### R code from vignette source 'agilp_manual.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: agilp_manual.Rnw:27-28 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: agilp_manual.Rnw:36-37 ################################################### file.path(system.file(package="agilp")) ################################################### ### code chunk number 3: agilp_manual.Rnw:46-50 ################################################### library(agilp) inputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","scanner/","", fsep = .Platform$file.sep) outputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"output/", "", fsep = .Platform$file.sep) AAProcess(input = inputdir, output = outputdir, s = 9) ################################################### ### code chunk number 4: agilp_manual.Rnw:54-56 ################################################### unlink(file.path(system.file(package="agilp"),"output","","*.*", fsep = .Platform$file.sep), recursive=FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: agilp_manual.Rnw:65-69 ################################################### library(agilp) inputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","raw/","", fsep = .Platform$file.sep) outputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"output/", "", fsep = .Platform$file.sep) filenamex(input=inputdir,output=outputdir) ################################################### ### code chunk number 6: agilp_manual.Rnw:72-74 ################################################### unlink(file.path(system.file(package="agilp"),"output","","*.*", fsep = .Platform$file.sep), recursive=FALSE) ################################################### ### code chunk number 7: agilp_manual.Rnw:79-84 ################################################### library(agilp) inputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","raw/","", fsep = .Platform$file.sep) outputbase<-file.path(system.file(package="agilp"),"output", "testbase.txt", fsep = .Platform$file.sep) template<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","sample_template.txt", fsep = .Platform$file.sep) Baseline(NORM="LOG",allfiles="TRUE",r=2,A=2,B=3,input=inputdir, baseout=outputbase, t = template) ################################################### ### code chunk number 8: agilp_manual.Rnw:88-89 ################################################### Baseline(NORM="FALSE",allfiles="FALSE",r=2,A=2,B=5,input=inputdir, baseout=outputbase, t = template) ################################################### ### code chunk number 9: agilp_manual.Rnw:93-95 ################################################### unlink(file.path(system.file(package="agilp"),"output","","*.*", fsep = .Platform$file.sep), recursive=FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: agilp_manual.Rnw:100-106 ################################################### inputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","raw/","", fsep = .Platform$file.sep) outputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"output/", "", fsep = .Platform$file.sep) template<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","sample_template.txt", fsep = .Platform$file.sep) Loader(input=inputdir,output=outputdir,t=template,f="TRUE",r=2,A=2,B=5) ################################################### ### code chunk number 11: agilp_manual.Rnw:110-112 ################################################### Loader(input=inputdir,output=outputdir,t=template,f="FALSE",r=2,A=2,B=5) dim(dataout) ################################################### ### code chunk number 12: agilp_manual.Rnw:115-117 ################################################### unlink(file.path(system.file(package="agilp"),"output","","*.*", fsep = .Platform$file.sep), recursive=FALSE) ################################################### ### code chunk number 13: agilp_manual.Rnw:126-130 ################################################### inputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","raw/","", fsep = .Platform$file.sep) outputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"output/", "", fsep = .Platform$file.sep) baselinedir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","testbase.txt", fsep = .Platform$file.sep) AALoess(input=inputdir, output=outputdir, baseline = baselinedir, LOG="TRUE") ################################################### ### code chunk number 14: agilp_manual.Rnw:135-136 ################################################### AALoess(input=inputdir, output=outputdir, baseline = baselinedir, LOG="FALSE") ################################################### ### code chunk number 15: agilp_manual.Rnw:139-141 ################################################### unlink(file.path(system.file(package="agilp"),"output","","*.*", fsep = .Platform$file.sep), recursive=FALSE) ################################################### ### code chunk number 16: agilp_manual.Rnw:146-151 ################################################### inputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","raw/","", fsep = .Platform$file.sep) outputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"output/", "", fsep = .Platform$file.sep) annotation<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","annotations_sample.txt", fsep = .Platform$file.sep) IDswop(input=inputdir,output=outputdir,annotation=annotation,source_ID="ProbeID", target_ID="EnsemblID", ERR=0.2) ################################################### ### code chunk number 17: agilp_manual.Rnw:155-157 ################################################### IDswop(input=inputdir,output=outputdir,annotation=annotation,source_ID="ProbeID", target_ID="EnsemblID", ERR=1) ################################################### ### code chunk number 18: agilp_manual.Rnw:163-165 ################################################### unlink(file.path(system.file(package="agilp"),"output","","*.*", fsep = .Platform$file.sep), recursive=FALSE) ################################################### ### code chunk number 19: agilp_manual.Rnw:171-174 ################################################### inputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"extdata","raw/","", fsep = .Platform$file.sep) outputdir<-file.path(system.file(package="agilp"),"output/", "", fsep = .Platform$file.sep) Equaliser(input = inputdir, output = outputdir) ################################################### ### code chunk number 20: agilp_manual.Rnw:178-180 ################################################### unlink(file.path(system.file(package="agilp"),"output","","*.*", fsep = .Platform$file.sep), recursive=FALSE) ################################################### ### code chunk number 21: agilp_manual.Rnw:186-187 ################################################### file.path(system.file(package="agilp"))