### R code from vignette source 'FindChimeras.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: FindChimeras.Rnw:43-45 ################################################### options(continue=" ") options(width=80) ################################################### ### code chunk number 2: startup ################################################### library(DECIPHER) ################################################### ### code chunk number 3: expr1 (eval = FALSE) ################################################### ## ids <- dbGetQuery(dbRef, "select identifier, origin from Seqs") ## ids <- paste(ids$origin, ids$identifier, sep=";") ## ## dna <- SearchDB(dbRef, type="DNAStringSet", remove="all") ## ## trainingSet <- LearnTaxa(dna, ids) ################################################### ### code chunk number 4: expr3 (eval = FALSE) ################################################### ## dbConn <- dbConnect(SQLite(), '<>') ## Seqs2DB('<>', 'FASTA', dbConn, '') ################################################### ### code chunk number 5: expr4 (eval = FALSE) ################################################### ## query <- SearchDB(dbConn, remove="all") ## groups <- IdTaxa(query, trainingSet, strand="top", threshold=0, processors=1) ## groups <- sapply(groups, function(x) tail(x$taxon, n=1)) ## groups <- data.frame(identifier=groups, row.names=seq_along(groups), stringsAsFactors=FALSE) ## Add2DB(groups, dbConn) ################################################### ### code chunk number 6: expr7 (eval = FALSE) ################################################### ## # full-length sequences ## chimeras <- FindChimeras(dbConn, dbFileReference=dbRef, add2tbl=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: sessinfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)