### R code from vignette source 'inveRsion.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: inveRsion.Rnw:43-44 ################################################### library(inveRsion) ################################################### ### code chunk number 2: inveRsion.Rnw:50-51 ################################################### hap <- system.file("extdata", "haplotypesROI.txt", package = "inveRsion") ################################################### ### code chunk number 3: inveRsion.Rnw:57-59 ################################################### hapCode<-codeHaplo(blockSize=5,file=hap, minAllele=0.3,saveRes=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: inveRsion.Rnw:69-72 ################################################### window<-0.5 scanRes<-scanInv(hapCode,window=window,saveRes=TRUE) scanRes ################################################### ### code chunk number 5: inveRsion.Rnw:77-78 ################################################### plot(scanRes,which="b",thBic=-Inf) ################################################### ### code chunk number 6: inveRsion.Rnw:86-88 ################################################### invList<-listInv(scanRes,hapCode=hapCode,geno=FALSE,all=FALSE,thBic=0) invList ################################################### ### code chunk number 7: inveRsion.Rnw:92-94 ################################################### r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,bin=FALSE,geno=FALSE) r[1:10] ################################################### ### code chunk number 8: inveRsion.Rnw:99-100 ################################################### plot(invList,wROI=1) ################################################### ### code chunk number 9: inveRsion.Rnw:107-109 ################################################### r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,geno=TRUE) r[1:10,] ################################################### ### code chunk number 10: inveRsion.Rnw:113-116 ################################################### mem <- system.file("extdata", "mem.txt", package = "inveRsion") ac<-accBic(invList,classFile=mem,nsub=1000,npoints=10) ac ################################################### ### code chunk number 11: inveRsion.Rnw:119-121 ################################################### r<-getClassif(invList,thBic=2000, wROI=1,geno=TRUE) r[1:10,]