### R code from vignette source 'rqubic.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: helpParser (eval = FALSE) ################################################### ## library(rqubic) ## library(Biobase) ## library(biclust) ## help("parseQubicRules") ## example(parseQubicRules) ################################################### ### code chunk number 2: buildExpres ################################################### library(rqubic) library(Biobase) library(biclust) data(BicatYeast) demo.exprs <- new("ExpressionSet", exprs=BicatYeast) ## processing the condition information demo.cond.split <- strsplit(sub("\\.CEL", "", colnames(BicatYeast)), "_") demo.group <- sapply(demo.cond.split, function(x) paste(x[-length(x)], collapse="_")) demo.time <- sapply(demo.cond.split, function(x) x[length(x)]) pData(demo.exprs) <- data.frame(group=demo.group, time=demo.time) sampleNames(demo.exprs) <- paste(demo.group, demo.time) ################################################### ### code chunk number 3: quantile ################################################### demo.disc <- quantileDiscretize(demo.exprs) ################################################### ### code chunk number 4: seed ################################################### demo.seed <- generateSeeds(demo.disc) ################################################### ### code chunk number 5: biclust ################################################### demo.bic <- quBicluster(demo.seed, demo.disc) demo.bic ################################################### ### code chunk number 6: help (eval = FALSE) ################################################### ## help("features", package="rqubic") ################################################### ### code chunk number 7: biclustVis ################################################### parallelCoordinates(BicatYeast, demo.bic, number=3, plotBoth=FALSE, compare=TRUE, col="#004495", pch=1) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())