### R code from vignette source 'SVAPLSseq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: SVAPLSseq.Rnw:5-6 ################################################### options(width=65) ################################################### ### code chunk number 2: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 3: input ################################################### library(SummarizedExperiment) library(SVAPLSseq) library(edgeR) ##Loading the simulated RNAseq gene expression count dataset 'sim.dat' data(sim.dat) dat = SummarizedExperiment(assays = SimpleList(counts = sim.dat)) dat = DGEList(counts = sim.dat) sim.dat[1:6, c(1:3, 11:13)] ################################################### ### code chunk number 4: input ################################################### data(sim.dat) group = as.factor(c(rep(1, 10), rep(-1, 10))) sim.dat.se = SummarizedExperiment(assays = SimpleList(counts = sim.dat)) sim.dat.dg = DGEList(counts = sim.dat) sv <- svplsSurr(dat = sim.dat.se, group = group, max.surrs = 3, surr.select = "automatic", controls = NULL) slotNames(sv) head(surr(sv)) head(prop.vars(sv)) ################################################### ### code chunk number 5: input ################################################### data(sim.dat) controls = c(1:nrow(sim.dat)) > 400 group = as.factor(c(rep(1, 10), rep(-1, 10))) sim.dat.se = SummarizedExperiment(assays = SimpleList(counts = sim.dat)) sim.dat.dg = DGEList(counts = sim.dat) sv <- svplsSurr(dat = sim.dat.se, group = group, max.surrs = 3, surr.select = "automatic", controls = controls) slotNames(sv) head(surr(sv)) head(prop.vars(sv)) ################################################### ### code chunk number 6: input ################################################### data(sim.dat) group = as.factor(c(rep(1, 10), rep(-1, 10))) sv = svplsSurr(dat = sim.dat, group = group) surr = surr(sv) sim.dat.se = SummarizedExperiment(assays = SimpleList(counts = sim.dat)) sim.dat.dg = DGEList(counts = sim.dat) fit = svplsTest(dat = sim.dat.se, group = group, surr = surr, normalization = "TMM", test = "t-test") head(sig.features(fit)) head(pvs.unadj(fit)) head(pvs.adj(fit))