### R code from vignette source 'Iterators.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Iterators.Rnw:30-42 ################################################### library(SeqVarTools) gds <- seqOpen(seqExampleFileName("gds")) seqData <- SeqVarData(gds) iterator <- SeqVarBlockIterator(seqData, variantBlock=500) var.info <- list(variantInfo(iterator)) i <- 2 while(iterateFilter(iterator)) { var.info[[i]] <- variantInfo(iterator) i <- i + 1 } lapply(var.info, head) seqResetFilter(seqData) ################################################### ### code chunk number 3: Iterators.Rnw:48-54 ################################################### seqSetFilter(seqData, variant.sel=1:100) iterator <- SeqVarBlockIterator(seqData, variantBlock=500) var.info <- variantInfo(iterator) nrow(var.info) iterateFilter(iterator) seqResetFilter(seqData) ################################################### ### code chunk number 4: Iterators.Rnw:64-76 ################################################### library(GenomicRanges) gr <- GRanges(seqnames=rep(1,3), ranges=IRanges(start=c(1e6, 2e6, 3e6), width=1e6)) iterator <- SeqVarRangeIterator(seqData, variantRanges=gr) var.info <- list(variantInfo(iterator)) i <- 2 while(iterateFilter(iterator)) { var.info[[i]] <- variantInfo(iterator) i <- i + 1 } lapply(var.info, head) seqResetFilter(seqData) ################################################### ### code chunk number 5: Iterators.Rnw:86-97 ################################################### seqSetFilterChrom(seqData, include="22") iterator <- SeqVarWindowIterator(seqData, windowSize=10000, windowShift=5000) var.info <- list(variantInfo(iterator)) i <- 2 while(iterateFilter(iterator)) { var.info[[i]] <- variantInfo(iterator) i <- i + 1 } lapply(var.info, head) seqResetFilter(seqData) ################################################### ### code chunk number 6: Iterators.Rnw:107-120 ################################################### gr <- GRangesList( GRanges(seqnames=rep(22,2), ranges=IRanges(start=c(16e6, 17e6), width=1e6)), GRanges(seqnames=rep(22,2), ranges=IRanges(start=c(18e6, 20e6), width=1e6))) iterator <- SeqVarListIterator(seqData, variantRanges=gr) var.info <- list(variantInfo(iterator)) i <- 2 while(iterateFilter(iterator)) { var.info[[i]] <- variantInfo(iterator) i <- i + 1 } lapply(var.info, head) ################################################### ### code chunk number 7: Iterators.Rnw:127-130 ################################################### variantInfo(iterator) resetIterator(iterator) variantInfo(iterator) ################################################### ### code chunk number 8: Iterators.Rnw:133-134 ################################################### seqClose(gds)