### R code from vignette source 'pepXMLTab.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: loadpkg ################################################### library(pepXMLTab) ################################################### ### code chunk number 3: pepTab ################################################### #MyriMatch example pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Myrimatch.pepXML", package="pepXMLTab") tttt <- pepXML2tab(pepxml) tttt[1:2,] #Mascot example pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Mascot.pepXML", package="pepXMLTab") tttt <- pepXML2tab(pepxml) tttt[1:2,] #SEQUEST example pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "SEQUEST.pepXML", package="pepXMLTab") tttt <- pepXML2tab(pepxml) tttt[1:2,] #XTandem example pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "XTandem.pepXML", package="pepXMLTab") tttt <- pepXML2tab(pepxml) tttt[1:2,] ################################################### ### code chunk number 4: filter ################################################### ## MyriMatch example pepxml <- system.file("extdata/pepxml", "Myrimatch.pepXML", package="pepXMLTab") tttt <- pepXML2tab(pepxml) passed <- PSMfilter(tttt, pepFDR=0.01, scorecolumn='mvh', hitrank=1, minpeplen=6, decoyprefix='rev_') passed[1, ] ################################################### ### code chunk number 5: SessionInfo ################################################### sessionInfo()