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 29: copynumber.rnw:269-275 ################################################### chr.from <- c(2,12,4) pos.from <- c(168754669,847879349,121809306) chr.to <- c(14,21,17) pos.to <- c(6147539,301955563,12364465) cl <- c(1,1,2) arcs <- cbind(chr.from,pos.from,chr.to,pos.to,cl) ################################################### ### code chunk number 30: circleFile ################################################### png("circlePlot.png", width = 600, height = 600) ################################################### ### code chunk number 31: circlePlot ################################################### plotCircle(segments=lymphoma.res,thres.gain=0.15,arcs=arcs) ################################################### ### code chunk number 32: circleClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 33: heatFile ################################################### png("plotHeatmap.png", width = 800, height = 400) ################################################### ### code chunk number 34: plotHeatmap ################################################### plotHeatmap(segments=lymphoma.res,upper.lim=0.3) ################################################### ### code chunk number 35: heatClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 36: aberrationFile ################################################### png("plotAberration.png", width = 800, height = 400) ################################################### ### code chunk number 37: plotAberration ################################################### plotAberration(segments=lymphoma.res,thres.gain=0.2) ################################################### ### code chunk number 38: aberrationClose ################################################### null <- dev.off() ################################################### ### code chunk number 39: gammaFile ################################################### png("plotGamma.png", width = 800, height = 600) ################################################### ### code chunk number 40: plotGamma ################################################### data(micma) plotGamma(micma,chrom=17,cex=3) ################################################### ### code chunk number 41: gammaClose ################################################### null <- dev.off()